国民大会是孙中山设计的政权行使机关。孙中山认为，政权应由全国三千县，各举一代表，用以召开国民大会，行使直接民权。在《建国方略》中，孙中山指出，五院向国民大会负责。在《建国大纲》中，孙中山进一步指出，中央统治权由国民大会行使，国民大会对于中央政府官员有选举权、罢免权；对于中央法律有创制权、复决权。
孙中山的设计颇具浪漫主义色彩，国民大会产生于人民，虽在制度设计上与人民视为一体，但毕竟不是人民，也会与人民产生异化现象。正是因为人民与国民大会之间的落差，产生了难以消弭的国民大会矛盾，也因此导致了国民大会“有形”、“无形”之争。根据国民党、共产党等参加政治协商会议的各党派达成的十二项宪草修改原则(以下简称政协十二项原则)，全国人民行使四权，名之曰国民大会。可见，政协会议原拟将国民大会设计为无形化机关，但国民党中央坚持“五五宪草”的制度安排，要求将国民大会设计为有形化之组织，经过数度协商后，国民党提出的原则被采纳，国民大会仍被设计为有形化之组织。但此种有形化组织与“五五宪草”的有形国民大会，以及孙中山设想的国民大会均有区别。台湾学者苏永钦将其概括为有形与无形之间，包括三个层面：一是在行使职权的方式上，国民大会行使部分政权，包括选举、罢免总统、副总统，修改宪法以及复决立法院提出的宪法修正案，是为有形；除上述职权之外，国民大会再无其他任何职权，连国会通常具有的议会自律也不具备，其组织、程序均由立法院制定法律规定，是为无形。二是在国民大会的组织形式上，国民大会正常情况下，六年才集会一次，集会期间，是为有形；但国民大会于闭会期间不设常任机构，也无议长设置，是为无形。[13]三是国大代表的定位。“国民大会(代表)……和一般民意代表有着根本不同，他们不经常集会，因此虽非临时组合，却是养兵千日，用在一时。”“他们既不像单纯选举人团那样仅仅传达即时的民意，任务完成立刻解散，也不像一般民意代表那样，通过信任关系在三年或四年内经常性地代表民意参与议事。而是在相当长的六年时间内不定期地代表人民行使极具关键性，却与民众生活隔了好几层的修宪权，从而成为一群极难定位的民意代表。”[14]这些国大代表，开会即为有形之国大代表，闭会则无任何职权。正是这种处于有形与无形之间的国民大会“使整个结构处于不稳定状态，甚至随时可能恶化到难以控制的程度”。[15]
正是因为1946年宪法设计了这样一个极为特殊的机构，导致学界对国民大会性质的认识存在较大差异，主要有以下三点争议。
第一点争议为国民大会是政权机关还是主权机关。按1946年宪法的规定，国民大会为政权机关，台湾学者陈新民以政权即主权为前提，认为国民大会是主权机关。[16]台湾学者法治斌等人指出，选举、罢免、创制、复决四项政权虽为主权的独立表征之一，但政权与主权间仍存有手段与本体之别，而且主权还有对外之意义，两者不应混同。[17]绝大多数学者认为，1946年宪法第2条已明确规定，主权属于全体国民，第25条规定，国民大会代表国民行使政权，而非主权，因此，国民大会是政权机关而非主权机关。
第二点争议为国民大会是全权的政权机关，还是仅有部分政权的政权机关。早期有台湾学者认为，国民大会为纯粹的政权机关，亦是最高的政权机关，国民大会的职权就是行使间接民权。[18]其后，有学者认为，孙中山设计国民大会的本意在于强调主权在民，人民可以通过国民大会行使政权，其行使方式是先将政权分为要求权和核可权，其中要求权交给国民大会，核可权则由人民自己掌握。国民大会对中央政府只有各种人民参政权之要求权，至于最终决定权，仍由人民自行之。[19]也有学者认为，国民大会的职责应是辅助人民参政，而不是代替人民参政。[20]还有学者认为，国民大会的原始意义应是“公民总投票”，国大代表相当于各县的选举委员会主任委员。[21]笔者认为，根据1946年宪法第27条规定，在选举、罢免、创制和复决四项政权中，选举权和罢免权仅及于总统、副总统，创制权被定义为修宪权，复决权仅限于复决立法院所提之宪法修正案。同时，第27条虽规定国民大会行使全部创制、复决权，但此条件要求颇高，按当时情况，几乎无实现之可能。[22]因此，国民大会实难称得上是全权的政权机关。
根据1946年宪法，国民大会可定性为国民代表、选举人团、罢免人团和修宪机关四个方面。其一，1946年宪法第25条规定，国民大会依本宪法之规定，代表全国国民行使政权，且第26条所规定的国大代表产生方式兼顾地域、民族、职业、妇女等诸多因素，具有广泛的代表性，可见，国民正是通过国民大会行使宪法所规定的政权，国民大会为国民之代表。其二，根据1946年宪法的规定，国民大会任期6年，任期中间并不召开常会，仅在每届总统任期期满前90天由总统召集，主要任务是选举总统、副总统，因此，国民大会具有浓厚的总统选举人性质。[23]但此种选举人与美国的选举人不同，美国的选举人通过选举接受选民的具体指示，且不得背离选民意志，而国大代表并无专门接受选民意见的程序，也不受人民意志的拘束。其三，1946年宪法规定，国民大会可以罢免总统、副总统，为罢免人团，但在政治实践中尚未出现一次总统、副总统罢免案。其四，根据1946年宪法的规定，国民大会的修宪权体现在两个方面，第27条第3款规定，国民大会得直接进行修宪，第4款规定，国民大会得复决立法院所提之宪法修正案。而从台湾地区修改《动员戡乱时期临时条款》和“宪政改革”的实践来看，除第七次“宪改”采立法院提出、国民大会复决这一形式外，其余十次“修宪”(含对“临时条款”的修改)均采取国民大会直接行使“修宪”权的方式完成。
国民大会从应与国民一体的政权行使机关，最终蜕变为与民众距离最远、关系最疏的政治部门，[24]其中的原因是复杂的，虽然国民大会在运行过程中的不稳定状态是其直接原因，但1946年宪法对国民大会含混不清的定位，而使其处于有形无形之间，才是国民大会出现上述乱象的根本原因。
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