（1）营业税的缺陷：征收范围局限，抵扣链条断裂（一是从事营业税劳务企业购进材料、固定资产不能抵扣；二是制造企业购进营业税劳务不能抵扣；三是从事营业税劳务企业之间相互提供劳务不能抵扣）；全额计征，重复征税仍很严重。
（2）专业化发展障碍：服务生产内部化，一些传统的制造业生产企业甚至有自己的物流公司，不利于服务业的专业化细分和服务外包的发展。
（3）出口瓶颈：服务出口含税，不利于国际竞争。
（4）税收征管难题：传统商品服务化，商品和服务的区别愈益模糊，税收征管面临新问题。
（1）有利于完善税制，消除重复征税。
（2）有利于社会专业化分工，促进三次产业融合。
（3）有利于降低企业税收成本，增强企业发展能力。
（4）有利于优化投资、消费和出口结构，促进国民经济健康协调发展。
（5）是积极财政政策和结构性减税的重要内容。
（一）企业实际税负增加风险
“营改增”后小规模纳税人，从5%的营业税税率改为3%的增值税征收率，税负下降达40%左右。
一般纳税人税收负担加重，尤其金融租赁、运输物流等企业。交通运输业营业税税率3%提升到11%的增值税率，加之进项税额较少，试点范围有限，无法从上游企业获得增值税专用发票，税负增加较为明显。
（二）税收优惠风险
“营改增”企业在享用税收优惠方面主要有两大类：一类是免征增值税，另一类是即征即退增值税。
（1）判断自己是否符合税收优惠政策的情形。
（2）按照主管税务机关的规定和业务流程履行必要的程序和备案手续。
（3）对应税项目和免税项目进行准确的核算，准确划分应税和免税项目共用购进货物、劳务包含的进项税额。
（4）纳税人提供应税服务享受免征增值税优惠政策的，不得开具增值税专用发票；二是纳税人用于免征增值税项目的购进货物、接受应税服务的进项税额不得抵扣。
（三）增值税专用发票引发的风险
（1）应取得未取得进项税可抵扣专用发票。
（2）未能在规定时间内到主管税务机关认证抵扣。
（3）增值税进项税抵扣必须符合规定的范围和时限。
（4）价外费用，少计销项税额少缴增值税。
（5）通过虚开发票、代开发票、“买票”等利用发票套利做出违法犯罪行为。
（四）“营改增”条件下企业财务核算及纳税不合规风险
营业税计税较为简单，“营改增”对试点企业的会计核算提出了新要求。由于增值税是抵扣纳税模式，纳税环节增加了认证、抄报税等步骤，纳税申报复杂性明显增加。另外，营业税税制下，许多小企业会计核算多采取兼职会计、聘请记账公司或者一人多岗的形式，“营改增”不仅带来会计核算的变革，还使得纳税环节发生了根本变化，单纯的兼职会计已经很难应对繁杂的工作。由于对企业的全面经营状况缺乏了解，在税改新政下容易产生会计核算的不健全，导致偷漏税款，遭致税务稽查受到主管部门处罚的风险，甚至引发刑事风险。
（1）被投资企业是否可以取得合法进项税发票，是判定投资的重要条件。
（2）被投资企业试点过渡期是否可以享受各项优惠政策。
（3）“营改增”与差额征收并用为了克服重复征税。
（4）税负增加，可申请过渡性财政扶持。
（5）做好增值税税制下潜在税务法律风险，特别是增值税专用发票风险防范。
（6）企业需要对关键变革领域进行业务流程再造。
（7）企业应该密切关注“营改增”试点情况，做好各方面的工作，从而实现企业利益最大化，在挑战中抓住机遇。
增值税的纳税人分为一般纳税人和小规模纳税人。投资活动中是否申请一般纳税人，要视被投资企业生产经营目标而定。
根据增值税条例及其细则和财税〔2013〕106号文件规定：企业生产、销售及应税服务的年应征增值税销售额超过财政部和国家税务总局规定标准的纳税人为一般纳税人，未超过规定标准的纳税人为小规模纳税人。
未超过规定标准的纳税人会计核算健全，能够提供准确税务资料的，可以向主管税务机关申请一般纳税人资格认定，成为一般纳税人。
符合一般纳税人条件的纳税人应当向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。除国家税务总局另有规定外，一经认定为一般纳税人后，不得转为小规模纳税人。
主要从事生产或提供应税劳务、应税服务的，工业企业年销售额在50万元以上的，商业企业年销售额80万元以上的，应税服务年营业额500万元以上的，可以认定为一般纳税人。
一般纳税人：销售货物或提供应税劳务可以开具增值税专用发票；购进货物或应税劳务可以作为当期进项税抵扣；计算方法为销项减进项。
小规模纳税人：只能使用普通发票；购进货物或应税劳务即使取得了增值税专用发票也不能抵扣；计算方法为销售额乘征收率。
一般纳税人：基本税率17%，税法还列举了13%、11%、6%等低税率的货物和服务，几项特殊业务按简易办法征收（参照小规模纳税人），还有零税率应税劳务和货物。
小规模纳税人按3%征收率计算缴纳增值税。
因税率差，有的企业一设立便主动要求成为一般纳税人，而有些企业千方百计地要避免成为一般纳税人。那么增值税的小规模纳税人和增值税一般纳税人到底孰优孰劣呢？
选择设立就申请一般纳税人的缘由：一是一般纳税人，可以抵扣进项税，购入的原材料及固定资产，只要取得了合格的票据，就可以抵扣；二是企业和大客户做生意，对方一般会要求有一般纳税人资质；三是一般纳税人对于企业的形象，有积极正面的作用。上述好处，有一个假设的前提，就是你的购进渠道，能提供合规的增值税专用发票。全面衡量，是否选择一般纳税人，还应考虑以下经营因素：
（1）从进项税额来看，表面上一般纳税人拥有购进货物的进项税额不计入成本而是直接抵扣销项税额的特权，但实际上存货成本的缩减给所得税带来了较重的税负。
（2）从销售看，由于增值税是价外税，销货方在销售时，除了向买方收取货款外，还要收取一笔增值税款，其税额要高于向小规模纳税人收取的税额。虽然收取的销项税额可以开出专用发票供购货方抵扣，但对一些不需要专用发票或不能抵扣进项税额的卖方来说，宁愿从小规模纳税人进货，在商品零售环节尤其如此。所以，有些时候，小规模纳税人比一般纳税人的销售情况要好些。
（3）从税负上看，小规模纳税人的税负也并不总是高于一般纳税人，如果企业准予从销项税额中抵扣的进项税额较少，而增值额较大，就可能使一般纳税人的税负重于小规模纳税人。
（4）从健全核算成本来看，企业为了减轻税负，在暂时无法扩大经营规模的前提下实现由小规模纳税人向一般纳税人的转换必然要增加企业的会计成本，例如：增设会计账本，培养或聘请有能力的会计人员等，因此，如果小规模纳税人由于税负减轻而带来的收益尚不足以抵扣这些成本的增加，则应保持小规模纳税人身份。
由于一般纳税人和小规模纳税人在缴纳增值税时存在以上区别，纳税人在税法规定可以选择身份时，应结合自身的实际情况进行税负测算，选择恰当的身份。《增值税一般纳税人资格认定管理办法》规定，年销售额达不到一般纳税人标准的纳税人和新开业的纳税人，如果有固定的生产经营场所，能够按照国家统一的会计制度规定设置账簿，根据合法、有效凭证核算，能够提供准确税务资料的，可以申请一般纳税人资格认定。此时，纳税人申不申请认定，就有筹划的空间。
从实践的角度讲，在不考虑发票开具和出口退税的情况下，纳税人选择哪种身份税负较低，可以用无差别平衡点增值率判别法进行选择。
从两类增值税纳税人的计税原理看，一般纳税人的增值税计算是以增值额为计税基础，而小规模纳税人的增值税计算是以全部不含税收入为计税基础。在销售价格相同的情况下，税负的高低取决于增值率的大小。一般来说，对于增值率高的企业，适宜作为小规模纳税人；反之，适宜作为一般纳税人。当增值率达到某一数值时，两类纳税人的税负相同，这一数值称为无差别平衡点增值率，其计算公式如下：
进项税额=销售额×（1-增值率）×增值税税率
增值率=（销售额-可抵扣购进项金额）÷销售额或增值率=（销项税额-进项税额）÷销项税额
假设一般纳税人销售货物及购进货物的增值税税率均为17%，小规模纳税人征收率为3%。
一般纳税人应纳税额=销项税额-进项税额=销售额×17%-销售额×17%×（1-增值率）=销售额×17%×增值率
小规模纳税人应纳税额=销售额×3%
当两者税负相等时，其增值率则为无差别平衡点增值率，即：
销售额×17%×增值率=销售额×3%
增值率=3%÷17%=17.65%
通过以上计算分析，当增值率为17.65%时，两者税负相同；当增值率低于17.65%时，小规模纳税人的税负重于一般纳税人，适宜选择作一般纳税人；当增值率高于17.65%时，则一般纳税人税负重于小规模纳税人，适宜选择作小规模纳税人。
根据国务院的部署，自2013年8月1日起，全国全面进行交通运输业和部分现代服务业进行营业税改征增值税试点。“营改增”试点后，消除了重复征税的同时，促进了专业化分工。原先的制造业需要一些服务业，比如生产性服务业，如技术研发、技术转让的中介服务、信息技术服务等，因税收问题没有专业化的分工。“营改增”以后，制造业内设的服务业机构可以独立出来单独设立企业，开具增值税的发票可抵扣，无论分得多细，都不会增加税负。
“营改增”政策出台，在原“混合销售”及“兼营”概念的基础上增加了“混业经营”的概念，具体是指试点纳税人“兼有”不同税率或者征收率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务的行为。
2012年“营改增”试点以来，在增值税原有17%、13%税率及3%、4%、6%的征收率的基础之上又增加了6%、11%两个低税率，同时将纳入增值税试点的小规模企业统一征收率为3%。这样一来，我国目前增值税税率体系包括17%、13%、11%、6%、零税率以及3%、4%、6%的征收率。这种情况下，一些非单一营业范围的企业在销售货物或提供应税服务时，可能面临好几个税率的适用。“混合销售”中，销售货物、提供服务属于一行为，根据其主业确定缴纳增值税或营业税，因此只存在一个税率。“兼营”一般意义上是指企业同时存在增值税纳税项目和营业税纳税项目，但是销售货物与提供服务之间没有隶属关系，企业应该分别核算适用不同的税种进行纳税。
“混业经营”增值税一般纳税人：a兼有不同税率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务；b兼有不同征收率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务；c兼有不同税率和征收率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务。
“营改增”试点企业如果没有针对“兼有”行为分开核算而导致从高适用税率的不利后果，专业化分工，设立服务专业公司，有助于控制税负，降低从高征税的风险。
纳税人从事“混业经营”的，应分别核算适用不同税率或征收率的销售额，未分别核算销售额的，按以下方法从高适用税率或征收率：
（1）兼有不同税率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务的，从高适用税率。
（2）兼有不同征收率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务的，从高适用征收率。
（3）兼有不同税率和征收率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务的，从高适用税率。
“营改增”试点纳税人兼有上述适用不同税率或征收率的增值税应税行为，但未能对上述应税行为分别核算的，则根据其实际经营的应税事项中适用最高一档的税率或征收率进行征收。
值得注意的是，“营改增”应税服务中，有部分应税服务适用其税率时，必须以纳税人具备某种资质、资格为前提，比如商场销售空调的同时提供送货上门、安装服务，其中送货服务在“营改增”之前就属于营业税征收范围，这就属于混合销售行为，但是在“营改增”后，该商场取得《道路运输经营许可证》和《车辆运营证》后，由于运输属于“营改增”应税服务范围，因此该项业务就不再是混合销售行为。如果商场能分开核算各自的收入，运输收入可以适用11%的增值税税率。如果将运输业务分离出来，设立一个运输子公司或分公司，可以降低税务风险。
“营改增”后的混业经营，如果销售货物同时提供运输装卸服务，可能与增值税的价外费用有交叉的情形；如果企业的“混业经营”业务被认定为价外费，将存在补税风险。
《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定，条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
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