近代城市得以顺利发展的一个重要条件是国家的统一与政局的稳定，这也是一个国家实现近代化的前提条件。所以，明治政府成立伊始便将废除封建割据、建立统一的中央集权的国家政权作为首要任务来实施。
在646年“大化改新”之际，日本天皇政权本想仿效中国唐朝，建立一个中央集权制的国家，却由于日本当时尚处于部落联盟向阶级社会过渡时代，经济文化等都非常落后，所以虽然律令制度在短期内也曾经一度加强了天皇政府的权力，但最终还是被庄园制度、武家割据所取代。到德川幕府时代，经过近千年的发展，日本在农业领域确立了小农经济，在藩国内实现了政治的统一。尽管还是割据状态，但幕府对地方诸侯的控制也空前加强，统一的中央集权的国家呼之欲出，这为明治时代统一国家的建立奠定了基础。
1868年1月，以萨摩、长州两藩的近代化派为首的新政府以天皇的名义发布了“王政复古”的号令，也就是废除幕府制度，回归“大化改新”时由天皇亲理万机、一切大权归中央的制度。尽管这时日本政府的实权由萨长改革派控制，但是天皇的存在以及“王政复古”的口号，在当时的社会环境下，确实也为中央集权制国家的建立提供了一个名正言顺的理由，减轻了很多阻力。
1868年4月，新政府又颁布了施政纲领——《五条誓文》，誓文的内容有：第一，广兴会议、万机决于公论。第二，上下一心，大展经纶。第三，公卿与武家同心，以至于庶民，须使各遂其志，人心不倦。第四，破旧来之陋习，立基于天地之公道。第五，求知于世界，大振皇基。[35]同时天皇发布亲笔谕示，宣称要亲自“经营天下，安抚汝等亿兆，欲开拓万里波涛，布国威于四方”[36]。其中的“万机决于公论”、“破旧有之陋习”、“求知于世界”、“开拓万里波涛”预示着新政府的施政走向，必将左右着日本近代历史的发展。
经过一年多的时间，明治政府陆续清除了幕府残余势力的反抗，确立了在全国的统治。但是，当时新政府的基础还是很不稳固的。比如，全国各地的领地收入是3000万石，而新政府只是没收了幕府的领地800万石，设置了8府12县，而在这些土地上征收的地税还不及当时开支的十分之一。各藩诸侯仍然维持着地方割据，拥有各地方的政权、财权、军权等。为了国家的近代化，为了对抗西方殖民势力的入侵，必须建立强大的、统一的、中央集权的国家政权。
首先，迁都东京。由于幕府的残余势力主要集中在关东一带，为了利用天皇的权威、就近镇压安抚，有必要迁都关东。而且为了开发相对后进的关东地区，避免江户急剧衰落，也需要迁都关东。于是，新政府在1868年9月将江户改名为东京，准备迁都。同时举行了明治天皇登基大典，正式改元“明治”，此语出自《易经·说卦篇》“圣人南面而听天下，向明而治”，表示了国家一切将要更新、国家将要走向近代化的决心。无论是明治天皇驾临东京，还是后来明治天皇巡幸东北地区，政府都不惜代价，大张旗鼓，仪仗庞大而隆重，以灌输“皇国皇民”的意识，在民众心中树立以天皇为中心的形象。1869年2月，明治政府获得了与日本有外交关系的西方各国的承认。
其次，奉还版籍。这是废藩置县的前奏曲，日本的近260个大名大都是乱世为王，后来因为德川幕府的承认，才获得了存在的合法性。现在天皇亲政，幕府被推翻，原先大名存在的合法性失去了，需要由天皇政府重新确认。所以，作为废藩的第一步，以木户孝允为首的集权派力主各大名要将所辖区域的版图户籍人口先归还天皇，再由天皇重新确认。这一主张表面上看确实是冠冕堂皇，诸侯没有任何反对的理由。于是，在改革派的动员下，由率先倒幕的四大强藩的藩主带头于1869年3月上书天皇奉还版籍，希望天皇重新分封，以确认他们统治的合法性。在他们的带动下，其他藩主也纷纷提出了版籍奉还的奏请，到1869年7月已经达到236个藩。新政府趁势宣布接受各藩奉还版籍的请求，并命令尚未奉还版籍的14个藩也要依样办理。然后新政府本着“王土王民”的原则，取消了藩主对藩土地与人民的所有权，但是藩仍然保留，原来的藩主被任命为藩知事，藩政服从中央。旧藩主只能领取全藩收入的十分之一为家禄。士族的俸禄也被大幅削减。中央政府的权力由此得到了加强。
第三，废藩置县。从1870年起，一部分小藩由于财政困难，实在难以维持，便主动奏请废藩[37]。而新政府为了维持政府的运作，应对当时纷乱的局面，也急待统一财权与兵权。但这是一件艰难的工作，稍一不慎，便会重新爆发内战，甚至颠覆新政府。新政府首先在改革派内部取得了意见的一致，然后由萨、长、土三藩派遣精兵组成天皇的“亲兵”，“亲兵”有步、骑、炮三军约1万多人，此为政府所辖的最初的常备军。然后，木户孝允、大久保利通、西乡隆盛、伊藤博文等人经过周密策划，于1871年8月29日诏令在京的56个藩知事，宣布废藩置县，理由是只有“政令归一”才能“内以保安亿兆，外以与各国对峙”。具体做法是，免去旧藩主藩知事的官职，旧藩主一律迁居东京，藩兵一律解散，由国家按照所辖领地的大小提供优厚的俸禄，原来各藩负担的所有债务（大约3700多万日元）改由政府承担。在政府的软硬兼施之下，为了自身的利益起见，经过反复权衡，各藩藩主不得不服从中央，同意废藩。新政府于1872年1月重新划分行政区域，将全国分为1使（北海道开拓使）、3府（东京、京都、大阪）、72县。明治政府重新任命的一批府知事与县知事走马上任。[38]县以下都是一些自然村落以及一些因为地域关系结成的地域共同体，由名主、庄屋、年寄等村役人作为封建社会的基层组织，负责年贡的征收缴纳以及其他村政事务。维新之后，为了打破地域隔阂，明治四年，首先颁布户籍法，将所有国民的居住位置明确化；同时废除了名主、庄屋、年寄，越过以前的町村界限，设置大区、小区，在区内兴办跨传统村落的学校、警察组织。大区设置有居民选举出的户长与副户长，小区设小长。这些机构成为明治政府庞大行政机构的末端，贯彻执行政府的命令。但是在水利、山林、祭祀等方面，各村尚有很大的自治权力。1878年颁布了“三新法”，即《府县会规则》、《地方税规则》、《郡区町村编制法》，取消小区，设郡。在郡之下，复活了原来的町村，郡长有监督地方町长与户长的权力。同时，也承认町长与村长由地方自行选举，但是又根据个人的地租缴纳量，对选举人进行了财产资格限制，给予了地主政治方面的特权。但由于区町村的财源仍然归入各府县，所以自治并不全面。
总之，废藩置县后，日本实现了真正的国家统一，一个中央集权制的国家由此建立。1888年，在明治宪法颁布前夕，又将1872年划定的行政区域合并为1都、1道、2府、43县。
明治政府领导人兵不血刃，以最小的代价、最优的方式完成了国家的统一，这在世界历史上是不多见的。尽管是大势所趋，但是明治新政府领导人的才能智慧确实值得称道。
这一时期的日本在政府官制方面，随着局势的发展经历了一个演变的过程。新政府成立初期，因为列藩割据，且新政府成员对于西方的三权分立以及日本需要什么样的制度尚不太了解，所以1868年6月颁布的《政体书》仅仅是一个理想主义的设计：设太政官，总揽政务，对天皇负责；太政官下设立法、司法、行政各自分离的三套机构。但是改革派很快就发现行不通，所以在实际处理政务时，权力仍然集中在改革派手中。奉还版籍之后，随着政府权力的增大，又进行了一次官制改革，设立了神祗官，并在太政大臣之下设立民部、大藏、兵部、刑部、外务、宫内6个省，此外还有大学校（管理文教）、弹正台（管理司法、警察）等，中央官制逐渐健全。废藩置县后，1871年9月，又改革官制，设正院、左院、右院，其中正院最高，掌握立法、行政、司法等方面的决策大权。正院下设8省，即大藏、工部、兵部、司法、宫内、外务、文部、神祗。这样，中央官制基本完善，实权也基本上掌握在了改革派手中。尽管后来还有一些变动，比如1873年大久保的内务省集权体制，但从总体而言，万变不离其宗，一直到明治宪法颁布以前的20年间，明治政府的领导人从办事效率的角度，始终坚持权集中央的方式。应该说正是这一高度集中且有效的权力形式保证了明治时代政局的稳定，从而使政府能够有效地调集全国的人力、物力展开近代化活动，同时也为近代城市化创造了一个良好的政治环境。
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