规定政府的权力架构，是宪法的直接功能，也涉及权力分配和利益衡量等政治问题，因此，权力架构往往成为制宪活动的焦点。1946年宪法也不例外，其矛盾冲突突出表现为五权宪法和三权分立之间的矛盾。
五权宪法思想是孙中山宪法思想的核心，主要包括“权能区分”和“五权分立”两个部分。其中，“权能区分”思想是五权宪法的基础。孙中山指出，实行民权，必须解决“万能政府”的问题，而解决这个问题的关键方法就是权与能要分开。[4]孙中山将“权”定义为“政权”，认为这个大权要交到人民手里，要人民有充分的政权，可以直接管理国事；将“能”定义为“治权”，认为这个大权要完全交到政府的机关内，要政府有很大的力量，治理国家事务。[5]在“权能区分”的基础上，孙中山进一步讨论了“政权”与“治权”的内容和行使方式。关于“政权”的内容，他认为，“政权”包括选举权、罢免权、创制权和复决权。选举和罢免权是管理官吏的，有了这两权，人民对政府中的一切官吏“一面可以放出去，又一面可以调回来”；[6]创制和复决权是针对法律的，创制权可以使人民制定对自己有利的法律，复决权可以要求政府修改或废止对人民不利的法律。[7]有这四个权，人民就能管理政府。在“权能区分”的基础上，孙中山吸收世界各国三权分立思想的经验，结合中西方关于考选和纠察的制度，创立了“五权分立”思想，包括立法、行政、司法、考选和纠察五权。“五权”的行使机关为治权机关，包括立法、行政、司法、考选和纠察五院(或称考试院和监察院)，五院均向国民大会负责。关于五院之间的关系，需从孙中山多次提到的“万能政府”谈起。孙中山指出，人民最怕“万能政府”，也最欢迎“万能政府”，因此包含有“五权”的五院既要建立一个“万能政府”，“五权”之间关系又要有所制约，即既分工，又合作的精神。从总体而言，孙中山的“五权宪法”思想立足于中国传统的性善论基础上，其“五权”之间所谓既分工又合作的精神，多偏向于五院合作。
孙中山的五权宪法思想与西方三权分立思想既有联系，亦有区别，两者均强调权力分立和制约，但两者所依赖的理论基础和具体的制度设计不尽相同。
第一，五权宪法与三权分立所称的“权”不同。五权宪法以权能区分为理论基础，以“政权”和“治权”的划分为理论前提，所称之“权”为治权，而非政权。而三权分立之“权”既包括政权，又包括治权。按五权宪法设计的立法院、行政院、司法院、考试院和监察院五院是治权机关，国民大会为政权机关。而按“三权分立”设计的议会、内阁(总统)和法院权能混合不分，如三权分立体制下的议会，既有立法权，也包括选举、罢免、监督等权，是“治权”和“政权”的混合体，与“五权宪法”所称的立法院相去甚远。
第二，五权宪法与三权分立各分支之间的关系不同。三权分立以西方的“性恶论”为基础，视政府为必要的恶，认为应对政府权力予以限制，而限制政府权力最佳的办法，便是以权力制约权力。孟德斯鸠将三权分立的理论集成化，美国制宪者又将理论付诸实践，创立了典型的分权制衡模式。美国总统、国会和法院三者之间的关系盘根错节，相互制约，以保证权力不被滥用。五权宪法则以中国传统的中庸、均衡思想为指导，强调五权之间既分工，又合作的关系，又“以儒家性善论为基础，希冀此五种权力分工合作，造成一个万能政府”，[8]在分工和合作之间偏向五权合作，因此两者所形成的分支之间的关系存在较大差异。
1946年宪法虽托名五权宪法，但实际上对孙中山先生的五权宪法架构作了较大幅度的调整。张君劢等人拟定的十二项宪草修改原则，就将五权宪法的内容架空，虽在形式上保留五院，但实际上“保全五权宪法之名，运入英法宪政之实”，[9]构建起了相当于西方三权分立的代议民主的五院体制。按五权宪法设计，立法院为专司立法职权的治权机关，而1946年宪法则视立法院为代议制国家之国会，赋予了包括修宪提案权、行政院院长同意权、议决法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及国家其他重要事项之权，其职权范围远超出单纯的立法权。孙中山并未专门提及行政院院长，而是多次指出行政与总统的合一性，如“行政设一行政务的大总统”，“行政是大总统”等。1946年宪法分设总统和行政院长，按照宪法各司其职，但又不同于法国1958年宪法的半总统半议会制(当时也尚未制定)，更多的是吸收了1919年德国魏玛宪法的总统—总理二元体制的因素。司法院则由掌理审判和司法行政事务的司法机关，变为仅掌宪法解释和统一解释的解释机关，司法院之外另设一套包括最高法院、行政法院、公务员惩戒委员会在内的审判体系。
如果说1946年宪法对立法院、行政院、司法院的规定，仅是在保持各自性质基础上加以微调的话，对考试院和监察院的规定，则完全偏离五权宪法本旨。其一，考试院蜕变为人事行政机关。孙中山认为，中华民国宪法有必要设独立机关专掌考选权，大小官吏必须经过考试，不仅行政官吏要经过考试，而且“人民之代表与受人民之委托者，不但须经选举，尤须经考试”，“国民大会及五院职员，与夫全国大小官吏，其资格皆由考试院定之”。[10]但1946年宪法所规定的考试院，仅掌考试、任用、铨叙、考绩等普通行政人事事务，考试院所行使的职权，实际上是行政权之一部分，考试院也随之退化成人事行政机关。其二，监察院成为国会之一。监察权是孙中山结合瑞士的政治实践和中国传统的监察御使制度发展而来。孙中山认为，“除了监督议会外，还要专门监督国家政治，以纠正其所犯错误”，“各院人员失职，由监察院向国民大会弹劾”。根据1946年宪法的规定，监察院的监察职能退居其次，反而被赋予对总统提名之司法院院长、副院长、大法官和考试院院长、副院长、考试委员的人事同意权，并且在监察委员产生方式上，采地方议会间接选举制，监察委员任职无须脱离党派，且享有一般只有国会议员才享有的言论免责，不受任意逮捕等特权，完全是一个按照国会制度设计的机关。学者也多认为，监察院相当于西方国家的上议院。[11]监察院的这一地位后为台湾地区政治体制承认，司法院释字第76号解释确认，监察院“相当于民主国家之国会”。据此，1946年宪法设计的五院结构，其实是一个半行政院(行政院和分掌行政人事权的考试院)、半个司法院和两个立法院(立法院和相当于立法机关之监察院)，实质上为三权分立结构。因此，1946年宪法所设计的权力结构与五权宪法的原初含义相去甚远，有学者认为，1946年宪法“以权能区分为形骸，以权力分立为实质”。[12]
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