美国医学文献数据库

第二节　美国医学文献数据库

一、PubMed

（一）概述

PubMed（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed）是由美国国立医学图书馆（NLM）下属美国生物技术信息中心（NCBI）研制的基于Web的文摘数据库，是NCBI整合检索系统Entrez中数据库之一。通过NCBI整合检索系统，PubMed可以链接到生物信息学数据库文件，获取：核酸序列、蛋白质序列；从核酸序列翻译到蛋白质等序列；基因组和染色体图谱；蛋白质三维结构等其他生物信息学数据库信息。

由于PubMed期刊出版商参与了PubMed数据电子递交和开发，PubMed同时可以与电子期刊出版商网站链接，为获取期刊全文提供了便利。PubMed具有期刊收录范围广、数据更新快、覆盖内容全、检索途径多、检索体系完备等特点。

（二）主要数据收录

1.MEDLINE　为美国国立医学图书馆创建的医学文献数据库。

收录内容：MEDLINE主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献，包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究和临床护理、公共卫生、卫生政策发展或者相关教育活动的内容。2000年起增加收录对生物医学的实习者、研究员和教育家至关重要的专业内容，包括生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。

文献来源：MEDLINE数据来源于全世界70多个国家和地区的近5000种生物医学期刊，这些期刊大都经美国卫生健康研究院的文献选择技术评估委员会（Literature Selection Technical Review Committee，LSTRC）评估挑选，以及美国国立医学图书馆及其数据协作采集专家（各专业协会）推荐。近年数据涉及37种语种，回溯至1950年的数据涉及60种语种。数据库47%为美国本土出版的文献，90%为英文文献，79%的文献有著者撰写的英文文摘，（以上数据根据2007年11月数据库提供）。MEDNLINE数据题录标有［PubMed－indexed for MEDNLINE］见图2－2－1。

图2－2－1　PubMed中的题录

2.In process　1996年8月开始，PubMed每天收录由MEDNLINE的期刊出版商提供的尚未经规范处理的数据，该库中的记录只有简单的书目信息和文摘。该库中的数据每周一次转入MEDNLINE。当进入MEDNLINE时就会被标引MeSH（数据库规范控制词表详见MeSH Database内容）词、文献类型及其他数据。记录有［PubMed－in process］的标记。

3.PubMed as supplied by publisher　由出版商提供的电子文献，每条记录标有［PubMed—as supplied by publisher］。这些文献包括两种来源：一是MEDNLINE收录的期刊文献，每日将被添加到PreMEDNLINE中去，换以［PubMed－in process］的标记，并被赋予一个MEDNLINE的数据识别号UI；二是由电子期刊出版商提供的不属于MEDNLINE收录范围的期刊中生物医学电子文献，只有PubMed数据识别号PMID，而没有MEDNLINE UI。

（三）基本检索

1.主菜单栏　在PubMed主页，系统显示了NCBI其他数据库的链接图标及检索范围，包括Nucleotides，Protein，Genoma，OMIM，Structure等生物信息学数据库，提示在PubMed可支持NCBI所有数据库的检索和链接（图2－2－2）。

图2－2－2　PubMed主页基本检索

2.基本检索框　在主页系统提供的基本检索框中，输入检索词及语句，执行检索键为“Go”。系统允许输入的检索词及检索语句如下。

（1）任何具有实质性意义的词语，如自由词、主题词、人名等，系统默认空格为逻辑“与”匹配。如，检索著者为genbacev o撰写的关于“胎盘生长与氧张关系”的研究文献，可输入：placenta oxygen growth genbacev o。

（2）著者姓名，需按姓在前，名在后的规则输入，如：Smith AB。如果名缩写，系统自动进行截词检索，即可检出如Jr.或2nd等不同后缀的姓名。在检索框中如果只输入姓，则系统将在MeSH和文本词以及著者索引中进行匹配。

（3）刊名检索可输入全称，或MEDNLINE认可的标准缩写形式以及国际标准期刊号ISSN（International Standad Sierals Number）。如输入：JAMA，或the journal of the american medical association，或纸本出版物国际标准期刊号ISSN Print，如0098－7484，或电子出版物国际标准期刊号ISSN Electronic，如1538－3598。

（4）包含有逻辑符号及截词符（＊）的运算式语句。布尔算法，逻辑符号必须大写，执行顺序为从左到右，可以用括号来改变此顺序。如为复杂运算（即一个检索式中包含多种运算符），则不能用空格省略“AND”，如：（hepatitis b OR hepatitis c）AND gene。字段限制检索，在字段标识外加［］，如stem［ti］。

3.系统检索匹配功能

（1）自动转换匹配功能（automatic term mapping）：对于输入检索框的检索词，PubMed按4个转换表顺序进行对照、匹配和转换，然后进行检索。这4个转换表为：MeSH转换表（MeSH Translation Table）、期刊刊名转换表（Journals Translation Table）、作者转换表（the Full Author Translation Table）、调研者转换表（Investigator Translation Table）如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。

其中，MeSH转换表规范词来源包括：MeSH规范主题词控制词表、副主题词表、一体化医学语言系统（Unified Medical Language System，UMLS）和Chemical Names of Substances（primarily drugs and chemicals）and their synonyms（化学物质名称及同义词表）。

（2）自动扩展检索：如果进行MeSH转换表检索，系统自动进行规范词的下位词及概念的扩展检索。系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索，如：输入hypertension therapy（高血压的治疗），系统自动将高血压的药物治疗、饮食疗法，进行扩展检索。

（3）短语检索（phrase searching）：如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“”将其引起来。如：“brac 1”作为词组进行检索，执行强调短语检索，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。

（4）文本词检索（text word search）：系统除了进行自动规范词转换匹配外，还对默认输入检索进行文本词匹配检索，即在全记录中搜索相关匹配的短语或单词。

（四）高级检索

检索输入框下方的灰色特征栏，提供了附加检索功能按钮，让用户进一步检索。

1.限制检索（Limits）　系统默认所有字段（All Fields）检索，下拉菜单可选择特定字段。PubMed字段说明详见PubMed Help Search Field Descriptions and Tags，表2－2－1为中文注解对照。

表2－2－1　PubMed可检索字段说明

（续表）

限制检索中还有年龄、性别、人或动物、7种语种限制、文献类型（Type of Article）如临床试验、实践指南、综述等、出版年份、以及子集数据库（Subsets，如牙医、护理、毒理等13个）的限定。数据输入时间：默认检索可回溯到1950年，限制选择30天—10年。

使用限制检索这项功能时先点击“Limits”，进入限制检索界面，然后在检索框内输入检索词，在各项下拉式菜单中选择相应的限定，点击“Go”即可执行检索。

【例1】　查找近2年人类pdgf（血小板衍生因子）研究的文献，希望题名中出现关键词pdgf，human。

步骤1：在检索框内输入pdgf human；步骤2：点击主页辅助检索框中的“Limit”；步骤3：在Published in The Last中选择2years，（如要输入具体日期，点击Specify date range，按要求输入日期即可）；步骤4：在“Limit”界面的底部，“Default tag”菜单中选择Title字段限制；步骤5：完成所有限定后，点击“Go”。

2.预检索界面（Preview/Index）　“Preview”功能是在显示检索结果前先显示检索结果的数量，这样读者不必花费太多时间等待检索结果的出现，而可直接根据数量的多少初步修改检索式。在此界面中可进行加词检索，做法是在界面下方的加词检索框内输入检索词，选择适当的逻辑符和字段，点击“Preview”。“Index”功能可进行系统选词，在“Index”检索框中输入若干个字母，选择该词所在的字段，点击Index按钮，就会显示输入字母开头的所有词、词组，选择其中的一个或若干个，点击“Preview”就可以进行预检。

3.检索历史（History）　主要用于存储检索策略和检索结果，并可直接用已有检索式来编制检索策略。方法是勾选检索式前的复选框和逻辑符，将新检索自动输入检索框中即可执行检索。检索历史中最多可存储100条检索式。

4.剪贴板（Clipboard）　用于存储从检索结果中选择的若干条记录，以备集中显示、打印或存盘。最大存储量为1000条记录，在8小时后自动消失。

5.检索词匹配详细说明（Details）　在检索框中输入检索式，执行检索后，可以点击特征栏中的“Details”，观看检索词依次在MeSH表、刊名表、著者表、文本等匹配和运算的过程。如输入stem cell［ti］AND neurosciences，点击“Details”可显示：stem cell［ti］AND（"neurosciences"［MeSH Terms］OR neurosciences［Text Word］），即“stem cell”来源于题名字段，neurosciences来源于MeSH字段和全记录文本字段（图2－2－3）。

图2－2－3　Details显示检索词的匹配说明

（五）结果处理

1.显示格式选择　在“Display”旁，有显示格式的下拉菜单，PubMed文献主要有以下几种格式。

（1）Summary（默认格式）：包括Author name（著者姓名包括MEDNLINE显示的所有著者）、Title of the article（文章题名，非英文文献翻译成英文，并用括号）、Source（原文出处，包括期刊刊名缩写、出版年份、卷、期、页）、Additional notations（加注包括原文文种、文献类型、文摘提示）、Tags（文档提示）、Identification number（记录识别号）、Links（相关链接）。

（2）Brief（简要格式）：包括第一著者姓名，题名的前30个字符、记录顺序号、相关资源链接。

（3）AbstractPlus（文摘附加格式）：分成2栏，左栏包括：期刊名、年卷期页、文献题名、著者及相关信息（如第一著者在文章发表时的地址、电子邮件地址）文摘、文献类型、勘误、评论；右栏包括：全文链接图标（如果有免费全文）、相关资源链接、相关文献前5篇列表。PubMed的相关文献是系统根据题名、文摘、MeSH词的权重计算得出。

（4）Citation格式：以上内容加文摘、MeSH词表、个人姓名主题词、化学物质名称、资助项目号、PubMed文献识别号、链接文献原文提供网站、相关资源链接。

（5）MEDNLINE格式：包括所有字段内容，并有字段标识符。

2.选择显示记录　若只需显示某一文献的详细信息，可直接点击著者姓名，或文摘图标；若要选择若干篇文献，点击每篇著者前的小方框，选格式即可；若要显示全部记录，选择显示格式即可。

3.检索结果处理（“Send to”）　检索结果的处理，可通过浏览器中的“文件另存为”进行保存，也可通过“Send to”进行（图2－2－4），其中，Send to text：将当前网页的检索结果以文本形式保存；Send to file：将所有检索结果以文本形式保存；Send to clipboard：将检索结果保存至临时剪贴板；Send to E－mail：将检索结果以电子邮件形式进行传输；RSS Feed：检索结果的RSS订阅，通过安装网络聚合器可接收最新检索结果，不必再次检索。要将全部检索结果显示在同一个网页上，只需在“Show”的每页显示记录数加大至超过检索结果记录数即可。

图2－2－4　PubMed文摘格式显示

4.检索策略保存

（1）点击“Details”中的“URL”（图2－2－3），可以让检索匹配的详细策略放入检索框，该检索页面可以存储入浏览器收藏夹。以后再进行检索，只需打开收藏夹，进入该网页，直接实施检索即可。

（2）“Cubby”灰色栏中的功能按钮，在PubMed灰色侧栏的PubMed Service中，有一个个人文档存储器“Cubby”，用户可以通过免费注册，进入该文档，将检索策略存储在数据库的个人文档中。以后再打开该存储器，便可对其进行检索史回顾、修改，实施参考检索。

（六）获取原文及相关资源链接

1.联机获取原文（文摘中超链接）　在文摘显示的界面上如图2－2－4，可以通过刊名（通常为彩色活动图标）链接电子期刊的网站，部分（如Science，BMJ，J Neurol等）能获取该文献的电子全文，这些全文是出版商和PubMed Central提供的免费全文。这些全文有的是HTML格式，有的是PDF格式。

2.PubMed Central（PMC）　PMC是美国国立医学图书馆生命科学期刊文献的免费数字化文档。访问该数据库可不加任何限制获取全文。与PubMed相同，PMC提供了基本检索，用户可以从主题、著者、期刊名检索文献，检索策略同PubMed；同时PMC也提供刊名直接检索、字顺和专业浏览，来获取相关期刊的文献。

3.“Linkout”　全文外部资源链接“Linkout”链接了PubMed的全文电子期刊网站，在有效IP地址控制下，如校园网订购了“Linkout”链接的电子期刊，就可以获取这些电子期刊网站的全文（但必须在校园网物理地址范围，或教师及有校内有效代理服务器账户的范围内）。

（七）PubMed其他检索服务

1.MeSH Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez？db＝mesh MeSH（Medical Subject Headings）是美国国立医学图书馆用于分析主题，从概念出发查找文献，控制检索词统一书写格式的规范化词表。2008年系统共有24767规范主题词。系统将规范主题词按英文字母，分成16个大类，再加数字分成细类，如解剖学为A类，肌肉骨骼系统为A2。在MeSH Database主页中，提供了NLM MeSH Browser主题词表网站http://www.nlm.nih.gov/mesh，在该网站中可以浏览主题词表，检索特定主题词的详细信息，如分类号（树状结构号）、款目词（Entry Term）、历史注释等（History Note）。

如图2－2－5中，显示的是Influenza in Birds主题词的标引注释，从中可以了解：该主题词有3个分类号（Tree Number）：C02.782.620.375（粘病毒类感染），C22.131.450（鸟类疾病类），C22.131.728.450（家禽疾病类），故该主题词隶属3个分类，可理解主题词的定义内涵；其标引历史（Previous Indexing）为：1966—1969年用Orthomyxovirus Infections，Poultry Diseases分别查黏病毒类感染和家禽疾病。历史注释表明（History Note）：目前所用规范主题词形式Influenza in Birds为2006建立，括号内的年份（1963）表示数据库最早建立禽流感概念的时间。

图2－2－5　Influenza in Birds主题词的标引注释

MeSH Database是PubMed系统辅助服务的一个数据库，主要提供规范词表MeSH中规范词的确定、修饰、查找等功能。词表每年更新，提供以下功能。

（1）选择规范化主题词（Suggestions）：系统可将输入的关键词转换为规范主题词，但转换的前提是，这些关键词必须是系统已存入的医学术语，系统称款目词（Entry Terms）如“Vitamin C”（维生素C）是“Ascorbic Acid”的款目词。2008年MeSH有97000个款目词。

（2）确定主题词词义：系统提供相关主题词的定义及概念注解。

（3）选择副主题词（Subheadings）：副主题词是限定主题词研究的专业范围的规范词，2007年一共有83个。每个副主题词有特定含义，组配主题词有特定规则，如：Abnormalities只能与以下类的主题词组配：A1－5，A7－10，A13，A14，A16，A17（躯干、肌肉、骨骼、消化系统、呼吸系统、泌尿系统、心血管、神经、感觉、组织、动物结构、胚胎结构、外皮结构）。abnormalities副主题词与这些器官主题词组配，表示先天不足导致在器官形态学的变化，也使用在动物的异常变化。详细的副主题词表可见系统MeSH中副主题词的链接，中文注解可见中国生物医学文献数据库（CBM）主题词检索。在MeSH Database中执行主题词和副主题词先组检索，可以提高检索的准确率（图2－2－6）。

图2－2－6　MeSH Database浏览界面

（4）确定主题词分类体系：即按照主题概念等级编排成分类等级的MeSH词汇树状结构表。如Influenza in Birds请注意它的上位词（概念更宽泛的词），当PubMed检索Poultry Diseases这个MeSH词汇时，系统将自动进行该词和其下位词Influenza in Birds的扩展检索（图2－2－7）。

（5）修饰主题检索：可对主题词进行加权（主要主题词限定检索Restrict Search to Major Topic headings only.）；不扩展主题词检索（do not include MeSH terms found below this term in the MeSH tree），如检索文章中仅包含Poultry Diseases主题词的文献，不扩展其下位词Influenza in Birds的检索。

图2－2－7　MeSH Database的主题词详细内容

【例2】　查找系统性硬皮病的治疗文献。

步骤1：点击PubMed主界面左边的“MeSH Database”；步骤2：在检索框中输入systemic scleroderma，点击“Go”；在接下来的界面中系统显示规范化主题词是Scleroderma，Systemic，点击该词；步骤3：在详细显示界面中选择副主题词diet therapy，drug therapy，prevention and control，rehabilitation，radiotherapy，surgery，therapy；步骤4：勾选“Send to search box with AND”；步骤5：返回结果中点击“PubMed Search”。

2.期刊数据库（“Journals Database”）　使用期刊数据库，通过在检索框中输入刊名（MEDNLINE缩写或全称）可以获取期刊的相关信息如刊名全称、刊名缩写、ISSN号、以及在期刊中发表的文献。通过“Links”链接，还可与NCBI其他数据库链接。点击界面中的Journals with links to full－text web sites将列出与PubMed有全文链接的期刊刊名，按字顺排列。

3.引文匹配器（Citation Matcher）　通过输入文献出处的信息来查找特定的文献。有以下两种方式：①单一引文匹配（Single Citation Matcher）：按照检索框的要求输入你所知道的信息，点击“Search”按钮，就可以得到相应的特定文献信息。如投稿遗漏的页码、第二，三著者等。②成组引文匹配（Batch Citation Matcher）：可以允许用户一次输入多条检索要求，返回结果为相应文献的PMID，但是输入格式有严格要求。例如，在PubMed中查找以下文献的第二著者：第一著者为Llovet JM，出处：Hepatology，2000，32（3）：678—80。步骤1：点击界面左边的“Single Citation Matcher”；步骤2：按界面提示分别填入所知的信息，Journal：hepatology，Author name：Llovet JM，Date：2000；步骤3：点击Go按钮，可得特定文献，补充缺失的信息，如其他著者或单位地址等。

4.临床咨询（Clinical Queries）　是有关循证医学临床方法学的数据库，系统设置了与临床疾病密切相关的4个方面选择：治疗、诊断、病因和预后。同时，用户还可选择强调查全率或是查准率（详细介绍见第六章第一节）。

5.临床快报（Clinical Alerts）　1991年开始，美国卫生研究院（NIH）不定期公布能引起死亡率和致病率升高的临床试验项目重要新闻稿。

（八）检索实例

【例3】　课题：禽流感的预防与控制。

课题分析：此课题中的主题涉及的检索词同义词较多，如果不确定是否有主题词，可先用自由词检索进行试查：

自由词检索：（avian OR bird＊）AND influenza AND prevention control，在检索结果中，选择［PubMed－indexed for MEDLINE］记录，选择MEDLINE格式进行详细内容显示，可发现MH（规范主题词）标记：Influenza，Human/＊prevention ＆ control；＊Influenza A Virus，H5N1Subtype；Influenza in Birds/prevention and control等课题相关主题词，进一步确定所需规范词，可精确检索，如下：

规范主题词检索：通过MeSH Database，输入Avian influenza，系统返回结果，Influenza in Birds为规范主题词，在副主题表中选择prevention and control，选择检索修饰Restrict Search to Major Topic headings only.（主要主题词检索），勾选Send to Search Box with AND执行检索。

【例4】　课题：阿司匹林治疗心肌梗死。

课题分析：此课题相关主题词概念传统，应该有规范主题词，可直接从“MeSH Database”检索，但是由于涉及二个概念面，所以“MeSH Database”要查询2次，即先进行aspirin输入选择副主题词therapeutic use，执行检索后，再在MeSH中输入myocardial infarction选择副主题词drug therapy，执行检索。在“History”中，编辑前二次检索式形成检索式：aspirin/therapeutic use AND myocardial infarction/drug therapy，点击基本检索中的“Go”，执行检索。

【例5】　课题：肾盂肿瘤的放射诊断。

课题分析，MeSH主题词表中只有肾盂、肾肿瘤的规范主题词，没有肾盂肿瘤的先组词，而要组配精确限定副主题词放射诊断，必须先组主题词，该检索策略为：肾盂AND肾肿瘤/放射诊断（Kidney Pelvis AND Kidney Neoplasms/radiography）。

习题

1.请简述MEDLINE数据库主要收录的专业范围。

2.请简述PubMed数据库子文档的种类。

3.查找关于肝移植伦理“the ethic of liver transplantation”的文献，观看检索词匹配的过程，显示所有记录在一个网页，选择记录加入剪贴板，并以citation的格式观看。

4.查找关于PKU（Phenylalanine Hydroxylase Deficiency）的英语全文文献，检索年限为2年，找到全文及其相关文献。

5.查找胎儿期接触（prenatal exposure）流行性感冒（influenza）导致精神分裂症（schizophrenia）的文献。

6.检索刊登在Taiwan I Hsueh Hui Chih（taiwan yi xue hui za zhi）上，由Chang PY撰写的1975年发表文献的合著者。

（李晓玲）

二、OvidSP检索系统

（一）OvidSP系统简介

Ovid技术公司（Ovid Technologies，Inc.）创建于1984年，是世界知名的数据库服务商，提供人文、社科、科技方面的300多种数据库，其中生物医学数据库约80种。复旦大学订购的数据库如下。

●Ovid医学电子书库（Books＠Ovid）：收录Lippincott Williams ＆Wilkins出版的内科、外科、肿瘤科、妇产科等各类英文医学权威图书50种，可进行检索、浏览，参考文献可链接到本馆订购的电子期刊全文。

●Ovid电子期刊全文数据库（Journals＠Ovid Full Text和Fudan University－Full Text）：收录了多家出版商和协会出版的1 000余种科技及医学期刊的全文，其中在Fudan University－Full Text中全部为复旦订购全文的期刊。

●Ovid临床资源检索平台（Clin－eguide）：由Wolters Kluwer Health公司制作，包括以下数据库资源。

（1）Clin－eguide Evidence－Based Treatment Guidelines（临床诊断与治疗指南）：提供综合全面的诊断、操作及治疗的可行方案和事实的快速指南。

（2）Books：包括Ovid医学电子书库（Books＠Ovid）中收录的图书50种，以及《Griffith五分钟临床咨询》。该数据库与Journals＠Ovid和其他电子期刊全文数据库进行了整合，参考文献可链接到本机构订购的全文。

（3）EBMR Articles（Ovid循证医学综述文献数据库）。

（4）Facts and Comparisons Drug Information（药物事实与比较）：包括22000种品牌药物和6 000种通用处方药物的全面信息指南，并以通俗易懂的图表格式进行药物对比，每月更新。

（5）MEDLINE 1996－present：美国国立医学图书馆（NLM）提供的权威临床医学文献索引，整合了本馆订购的电子期刊全文链接。

（6）National Guideline Clearinghouse（美国国立指南库）：由美国卫生健康研究与质量机构（AHRQ）、美国卫生和人服部资助，与美国医学、美国健康计划协会合作收集整理，提供摘要和全文，并可进行关键词搜索，也可以按疾病或治疗进行内容浏览。

（7）MedFacts Patient Handouts（医学事实病人手册）：提供指示、禁忌证、警示、药物不良反应、病人/家庭教育信息。

（8）A to Z Drug Facts（A to Z药物事实手册）：是Drug Facts ＆ Comparisons的最佳资源搭档，列出了剂量、不良反应、指示、药物治疗和病人治疗信息、药理学和病人治疗注意事项，每月更新。

（9）Review of Natural Products（天然产物综述）：关于草药、植物药材和其他天然产物的药理学效用的综述，包含3000多篇基于科学研究的，有关植物学、历史、化学、药理学、药用、毒理学、药物互作用和病人信息的详细论述。

（10）McKesson Patient Handouts（McKesson病人手册）：由McKesson临床参考系统提供的针对病人的指南。

●循证医学数据库（All EBM Reviews－Cochrane DSR，ACP Journal Club，DARE，CCTR，CMR，HTA，and NHSEED）：由医药界人士及医学相关研究人员研发的一套数据库，收录了临床循证的基础资料。循证医学文献作为临床决策、研究的基础，供临床医生、研究者使用，可节省阅读大量医学文献报告的时间。除总库All EBM Reviews外，可分别检索7个子数据库和一个全文库（详见第六章第三节循证医学证据检索）。

●BIOSIS Previews（BP）：美国《生物学文摘》，生命科学领域最重要的文摘数据库之一，完整收录生物学和生物化学领域的研究文献，包括植物学、动物学、微生物学等传统生物学范畴，也包括实验、临床和兽医、生物技术、环境研究、农业等研究领域，并涉及生物化学、生物物理学、生物工程等交叉学科。文献来自6500多种期刊的研究论文、会议论文、综述、技术信件和注释、会议报告、软件和图书等。

●EMBASE Drugs ＆Pharmacology（EMDP）：EMDP是荷兰《医学文摘》的药物学分册。其中收录了1980年以来世界范围内的3500多种药物与药理学期刊，内容涉及药物及潜在药物的作用和用途，药理学、药代动力学和药效学的临床和实验研究（如副作用或不良反应）等。

●MEDLINE数据库：收录了1950年以来所有的MEDLINE数据，包括正在规范化处理中的最新文献和非MEDLINE收录的相关期刊的文献。Ovid将这些文献划分为4个子数据库：1950－present；1996－present；In－Process ＆ Other Non－Indexed Citations（处理中的最新文献和非MEDLINE收录文献）；1950—1965。

（二）OvidSP系统MEDLINE数据库的记录字段说明

具体见表2－2－2。

表2－2－2　OvidSP系统MEDLINE数据库记录字段名

（续表）

（三）OvidSP系统的检索技术

1.逻辑检索　系统提供and、or、not 3种逻辑运算符。

2.字段检索　系统允许在指定字段中检索，限定符为“.字段名缩写”。例：adiponectin.ti（检索题名中出现adiponectin的文献）；又如：adiponectin.ti，nm（检索题名和物质名称字段出现adiponectin的文献）。

3.短语检索　输入多个单词以空格分隔，系统默认为词组检索。如果输入的短语中含有禁用词（如：and，or，not，.ti等），必须用半角的双引号括起短语（例："acute and chronic low back pain"），否则系统将把and作为逻辑运算符处理。

4.特殊字符检索 用半角的双引号（"）括起特殊字符串。例："3".vo（检索卷号为3的文献）；又如："50＋/－21"。

5.邻近检索　系统提供的邻近算符为adjn，两个检索词之间最多允许插入n－1个单词，且检索词词序可互换。例：physician adj3relationship可以检出physician patient relationship，patient physician relationship，relationship of the physician to the patient等多种表达形式。

6.截词符/通配符检索　系统提供一种截词符（＄）和两种通配符（＃，？）。

（1）无限截词符＄用于单词词尾，替代任意多个字符（例：radiolog＄）。有限截词符＄n用于单词词尾，可替代n个字符（例：dog＄1）。

（2）强制通配符＃可用于单词的词中或词尾，替代一个字符，并且此位置必须出现字符（例：wom＃n）。可选通配符？可用于单词的词中或词尾，替代一个字符，此位置可以出现或不出现字符（例：colo？r）。

7.词频限制　系统允许限定检索词在指定字段中的出现的次数（即频率），限定方法为“检索词.字段名缩写./freq＝n”。例如：blood.ti./freq＝3可检出篇名中blood至少出现3次的文献，检出文献如“Simian blood groups three‘new’blood factors of chimpanzee blood”。

（四）OvidSP系统的进入

该系统用IP地址控制访问权限，在校园网范围内可以使用，在宿舍需设置免费代理。点击外文数据库列表中Ovid所在行右侧的“Help”图标，可获取免费代理的地址和端口。

进入数据库后首先显示的是数据库选择界面，可选择单个数据库检索，也可以同时选择多个数据库进行跨库检索。进入系统后，如果长时间不做任何操作，会自动下线，此时需重新点击“Start OvidSP”按钮，再次登录检索。

（五）OvidSP系统MEDLINE的检索主界面

OvidSP系统MEDLINE的检索主界面可分为5个区域（图2－2－8）。导航条区域提供以下8个功能。

图2－2－8　OvidSP系统MEDLINE的检索主界面

（1）Database Field Guides（数据库字段指南）。

（2）Ask a Librarian（馆员咨询）：以电邮的方式与图书馆员联系。

（3）Display Knowledge Base（显示检索帮助知识库）。

（4）Help（使用帮助）：可按需要查所需的帮助内容。

（5）Logoff（登出）：登出OvidSP系统。

（6）Change Database（更改检索数据库）：从当前数据库转到其他数据库检索，在选择完新的数据库后，Ovid会要求您选择是否要在新的数据库中执行原数据库中运行的相同检索策略，具体有以下3个选项：“Open ＆ Re－Excute”进入新数据库并执行原检索策略；“Open ＆Clear”进入新数据库并清除原检索策略；“Return to Session”回到原数据库。

（7）Saved Searches/Alerts（保存检索式/定期提醒）：保存检索式以便下次登录时再次检索，用户在此设置定期提醒后，系统会定期将最新检出的文献自动发送至用户输入的电邮中。

（8）Personal Account（个人账号）：注册/登录个人账号，以获取个性化服务。

（六）OvidSP系统MEDLINE的检索方式

1.Basic Search（初级检索）　初级检索是系统默认的检索方式，采用自然语言检索，只允许输入检索词或短语，不能输入任何运算符。在检索框下方提供“Check Spelling”（检索词拼写检查）、“Include Related Terms”（自动扩检相关检索词）两个选项。点击“Limits”可以进行检索限制选择。

【例6】　检索2005—2008年有关儿童肥胖治疗的全文文献。

OvidSP系统MEDLINE1996－present数据库→在检索框内输入treatment for childhood obesity→点击“Limits”链接→勾选“Full Text”→选取起止年份2005—2008→点击“Search”。

2.Find Citation（特定文献查询）　用于已知文献的某项特征（篇名、著者姓名、刊名、卷期页、出版年等），检索该文献的详细信息。检索时刊名必须输入全称，如拼写不全可输入刊名起首部分，使用“Truncate Name”进行截词检索；选择著者输入必须姓全称在前，名首字母在后，也可选择“Truncate Name”进行截词检索。

3.Search Tools（检索工具）　用于查找“Map Term”（自由词的规范化主题词形式）、“Tree”（规范化主题词的树形结构图）、“Permuted Index”（款目词的轮排索引）、“Scope Note”（规范化主题词的定义、注释、历史变更、适用范围）、“Explode”（主题词扩展下位词检索）、“Subheadings”（选择主题词对应的副主题词）。

4.Search Fields（字段检索）　用于选择在指定字段中检索，输入检索词后选择单个或多个字段，点击“Search”直接显示在所选字段中的检索结果，也可以点击“Display Indexes”显示检索词在所选字段索引词表中的位置，然后在词表中选择所需检索词，再执行检索。

5.Advanced Ovid Search（高级检索）　提供关键词、著者、篇名、刊名等字段的检索，可以输入检索词或带有运算符的检索式，并可自动匹配规范化主题词检索，功能比较强大。

（1）Keywords（关键词检索）：可以输入含逻辑运算符的检索式，系统直接执行检索，如果不作字段限定，系统将在默认字段mp（title，original title，abstract，name of substances，subject heading word）中检索。当输入检索词（单词或词组）时，默认在医学主题词表中匹配规范化的主题词（Map Term to Subject Heading）。如果不勾选“Map Term to Subject Heading”，将作为自由词在默认字段检索。当选择“Map Term to Subject Heading”时，系统会提示与输入的检索词对应的（或相关的）主题词（图2－2－9），用户可以勾选合适的主题词，并选择是否“Explode”（扩展下位词），是否进行“Focus”（加权检索），点击“Continue”可继续选择副主题词，如果同时勾选多个副主题词可以选择副主题词之间的逻辑关系（OR/AND），最后点击副主题词列表上方的“Continue”，即可完成检索。点击匹配到的主题词链接（如图2－2－9中Kidney Failure链接），可以浏览该主题词树形结构表中的上、下位词和同位词（图2－2－10），凡是有下位词的主题词前面都有［＋］标记，点击该标记可以浏览该主题词的下位词，下位词都缩进两个字符排列。用户可以根据需要选择检索词和是否扩展、加权检索，然后点击“Continue”后选取副主题词再执行检索。

图2－2－9　Map Term to Subject Heading后的命中主题词显示

图2－2－10　OvidSP系统MEDLINE医学主题词树形结构表

【注意】　在选择MEDLINE数据库时，如果选择的数据库中有In－Process ＆Other Non－Indexed Citations数据库，则没有“Map Term to Subject Heading”选项，无法进行规范化主题词表检索。

（2）Author（著者检索）：检索框可以输入完整的著者姓名，姓全称在前，名首字母在后，例：miller am；也可以只输入著者的姓，然后点击“Search”，在系统显示的著者姓名索引中勾选需检索的著者，再执行检索。

（3）Title（题名检索）：仅在文献题名中检索，可以输入检索词或检索式。

（4）Journal（期刊检索）：可以输入完整的刊名全称，注意不能输入刊名缩写。也可以输入刊名全称起始部分的单词，然后点击“Search”，在系统显示的刊名索引中勾选所需期刊，再执行检索，即可检出发表在该刊上的文献。

（七）OvidSP系统MEDLINE的检索限制

在OvidSP系统的“Basic Search”和“Advanced Ovid Search”界面中有“Limits”（检索限制）区域，点击“Limits”链接后可以直接设定检索年限、文献类型、是否有全文等常用限制条件。在检索结果显示后，“Additional Limits”选项将加亮，如需进一步限定其他条件，可以点击该按钮，选定所需限定的检索式编号后作相应选择，点击“Limit A Search”即可。选项内容与PubMed基本相同，不再赘述。

（八）OvidSP系统MEDLINE的检索史处理

在“Search History”（检索史）区域，点击“Search History”链接可以浏览历次输入的检索式、对应的命中文献数，点击“DISPLAY”还可以浏览检索结果。系统默认只显示最近4次检索式，以前的检索式可以点击右侧的“Expand”浏览。点击“View Saved”按钮可以浏览已保存的检索史。除此以外，系统还提供以下几种对检索史的操作。

1.Remove Selected（删除选中的检索式） 点选要删除的检索式后，点击“Remove Selected”即可。

2.Combine Selections With（组配选中的检索式）　点选需组配的检索式后，点击组配用的逻辑运算符“And”或“Or”，即可获得组配的结果。如果要进行Not组配，则需在Advanced Ovid Search的检索框内输入检索式编号，如：2not 3。

3.RSS（聚合检索结果）　OvidSP提供了对检索史的RSS聚合功能，用户可以将需要定期提醒最新文献的检索史设为RSS，然后在用户的网络资源聚合器中可以添加该检索史，用户就可以在聚合器中接收最新的相关文献。点击“RSS”按钮，在弹出的对话框内输入聚合的检索策略Name（名称）、Comment（注释），可以使用Default Options（默认设置），也可以取消该默认设置前的钩，点击“Save”按钮后，输入个人账号和密码后，可以进入设置界面。如果尚未注册个人账号，则需点击导航条上的“Personal Account”链接，再点击“Create a New Personal Account”，完成注册后方可使用。在设置界面中选择Schedule Options（定期提醒的频率）、Deduping Options（终止提醒的时间），然后点击“Save”按钮保存设置。在完成设置后，点击红色文本框中“…the RSS feed URL is here”中的“here”链接，在显示XML网页后，将该网页的网址复制粘贴到用户的聚合器中，进行频道订阅就完成了检索结果的RSS订阅。

4.Save Search History（保存检索史）　点击“Save Search History”按钮可以保存检索历史，输入个人账号和密码后，可以命名检索历史、输入注释，并在Type下拉菜单中有3种保存方式可供选择：Temporary（24小时临时保存）、Permanent（永久保存）、AutoAlert（定期提醒）。如果选择AutoAlert系统会自动将最新命中文献发送到用户的E－mail信箱中，需进一步选择定期提醒的频率、终止提醒的时间、是否以E－mail附件形式发送最新文献、记录包含的字段和排序方式等选项，设置完毕后点击“Save”保存设置，系统就会按照用户设置的时间定期把最新相关文献发送到用户注册的E－mail信箱中。下次进入MEDLINE数据库后，如需调用已保存的检索式或修改定期提醒设置时，可点击导航条上的“Saved Searches/Alert”链接，即可运行、修改或删除已保存检索的检索式或定期提醒。

（九）OvidSP系统MEDLINE的检索结果输出

1.检索结果的显示　执行检索后在检索界面的下方将显示命中文献的简要信息，系统默认按SCORE（评分，即相关度）排序。在显示区右上方有“View All Abstracts”（显示全部记录的文摘）、“Sort By”（排序方式）、“Result Per Page”（每页显示记录数）3个选项。在显示区的左上方有“Customize Display”（个性化显示）链接，可以自行设定记录显示格式。在每条记录的右侧列出了其他信息的显示链接，包括：Abstract（摘要）、Complete Reference（完整记录）、Full Text（其他全文数据库中的全文）、Ovid Full Tex（Ovid电子期刊的全文）、EBM Article Review（循证医学综述全文）、Library Holding（图书馆馆藏信息）、Internet Resource（互联网上的相关网页）。在记录下方的“Find Similar”链接可以检出与该文献类似的其他文献，“Find Citing Articles”链接可以显示引用该文献的其他文献。

2.文献全文的输出　通过Full Text、Ovid Full Tex、EBM Article Review可以链出本馆订购的全文，由于涉及版权保护，所以全文的保存/打印/E－mail只能在全文显示后单篇文献输出，不能批量保存全文。

3.Search Aid（检索助手）　在结果显示的左侧绿色区域为系统提供的检索助手，用户可以使用该功能缩小或扩大检索结果。

（1）Narrow Search（缩小检索结果）：可以按Subjects（主题）、Authors（著者）、Journals（期刊）缩小检索。点击“Subjects”会列出系统自动对结果进一步分类后的主题，如图2－2－11的例子在Subjects中有Humans、Kidney failure、Male、Female、Kidney failure，Chronic共5个主题，用户可以选择需要的主题浏览检索结果中某一主题的文献。点击“Authors”会列出结果中发表文献数排位靠前的5位著者。点击“Journals”则列出结果中发表文献数靠前的5份期刊。

（2）Broaden Search（扩大检索结果）：在该区域点击“Add Related Terms”链接，系统会自动增加相关检索词检出的结果，使命中记录数增加。

4.Results Manager（检索结果管理器）　该管理器只能设置检出文献信息的显示/保存/打印/E－mail（图2－2－11），不能用于全文保存的设定。

图2－2－11　OvidSP系统的检索结果显示

（1）Actions（输出方式选择）：提供屏幕显示、打印预览、E－mail和保存4种方式。

（2）Results（输出范围选择）：可选择需输出的记录范围，包括“Selected Results”（标记的记录）、“All on this page”（本页所有记录）、“All in this set”（所有检出记录）3个选项，也可以在输入框中输入需输出的记录编号。

（3）Fields（输出字段选择）：提供4种输出字段的选择，如需自行选择输出字段可点击“Select Fields”设定。

（4）Results Format（输出格式选择）：提供输出记录的排版格式的选择，在输出格式的最下方可以选择“Include Search History”（输出检索历史）。

（5）Sort Keys（排序字段选择）：可以设置“Primary”（第一排序字段）和“Secondary”（第二排序字段），并可选择Ascending（升序）或Descending（降序）排列。

（十）OvidSP系统MEDLINE的检索实例

【例7】　检索2006—2007年发表的“双酚A（bisphenol a）对生殖系统（genitalia）毒性（toxicity）的大鼠实验研究”相关文献。

（1）选择OvidSP的MEDLINE（1996－prensent）数据库→点击“Advanced Ovid Search”检索方式输入→genitalia→勾选“Map Term to Subject Heading”→勾选“Explode”→勾选“Include All Subheadings”→点击“Continue”，检索出有关生殖系统研究的文献。

（2）输入bisphenol a→勾选“Map Term to Subject Heading”→未匹配到对应的主题词，但可以选择双酚A的上位词Phenols→勾选“Explode”→点击“Continue”→选择副主题词toxicity→点击“Continue”，检索出有关酚类毒性研究的文献。

（3）输入bisphenola.rn→点击“Search”，检索出化学物质名称字段中含有bisphenol a，即研究双酚A的文献。

（4）选中检索式1－3，点击逻辑关系“And”。

（5）点击Limits区域的“Additional Limits”→选择起止年2006—2007→选择动物类型mice（大鼠）→点击“Limit A Search”完成检索，得到最终检索结果（图2－2－12）。

图2－2－12　“双酚A对生殖系统毒性的大鼠实验研究”的检索历史

习题

1.请利用OvidSP系统MEDLINE的Search Tools查找renal failure的规范化主题词形式，写出它的下位词，如果要检索1990年的文献，主题词是什么？

2.请利用OvidSP系统MEDLINE数据库检索2004—2008年来舌根肿瘤治疗进展的文献，并请设置每月定期提醒最新检出文献。（提示：舌根的英文表达形式有tongue base，base of the tongue等；肿瘤有cancer，tumor，lymphoma，carcinoma等；请使用上位主题词结合自由词检索。）

3.请利用OvidSP系统MEDLINE数据库检索2004—2008年发表的脑卒中（stroke）患者手术治疗（surgery）预后（prognosis）研究的文献。

（王宇芳）