一九一七年一月，元培就任北京大学校长。
北京大学的前身是京师大学堂。京师大学堂是戊戌维新运动的产物。戊戌政变后，京师大学堂虽未废，然教学方针及内容都有变化，规模亦较原拟议者缩小，于是年十一月五日（十二月七日）开学。学校主要部分为仕学院，招进士、举人出身的七品以上京官入学。另附设两部分，一为进士、举人、贡生、监生不及七品，或未登仕版之年在二十以上者，通称学生；一为年不满二十者为小学生。当时入学人数极少，学生不及百人。翌年，许景澄为管学大臣，会义和团事起，八国联军入侵，许景澄为清廷处死，大学堂亦停办。又复两年之后，于光绪二十八年（一九〇二年）恢复，同年十一月十八日（一九〇二年十二月十七日）重行开学。大学堂设仕学馆、师范馆，并附设中小学。管学大臣为张百熙（野秋），总教习为吴汝纶（挚甫）。光绪二十九年（一九〇三年），加派满大臣荣庆为管学大臣，对张百熙的革新之举予以牵制。后管学大臣易名学务大臣，统辖全国学务，京师大学堂另设总监督，专办大学，而所属译学馆、进士馆、中小学堂等皆直隶学务大臣管辖。张亨嘉为京师大学堂监督。数年之间，学堂分科迭有变更。至一九一二年三月，蔡元培任教育总长后，严复任大学堂监督，五月，京师大学堂改名国立北京大学校，严复署理校长，正式有了北京大学之名。此后，北京大学迭有改革。一九一二年十月公布“大学令”，规定大学宗旨为教授高深学术，养成硕学宏材，以应国家需要，这和光绪二十八年（一九〇二年）《钦定京师大学堂章程》所称“激发忠爱，开通智慧，振兴实业”似有所不同。对于分科设置及其他事项，北京大学亦有改变。但与辛亥革命前相较，北京大学并没有根本的变化。
就是这样一个封建官僚习气十分浓厚的全国最高学府，等待着蔡元培去就任校长。他从法国回到上海之后，多数友人认为北大腐败，赴任于声名有碍，劝他不就；少数人认为既知腐败，就该去整顿。他说这少数人的劝驾，“也是爱人以德的说法，我到底服从后说进北京”(2)。此事他曾得到过孙中山的支持。中山“认为北方当有革命思想的传播，像蔡元培这样的老同志，应当去那历代帝王和官僚气氛笼罩下的北京，主持全国性教育”(3)。但主因毕竟还在于元培本人。他后来对此事还说了“我不入地狱谁入地狱”一句话。(4)可见他是抱着牺牲的精神去实践自己理想的。他不认为办教育是做官。尽管此去有被认为是“依附军阀”之嫌，事实上，后来果然也被人误解，以致在国民党第一次全国代表大会讨论选举元培为候补监察委员时，发生了不同意见，孙中山对人解释，说“我知道他最清楚，他对革命的贡献是一般人不易了解的”(5)。
如前所述，从事教育本为元培理想，长期以来，他坚执这种理想。在德国四年，亲身实践了资产阶级教育的实效；此次在法国，又有所考察，他的教育思想更有所发展。他对教育的作用，越来越大。北京大学成为实践他理想的实验之地。他在到北京后，函邀汪精卫去北大任教，信中说：“在弟观察，吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外所经营之教育，又似不及在国内之切实。弟之所以迟迟不进京，欲不任大学校长而卒于任之者，亦以此。昔普鲁时受拿破仑蹂躏时，大学教授菲希脱为数次爱国主义之演说，卒有以救普之亡。而德意志统一之盛业（普之胜法，群归功于小学校教员；所以有此等小学校教员者，高等教育之力也），亦发端于此。”(6)这是一种教育救国的理论。这里所谓在国外所经营之教育，自然是指他这几年在法国办理勤工俭学、华法教育会的事，他认为办理这些不如在国内办教育切实，并非他主张留学的思想变了，只是步骤方法的不同而已。大学教育尤重于其他教育，仍是他一贯看法。
一九一六年十月一日，元培启程返国。十一月八日抵上海，并曾返绍兴，旋复经上海赴北京。在上海和绍兴都曾几次发表演说。十二月二十六日，黎元洪正式任命他为北京大学校长。就任之前，在北京亦几次发表演说，其中两次所讲内容，可以说是他对北京沉腐空气所投掷的小石块，也是他办理北大的某些宗旨的侧面宣布。一是在信教自由会演说，力斥其时甚嚣尘上的定孔教为国教之议，认为“宗教是宗教，孔子是孔子，国家是国家，各有范围，不能并作一谈”。“孔子、宗教，两不相关。孔教二字，当能成一名词邪”？“孔教不成名词，国教亦不成名词，然则所谓‘以孔教为国教’者，实不可通之语”。(7)在办理北大时，他反对尊孔，反对定孔学于一尊，是此种议论的推广。二是在政学会欢迎会演说《我之欧战观》，认为道德的养成，与宗教毫无关系，而美术的作用至大。(8)在北大，他便力倡美术与美育。
一九一七年一月四日，元培到校视事。(9)九日，举行开学典礼，(10)元培发表演说，对学生提出三事：一曰抱定宗旨。他明确宣告：“大学者，研究高深学问者也。”他说：外人指摘北大腐败，认为到北大读书，抱做官发财思想，所以多入法科，少入文科，更少入理科。因为做官心热，对于教员，就只问官阶大小，不问学问深浅。他劝学生“果欲达其做官发财之目的，则北京不少专门学校，入法科者尽可肄业法律学校，入商科者亦可投考商业学校，又何必来此大学”？来此大学，“诸君须抱定宗旨，为求学而来。入法科者，非为做官；入商科者，非为致富。宗旨既定，自趋正轨”。“二曰砥砺德行。方今风俗日偷，道德沦丧，北京社会，尤为恶劣。……故必有卓绝之士，力挽颓俗。诸君为大学学生，地位甚高，肩此重任，责无旁贷，故诸君不惟思所以感己，更必有以励人。……然诸君终日伏首案前，芸芸攻苦，毫无娱乐之事，必感身体上之苦痛，为诸君计，莫如以正当之娱乐，易不正当之娱乐，庶于道德无亏，而于身体有益”。“三曰敬爱师友。教员之教授，职员之任务，皆以图诸君求学便利，诸君能无动于衷乎？自应以诚相待，敬礼有加。至于同学共处一堂，尤应互相亲爱，庶可收切磋之效”(11)。这是一篇宣言书，是对学生的期望，也是他改革北京大学的目标。
他的改革措施，一以贯之，仍从延揽人才着手，刻意延聘优良师资。这就是他后来所总结的：“广延积学与热心的教员，认真教授，以提起学生研究学问的兴会。”(12)他先从文科做起，而最注意的是，为文科选二位好的领导人。到校甫九日，即一月十三日，他聘请了陈独秀来北大任文科学长。到校之前，他先找医专校长汤尔和了解北大情况。其时原任文科学长夏锡祺在胡仁源担任校长任内已辞职，汤尔和与沈尹默都向他推荐陈独秀担任文科学长，汤尔和对他说，陈独秀“确可为青年的指导者”，并交了十多本《新青年》给他。他对陈独秀“本有一种不忘的印象”，就是在他办《警钟日报》的时候，刘师培曾对他介绍说：“有一种在芜湖发行之白话报（按为《安徽俗话报》——引者），发起的若干人，都因困苦及危险而散去了，陈仲甫一个人又支持了好几个月。”“后来陈君往日本，我往欧洲，多年不相闻问。”现在听了汤尔和与沈尹默的介绍，旧事重忆，他回去翻阅了《新青年》，乃决意聘请陈独秀。他探知陈独秀住在前门外一个旅馆，立即登门拜访，与之订定。(13)据其时与陈独秀住在一起的亚东图书馆主人汪孟邹《日记》得知，元培和陈独秀首次晤面在一九一六年十二月二十六日，这一天《日记》写着：“早九时，蔡孑民先生来访仲甫。道貌温言，令人起敬，吾国之唯一人物也。”而在这一天以后，元培还去过多次，汪孟邹对人说：“蔡先生差不多天天要来看仲甫。有时来得很早，我们还没有起来。他招呼茶房，不要叫醒，只要拿凳子给他坐在房门口等候。后来我和仲甫商量，晚上早睡，早上要起得早些才好。”(14)当机立断的态度，来源于求贤若渴的精神。胡适之时方在美国哥伦比亚大学毕业，因在《新青年》所载文学革命的文章给元培以深刻印象，乃请胡到北大任教授，于一九一七年底到校。李大钊于一九一七年十一月也应邀到北大任图书馆主任，一九二〇年七月八日，校评议会召开特别会议，授予教授职称，李便兼任经济、史学等系教授。(15)刘半农、周作人等也都陆续应元培邀约到校任教授。周作人于一九一七年四月由绍兴到北京大学，原议请他教希腊和欧洲文学史及古英文，因在学期中途，无法添开课程，元培诚恳地请他担任预科国文作文课，周作人以非能力所及而加拒绝，打算回绍兴去。元培写信要他暂在北大附设的国史编纂处工作，周作人答应了。至九月新学期开始，转为文科教授兼国史编纂处纂辑员。(16)鲁迅则于一九二〇年来校兼课，主讲《中国小说史》。这样一个教师阵营，加上原在北大的沈尹默、沈兼士、钱玄同等，于是，“文学革命、思想自由的风气，遂大流行”(17)。
元培聘请教授不拘一格，不受年龄与学历的约束。当时教授中有很多年轻人，如徐宝璜二十五岁，朱家骅二十六岁，刘文典二十八岁，胡适二十六岁，最年轻的是梁漱溟，只有二十四岁。而梁漱溟不但没有大学学历，且投考北大未被录取，元培看了他在《东方杂志》上发表的《究元决疑论》，一九一七年请他来校教印度哲学。梁谦辞，元培坚请说：“你不是爱好哲学的吗？我自己是爱好哲学的，我们还有一些爱好哲学的朋友。我这次办大学，就是要将这些朋友，乃至在未知中的朋友，都引在一起，共同研究，彼此切磋。你怎么不来呢？你不要当是老师来教人，你当是来研究来学习好了！”(18)态度如此诚恳，气度如此恢宏，识见如此深远，梁深为感动。丁文江被聘虽出于偶然，但可见元培的识人。丁文江原在实业部矿业司任地质科长，全科只有他和一个科员，无所事事。他听说北大办起了地质门，去参观之后，对胡适说是有名无实。胡适介绍他去见元培，他对元培谈地质门应该怎样办理，元培便请他来主持。(19)
延揽人才的同时，元培大胆地退聘了一批不称职的中外教员。辞退外籍教员一事，曾经引起风波。据北京大学存档，自一九一七年三月起，先后辞退的外籍教员有克德来（Cartwright）、燕瑞博、牛兰德（Newland）、斯华鲁（Swallow）、伦特、纽伦等数人，其中多数为英籍。学校通知克德来、燕瑞博二人自三月十八日后解职，二人控告北大及蔡元培，说是指称他们不堪胜任教职，影响了他们以后的职业，要求发给一九一七年全年及以后二年的工资。英国公使馆和挪威公使馆相继出面干涉，向外交部提出抗议。外交部和教育部并屡函北京大学询问情况，嘱以和平解决。外交总长伍廷芳一面告诉英使，谓北大辞退克德来系按合同办理，“苟提向法庭起诉，未必其理由能成立也”(20)。一面批评蔡元培，不应在报端先行宣布。蔡元培顶住了帝国主义的压力，说是“现行学制更改以后，北京大学只办文理两科，……教员人数自应减少”，解职全按合同办理；(21)又函外交部称：“以是本校虽承贵部谆谆以和平解决相劝，而苦于别无他法。若该教员必欲起诉，则听其自由而已。”(22)英国公使馆通过外交部没有压倒蔡元培，公使朱尔典便亲自与蔡元培直接谈判，但同样也没能压倒蔡元培。据朱尔典致外交部照会称：“乃蔡君仍执前议，并称若由该教员涉讼，则情愿以本人为被告云云。”(23)蔡元培后来总结其事说：“那时候各科都有几个外国教员，都是托中国驻外使馆或外国驻华使馆介绍的，学问未必都好，而来校既久，看了中国教员的阑珊，也跟着阑珊了起来。我们斟酌了一下，辞退几人，都按着合同上的条件办的，有一法国教员要控告我，有一英国教习竟要求英国驻华公使朱尔典来同我谈判。我不答应，朱尔典出去后，说：‘蔡元培是不要做校长的了。’我也一笑置之。”(24)此事看来虽小，而敢于拔虎须，意义不可谓不大。
元培对于外籍教员，既不盲目排斥，也不盲目推崇，一切以有无真才实学为条件。地质系外籍教师葛利普（Grabau）就是长期在北大任教的。元培尤其注意延请世界知名学者到北大讲学。人所熟知，一九一九年五月，哲学家杜威曾应邀来北大及各地讲学二年，以后，罗素、班乐卫、杜里舒、泰戈尔等相继来校。北大并曾授予其中一部分人如法国数学家班乐卫、里昂大学校长儒班、美驻华公使芮恩施以荣誉学位。他还曾经邀请爱因斯坦和居里夫人来华讲学。一九二一年三月八日，他在法国访问居里夫人，当面邀请她，居里夫人答以“此次不能往，当于将来之暑假中谋之”(25)，后遂未议。同年三月十六日，他在德国偕同北大理科学长夏元瑮访问爱因斯坦，提出邀请，爱因斯坦表示今年不可能，稍迟可来。一九二一年三月，驻德公使魏宸组来电，说是日本邀请爱因斯坦于秋间去日讲学，爱因斯坦愿意这时到中国讲学半月，询问条件为何？北大复电欢迎，表示旅费由北大及各校负担，酬金以每月千元计。同年六月下旬，驻德使馆转来爱因斯坦的信，对待遇条件提出修改。蔡元培和梁启超商量后复电接受。爱因斯坦已决定新年来华，但尚须中国的一封正式邀请信。爱因斯坦到日本后，等了五个星期，还没有收到中国的信件，以为北大不打算践约了，便延长了在日本的访问。事实是，中国方面，因为要用各团体的联名欢迎函，往返征求同意，花费时间，发信晚了，而爱因斯坦在日本各地旅行，收到信更晚，迟到十二月二十二日，他才得到蔡元培寄去的信，方知是误解，但已不能追改旅程，他于当日写信给蔡元培说明经过，并说：“虽然极愿意，且有从前郑重的约言，而我现在不能到中国来，这对于我是一种重大的痛苦。”(26)这样，爱因斯坦来北大讲学的事，终于未能实现。苏联盲诗人爱罗先珂，被日本政府驱逐出境，于一九二二年春到北京。有人把他介绍给元培，并请安置，元培便请他到北大教世界语，月薪二百元，并商得鲁迅和周作人同意，请爱罗先珂住在他们家里，予以照顾。北京学生因爱罗先珂的鼓吹，曾经兴起了一阵学习世界语的热潮。(27)
蔡元培对于学科和课程的设置，进行了重要的改革。他认为大学最重要的是文理两科，“文理两科是农工医药法商等应用科的基础，而这些应用科学的研究时期，仍然要归到文理两科来”。“完全的大学当然各科并设，有互相关联的便利。若无此能力，则不妨有一大学专办文理两科，名为本科，而其他应用各科，可办专科的高等学校，如德法等国的成例，以示学与术的区别。”(28)这样，元培在北大扩充了文理两科，停办工商两科（工科并入北洋大学，商科停止招生），并准备将法科分出去，办成独立的文理专科大学。但法科分出之议未能实现，学校由原来的文理法商工多科大学改为文理法三科大学。原来的预科有脱离本科之势，元培改为预科分别直属本科各门，所设课程与本科课程相衔接。修业年限定为预科二年，本科四年。他又特别重视研究工作，认为“文理两科必须设各种的研究所”(29)，进而主张“凡大学必有各种科学的研究所”(30)。他曾写过一篇《论大学应设各科研究所之理由》的文章，举出三点理由，一是“大学无研究院，则教员易陷于抄发讲义不求进步之陋习。……（教员中）其普通者，将专己守残，不复为进一步之探求，或在各校兼课，至每星期任三十余时之教课者亦有之。为学生模范之教员尚且如此，则学风可知矣”。二是有了研究所，使大学毕业生有深造的机会。三是大学高年级生经导师准许，可到研究所自由研究。同时，他认为大学研究院和独立研究院不同，“其所设研究所之门类，愈多愈善”(31)。在他的主持推动下，至一九一七年年底，北大文理法三科相继成立研究所，计有文科之哲学门、国文门、英文门，理科之数学门、物理门、化学门，法科之法律门、政治门、经济门。其研究科目日益扩充，包罗甚广，指导教师亦均一时之选。一九二一年十二月，元培决定改组研究所，分设国学、外国文学、自然科学及社会科学四门，后只成立了国学门，国学门的研究成绩，斐然可观。
一九一九年，元培废科存系，是另一项重要改革。所以如此，他说：“那时候我又有一个理想，以为文理是不能分科的。例如文科的哲学，必植基于自然科学，而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前心理学附入哲学，而现在用实验法，应列入理科；教育学与美学，也渐用实验法，有同一趋势。地理学的人文方面，应属文科，而地质地文等方面属理科。历史学自有史以来，属文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。所以把北大的三科界限撤去而列为十四系，废学长，设系主任。”(32)这是一九一九年的事。
他又把年级制改为选科制。当时实行年级制，规定各科课程都是必修，他认为其流弊是，“使锐进者无可见长，而留级者每因数种课程之不及格须全部复习，兴味毫无”。“适教员中有自美国留学回者，力言美国学校单位制之善，遂提议改年级制为单位制，亦经专门以上学校会议通过，由北京大学试办”(33)。所谓单位制，即后来通称的学分制。北大于一九一九年实行单位制，规定本科学生读满八十单位即可毕业，其中一半必修，一半选修。选修课可以选修外系课程。这样做，大大提高了学生学习兴趣，增长了自由发挥的能力。
元培是个有眼光有远见的人，他充分理解历史对于国家民族的重要。国史馆撤销了，改归北大接办，元培便在北大设立国史编纂处，积极从事于修史工作。他自己身兼处长，聘请王式通为编纂主任，张相文（蔚西）为副主任。元培原来是颇有一番设想急欲做出成绩的，比如，他计划编写一部《国史前编》，为此求助于孙中山。他和张相文联名写信给孙中山说：“盖以民国成立以来，群言淆乱，是非不明，不有信史，曷以昭示来兹？且饮水思源，尤不容忘其本末。故元培与编纂诸君，公同斟酌，拟自南京政府取消之日止，上溯清世秘密诸会党，仿司马公《通鉴外纪》之例，辑为一书，名曰《国史前编》，所以示民国开创如斯其难也。惟兹诸会党既属秘密组织，迄今事过情迁，往往不能言其始末，再阅数十年间，窃恐昔年事迹，不免日益湮没，滋可惧也。所幸先生以创始元勋，不吝教诲，征文考献，均将于是赖之矣。”信中所谓蒙中山“不吝教诲”，原是方寰如函告元培，中山答应隔日为编史诸人讲述。中山得信后，覆函表示支持，“述革命之概略，为信史之资，此固文所乐为者”。所称方寰如之言，中山实在不知道。但是，他正在从事著述，其中有《革命缘起》一章，“已略述此数十年来共和革命之概略，足为尊处编纂国史之干骼。若更求其详，当从海外各地征集材料，乃可汇备采择。此事现尚可办，文当通告海外各机关征集材料”。对于元培编史拟“上溯清世秘密诸会党”事，中山在批示复函要点上特别写出：“各地秘密会党于共和革命，实无大关系，不可混入民国史中，当另编秘密会党史。”后由秘书处写成的复函这样写着：“以清世秘密诸会党，皆缘起于明末遗民，其主旨在覆清扶明，故民族之主义虽甚溥及，而内部组织，仍为专制，阶级甚严，于共和原理，民权主义，皆概乎未有所闻，故于共和革命，关系实浅，似宜另编为秘密会党史，而不以杂厕民国史中。”孙中山的意见很明确，元培、张相文再复，似并不完全同意，说是：同盟会兴起后，秘密会党和共和有了直接关系，“且亦多吸收各会分子，此中离合之迹，诚未易分明，要非广事搜罗，不足以资考证”(34)。编纂《国史前编》之事，以后未见结果，而国史编纂处的成就，亦不如北大其他部门那么突出。
元培在北大的改革除上列各项外，招收女生入校，尤为世人瞩目，成为当时一件大事。当时北京政府虽无大学男女同校的禁令，但为事实上所不容，而女子大学教育又极不发达，全国只有教会办的少数几个女子大学。元培毕生提倡男女平等，主张女子应有同等受教育的机会，对于这种现象，自然极为不满。一九一九年三月二十九日在天津青年会演讲，他谈欧战后欧美各国教育问题，最后谈到中国当前教育弊病，特别提出：“言女子教育，则高等学校既不许男女同校，又不为女子特设，视各国战前之教育尚远不逮。然则既受此次大战之教训，鉴于各国教育之革新，宜如何奋勉耶？”(35)之后，他就决定以身试行，冲破这个不成文的禁区。其时，甘肃有女学生邓春兰写信给元培，要求入北大补习班学习。信到北京，恰值五四运动期间，元培离京，未能处理。六月，邓春兰在报上发表公开信，呼吁大学开女禁。《少年中国》八月号出妇女解放问题专号，转载了这封信，一时影响甚大。一九二〇年一月一日的上海《中华新报》发表了元培对该报记者的谈话说：“大学之开女禁问题，则予以为不必有所表示。因教育部所定规程，对于大学学生本无限于男女之规定，如选举法中之选举权者。且稽诸欧美各国，无不男女兼收，故予以为无女禁与否之问题。即如北京大学明年招生时，倘有程度相合之女学生，尽可报考。如程度及格，亦可录取也。”(36)这就无异于公开宣告：北大准备招收女生。
不久，北大便有了第一个女生王兰。王兰籍隶江苏，其弟王昆仑，时就读北大，回忆其事说：“那时，我姐姐正因病失学在家，她很想进北大求学。我就去问蔡校长。蔡校长问我：‘她敢来吗？’我说：‘她敢。’蔡校长说：‘可以让她来试试。’这样，她就进了北大，成了第一个女学生。”(37)王兰到校之时，春季入学考试已过，学校准许先入校旁听。此门一开，继王兰而来者不绝，在这年（一九二〇年）春天入学旁听者，连王兰共计九人，那位发难的甘肃女学生邓春兰亦在其内。她们都在这年暑期经过入学考试后转为北大正式学生。
北大冲破男女不同校的惯例，影响及于全国。当时，各大学都不敢提议招收女生，元培说：“一提议，必通不过。其实学制上并没有专收男生的明文。如报考时有女生来报名，可即著录；如考试及格，可准其就学。请从北大始。”(38)他为此受到责难：“兼收女生是新法，为什么不先请教育部核准？”他回答说：“教育部的大学令，并没有专收男生的规定。从前女生不来要求，所以没有女生；现在女生来要求，而程度上又够得上，大学就没有拒绝的理。”(39)一九二〇年，他在燕京大学男女两校联欢会上发表演说称：“今日我承司徒校长招与男女两校联欢会，我知道这个会是为要实行男女同校的预备，我得参与，甚为荣幸，甚为感谢。但秩序单上却派我作北京男校的代表，我要说句实话：我似乎不好承认。为什么呢？因为我有几个关系的学校，都不是专收男生的。如在法文专修馆，我是挂名的馆长，馆中有女生两人。在孔德学校，我是挂名的校长，校中一百多学生，女生比男生占多数。我所专任的国立北京大学，现在也有女生九人。这几个学校，可以叫作男校么？”出语诙谐，却是提倡男女平等。燕京大学请他参加此会，当为借风作助，促成男女同校，所以下面话题一转，道出本意：“从前常常有人来问：‘大学几时开女禁？’我就说：‘大学本来没有女禁。欧美各国大学没有不收女生的。我国教育部所定的大学规程，并没有专收男生的规定。不过以前中学毕业的女生，并不来要求，我们自然没有去招寻女生的理；要是招考期间，有女生来考，我们当然准考。考了程度适合，我们当然准入预科。从前没有禁，现在也没有开禁的事。’那时考期已过，有各处女生要求到校旁听，我们审查资格后，允许旁听的已有九人。今年暑假招考，如有女生来应试，一定照男生一样办理。所以我的本意，似乎不必有男校女校的分别。”(40)所谓原无女禁现在也无开禁的事，不过是元培抓了一个空隙，堵住教育部的口而已。事实上，压力还是接踵而来。一九二〇年四月，教育部致北大公函，谓“旁听办法虽与招正科学生不同，唯国立学校为社会视听所系，所有女生旁听办法，务须格外慎重”(41)。继之，大总统徐世昌予北大以告诫。张作霖、曹锟等之攻击北大与元培，更多引男女同校以为口实，终而造成了元培于一九二〇年十一月出国考察的事，以为缓和。
元培对北大的另一项重大改革，是改变入学限制和推行平民教育。他从来具有教育救国的思想，他的理想是要做到人人可以受教育，改变过去那种只有少数人能读书的情况。尽管在那个社会里，不免流于空想，但是，他在北大的所作所为，仍有一番成绩。原来的北京大学，承袭京师大学堂之旧，学生由“老爷”变成了“少爷”，贫寒苦学子弟较少。元培改变之方，一是招生考试从严，以考试成绩为标准，杜绝并无才学的纨绔子弟入学，而使成绩好的学生得以进校。二是把校门打开，招收旁听生。只要“有最小限度之学力”，“经关系学科教员面试，认为确有听讲学力”，即可入校，“依其志愿，于各系中选听愿习之功课”。(42)还曾一度设置选科生，也是一种非正式入学的本科生。方便之门一开，各地到北京来的青年，颇有到北大旁听者。事实上，不只是办了手续的旁听生，还有不少不办手续的青年，也都可以到北大任意听课，领讲义，进图书馆。从此之后，北大一时以“穷学生”著称。他们住在学校外面的穷公寓里，到北大听一二门课，苦读上进，其中不乏日后学业有成和从事革命工作的人。时至今日，人们仍盛称此情此景。
进一步，元培推广他的平民教育思想，在北大办起了校役夜班，为学校工友提供了学习的机会。一九一八年四月十四日，北大校役夜班开学，举行了隆重的开学典礼。全校工友二百三十余人，齐集文科教室，听元培的演讲。这位蔡校长，去年一月四日到校第一天的情景，给全校工友们以深刻的印象。当时工友们在校门口排队迎接，行礼欢迎校长，身穿长袍马褂的特任校长“大人”，急忙下马车，脱下礼帽，恭恭敬敬地还礼。这是工友们从来也没有见过的“怪事”。此后，他每天经过校门，都脱帽鞠躬，向校警还礼。如今，蔡校长为他们的教育考虑了，工友们听着他这样说道：“在常人之意，以为学校为学生而设，与校役何涉？不知一种社会，无论小之若家庭，若商店，大之若国家，必须此一社会之各人皆与社会有休戚相关之情状，且深知此社会之性质，而各尽其一责任。故无人不当学，而亦无时不学也。……本校职员皆自励于学，学生，则职员助之为学，惟诸位独无就学之机会，未免偏枯。此所以有夜课之设，而且今日特举此隆重之开学式也。”(43)校役夜班的教员，都由学生义务担任，教授会推举一人为教务主任，管理教员之事，课程有修身、国文、算术和理科，并选学一种外语。
至一九二〇年初，校役夜班从校内扩大到了校外，北京大学办起了平民夜校，招收校外平民入学。这是经元培赞助，由学生会办理的。招收学生四百多人，一月十八日举行开学典礼，元培在会上发表了兴奋昂扬的演说，他为北大校门完全打开而高兴，为期望全国人享受教育而呼吁。他说：“今日为北京大学学生会平民夜校开学日，此事不惟关系重大，也是北京大学准许平民进去的第一日。从前这个地方，是不许旁人进去的；现在这个地方，人人都可以进去。从前马神庙北京大学挂着一块牌，写着‘学堂重地，闲人免入’，以为全国最高的学府，只有大学学生同教员可以进去，旁人都是不能进去的——这种思想，在北京大学附近的人，尤其如此——现在这块牌已经取去了。”他说：校役夜班开办后，“于是大学中无论何人，都有了受教育的权利。不过单是大学中人有受教育的权利还不够，还要全国人享受这种权利才好。所以先从一部分做起，开办这个平民夜校。‘平民’的意思，是‘人人都是平等’的。从前只有大学生可受大学的教育，旁人都不能够，这便算不得平等”(44)。
对于学校领导体制和行政组织，元培也进行了改组。他的中心思想的实质是教授治校。在民元教育总长任内，他所发布的大学令，其第十六条至第十九条，明定设置全校评议会及各科教授会，即近乎此。但包括北京大学在内，当时并未实行。及长北大，便着手实行其主张，他说：“我初到北京大学，就知道以前的办法是，一切校务都由校长与学监主任、庶务主任少数人总理，并学长也没有与闻的。我以为不妥，所以第一步组织评议会，给多数教授的代表议决立法方面的事；恢复学长权限，给他们分任行政方面的事。但校长与学长仍是少数，所以第二步组织各门教授会，由各教授与所公举的教授会主任分任教务。将来更要组织行政会议，把教务以外的事务，均取会议制。并要按事务性质，组织各种委员会来研讨各种事务。”(45)评议会由评议员组成，评议员从各科学长及教授中产生，非教授不得当选为评议员，每五名教授选一名评议员，任期一年。校长为评议会议长。评议会制定与审核学校各种章程条令，决定学科的废立，审核教师学衔与学生成绩，提出学校预决算。在各学系，系主任由教授互选，并分别成立教授会，规划本系教学工作。教务长由各系教授会主任推选。第一任教务长为马寅初，随后顾孟余、胡适均曾担任。还有一个行政会议的组织，由各专门委员会的委员长和教务长、总务长组成，校长兼议长。它是全校最高行政机构与执行机构，成员以教授为限。学校的总务长，较长期为蒋梦麟。(46)
上举各项整顿改革，环绕一个总的目的，即为了提高北京大学的学术水平，培养学生从事学术研究，进而创造思想自由、学术自由的学风。为了达到这个目的，改变昔日北京大学学生以大学为升官发财之阶梯的腐败学风，他号召提倡和促成组织了各种各样的课余业余团体。这类组织，有的是为了砥砺德行，提高修养，有的是从事研究学问，有的是为了从事正当的娱乐，有的是为了养成学生互助与自治精神，有的是为了促使学生服务社会。校长号召，教授学生相从，如响斯应，北京大学的各种课外组织，若雨后春笋，应运而生，改变了往昔沉闷的空气。举其要者，有以下一些社团：进德会、哲学研究会、新闻研究会、平民教育演讲团、地质研究会、书法研究会、马克思学说研究会、教育研究会、体育会、静坐会、音乐研究会、学生储蓄银行，等等。(47)其中进德会、新闻研究会、学术讲演会和书法研究会均为蔡元培发起。新闻研究会章程且系元培亲拟。(48)进德会在北大的组成和进行，较元培前两次组织该会时大有发展，入会人数在一九一八年六月开成立大会时，计教员入会者为七十六人，职员为九十二人，学生有三百零一人。(49)可见北京大学校风一变之后，对于个人道德的重视。李大钊、陈独秀均入会。那位宣称“八部书外皆狗屁”、极端守旧骂倒一切的黄侃（季刚），有一封复信给进德会，写着：“谨启者：奉到进德会愿书一纸，侃于贵会宗旨本极赞成，但入会与否，系个人之自由，此时信仰不出本心，则他时守之不力，万不敢自欺复欺贵会。相应将愿书一纸璧还，伏祈鉴谅是幸。”(50)这倒是实话。一九一八年十月，学生梁绍文写信给元培说：“进德会的人，亦有叉麻雀的，赞成进德会的人，亦有逛窑子的。这样看来，进德会的条文，不过是一种欺人之具罢了。”(51)这个说法自然太绝对了。不能否认，作为风气提倡，进德会有其作用。元培提倡美育的思想，体现在他组织书法研究会，赞助音乐研究会的举动，他聘请徐悲鸿为书法研究会导师，陈师曾到校讲演国画，聘请萧友梅为音乐研究会指导。现存北京大学档案中，还有元培亲自草拟的请柬二份，一份系宴请陈师曾等并商议以书法研究会附属于国立美术学校事，一份系宴萧友梅，并讨论组织音乐传习所事。后音乐研究会改为音乐传习所，元培兼任所长，萧友梅为主任。时毛泽东在北京大学图书馆工作，他参加了哲学研究会和新闻研究会。毛泽东之到北大工作，据萧瑜（子癉）追忆，得力于蔡元培。一九一八年，新民学会一些成员决定赴法勤工俭学，毛泽东、萧瑜、熊民楚、章根弟四人由湖南去北京商谈。到京后毛泽东决定留下，拟在北大找一工作。他们写信给元培，“要求他雇用我们的一个无法赴法国的同伴为校内的清洁工人。蔡元培先生是位了不起的人，他看了我们的信后，立即就明白这是怎么一回事。但他有更好的主意，他怜悯毛泽东，对于他能够刻苦自励，甚是高兴，因此他没有让他去做清洁工人，而可到校内的图书馆去工作。因此他写了一封信给北大图书馆长李大钊先生，信中说：‘毛泽东需要在本校求职，使其得以半工半读，请在图书馆内为他安排一职位。’……”萧瑜又说：“毛泽东一向很敬佩蔡校长，他给蔡先生的每一封信中都称‘夫子大人’，他自认是蔡先生的弟子，而且不放过任何机会来表示他对蔡先生的无限崇敬。”(52)萧瑜是毛泽东的同乡，早年过从甚密，蔡元培晚年居香港时，萧、蔡亦多往还，如其记忆无误，当属可信。关于社会主义和马克思主义的研究，北大曾经组成三个团体。一九一八年冬，李大钊组织了马客士主义研究会，对外以研究马尔萨斯人口论为掩护。一九二〇年十二月，李大钊、费觉天等九人发起成立社会主义研究会，走向公开宣传社会主义阶段。同时，由邓中夏等十九人组成马克思学说研究会，于一九二一年十一月公开宣布。元培对马克思学说研究会的成立曾予支持，同意在《北京大学日刊》刊登启事，拨给办公室，并出席了成立大会，发表简短讲话。(53)
在这样一个思想自由、意气风发的际会，北京大学刊物极盛。学校办的刊物，有《北京大学日刊》，于一九一七年十一月十六日创刊，编辑主任为徐宝璜，陈独秀、沈尹默、胡适、孙国璋为编辑，日出一张，星期一休刊。主旨在刊载学校的规章布告，交流教学情况，也刊登学术讨论文章，但不谈政治。一九一九年一月，元培创办《北京大学月刊》，为全校性学术刊物，由各研究所轮流编辑。元培对于月刊编务，多亲自过问。下举《蔡元培启事》，可以说明。启事云：“月刊形式已由研究所主任会公决，全用横行，并加句读、问、命等记号。但诸先生中，亦有以吾国旧体文字形式一改兴趣全失为言者，鄙人亦以为然。惟一册之中，半用横行，自左而右，半用直行，自右而左，则大不便于读者。今与诸先生约，凡科学性质之文，皆用横行，送各研究所编入普通月刊；其文学性质之文，有不能不用直行式者，请送至校长室，由鄙人编辑为临时增刊。……”(54)至一九二二年春，月刊停止，改发行《国学季刊》、《自然科学季刊》、《社会科学季刊》、《文学季刊》四种。
但是，最能反映北京大学生机勃勃而又起了较大影响的刊物，则属教授与学生分别主办。这些刊物相继出版，是蔡元培领导北大，创造了活泼清新、学术繁荣的气氛所致，其中有些刊物与团体，且得到了元培的直接支持与指导。教授办的刊物，有《新青年》、《每周评论》、《努力周报》、《读书杂志》以及保守派的《国故月刊》等，其中以陈独秀主编的《新青年》影响最大。元培当初邀请陈独秀到北大之时，陈独秀曾表示因为在上海办《新青年》而不能来，元培便主张《新青年》亦可移到北京办理，陈独秀乃同意。(55)陈独秀到北大后，北大教授钱玄同、胡适、李大钊、刘半农、沈尹默、高一涵等先后加入《新青年》编辑部，与陈独秀轮流主编。陈独秀的《文学革命论》，即发表于一九一七年二月之《新青年》，胡适、钱玄同、刘半农等起而响应，及鲁迅之《狂人日记》于一九一八年五月出版的《新青年》发表，新文学运动的旗帜于焉大张。《新青年》提倡民主与科学、反对孔教与国粹之功不可没。迨陈独秀于一九一九年六月十一日被捕，被释后辞北大职赴上海，《新青年》亦随之移上海出版，开始了新的阶段，宣传共产主义思想学说。
《每周评论》系陈独秀与李大钊所创，发刊于一九一八年十二月二十二日。当《新青年》改组之时，胡适已与陈独秀有所分歧，他主张不谈政治；陈独秀则认为应谈政治。陈与李大钊之创《每周评论》，目的在此。五四时期，这个刊物的影响，仅次于《新青年》。它鲜明地宣传反帝反封建，提倡新思想新文化。及陈独秀被捕，李大钊返乡，胡适接编一段时期，于一九一九年八月停刊。
《努力周报》为胡适与丁文江等于一九二二年创办，五月七日创刊。倾向改良主义，鼓吹好人政府，对于北京政府有批评之处。出了七十五期，一九二三年十月停刊。《读书杂志》是《努力周报》的增刊，一九二二年九月出版，《努力周报》停办后，《读书杂志》继续出版，到一九二五年十月停刊。
还有一个《少年中国》月刊，系少年中国学会所主办。少年中国学会成立于一九一八年七月，刊物于翌年创刊。少年中国学会系李大钊、王光祈（北大学生）等发起成立，是一个带学术性的进步政治团体，宗旨为“本科学的精神，为文化运动，以创造少年中国”(56)。它是一个全国性组织，不专属北大，会员亦不只在北京，北大的成员则教师和学生兼而有之。总会设北京，领导人为李大钊、邓中夏、黄日葵等。上海、南京、成都等地设有分会，成员中有毛泽东、恽代英、高君宇、赵世炎、沈泽民、杨贤江、张闻天等。在传播进步思想中，少年中国学会及其月刊起过很大作用，五四运动中，功劳尤著。
北京大学教师中，顽固守旧势力本极强大，在新思想新潮流兴起之后，他们自然不甘沉没，提倡国粹，宣扬尊孔，是其主旨所在。一九一九年一月，刘师培、黄侃、陈汉章、梁漱溟等人发起创立《国故月刊》，于三月二十日创刊。他们攻击新文化，反对科学与民主，主张复古倒退。
纯是学生办的刊物，以《新潮》影响为最大。新潮社的成员，多是北大学文史的学生，主要人物为傅斯年、罗家伦、毛子水、杨振声、康白情、俞平伯、谭鸣谦（平山）、顾颉刚、潘家洵等，而以傅、罗为主要负责者。《新潮》于一九一九年元旦正式发刊，“专以介绍西洋近代思潮，批评中国现代学术上社会上各问题为职司”(57)。这个杂志在反封建、反礼教、宣扬新文化、鼓吹文学革命、介绍西方文学等方面，起过不小的作用。五四之后，刊物转向，不复有锋锐之力。另一个刊物《国民》杂志，共有一百多人参加，多数是北大学生。骨干人物为北大学生邓中夏、黄日葵、高君宇、许德珩、张国焘、易克嶷等。刊物宣传爱国反帝，色彩鲜明。一九一九年一月创刊，共出四期，因五四运动爆发，社员多忙于斗争，无暇兼顾社务而停刊。
这些刊物，和元培大都发生关系。他和《新青年》、《努力周报》、《新潮》关系密切。对《少年中国》亦多支持。少年中国学会发起组织工读互助团，他曾写《工学互助团的大希望》、《国外勤工俭学会与国内工学互助团》两文加以介绍。他说：“现在各种集会中，我觉得最有希望的是少年中国学会。因为他的言论，他的举动，都质实得很，没有一点浮动与夸张的态度。”(58)他曾经出席国民杂志社成立大会发表演说，并为杂志第一号撰写序文。
经过蔡元培的积极提倡和努力，一个腐败沉寂的旧北大，焕然一新，变为生意盎然的新北大，新思想新潮流应运而生。他领导下的北大，不只真正成了全国最高学府，也成了新文化的策源地。这一切，取决于他那气度恢宏的兼容并包思想。他曾经这样阐释他的兼容并包思想：
大学者，“囊括大典，网罗众家”之学府也。《礼记·中庸》曰：“万物并育而不相害，道并行而不相悖。”足以形容之。如人身然，官体之有左右也，呼吸之有出入也，骨肉之有刚柔也，若相反而实相成。各国大学，哲学之唯心论与唯物论，文学美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学之所以为大也。(59)
蔡元培领导下的北大之所以为“大”，即在此。而有了蔡元培的“大”，方有北大之“大”。元培之“大”，核心就在于他的兼容并包。他的兼容并包，实是容纳一个古今中外。他是从旧学营垒中走过来的人，不断接受了西方思想，崇尚民主自由。毕生所求，在于融合中西，创立符合中国实际的新文化。他说：“研究也者，非徒输入欧化，而必于欧化之中为更进之发明；非徒保存国粹，而必以科学方法揭国粹之真相。”(60)这是挈其要领的说法。他并不主张凡传统都打倒，对西方文化也不主张都先“拿来”，他认为应先选择而后吸收。他不是国粹派，但也反对盲目照搬西方。在中西文化之间，他主张作比较研究，择善而从，何炳松等十教授发表《中国本位文化建设宣言》后，元培指出：“若无此等方案（按指根据应取的成分编成文化建设方案——引者）而凭空辩论，势必如张之洞‘中体西用’的标语，梁漱溟‘东西文化’的悬谈，赞成或反对都是一些空话了。”(61)这就讲得更清楚一些。兼容并包并非无所选择，恰恰是通过比较和竞赛，方能够作出合理的选择。北京大学原是旧思想旧文化盘踞之地，蔡元培让新思想新文化冲杀了进来，就是胜利，而新思想新文化之战胜旧思想旧文化，则是势所必然。让旧事物并存，正可以取而代之。当时北大同人戏称元培的思想为古今中外派，其实也正是说他兼容并包，并非他无所选择，也不是指之为折衷。当年北大学生毛子水更举事实证元培之有所选择：“譬如，他请刘申叔讲六朝文学，决不会允许他提倡帝制；他请辜汤生教英诗，决不会允许他提倡复辟。他所以没有请林琴南，据我的推测，并不是因为他以为林琴南的文章做得不好，更不是因为派系不同的缘故，而是因为林琴南对于做学问的见解，在蔡先生看来，已赶不上时代了。”(62)这就从政治上和学术上都说明了兼容并包而有所提倡，方能孕育新思想新文化。当然，元培提倡新文化之力，虽不如《新青年》诸人，一般来说，他是趋向于温柔敦厚的人，很少激烈的言论。因以其兼容并包思想孕育了新北大，为新思想新文化鸣锣开道，时人乃以新文化运动的领导人物看待他。举一小故事来看：黄侃曾经骂他的章门同学钱玄同提倡新文化为“曲学阿世”，元培的朋友便戏称元培为“世”，说到校长室是去“阿世”。(63)可见无论新旧双方，都把元培看成新文化运动的代表和领导人。
元培曾长期在德国，对于大学的观念，深受十九世纪初建立柏林大学的冯波德（Wilheln Von Humboldt）和柏林大学当时一般学者影响，主张学术研究自由。(64)他办学以柏林大学为鹄的，在北大二十周年纪念会演说中，他提出希望北大能与柏林大学相颉颃。(65)他最反对学术研究中专己守残：“或以学校为书院，暖暖姝姝，守一先生之言，而排斥其他。于是治文学者，恒蔑视科学，而不知近世文学全以科学为基础；治一国文学者，恒不兼涉他国，不知文学之进步亦有资于比较；治自然科学者，局守一门，而不肯稍涉哲学，而不知哲学即科学之归宿，其中如自然哲学一部，尤为科学家所需要；治哲学者，以能读古书为足用，不耐烦于科学之实验，而不知哲学之基础不外科学，即最超然之玄学，亦不与科学全无关系。”(66)所以他要培养学生自由研究，涉猎更广的范围。他到北大之初，北大制定了校旗，他解释说：“我们现在所定的校旗，右边是横列的红蓝黄三色，左边是纵列的白色，又于白色中间缀黑色的北大两篆文并环一黑圈，这是借作科学、哲学、玄学的符号。”红蓝黄三色，象征现象的科学、发生的科学与系统的科学。“科学的范围最广，哲学是窄一点儿，玄学更窄一点儿。就分门研究说，研究科学的人最多，其次是哲学，其次玄学。就一人经历说，研究科学的时间最多，其次哲学，其次玄学。所以校旗上面，红蓝黄三色所占的面积最大，白次之，黑又次之”(67)。这形象地说明了他的兼容并包，绝不专己守残。于是，形成了北京大学众家纷陈、各学并采的景象。试以文科为例，在史学方面，有信古派的陈汉章等，有疑古派的钱玄同、胡适、沈尹默等；在文学方面，有文言派的黄侃、陈介石、刘师培、林损（公铎）等，有改良派的朱希祖等，有白话派的胡适、陈独秀、鲁迅、周作人、刘半农等；在语言文字学方面，有旧派的黄侃等，有新派的钱玄同、刘半农等；在经学方面，有今文派的崔适等，有古文派的陈汉章等。按照元培的主张，只要言之成理，持之有故，无妨把大学讲坛当作各派竞赛之所，让学生独立地去决定取舍。虽然他自己在新旧之间的取舍是分明的。而有些则是纯学术的问题，不涉新旧之争，那就更不能以自己的好恶而加压抑了。他说：“我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的。所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理，持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。”(68)
这样做的结果如何？一言以蔽之曰：换来了新文化策源地的北京大学。这是蔡元培学术自由、兼容并包所酿成，其功绩之不可没在此。就以马克思主义的传播来说，他对于马克思主义并无研究，对于苏联共产党并无所知，此后成立了中国共产党，他也不见得有所了解，他自己始终是个革命的民主主义者，但是，在北大之时，他不但允许而且认为马克斯主义应该加以研究，这种研究就是他所说的学术自由。他后来曾经说过：“今人以反对中国共产党之故，而不敢言苏俄，不敢言列宁，驯致不敢言马克斯，此误会也。吾人研究中国共产党所由来，或不能不追溯马克斯；而研究马克斯，不必即与中国共产党发生关系。且研究与盲从不同，研究马克斯，不必即信仰马克斯。”(69)这是他对研究马克思主义最好的说明，思想如此，不复能有再高要求。今之人每有引此言而拔高元培为提倡马克思主义，套用上面所引元培的一句话：“此误会也。”但是，在北京大学，研究马克思主义之风一开，风行草偃，师生景从，信仰者大不乏人，以后成为中国共产党党员者亦大不乏人，他所聘请来校的文科学长和图书馆主任，成了中国共产党的两位创立人，这自然是元培所没有想到的，甚至可以说是与他本心相违的结果。然而，他的功绩亦复在此，由研究而趋于信仰，迨成规律。
一九一七年十二月十七日，北大举行建校二十周年纪念，这是北大历史上第一次举行校庆。时元培到校已近一年，学校气象一新，师生欢度校庆，也欣幸北大得人。北大教授、词人吴梅作二十周年纪念歌，写昔日北大和京师大学堂，言过其实，写欣庆元培长校，却得其真。原词录下：
棫朴乐英材，试语同侪：追想逊清时创立此堂斋，景山丽日开，旧家主第门桯改，春明起讲台，春风尽异材。
沧海动风雷，弦诵无妨碍。到如今费多少，桃李培栽。喜此时幸遇先生蔡。从头细揣算，匆匆岁月，已是廿年来。
元培的学生、在北大时期的得力助手蒋梦麟，有一段文字描绘当时北大的蓬勃气象和元培的功绩，议论恰当，文字生动，引录以供参阅。
当时的总统黎元洪选派了这位杰出的学者出任北大校长。北大在蔡校长主持之下，开始一连串重大的改革。自古以来，中国的知识领域一直是由文学独霸的，现在，北京大学却使科学与文学分庭抗礼了。历史、哲学，和四书五经也要根据现代的科学方法来研究。为学问而学问的精神蓬勃一时。保守派，维新派，和激进派都同样有机会争一日之短长。背后拖着长辫，心里眷恋帝制的老先生，与思想激进派的新人物并坐讨论，同席笑谑。教室里，座谈会上，社交场合里，到处讨论着知识、文化、家庭、社会关系，和政治制度等等问题。
这情形很像中国先秦时代，或者古希腊苏格拉底和阿里斯多德时代的重演。蔡先生就是中国的老哲人苏格拉底，同时，如果不是全国到处有同情他的人，蔡先生也很可能遭遇苏格拉底同样的命运。在南方建有坚强根据地的国民党党员中，同情蔡先生的人尤多。但是中国和外国的保守人士，却一致指责北京大学鼓吹“三无主义”——无宗教、无政府、无家庭——与苏格底拉被古希腊人指责戕害青年心灵的情形如出一辙。争辩不足以消除这些毫无根据的猜疑，只有历史才能证明它们的虚妄。历史不是已经证明了苏格拉底的清白无罪吗？(70)
元培等在北京大学提倡新文化，用不着历史来证明他们的无罪，事实早已证明了他们的正确。争辩的展开，只能是为新文化运动长翅鼓翼，也就从而证明了顽固守旧派的虚妄与无知。
北洋军阀政府和一切顽固守旧派视北京大学为异端与洪水猛兽，视蔡元培为始作俑者。一时之间，攻击纷起，蔡元培所受压力可谓至重。一九一九年三月二十六日，教育总长傅增湘（沅叔）有信致元培，提出质问，以漂亮的言辞，反对革新进步，全文引录如下：
孑民先生执事：自《新潮》出版，辇下耆宿对于在事员生不无微词。比承过从，获惗尊恉，良用释然。国学靡敝，士之秀且杰者，谋所以改弦而更张之，笃旧之伦，疾首疚心，为匡掖废坠之计。趋途虽殊，用心则一，异同切劘，互资进行，尊闻行知，无妨殊轨。近顷所虑，乃在因批评而起辨难，因辨难而涉意气；倘稍逾学术范围之外，将益启党派旧新之争。此则不能不引为隐忧耳。吾国伦理道义，人群纪纲，镌于人心，濡于学说，阅数百千年，其间节目条教习惯蜕衍，或不适于现代，亦属在所难免。然而，改革捄正，自有其道，以积渐整理之功，行平实通利之策，斯乃为适。凡事过于锐进，或大反乎恒情之所习，未有不立蹶者。时论纠纷，喜为抨击，设有悠悠之辞，波及全体，尤为演进新机之累。甚冀执事与在校诸君一扬抑之，则学子之幸也。鄙意多识畜德，事属一贯，校内员生，类多闳达，周知海内外名物之故与群治之原，诚能朝益暮习，与时偕行，修养既充，信仰渐著，遵行轨道，发为言论，自足以翕服群伦。若其以仓卒之议翘于群众，义有未安，辄以滋病，殆有未可。至于学说流裔，如长江大河，支派洄洑，无可壅阏，利而导之，疏而瀹之，毋使溃溢横决，是在经世之大君子如我公者。(71)
文字宛转，主旨则明，就是不能出轨，不能泛滥。元培复信，则本其兼容并包之旨，说是《新潮》之后，又有《国故》创刊，“新旧并张，无所缺畸”。重申“兼容并包之旨，实为国学发展之资”，并声明《新潮》并不以批评为主。这样对付过去，还不太困难，而守旧顽固派制造舆论施加的压力，则远过于此。有的北京报纸如段祺瑞派的《公言报》，不断攻击北大，尤其是对陈独秀和胡适。一九一九年三月十八日《公言报》刊登《请看北京大学思潮变迁之近状》，说是“陈胡等对于新文学之提倡，不第旧文学一笔抹杀，而且绝对的菲弃旧道德，毁斥旧伦常，诋诽孔孟，并且有主张废国语而以法兰西文字为国语之议，其鲁莽灭裂，实亦太过”(72)。攻击之不足，继以造谣了。当时不断传出政府将要干涉北大的消息，北京政府指使议员在国会提出弹劾教育部案，实际是弹劾北京大学。还传说徐树铮要在景山架炮轰击北大。在这种情况下，有人劝元培解聘陈独秀，制约胡适之，“蔡先生一直不说一句话，直到他们说了几个钟头以后，蔡先生站起来说：‘这些事我都不怕。我忍辱至此，皆为学校，但忍辱是有止境的。北京大学一切的事，都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干。’”(73)。忍辱有止境，一人尸其咎，不只是对朋友的光明磊落，亦是对原则的毫不牵就。五四运动当天，当北大学生集合队伍准备出发游行之时，元培出来劝阻，“他沉痛的向我们说：示威游行并不能扭转时局。北大因提倡学术自由，颇为守旧人物和政府厌恶，被视为鼓吹异端邪说的洪水猛兽。现在同学们再出校游行，如果闹出事来，予人以口实，这个惨淡经营、植根未固的北大，将要首先受到摧残了”(74)。元培不赞成学生游行之事，留待下面剖析，这里所说的北大困难处境实是真情，他本人维护学校的苦心也是真情。
守旧人物最猛烈的一次攻击，来自林纾（琴南）。元培的回击，堂堂正正。这是新旧文化观上的一次重要论战。
一九一九年三月十八日《公言报》发表《请看北京大学思潮变迁之近状》一文的同时，刊载林琴南致蔡元培一封公开信。林琴南明确对蔡元培宣称，“蓋今公为民国宣力，弟仍清室举人”，所以两人是“申伍异趣，各行其是”。这是指政治上的分歧。由政治上的分歧，演而为思想文化道德上的分歧。他的立论是，一切要有常轨，“须知天下之理，不能就便而夺常，亦不能取快而滋弊”。“救世之道，必度人所能行；补偏之言，必使人可以信。若尽反常轨，侈为不经之谈，则毒粥既陈，旁有烂肠之鼠；明燎宵举，下有聚死之虫。何者？趋甘就热，不中其度，则未有不毙者”。这是说，改变旧轨，只有死路一条，一切改变都是不应该的。全文集中攻击北京大学两条：一是覆孔孟、铲伦常，二是“尽废古书，行用土语为文字”，他说：“晚清之末造，慨世者恒曰：‘去科举，停资格，废八股，斩豚尾，复天足，逐满人，扑专制，整军备，则中国必强。’今百凡皆遂矣，强又安在？于是更进一解，必复孔孟、铲伦常为快。”这位清室举人确如其言，是“抱守残缺，至死不易其操”。表明废科举等都错了，实际是革命错了。他认为外国不知孔孟，但不悖五常之道，而且从他十几年的翻译生活中，“实未见中有违忤五常之语”。中国的积弱，不能归罪于孔子，“孔子为圣之时，时乎井田封建，则孔子必能使井田封建一无流弊；时乎潜艇飞机，则孔子必能使潜艇飞机不妄杀人，所以名为时中之圣”。这就明确宣称：孔子之道不能变。至于改用白话文，他说是“若且尽废古书，行用土语为文字，则都下引车卖浆之徒所操之语，按之皆有文法，不类闽广人为无文法之啁啾。据此，则凡京津之稗贩，均可用为教授矣”。文末指摘元培：“大凡为士林表率，须圆通广大，据中而立，方能率由无弊。”并警告说：“今全国父老以子弟托公，愿公留意，以守常为是。”要求元培：“为国民端其趋向。”(75)
这是一封对新文化的宣战书。全文混乱背谬，且复出以制造谣言。出面的是这位桐城派古文家林琴南，他所代表的却是全国的顽固守旧势力。林琴南当时虽不过是北京成达中学的教员，而成达中学是段祺瑞手下大员徐树铮所办，林琴南的后台正是军阀政府。陈独秀说：“迷顽可怜的国故党，看见《新青年》杂志里面，有几篇大学教习做的文章，他们因为反对《新青年》，便对大学造了种种谣言，其实连影儿也没有。”陈独秀认为国故党对北大的造谣，是“倚靠权势”和“暗地造谣”两种恶根性的表现。(76)就是这位林琴南，早在这年二月间，就在上海的《新申报》上发表了小说《荆生》；公开信发表后不久，又在同一报纸上发表了小说《妖梦》，前篇期望于侠士，后篇寄托于鬼神，以田必美影射陈独秀，狄莫影射胡适，金心异影射钱玄同，说这三人诋毁前贤，被侠士荆生痛打一顿。荆生暗指徐树铮。又以怪物元绪影射蔡元培，指为赞助“毁圣灭伦”的人物。所谓元绪，乃据“蔡，大龟也”注释而来。小说暗喻期望军阀政府以武力来镇压新文化运动。现在写这封信则是正面出击了。在此之前，元培应赵体孟之请，函约林琴南为明遗民刘应秋集题词，林乃借此发挥，写了这封公开信。北大学生张厚载（豂子）是林琴南在成达中学的学生，林之小说，均经由张寄与《新申报》。张并向林提供北大情况，供林写作素材。林此时便告张，《妖梦》暂勿发表，张已感不及阻止，函元培申说其事，谓《妖梦》“倘有渎犯先生之语，务乞归罪于生”。元培复函张厚载：“林君作此等小说，意在毁坏本校名誉，兄徇林君之意而发布之，于兄爱护母校之心，安乎，否乎？”又表示：“仆生平不喜作谩骂语，以为受者无伤，而施者实为失德。”(77)张厚载的行为引动北大公愤，后被开除。
蔡元培在林琴南信公布的当天即写长信作答。复信紧扣覆孔孟、铲伦常及废古书、用土语两点，为层层深入之辩驳。他指出北大教员从未以覆孔孟教授学生：“大学讲义涉及孔孟者，惟哲学门中之中国哲学史。已出版者，为胡适之君之《中国古代哲学史大纲》，请详阅一过，果有‘覆孔孟’之说乎？特别讲演之出版者，有崔怀瑾君之《论语足徵记》、《春秋复始》。哲学研究会中，有梁漱溟君提出《孔子与孟子异同问题》，与胡默青君提出《孔子伦理学之研究》问题，尊孔者多矣，宁曰覆孔？”无独有偶，曾在清末任京师大学堂教习的日本服部宇之吉，也曾责问元培，说是：“‘北京大学近遂不尊崇孔子，且又废讲经，大不可也。’孑民答曰：‘北大崔适教授讲《五经要义》、《春秋复始》，陈汉章教授讲《经学通论》，黄节、沈尹默教授讲《诗经》，梁漱溟教授研究孔家哲学，北大何常废讲经？’”这个答复和对林琴南答复相似，同时着重指出：“不过北大于孔墨老庄管晏荀韩之学，均一视同仁，平等研究，而对于诸人亦即平等待遇，不似君主专制时代惟孔子一人独尊，高立于诸家之上耳。”(78)表示诸子平等，不能以孔子定于一尊，这更符合于元培学术自由的思想实际。
答林琴南书中还表示北大教员在校外发表意见，与学校无涉，即使如此，也只有《新青年》“偶有对于孔子学说之批评，然亦对于孔教会等托孔子学说以攻击新学说者而发，初非直接与孔子为敌也”。接着便以林琴南谓孔子圣之时者也之矛，攻林琴南之盾，谓“使在今日，有拘泥孔子之说，必复地方制度为封建，必以兵车易潜艇飞机，闻俄人之死其皇，德人之逐其皇，而曰必讨之，岂非昧于‘时’之义，为孔子之罪人，而吾辈所当排斥之者邪”？对林琴南假孔子以复古倒退的实质，一揭而穿。
对于铲伦常之说，元培复书中谓“君臣一伦，不适于民国，可以不论。其余四伦，大学之伦理学涉此者不多，然从未有以父子相夷，兄弟相阋，夫妇无别，朋友不信，教授学生者”。“至于五常，则伦理学中之言仁爱，言自由，言秩序，戒欺诈，而一切科学皆为增进知识之需，宁有铲之之理欤”？他进而责问林琴南：北大有哪一个教员曾在什么书、什么杂志上主张过铲伦常？
对于“尽废古书，行用土语为文字”之责，元培分三层辩难。首言北大文学课程都是文言，只有胡适的《中国古代哲学史大纲》可算白话体，但所引古书多属原文，非皆白话。次考察“白话是否能达古书之义”？“大学教员所编之讲义，固皆文言矣。而上讲坛后，决不能以背诵讲义塞责，必有赖于白话之讲演。岂讲演之语，必皆编为文言而后可欤？吾辈少时，读《四书集注》、《十三经注疏》，使塾师不以白话讲演之，而编为类似集注、类似注疏之文言以相授，吾辈岂能解乎”？再次考察“大学少数教员所提倡之白话的文字，是否与引车卖浆者所操之语相等”。复信指出：“白话与文言，形式不同而已，内容一也。”接着引严复和林琴南的翻译为例，谓原作皆白话，而他们译为文言，“公能谓公及严君之所译，高出于原本乎”？内容浅薄的考卷和报纸论说，“尽有不值一读者，能胜于白话乎”？“且不特引车卖浆之徒而已，清代目不识丁之宗室，其能说漂亮之京话，与《红楼梦》中宝玉、黛玉相埒，其言果有价值欤？熟读《水浒》、《红楼梦》之小说家，能于《续水浒传》、《红楼复梦》等书以外，为科学哲学之讲演欤”？元培还针对林琴南所谓“《水浒》、《红楼梦》作者均博极群书之人，总之非读破万卷，不能为古文，亦并不能为白话”之说，谓之“诚然，诚然”，指出胡适之、钱玄同、周作人都是善作白话文者，但亦博极群书，非以白话文藏拙，“然则公何宽于《水浒》、《红楼梦》之作者，而苛于同时之胡、钱、周诸君邪”？
因为是答辩，全文自多解释之词，然而针锋相对，义正辞严。然后特伸两点，正面宣告他所实践的办理大学的主张，一言思想自由，一言对教授但问学术，特引录如下：
（一）对于学说，仿世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义，与公所提出之圆通广大四字，颇不相背也。无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。……
（二）对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种主张为界限（即不能妨碍思想自由——引者），其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指为罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。嫖赌娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾狎妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，有天然界限。譬如公曾译有《茶花女》、《迦茵小传》、《红礁画桨录》等小说，而亦曾在各学校讲授古文及伦理学，使有人诋公以此等小说体裁讲文学，以狎妓、奸通、争有夫之妇讲伦理者，宁值一笑欤？然则革新一派，即偶有过激之论，苟于校课无涉，亦何必强以其责任归之于学校邪？(79)
元培在文章中未指名地提出了拖长辫而持复辟论的辜鸿铭（汤生）、筹安会发起人之一的刘师培（申叔），这是唯一的一次。显然是对于林琴南来信自称“清室举人”、“至死不易其操”的一种讥讽。
新旧文化发生了冲突，产生了激战，元培身当其冲，为提倡和捍卫新文化而斗争，其志坚强。旧思想旧文化的总代表，实际是北洋军阀政府，顽固守旧派不过其表面，于是这一场新旧之争，也就带有政治性质。元培见及于此，于一九二〇年四月出版的《新青年》第七卷第五号上，发表《洪水与猛兽》一文，以洪水喻新思潮，以猛兽比军阀，认为现在是洪水与猛兽的竞争，表现了他为新文化而战斗的意志。文章很短，力有万钧。他说历史上一个学者攻击别种学说，总袭用“甚于洪水猛兽”这句话，“现在旧派攻击新派，也用他”。“我以为用洪水来比新思潮，很有几分相像。他的来势很猛，把旧日的习惯冲破了，总有一部的人感受痛苦；仿佛水源太旺，旧有的河槽不能容受他，就泛滥岸上，把田庐都扫荡了”。“至于猛兽，恰好作军阀的写照。……现在天津、北京的军人，受了要人的指使，乱打爱国的青年，岂不明明是猛兽的派头么”？结论说：“所以中国现在的状况，可算洪水与猛兽竞争。要是有人能把猛兽驯伏了，来帮同疏导洪水，那中国立刻就太平了。”(80)
然而，猛兽毕竟扑上门来了。在北洋军阀政府和顽固守旧势力的合力围剿之下，北京大学在风雨飘摇之中。蔡元培一面是毅然斗争，一面准备在不可为之时作引退之计。前面说过，元培以难进易退自绳，在北京大学校长任中亦复如此。自一九一七年一月至一九二七年七月，他居北京大学校长任期十年有半，实际在校期间不过五年半。在此十年半时期，前后辞校长职之事，至少有七次，即：（一）一九一七年七月三日，（二）一九一八年五月二十一日，（三）一九一九年五月八日，（四）一九一九年十二月三十一日，（五）一九二二年十月十九日，（六）一九二三年一月十七日，（七）一九二六年七月。这份统计所据，或见于报章文字记载，或见于北京大学现存档案材料；载明的日期，则指提出辞呈之日，其后在同一请辞事件中续有辞呈者不计。各次辞职情况与原因不同，应作具体分析，这里先将五四运动以前一九一七年的辞职略加叙述。
一九一七年七月三日辞职经过为：段祺瑞政府指使暴徒殴伤议员，并胁迫国会通过对德宣战，元培一向提倡法治，宣言保障人权，对此已感不耐；之后，张勋复辟，溥仪登基，辛亥革命成果糟践以尽，北京成污秽不堪之地，以元培这样一个为共和奔走多年的人，实感不能忍受，便于七月二日赴天津，三日上辞呈，说是“日来北京空气之恶达于极点，元培决不能回京，谨辞北京大学校长之职”(81)。张勋复辟转瞬即逝，八日得冯国璋电，宣告代理总统，元培复一快邮代电，促冯“从速依法召集国会，并以国会之同意，组织国务院，励行法治，以杜乱源”(82)。教育部及北大教职员函请回校，元培乃于二十三日返京至校。这次辞职，是一种抗议行动。元培在一九二三年自述中说：“当民国七年南北和议将开的时候，北京有一个和平期成会，我也充作会员，会员里面有好几位任北方代表的，中有一位某君在会中发言道：‘诸君知道，辛亥革命清室何以倒得这样快，唯一的原因，是清朝末年大家知北京政府绝无希望，激烈点的固然到南方去做革命运动；就是和平点的也陆续离去北京。那时的北京几乎没有一个有智识有能力的人，所以革命军一起，袁项城一进北京，清室就像摧枯拉朽的倒了。现在的政府也快到末日了，且看他觉悟了没有。若是这一次他还不肯开诚布公与南方协议，那就没有希望了。我们至少应该相率离京，并家眷也同去。’我那时听了这一番话，很为感动。”他进而认为：为一个坏政府充当装饰品，“他们的罪，比当局的坏人还多一点儿”(83)。
因此，元培曾多次宣传以辞职为抗议的主张，自己也躬行实践，最著名的一次，就是一九二三年因罗文幹案愤而辞职。此次为张勋复辟而辞职，亦属抗议性质。对于北京政府而言，他们当亦由此而知元培不可侮。尽管北京政府忌恨他，屡欲撤换而终不可，甚至不敢张扬出去；元培多次自动辞职，北京政府也不敢批准，说明了正气所在，人心所向，北京政府无可奈何。
中国民主革命的转折点，上承新文化运动，下启中国共产党之诞生的五四运动，在北京爆发了。点燃这支火炬的，是北京大学。五四运动的发生，是新旧思想与文化激战的结果，是社会历史发展的必然结果，也是元培兼容并包、提倡新思想新文化所孕育的北京大学的精神所促成。而其导火线，则为巴黎和会侵犯我国主权的山东问题。
第一次世界大战于一九一八年十月结束，北京大学于十一月十四日至十六日放假三天，并在天安门举行讲演大会，庆祝协约国胜利。十二天以后，又在中央公园（现称中山公园）连续三天（二十八日至三十日）举行演讲大会。蔡元培、陈独秀、李大钊、陶孟和、陈惺农、胡适等都发表了演说。当时的知识分子，包括蔡元培在内，普遍的对这次大战性质认识不足，认为是公理战胜了强权，持论过分的乐观。元培连续两次发表演说，一题为《黑暗与光明的消长》，一题为《劳工神圣》。在前篇中，他认为协约国的胜利，“定要把国际间一切不平等的黑暗主义都消灭了，别用光明主义来代他”。他举出了四种黑暗与光明的消长：“第一是黑暗的强权论消灭，光明的互助论发展。”“第二是阴谋派消灭，正义派发展。”“第三是武断主义消灭，平民主义发展。”“第四是黑暗的种族偏见消灭，大同主义发展。”(84)全篇精神昂扬，用意良好，甚至容有针对国内现实之意，而天真乐观，评价过当。后篇因法国十五万华工之参与战争，而欢呼“此后的世界，全是劳工的世界呵”！元培所称劳工，包括脑力劳动者在内。(85)
就在他欢呼公理战胜强权声中，翌年举行的巴黎和会立刻显示出依然是强权政治，并没有什么公理的胜利：和约规定将德国在山东强占的特权让与日本。中国在巴黎和会上的外交完全失败。消息传来，举国义愤。北京大学群情愤激，五月一日，部分爱国师生在西斋举行会议，决定掀起反抗的群众斗争。三日，徐世昌政府密电出席和会中国代表团，准备签字接受和约。外交委员会委员长汪大燮急忙到蔡元培家，告知其事。元培乃于当晚召北大学生代表罗家伦、傅斯年、康白情、段锡朋等，告此消息。(86)当晚，北京大学全校学生在三院礼堂举行大会，通过四项决议：（一）定于次日协同各校在天安门举行爱国大示威；（二）通电巴黎专使不准签字；（三）通电各省于五月七日举行爱国示威游行；（四）联合全国各界一致奋起力争。
五四爱国运动，于焉爆发。这一天，北京全市大专学生三千人在天安门举行大会，愤怒声讨帝国主义罪行，要求严惩卖国贼曹汝霖（北京政府交通总长，经手签订二十一条卖国条约）、章宗祥（驻日公使，出卖胶济铁路经营权、抚顺、高徐铁路建筑权与日本）、陆宗舆（币制局总裁，一九一五年为驻日公使，经手卖国性借款）。会后游行，经赵家楼曹汝霖宅，予以捣毁火焚，并殴打了藏身曹宅的章宗祥。北京政府对爱国学生运动残暴镇压，当天逮捕了各校学生三十二人，其中北大学生二十人。五日，北京各高等学校大罢课，并进一步展开了斗争。全国响应，齐起抗议。六日，在蔡元培力保下，北京政府被迫同意释放学生。七日，被捕学生回校，各校复课。
在伟大的五四爱国运动中，蔡元培态度如何？这似乎是一个奇怪的问题，蔡元培这样一个热烈的爱国者，这样一个卓越的民主主义战士，这样一个优秀的新思想新文化的倡导者，结论应当是支持五四运动的了。然而，知人论世，却不可以不将其中情况详究清楚，以求历史的真实。蔡元培对五四运动的功绩不可没。陈独秀说：“五四运动是中国现代社会发展之必然的产物，无论是功是罪，都不应该专归到那几个人；可是蔡先生、适之和我，乃是当时在思想言论上负主要责任的人。”(87)这位过来人不归功于少数人的领导作用，而在谈社会发展必然结果之时，指出几人有思想言论倡导之功，是客观正确的。元培的功绩，与其说是直接的领导五四运动，勿宁说是间接的表现，这就是两年多来经他开辟草莱，改造了腐败的北京大学，使之成为新文化运动的摇篮。五四运动之发生，与此密切相关。也就是李平心论蔡元培所谓：“在五四运动中，他不是正面出马冲锋陷阵的主将，而是侧面策应掩护大军的护法。”(88)就广义的五四新文化运动而言，应作如是观；如就狭义的五四爱国运动而言，还宜作具体分析。
反帝爱国，元培不但支持，而且身为倡导，他把北京政府密电签字消息告知学生，即是明证。但是，他反对学生的“越轨”行为。他自己说过：“我对于学生运动素有一种成见：以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等的政治组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。”(89)这是他对学生运动总的看法，但以北伐胜利国民党统一全国为界线，具体有所不同（严格说，辛亥以前和辛亥以后，他的看法亦有区别）。概括言之，他以为在军阀政府统治之下，“学生迫于爱国之热诚，起而承乏，诚出于不得已”，全国统一之后，“为学生者正可潜心学业，以备他日之大用”。尽管有这么一个形势的界线，“然救国之道，非止一端，根本要图，还在学术”。(90)这却是元培一贯的思想。在这种思想指导下，救国与读书之间，是有矛盾的。尽管他极力主张而且支持救国活动，但影响了学业，却是他所认为的最大损失。因此，在一九三一年学生运动高涨之时，他一面表示“学生爱国是我们所最欢迎的”，一面竟然讲“但是因爱国而牺牲学业，则损失的重大，几乎与丧失国土相等”，(91)这也不是偶然了。所以元培提倡“救国不忘读书，读书不忘救国”的著名口号，本身便显得混乱，且适足以为北洋政府与国民党政府利用来压制学生爱国运动。
秉读书高于一切的思想，他对于一九一八年五月二十一日北大和各校学生反对中日《共同防敌军事协定》而到总统府请愿之举是不赞成的，因劝告北大学生参加请愿未成，而于当日请求辞职。他说：“到（民国）八年五月四日，学生又有不签字于巴黎和约与罢免曹陆章的主张，仍以结队游行为表示，我也就不去阻止他们了。”(92)此当系回忆之误，事实是元培确曾阻止。张国焘时为北大学生，且为五四运动的学生代表，他对当时情况有详细叙述。“五月四日上午十一时左右，当北大同学在马神庙第一院集合，准备向天安门出发时，蔡元培校长出来劝止。他沉痛的向我们说，示威游行并不能扭转时局。北大因提倡学术自由，颇为守旧人物和政府所厌恶，被视为鼓吹异端邪说的洪水猛兽。现在同学们再出校游行，如果闹出事来，予人以口实，这个惨淡经营，植根未固的北大，将要首先受到摧残了。那位文绉绉的易克嶷同学当场向蔡校长痛陈学生们内心积愤，已是忍无可忍，恳求校长不要阻止。其他多数同学则颇感不耐，发出‘嘘！’‘轰！’吵嚷和怒骂的声音。看看时间已到中午，我即挤向前去，高声向校长说：‘示威游行势在必行，校长事先并不知道，现在不必再管，请校长回办公室去罢。’我和其他几位同学连请带推的将蔡校长拥走，游行队伍在一片欢呼声中，蜂拥的向天安门出发了”(93)。以上记述，与元培一贯所持态度相符，应属可信。他痛恨北京政府的卖国行为与学生同，爱国之心与学生同，然而，一是不赞成示威游行，二是如果游行发生事端，予人以口实，风雨飘摇的北大恐将不保，这种心情是身为校长的蔡元培所易产生，必非张国焘所杜撰。他在《出京后途中致北大学生函》中说：“仆深信本月四日之举，纯出爱国之热诚。仆亦国民之一，岂有不满于诸君之理？惟在校言校，为国立大学校长者，当然引咎辞职。”(94)这是作为校长的蔡元培和作为国民的蔡元培的矛盾。
游行请愿为元培所不赞成，火烧赵家楼殴章宗祥更为他所反对。他说，“此次大学校学生，因爱国之故，激而为骚扰之举动”(95)，并非一句虚语。他曾对学生说：“你们这回做得过火些，你们要记得救国不忘读书，……”(96)可是，一旦学生被捕，他的心情立变，义愤满怀。他对学生说：“我可以要求政府限三天将被捕同学释放，你们三天来听消息好了。”(97)他立即为营救被捕学生奔走，当夜即往访当年帮助他去德国求学的孙宝琦，请其设法。孙宝琦是段祺瑞所敬重的人，元培估计段祺瑞会答应孙的要求。孙宝琦表示困难，“先生就呆坐他的会客室里，从下午九时左右起，一直过了十二时以后不走”(98)。“蔡氏生平任事，极有担当，此次事变生，日夜奔走。……时有人劝之，谓恐危及君身，蔡笑答曰：‘如危及身体，而保全大学，亦无所不可’”(99)。张国焘回忆说：“蔡氏事先虽曾劝阻学生的示威行动，但事后却完全站在学生方面，抗拒各种摧残学生的压力。对于释放学生一事，奔走尤力。”(100)这些都符合实情。
五月七日，被捕学生获释，元培认为他的职务已尽，乃于八日呈请辞职，辞呈称：“此次大学校学生，因爱国之故，激而为骚扰之举动，元培实尸其咎。唯因当场学生被拘，不能归咎于少数，未即引咎。目下学生并经保释，各校亦已一律上课，元培不敢尸位，谨请辞职，以避贤路。”(101)九日清晨，秘密乘车去天津，然后南下。临行，留下《启事》一纸，于十日之《北京大学日刊》刊出，其文云：
我倦矣！“杀君马者道旁儿！”“民亦劳止，汔可小休。”我欲小休矣！北京大学校长之职，已正式辞去；其他向有关系之各学校、各集会，自五月九日起，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。
这是一篇绝妙小品。元培平生为文，平实敦厚，文如其人。但亦每有小品，一反一贯风格，妙语可诵，这是一个人物性格另一面的表现。此小品为其一。引用古典，中心在说明积劳与厌倦之意，世人不解，颇多妄议，甚至望文生义，以为“君”指政府，“马”指曹章陆，“道旁儿”指各校学生，竟成了元培指学生为凶手，致北大教授程演生为文注释，说明其义，刊于《北京大学日刊》及各报，这才免致节外生枝。蔡本人以后复对程演生释文加写按语，谓引用“杀君马者道旁儿”典，“但取积劳致死一义，别无他意”。引“民亦劳止，汔可小休”，“但取劳则可休一义，别无他意”。(102)
北大师生于十日得知元培辞职出走，全校骚然，于是而有全校全市波澜壮阔的挽蔡运动。
元培为什么要辞职？总起来不外三点：一是他感到作为校长没有管理好学生，以致“激而为骚扰之举”，他说：“无论学生之是与不是，我们处于国立学校校长地位的人，总不能不引咎辞职。因为国立学校是政府所办的缘故。”(103)二是学生虽然获释，“尚抱再接再厉之决心，政府亦且持不做不休的态度。都中宣传，政府将免我职而以马其昶君任北大校长。我恐若因此而增加学生对于政府的纠纷，我个人将有运动学生保持地位的嫌疑，不可以不速去”(104)。这就是他常说的不因他一人关系而影响学校。意在因他之去而保全北大。三是元培自称“尚推想而拙于记忆，性近于学术而不宜于政治”(105)，对于校长职务有厌倦之感，“我离校时本预定决不回去，不但为校务的困难，实因校务以外常有许多不相干的缠绕，度一种劳而无功的生活，所以《启事》上有‘杀君马者道旁儿，民亦劳止，汔可小休，我欲小休矣’”(106)。他又说：“且余留意社会学有年，亟思扩张学说，陶冶人民，顾以历年充任校长，不得不分心校务。而北京社会又认大学校长为一种官吏性质，无味应酬更纷至沓来。因此种种，对于余之学术，遂不无缓进之处，余心歉然。今此时机，正所以造成余学问之日也。”(107)
元培辞职南下后，匿居杭州、上海。挽蔡运动由北及南，其势有增无已，五四爱国运动更增波澜。北京各校于五月十一日总罢课。北大教职员表示如蔡不留任，即行总辞职。北洋政府于十四日一面公开表示挽留蔡元培，一面又明令挽留曹汝霖、陆宗舆，又复训诫各校学生。各校继续罢课，六月三日、四日，北京学生大举出动，示威演讲，北洋政府大事逮捕，全国愤然，纷纷响应北京学生爱国活动，形成了新的高潮。截至六月十日，北京政府迫于形势，下令免曹章陆职。此后，形势虽仍有起伏，最后渐趋于解决。至七月九日，元培在各方挽留下，表示打消辞意，一俟胃病痊愈，即行北上。这一天，他分电全国学生联合会、北京中等以上学校学生联合会、北京大学学生干事部及教育总长傅增湘，表明此意。北大以全体学生名义复电表示：“蒙允不坚持初衷，感激之私，无任涕零。自先生恝然南旋，生等夙夜祗惧，茫无所归。不图今兹复得承教君子。旷持废学，惟有痛心兢兢自守，幸无陨越。此后当益自策励求学救国，万不至逾逸轨范，以贻先生忧。”(108)文中用语，表明了遵循元培所说的读书与救国轨范，当为他所乐闻。看来问题近于解决，但这只是表面，政府撤蔡之心未已，暗中仍在活动，在蔡将去北京前不久，还演出了一幕请蒋智由任北大校长的未逞活剧。上海《时事新报》于九月四日刊载《北大校长问题蔡蒋之通函》，发布蔡蒋往来二信。蔡信系接蒋函，告以国务院请其任北大校长业已辞谢后所写，谓“在公不愿任此，自有苦心。……惟弟衰病侵寻，久思息肩。如公肯接办，以赎弟数年来溺职之咎，在弟实为深幸。务祈惠然允任，幸勿固辞”。蒋复函谓：“先生乃反劝弟就校长之职耶？弟却未敢劝先生之复职。为之一笑。今取赋诗断章之义曰：‘我心匪石，不可转也。’此之谓也。……今既言不就，则必不就矣，岂有二语哉？……谨附入山明志告白一纸，先生览之，亦可知其金石之志。”《蒋智由入山告白》刊于上海报纸广告，除申不就之意，并谓“日内便拟入山”。此事一经发布，北大师生大哗，派代表往询教育部，教育部秘书覃寿堃否认其事，北大乃以全体师生名义通电各团体，申教育部之否认。(109)此乃先发制人之计。教育部的否认自属谎言，否认报道载于九月九日《晨报》，《时事新报》复于十二日刊载蒋智由答沈定一书，谓“敝处接国务院一电一书，当即据此拜谢。先生如欲取观，谨候台临”。越二日，该报全文发表国务院由龚心湛（仙揆）署名致蒋智由的函电，时已增为二电一函。其第一份电报明称“北大校长，昨议推公。府院欢迎，敦嘱劝驾。仙揆拟派专使敬迓前来，特先电达，盼使到日速驾”。另二份或说“亟期文旆北来，俾资矜式”，或说“望不遗在远，惠然肯来，俾辁庸获有师资，都人共资矜式”，皆属催促北上之意。于是，报章发表文章批评其事，指此为安福系阴谋，拉蒋上当。《时事新报》记者于九月十三日在副刊《学灯》发表《忠告蒋先生》一文，谓“蒋先生不受黑暗势力的诱惑，煞是可敬。他说这北大校长非但我不干，我也劝蔡先生不要干。这句话足引起北大学生的疑心，……蒋先生说这句话是爱蔡先生，但是蒋先生似乎太不爱学生了。学生既然视蔡先生如慈父，蒋先生主张夺去他们的慈父，他们安能不动感情呢？……所以记者冒昧劝蒋先生一句话，就是蒋先生应该大声疾呼的劝蔡先生到京任事”。报纸如此张扬其事，北京政府下不了台，只好促蔡复任。蔡元培乃启程赴京，九月二十日到校。九月二十一日《申报》载静观“北京通信”《蔡校长到京后之北大状况》，总结其事云：“总之政府对于蔡氏之挽留不过表面文章，聊以敷衍学生，盖恐其再有风潮也。蔡氏对于此层极感不快，然为信用一面计，此时不能不来；而为数千学生计，此时更不能不一来也。”评论可谓恰当。
元培回到了阔别四月有余的北京大学，他的回校是带有条件的。“孑公以不办学生为复职条件”(110)。七月十一日《时事新报》载元培复任二条件：（一）不参加校外会集；（二）今后学生行动听指挥。所谓听指挥，就是要复课，“救国不忘读书，读书不忘救国”。他在应允复职的《告北京大学学生暨全国学生联合会书》中说：“乃近有恢复五四以前教育原状之呼声，各方面遂纷加责备，迫以复出。仆遂不能不加以考虑。夫所谓教育原状者，宁有外于诸君专研学术之状况乎？使诸君果已抱有恢复原状之决心，则往者不谏，来者可追，仆为教育前途起见，虽力疾从公，亦义不容辞。读诸君十三日电，均以力学报国为言，勤勤恳恳，实获我心。自今以后，愿与诸君共同尽瘁学术，使大学为最高文化中心，定吾国文化前途百年大计。诸君与仆等，当共负其责焉。”(111)情词恳切，表明他一贯的办学原则，把学校纳入五四以前的“正轨”。返校之后，他多次重申要学生转入正轨，安心读书，其看法始终一致。
五四周年，元培发表《去年五月四日以来的回顾与今后的希望》一文。文章赞扬五四爱国运动的功绩，而重点则为重申专心研究学问的主张。他说：“自去年五四运动以后，一般青年学生，抱有一种空前的奋斗精神，牺牲他们的可宝贵的光阴，忍受多少的痛苦，作种种警觉的工夫；这些努力，已有成效可观。”他举出因学生的带动，各界响应，促成拒签和约；以后日本要求直接谈判山东问题，亦因学生运动而拒绝。“但是学生界的运动，虽然得了这样的效果，他们的损失却也不小。人人都知道罢工罢市损失很大，但是罢课的损失还要大。……实在是损失的分量突过功效”。因此他提出了学生从事政治运动的界限：“依我看来，学生对于政治的运动，只是唤醒国民注意；他们运动所能收的效果，不过如此，不能再有所增加了；他们的责任已经尽了。现在一般社会也都知道政治问题的重要，到了必要的时候，他们也会对付的，不必学生独担其任。现在学生方面最要紧的是专心研究学问。试问现在一切政治社会的大问题，没有学问怎么解决？有了学问还恐怕解决不了吗？所以我希望自这周年纪念日起，前程远大的学生，要彻底觉悟，以前的成效万不要引以为功。以前的损失，也不必再作无益的愧悔。‘从前种种譬如昨日死，以后种种譬如今日生。’打定主意，无论何等问题，决不再用自杀的罢课政策。”(112)如此一番言语，系属一贯思想的剖析，对于学生运动，则浇了一盆冷水。热切希望学生从事学问的心情可谅，但他的内心深处，怕也未必就认为当时环境能容许学生静下心来读书。
当元培息影杭州西湖之时，北大代表蒋梦麟等去请他返校，蒋梦麟的文章有一段叙述，说是“他（元培）希望能像传说的文人雅士，就此息影山林。虽然大家一再敦劝，他仍旧不肯回到北大。他说，他从来无意鼓励学生闹学潮，但是学生们示威游行，反对接受凡尔赛和约有关山东问题的条款，那是出乎爱国热情，实在无可厚非。至于北京大学，他认为今后将不易维持纪律，因为学生们很可能为胜利而陶醉。他们既然尝到权力的滋味，以后他们的欲望恐怕难以满足了。这就是他对学生运动的态度。有人说他随时准备鼓励学生闹风潮，那是太歪曲事实了”(113)。一番言语，是如实的，也说明了元培为什么提出“今后学生行动听指挥”的道理与根据。一不惩办学生，二要学生行动听指挥，两事相反，正好相成以说明了蔡元培对学生运动的态度。
就任北大校长至五四运动之前，元培所发表的文章和演说，除了已论及者，其他较重要的有：
《以美育代宗教说》。这是他一九一七年在北京神州学会所作演讲，宣传了他一贯的主张。他认为宗教在西欧已成过去，中国今天反而有人提倡基督教；还有一部分人宣传孔教，都属不当。宗教兼有知识、意志和感情的作用，到今天前两种作用业已消失，只有情感和宗教有密切关系，那就是美感。宗教附丽于建筑、绘画、音乐，因而引人入胜，然而，“美育之附丽于宗教者，必受宗教之累，失其陶养之作用”。是以应该“舍宗教而易以纯粹之美育”。(114)这篇文章实是前举《我之欧战观》的继续，但正式提出了以美育代宗教之说。他终生提倡美育，但收效不大。
《大学改制之事实与理由》。(115)他在一九一八年一月二十七日举行的国立高等学校校务讨论会上代表北大提出议案，主张：（一）大学专设文理二科，其余各科分别成立独立专门大学；（二）修业年限定为预科一年，本科三年，研究科二年。经讨论后，同意第一条，第二条改为大学均分二级：预科二年，本科四年。而北大在此之前已部分实行改革，于是用北大名义写成此文，说明议案讨论经过及北大改革情况。
《新教育与旧教育之歧点》。这是一九一八年五月在天津中华书局“直隶全省小学教育会议欢迎会”的演说。谓新教育所以异于旧教育者，“即教育者非以吾人教育儿童，而吾人受教于儿童之谓也”。演说谓旧教育在养成科名仕宦之材，列举其摧残儿童之弊，新教育则在适应儿童身心发展，选择种种适当方法以助之。进而主张：教育与其守成，勿宁尚自然；与其求划一，勿宁展个性。在历述国外教育的进步，指出我国教育的落后之后，提出三条主张：一是设实验教育研究所，二是教员应有充分知识以帮助儿童，三是应有参考的图画和仪器进行教育。(116)
《中国古代哲学史大纲·序》。这是为胡适著作所写的序文，提出这本著作有四处特长，一是证明的方法，即考据；二是扼要的手段，即截断众流，从老子孔子讲起；三是平等的眼光，即对先秦诸子一律平等待遇，不崇此非彼；四是系统的研究，即对各家皆能指出其变迁痕迹。(117)
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(1) 罗家伦《蔡元培先生与北京大学》，台湾《传记文学》第十卷第一期第三〇～三一页；沈尹默《我和北大》，《文史资料选辑》第六十一辑第二二五～二二六页。
(2) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二八八页。
(3) 罗家伦《蔡元培先生与北京大学》，《传记文学》第十卷第一期第三一页；黄季陆《蔡元培先生与国父的关系》，《蔡全集》第一四〇八页。
(4) 《整顿北京大学的经过》，《蔡全集》第八九六页。
(5) 黄季陆《蔡元培先生与国父的关系》，《蔡全集》第一四〇七页。
(6) 《致汪精卫书》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第二九一页。
(7) 《在信教自由会之演说》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第四五～四九页。
(8) 《在信教自由会之演说》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第四九～五六页。
(9) 上海教育出版社出版《北京大学校史》第四〇页。
(10) 孙德中编《蔡元培先生重要事略系年记》，《蔡全集》第七页。
(11) 《就任北京大学校长之演说》，《蔡元培选集》第二三～二五页。
(12) 《我在教育界的经验》，《蔡元培选集》第三三四页。
(13) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二八八页；蔡元培《〈独秀文存〉序》，一九三三年亚东图书馆出版《独秀文存》卷首；沈尹默《我和北大》，《文史资料选辑》第六十一辑第二三一页。
(14) 汪原放《回忆亚东图书馆》第三五～三六页，学林出版社出版。
(15) 《北京大学校史》第四一页。
(16) 周作人《北京大学》，《知堂回想录》第三一四页；《蔡孑民（一）》，《知堂回想录》第三二九页。
(17) 《我在教育界的经历》，《蔡元培选集》第三三四页。
(18) 梁漱溟《纪念蔡先生》，《文化杂志》一九四二年第二卷第一号；顾颉刚《蔡元培先生与五四运动》，北京市《文史资料选辑》一九八一年第三辑第五页。
(19) 惜秋《蔡元培——学贯中西的教育家与哲学家》，台北：三民书局出版《民初风云人物》第四五〇页。
(20) 北大存档：伍廷芳与英国代理公使一九一七年五月二十三日会晤谈话记录。
(21) 北大存档：蔡元培一九一七年五月九日复外交总长函。
(22) 北大存档：蔡元培一九一八年三月十四日复外交部函。
(23) 北大存档：外交部高而谦一九一八年三月十二日致蔡元培函抄转朱尔典照会。
(24) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九〇页。
(25) 高平叔《蔡元培年谱》第六〇页引元培《西游日记》手稿。
(26) 心云《安斯坦为什么不来》，一九二三年一月十五日《晨报·副刊》。
(27) 周作人《爱罗先珂》，《知堂回想录》第四一三～四一五页。
(28) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九一页。他在口述《传略》中写的是“大学实止须文理科”，与此处所言略异。
(29) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九一页。
(30) 《何谓文化？》，《蔡元培选集》第一六〇页。
(31) 《蔡元培选集》第三〇八～三一〇页。
(32) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九一页。
(33) 口述《传略》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第三〇页。
(34) 以上信件载《蔡全集》第一〇八一～一〇八三页。
(35) 《欧战后之教育问题》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第二五四～二五五页。
(36) 转引自梁柱《蔡元培与北京大学》第五九页。
(37) 《蔡元培先生二三事》，一九八〇年三月四日《光明日报》。
(38) 《我在教育界的经验》，《蔡元培选集》第三三五页。
(39) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九四页。
(40) 《燕京大学男女两校联欢会的演说》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第四四五～四四六页。
(41) 转引自梁柱《蔡元培与北京大学》第六一页。
(42) 梁柱《蔡元培与北京大学》第六六页引北大校史档案。
(43) 《北京大学校役夜班开学式演说》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第二七八～二七九页。
(44) 《在平民夜校开学的演说》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第二八一～二八二页。
(45) 《回任北京大学校长在全体学生欢迎会上演说》，《蔡元培选集》一〇二页。
(46) 《北京大学校史》第四二～四三页。
(47) 陶英惠《蔡元培与北京大学》，台湾近代史研究所集刊第五辑第三八九～三九〇页，共列此类社团二十一个，尚不完全。其中个别组织成立于元培到校之前不久。
(48) 罗章龙《回忆蔡孑民校长》，中华书局出版《蔡元培先生纪念集》第一九五页。
(49) 见北京大学存档。
(50) 见北京大学存档。
(51) 一九一八年十月十七日《北京大学日刊》。
(52) 《毛泽东和我》第五六～五七页，台北：源成文化图书供应社一九七六年出版。
(53) 罗章龙《回忆五四运动和北京大学马克思学说研究会》，《文史资料选辑》第六十一辑第四七页。
(54) 一九一九年一月七日《北京大学日刊》。
(55) 沈尹默《我和北大》，《文史资料选辑》第六十一辑第二三一页。
(56) 《少年中国月刊宣言》，《少年中国》创刊号。
(57) 《新潮杂志社启事》，一九一八年十二月二日《北京大学日刊》。
(58) 《工学互助团的大希望》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第一六九页。
(59) 《北京大学月刊发刊词》，《蔡元培选集》第六七页。
(60) 《北京大学月刊发刊词》，《蔡元培选集》第六六页。
(61) 《为中国本位的文化建设复何炳松柏丞教授函》，《蔡全集》第一二七二页。
(62) 《对于蔡先生的一些回忆》，《蔡全集》第一四八九页。
(63) 周作人《记蔡孑民先生的事》，《古今月刊》第六期。
(64) 罗家伦《蔡元培先生与北京大学》，《传记文学》第十卷第一期第三一页。
(65) 《北京大学二十周年纪念会演说词》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第三〇〇页。
(66) 《北京大学月刊发刊词》，《蔡元培选集》第六七页。
(67) 《国立北京大学校旗图说》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第三五五～三五七页。
(68) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二八九页。
(69) 《李季著〈马克思传〉序》，上海神州国光社一九三三年出版。
(70) 《西潮》第一二二页。
(71) 见北京大学存档。
(72) 新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第三二八页附录。
(73) 傅斯年《我所景仰的蔡先生之风格》，《蔡全集》第一四四三页。
(74) 张国焘《我的回忆》第一册第五一页，现代史料编刊社一九八〇年十一月印刷。
(75) 《林琴南致蔡元培函》，《蔡元培选集》第八〇～八三页。
(76) 《关于北京大学的谣言》，《独秀文存》第六〇一～六〇五页。
(77) 《复张豂子书》及《附录张豂子君函》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第三三三～三三五页。
(78) 吴虞《对于祀孔问题之我见》，《吴虞文续录》卷上第一页，一九三七年成都吴氏爱智庐刻本。
(79) 《答林琴南君函》，《蔡元培选集》第七五～七九页。
(80) 《洪水与猛兽》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第九〇～九二页。
(81) 高平叔《蔡元培年谱》第三〇页引元培《杂记》手稿。
(82) 高平叔《蔡元培年谱》第三一页引元培《杂记》手稿。
(83) 《关于不合作的宣言》，《蔡元培选集》，第二一二～二一四页。
(84) 《黑暗与光明的消长》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第八四～九〇页。
(85) 《劳工神圣》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》，第一六八～一六九页。
(86) 高平叔《蔡元培年谱》第四八页引叶景莘《五四运动何以爆发于民八之五月四日》一文。元培将此消息告知学生事，后经身经其事的郑天挺、许德珩文章证实。
(87) 《蔡孑民先生逝世后感言》，《蔡全集》第一四四〇页。
(88) 《中国现代史初编》，香港国泰公司一九四〇年版第三一五页。
(89) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九二页。
(90) 《全国教育会议开幕词》，《蔡全集》第八二〇页。
(91) 《牺牲学业损失与失土相等》，《蔡全集》第八六六页。
(92) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九二页。
(93) 张国焘《我的回忆》第一册第五〇～五一页。
(94) 《蔡全集》第一一〇八页。
(95) 《为五四运动引咎辞北大校长职》，《蔡全集》第一〇九六页。
(96) 芝翁《蔡孑民的襟怀与风格》，《蔡全集》第一五六三页。
(97) 芝翁《蔡孑民的襟怀与风格》，《蔡全集》第一五六三页。
(98) 曹建《蔡孑民先生的风骨》，《蔡全集》第一五九九页；吴相湘《蔡元培无所不容有所不为》，《民国百人传》第三二页。
(99) 龚振黄编《青岛潮》《五四运动》上册第一七三页，中国社会科学出版社出版。
(100) 张国焘《我的回忆》第一册第五四～五五页。
(101) 《为五四运动引咎辞北大校长职》，《蔡全集》第一〇九六页。
(102) 新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第三三五～三三七页附录。
(103) 蔡元培于九月二十一日在北京中等以上学校教职联合会欢迎会上致词，载二十二日《晨报》，据北大存档录。
(104) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九二页。《胡适来往书信选》上册第五九页，载蒋梦麟一九一九年六月二十八日从杭州写给胡适一信，信中转引了元培致蒋信之语：“这一回算是我先走，万一政府果然发布免职的令，我能为五年、十年计划的缘故（按指胡适曾为蔡拟订办校计划——引者），硬着不走么？”可见蔡之走，有先发之意在。
(105) 口述《传略》，新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第四页。
(106) 《我在北京大学的经历》，《蔡元培选集》第二九二页。
(107) 《蔡氏在杭与大学毕业生张君谈话一则》，一九一九年六月十八日天津《大公报》。
(108) 一九一九年七月十三日《申报》。
(109) 见北京大学存档。
(110) 《黄炎培、蒋梦麟致胡适函》，《胡适来往书信选》上册第四七页。
(111) 新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第三四一页。
(112) 《蔡全集》第五一九～五二一页。
(113) 《西潮》第一二七页。
(114) 新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第二〇三～二一三页。
(115) 新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第五七三～五七九页。
(116) 《蔡元培选集》第五八～六〇页。
(117) 新潮社编辑《蔡孑民先生言行录》第五八～六二页。
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