水利施工企业作为水利业的重要组成部分，无疑也受到了国家和社会的普遍重视。为实现水利施工企业的良好可持续发展，必然要进行内部优化，提高整体经济效益，最大可能减轻赋税，而“营改增”就起了相当大的作用和直接的影响。“营改增”是营业税改增值税的简称，是将以前单位或个人要缴纳的所得营业额的营业税改成流转过程中产生增值的增值税，尽可能地避免重复纳税的情况，实现进一步减轻赋税。对水利施工企业而言，施工项目规模相对较大、涉及范围较广、关系较为复杂，税费的多少也会影响企业的发展。“营改增”可以帮助水利施工企业节约重复纳税资金，减轻工程项目负担，帮助其实现更好的发展。但是就目前我国的整体形势和发展状况而言，水利施工企业“营改增”还面临着许多的问题，需要采取一系列措施来进行改进，才能充分发挥“营改增”的作用，减少赋税，提高水利施工企业整体效益。
交通运输业“营改增”存在的问题主要是经营主体分散，税源监管难度大。公路货物运输相对灵活方便、投资成本较小，因此个体、私营、散户的运输车辆近几年增长速度较快，营运能力占比逐年上升。因其具有经营业务分散、服务对象不固定、不需出具发票、现金结算等特点，此类运输业户办理税务登记的比例较低。目前，在国税机关办理税务登记申报纳税的，主要是需要开具发票的规模较大的运输户。此外，车辆户籍与营运地不一致的现象较普遍存在，例如挂本地牌照长年在外地经营的车辆，或挂外地牌照长年在本地经营的车辆，国税机关都很难有效进行控管。挂靠经营一般分两种：一是实质挂靠经营。这种挂靠形式一般为经营规模较大的运输公司，这种挂靠形式占比约25%左右。二是形式挂靠经营。这种挂靠方式在该行业比较普遍，在滨州市区交通运输业中，这种挂靠形式占比约为60%－70%。
（一）利益挂靠经营
由于交通运输行业存在自运、转包、分包、承包、挂靠等多种模式，而挂靠中又存在个人挂靠、企业挂靠、过户挂靠、非过户挂靠、长期挂靠、临时挂靠等多种形式，甚至存在多头挂靠现象，而相关政策规定比较笼统，缺乏针对性和可操作性，税务机关难以具体把握，给一些业户隐匿收入、虚增进项税额或虚开专用发票以可乘之机。另外，税目税率过多、减免税优惠政策过多等，也加重了基层的管理负担。
（二）缺乏固定性，收入难以确定
货物运输车辆尤其是长途货运车辆完成单向运输任务后，返回途中一般承接“顺路”（配货）货物运输业务，取得回程收入，该种业务具有隐蔽性强、收入不固定、业务不确定、无管理参照值等特点，从调查情况看，只有规模大、内部管理规范的公司，对该部分业务做了具体的内部管理规定并纳入核算，但即使是这类企业，也由于竞争激烈，很多直接将“回程收入”作为外聘司机薪酬。
（三）税负偏高，燃油抵扣难控管
根据运输公司的营运成本占比数据测算（不考虑新购进固定资产抵扣因素影响），由于过路过桥等费用未纳入试点范围，假设企业油费及修理费均取得了专用发票，企业利润率为10%－20%，企业的税负为4.13%－4.71%，为降低税负，个别运输企业将非本企业车辆用油列入核算，以降低税负上升带来的影响，税务机关既难以通过车辆油耗来测算实际应抵扣金额，也难以确认是否为当期车辆耗用。
（四）存在虚开虚抵现象
个人家庭用车一般不需要开发票，运输企业会廉价购买加油站多余的油票，进行虚假抵扣，因为普通发票未纳入防伪税控管理，不能交叉稽核比对，税务机关难以确定业务真实性，纳税人易发生虚开行为；部分企业利用运输服务无形性特点，用假合同及虚假资金流来虚构业务，虚开发票，而90%以上的运输业务都是普遍全国的，难以核实其业务的真实性。
（五）企业财务制度不健全
这些因素造成运输企业对挂靠车辆的经营业务难以全面掌控管理，企业无法建立完备的财务制度，无法按实核算收入和成本，甚至部分企业还存在故意隐瞒车辆融资租赁业务收入、虚列司机人员工资、虚增成本等现象。
（六）扶助企业发展资金侵蚀税基
据了解，大部分县、乡镇政府对交通运输企业都有扶助企业发展资金。甚至出现了部分乡镇为完成税收指标，扣除县级分成后扶助资金返还比例高达100%的现象。
（七）软件产品“营改增”存在的问题
软件业是国家大力推广的创新产业。国家出台了一系列鼓励软件产业发展的政策。这些税收政策组合拳，使我国软件产业得到较快发展，并逐渐走出国门，增强了国家竞争力。但这些政策措施也逐渐暴露出弱点。特别是时至今日，软件产品从内涵到外延已经发生较大变化，软件的销售已经不再是传统的实物销售方式，软件也不再采用一次性收费，初始授权后续分成的收费方式日渐成为主流。这种由软件“使用”到软件“服务”的转变对计税依据有什么样的冲击？系相对滞后，更重要的可能是税收政策的制定过程中，较少了解《知识产权法》等相关法律知识，从而未能认清软件产品的实质。“营改增”后，根据《财政部国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税[2013]106号）有关规定，著作权转让、信息技术服务等按6%征收增值税。符合条件的软件开发企业从事技术转让、技术开发等，可申请免征增值税，部分高新技术软件产品进口免征增值税。从前述可知，“营改增”后的软件产品，要么按照17%征收增值税，要么按照6%征收增值税。符合条件的，从实际执行情况来看，呈现以下特点：
1.软件企业适用政策的随意性较大
由于“软件开发”和“技术开发”分别适用原增值税和“营改增”后增值税规定，税率相差悬殊，软件企业可以根据自身增值税进项税额占当期销售额的比例来进行“筹划”：如果实际税负小于3%的，适用技术开发免税较为优惠；高于3%的，采用软件开发即征即退的较为优惠。税务机关在实际征管中很难区分软件开发与技术转让，企业出于自身利益选择适用税收政策，破坏了税法的严肃性，不利于税收政策的公平实施。
2.使用权和特许权难以准确划分
软件产品的增值税，其征收原则与其他商品正好相反。其他的有形商品，在转让“所有权”时征收增值税，转让使用权时一般作为“租赁”处理。软件产品则不同，如果转让全部著作权、所有权，“营改增”前征收营业税，“营改增”后按6%税率征收增值税。但很难区分这个使用权和著作权，前者是《物权法》范畴，两者适用的税率不同，容易造成税种适用的争议。
3.对“有形”软件与“无形”软件认识上并不统一
财税字[1999]273号对软件产品的定义是“计算机软件产品是指记载有计算机程序及其有关文档的存储介质”。这一规定着重强调“存储介质”这一有形物的概念，从而为将软件产品归入“货物”按17%税率征收增值税奠定了立法基础。此后，由于信息产业的迅猛发展，网络传输逐步变更为主流的软件销售方式，因此，财税[2011]100号更新了软件产品定义，该文件引用了2001年颁布的《计算机软件保护条例》的相关规定，明确“软件产品，是指信息处理程序及相关文档和数据，包括计算机软件产品、信息系统和嵌入式软件产品”，这一概念已经弱化了软件作为“存储介质”的实体特征，客观承认了网络传输这一数字化交易方式。但引发的问题是，有形的软件因为有一张光盘作为载体，作为货物征收增值税有一定的道理，而现在，无形的程序、文档、数据等软件形式如按照该原则征税，则缺乏征税依据了。
4.增值税高扣低征带来的征管风险
由于存在税率差异，软件产业链条上的上下游企业可能联手牟取不正当的税收利益，影响市场公平竞争。如果存在这种情况：上游企业是软件开发企业，下游企业是硬件组装企业，上游企业可享受超税负返还，下游企业可购买上游企业的软件后安装销售，按照17%税率抵扣进项税。如果上下游是一家企业，并且下游企业是服务企业时，进项税额按17%抵扣，销项税额按照6%计算，就会形成高扣低征的现象，严重影响市场公平，导致发生税收管理风险。
5.部分现代服务业“营改增”存在的问题
山东省现代服务业税收总体增长较快，但结构性特点突出。近五年来，山东省现代服务业税收快速增长，总量不断扩大，占比连年提高，成为拉动山东省税收收入快速增长的重要力量，但占税收比重偏低。
6.规模和发展水平偏低
近五年来，山东省现代服务业税收年均增长28.41%，分别比江苏、浙江高1.13个百分点、5.52个百分点。但从税收总量看，2013年山东省现代服务业税收收入仅为江苏的53.97%、浙江的80.48%；占税收总收入的比重为22.90%，比江苏、浙江低7.42个百分点、7.4个百分点，表明山东省现代服务业发展仍相对薄弱。
7.营改增”效应不明显
截至2014年8月底，山东省试点现代服务业实现税收收入40.67亿元，占全部“营改增”国税收入的49.21%；直接减税32.91亿元，占全部“营改增”直接减税的89.26%。
8.经营性租赁业“营改增”存在的问题
经营性租赁的特点：一是合作方式比较灵活；二是短期回收成本。出租人购买机器设备后，不仅能从出租中收回设备的部分垫支资本，还可以通过该设备多次出租给其他承租人使用，补足未收回的那部分设备投资外加其应获得利润；三是降低承租人租赁风险。
“营改增”后出现的问题：
（1）进项税少，税负偏高
“营改增”前有形动产租赁业的税率是5%，“营改增”后税率提高到17%，尽管允许抵扣进项税，但是针对经营性租赁行业来说只能在采购固定资产、配件及辅助材料时才能抵扣，若企业已经经营多年而且达到了发展稳定阶段，企业的新增固定资产并不多，企业主要支出是资产设备折旧及人工成本，而这部分支出是无法进行抵扣的，企业的税收负担比“营改增”前将有所增加。
（2）企业更改租赁合同签订时间
有的企业会根据企业自身税负情况，来考虑缴纳增值税还是营业税，如小规模企业，按照规定执行完合同应缴纳5%的营业税；企业更改相关手续，推延到2013年8月，以后执行或决算，因而征收增值税。
（3）推迟发票开具时间，延期抵扣
有的企业为能将进项税额抵扣，虽已购买安装使用了设备，却让供货方推迟开具增值税专用发票的时间，便能将该设备进行进项税抵扣。
（4）往来业务频繁，财务核算普遍不正规
一是存在大额的现金交易。二是固定资产虚假记账。企业设备及相关配件增减未能及时纳入核算，造成企业固定资产明细账、设备登记注册的台账与实物不符。三是会计业务水平偏低。有个别企业的财务人员不适应“营改增”后的征管要求，企业仍是沿用原有的财务人员，且不进行相关的财会培训。
（5）违法代开、虚开发票风险加大
一是代开发票税率出现税率差致使企业违法代开。二是“营改增”后财政预算分配100%是县级收入，开票缴纳的税款全部由区县级支配，有的企业为追求收入，涉嫌虚开，而租赁行业更容易出现偷税的情况。
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