一、“营改增”之后地方财政存在失衡问题
“营改增”之后，增值税的分享比例发生变化，一种是中央与地方的分享比例为75∶25，不包括进口环节增值税；另一种是将“营改增”之后的增值税收入100%返还给地方。形成中央和地方政府对于增值税的两种并存的分享方式，这显然只是暂时性的过渡办法，因为这样的分享方式扭曲了中央与地方政府的财政分配关系。随着“营改增”的范围扩大，地方税种的结构也会出现变化。虽然现在是将“营改增”的收入全部返还给地方政府，短时间内不会影响到地方政府的财政收入，但随着“营改增”试点户数的不断增加，试点地区总体税负下降，加之地方政府对于部分试点企业税负增加的还要给予财政补贴，尽管也是暂时的过渡政策，但仍会让地方政府面临两大压力：减税和增支。后“营改增”时代，选择哪个税种担当地方主要税种难度很大，消费税担当地方主要税种存在着不合理性；房地产税虽然有成为地方税主体税种的经济基础和现实条件，但是房地产税的征收还存在法理和技术上的难题；企业所得税也不能成为地方的主体税种，因其税基流动性太大，全部地方征收会对企业的生产地选择产生较大的扭曲作用。要弥补“营改增”后地方税收收入的巨大缺口，就需要寻找到一个适当的财税改革措施和方案，以避免“营改增”导致地方财政失衡的问题日益严重。
二、税收法制不健全的问题
（一）税收立法问题明显
宪法不能为税收立法提供依据。现行宪法只在第五十六条中规定：“中华人民共和国公民有依照法律纳税的义务。”普通公民很少会从宪法的角度考虑税收问题。在法律界，也很少有学者从宪政角度提到对税法的研究。税收法律效力明显偏低，目前除《税收征收管理法》《车船税法》《企业所得税法》和《个人所得税法》这4部正式立法外，其他的都属于暂行条例和规范性文件。缺乏法律效力，在实际操作过程中容易受到干扰。缺少税收基本法，在税收管理的问题上缺失法律依据。税收立法项目缺位，自1994年税制改革以来，税收与财政收入的占比不断下降，费挤税越发明显，税收缺位现象严重。税收立法归属权不清，大多税收法规是由国家行政机关制定发布，造成了法律上的不合法。
（二）税收执法明显失范
行政决策与事实不符。税收执法行政决策不符合法定的要求，超权限、超范围滥用职权，致使税收执法出现错误，存在执法岗位上有不具备执法资格的人员的情况；执法程序出现错误，有的超越法定的程序步骤、方法方式和时限实施执法行为，不按照相关规定履行法定的职责、义务，导致执法程序违法；滥用职权或玩忽职守，税务处罚行为失当，有的处罚蜻蜓点水，力度不够，未严格执行税法规定。
（三）税收优惠政策缺陷明显
税收优惠政策无统一规定，明显落后于当前形势。税收优惠政策混乱，大部分为普惠政策，基于财政收入及招商引资等方面考虑，通过财政收入返还等方式变相减免税负的现象屡见不鲜，对财税体制规范和市场公平竞争影响较大。如对交通运输业的财政返还、成品油消费税退税等政策，形成了较大的地方级收入基数，但一旦政策出现变化，地方级收入将较大幅度下降。同时，在政策执行过程中也存在较大税收风险，付出与收益不成正比。
三、税收征管出现的矛盾
（一）税收征管法不够明确
税收的对象、来源、征管，税务机关的机构设置和职责权限，没有由税收基本法确定。由于税收征管法缺乏系统性，不够细致和规范，在实际税收工作中税务人员和纳税人往往在理解上存在分歧，所以就需要按照大量的解释规定来解决问题。但解释规定缺乏法律系统性和综合性。税收征管法也没有明确各个部门之间的分工协作关系，部门之间配合不够密切。征管法没有具体出台相关操作办法，第三方信息难以获取，出现了税收征管网络技术下的真空状态。
（二）税收管理职责不清
税收管理的职能被分散到不同的部门和环节，由于部门之间的工作不能及时统筹，导致税源管理存在脱节，存在工作多头布置，都管都不管的现象。比如，纳税评估工作由征管部门负责承接上级局下发的预警评估任务和发起本局自定义评估，然而所得税管理、进出口退税管理等部门也都有税种及政策方面的专项评估。横向上，征、管、查等职能交叉，工作重点主要在稽查、征收上，造成管理不到位的现象。
（三）税收征管水平不高
纳税人个体素质良莠不齐，造成部分纳税申报数据不实，个别纳税人采取各种手段、方法隐瞒、少报涉税信息。征管资源配置方式也不适应目前征管要求，税务机关与纳税人之间的信息交流不畅通，尤其是跨区域管理的企业，结构复杂，模式不一，给征收管理带来很大的难度。
（四）征管力量薄弱
以滨州国税为例，2014年在职人员886人，平均年龄45岁，30岁以下人员占5%，45岁以上417人，占47%，50岁以上人员按年递增，2014年首次突破109人，许多老同志难以掌握新技能、新知识，由于知识结构老化，征管力量进一步薄弱。人员增加与纳税人户数增加不配比，新录用的公务员每年与退休的人员大体持平，但是40岁以下人员持续减少，征管工作面临着很大的挑战。在人员培养上缺乏系统性和针对性，征收一线上的税务人员学历不高。到目前为止，滨州国税系统获博士学位的1人，硕士学位的18人；获研究生学历的27人，大学本科学历的530人，大学专科学历的222人，大学专科以下学历的107人，专科及以下人员占总人数的12.08%。
四、“营改增”带来的税收执法风险问题
（一）部分政策规定不够明确，给税务机关政策执行带来难度
“营改增”政策部分规定不明晰、可操作性不强，或者为照顾各方利益，对税目、税率、优惠进行特殊设计，造成税企理解上的偏差和分歧，给政策执行造成压力，给税收执法带来一定的风险。
（二）两种增值税级次不同并可相互抵扣，造成税务机关工作压力和风险大
税收收入分别属中央级和地方级，同时两征收范围之间相互发生经营业务所形成的进项税额均可抵扣。这可能促使地方政府为做大地方“营改增”增值税收入，而产生损害中央级收入的冲动和行为。服务与有形的货物不同，具有无形性，难以追溯核查，加之税务机关或多或少受制于地方，如果发生空转、转引税款情况，税务机关的管理压力、工作压力以及执法风险将会非常大。
（三）各种财政返还等扶持政策，诱使个别纳税人出现违规操作
为配合“营改增”工作，针对个别纳税人税负增加较大的情况，各地都出台了按所缴纳税款返还一定数额或比例的财政扶持政策，但在执行中，个别纳税人尤其是关联企业之间相互串通，一方开具增值税专用发票并利用这些财政扶持政策获得财政返还，而另一方全额抵扣进项税额。在没有实际业务发生的情况下，双方总体上得到了财政返还税额的不法获利。同样如前所述，服务具有无形性，如果发生虚开专用发票行为，税务机关将难以监管和核查。
（四）国税部门业务量不断增加，征管压力持续加大
一方面，管理户数持续增长，全市国税部门新增了近1000户的新业务，而相应的征管力量并没有同步充实；另一方面，纳税人涉税需求不断增加，造成税务机关纳税辅导业务量的不断攀升，由地税部门划转过来的试点纳税人，本身对增值税制了解不多，加上增值税的征收计算方式比之营业税复杂，在税收宣传和政策辅导方面还有大量的工作要做，占用了国税部门相当大的精力，也加重了管理任务和负担。
（五）税率的设定问题
税率的设定要符合公平与效率的原则。税收是企业与政府之间的博弈，税率过高将增加企业税负、降低企业生产积极性，这与减负的初衷相悖；如果税率过低，将大幅度减少政府税收收入。税收收入是政府财政收入的一个重要组成部分，政府收入减少，将不利于组织再生产及公共服务的提高，会弱化政府职能。水利业拟征增值税税率为11%，这个税率是否合理有待检验。据《增值税暂行条例》销售货物或者应税劳务的纳税义务发生时间可分为一般规定和具体规定。一般规定有两条：1.纳税人销售货物或者应税劳务，为收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天。2.纳税人进口货物，其纳税义务发生时间为报关进口的当天。水利业的增值税纳税时间如何确定才能与工程项目的计价决算、款项回收相适应？众所周知，工程施工水利活动过程多周期长、项目计量工作复杂，包括项目预算、决算、结算，有些项目还要经过第三方审计机构决算审计。如何确定纳税时间才能不增加企业现金流压力？另外如何应对水利业普遍存在的工程款、材料款拖欠问题？这都是改革难点，是之后改革要解决的问题。另外，《增值税暂行条例》对增值税纳税地点的确定也有相应规定。水利业现行方法是，纳税人提供的水利业劳务，应当向应税劳务发生地的主管税务机关申报纳税。水利业材料采购、工程项目等。跨地区比较普遍，如何选择纳税地点才能有利于税收征管、成本监控也是需要关注的一个问题。
（六）中间项目抵扣问题
从2012年水利业投入产出直接消耗系数表上看，水利业部门生产单位总产出对劳动者报酬产品的消耗量为0.16，且这部分不存在进项税额抵扣。另外已购固定资产增值税不可抵扣，而固定资产的折旧期一般较长，新增量较少，易产生关联交易。此外水利业中间投产产品有一部分是来源于小企业或者小规模纳税人，特别是水利劳务分包，企业取不到增值税专用发票，也就不能进行进项税额抵扣，直接影响企业税负。
（七）工程造价问题
根据《工程量清单计价规范》规定，工程造价包括人工费、材料费、施工机具使用费、企业管理费、利润、规费、营业税、城市维护建设税、教育附加费等。住建部下发通知，“营改增”后重新调整工程造价的计算方法，公式为：工程造价=税前工程造价×（1+11%），其中11%为水利业拟征增值税税率，上述工程造价计算所含项目均为不含增值税可抵扣进项税额的价格计算。办法改变了营业税价内税的计税方法，增加核算工作，同时也需要企业能确保取得每一项目的增值税专用发票，但在实际操作中很难实现。另外改革后的计算方法所计算出的工程造价和之前的实际相合度是多少，将直接影响企业预算，影响对新承接工程的投标报价。
（八）会计核算问题
水利业“营改增”后将改变会计核算方法，增加会计财务工作。营业税会计核算科目计提时，简单借记“营业税金及附加”科目，贷“应交税费一应交营业税”，科目；支付时，借“应交税费一应交营业税金及附加”，贷“银行存款”等。但增值税涉及9个明细科目，进项税额、已交税额、减免税额、出口抵减内销产品应纳税额、转出未交增值税、销项税额、出口退税、进项税额转出、转出多交增值税，会计科目大大增加，核算方式更加复杂，对财务工作能力要求加大。另外，增值税为价外税、营业税是价内税，会减少账面收入、毛利，增加负债，不利于企业评级，影响行业声誉及排名，不利于企业在国际上的发展。
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