企业投资活动持有阶段主要考虑的税收问题是取得投资收益和投资成本的变化涉税风险管控。
（1）个人以现金资产、承担债务方式支付对价取得的股权按照支付的现金、承担债务的金额、缴纳的相关税费（主要是印花税、交易手续费）确定投资成本，发生中介费用的，如能取得合法的凭据也应计入投资成本。
（2）有限公司、股份公司用留存收益和除资本溢价（股本溢价）之外的资本公积转增个人股本，视同“先分配，再投资”，需按照“利息、股息、红利所得”计征个人所得税，因此应相应追加投资成本。对资本溢价（股本溢价）转增个人股本，不得追加投资成本处理。
（3）股权受让价格中包括目标公司留存收益的，投资成本按照实际支付的股权受让价格确定，不应扣除留存收益。
（4）个人持股期间，主要是各种形式的红利、股息是否要缴税。税法规定，个人投资者从公司制企业取得的股息、红利，按“利息、股息、红利所得”计征个人所得税，税率20%，税款由支付所得的单位代扣代缴。
（5）股息所得扣缴义务发生时间应当是扣缴义务人将属于纳税义务人应得的利息、股息、红利收入，通过扣缴义务人的往来会计科目分配到个人名下，收入所有人有权随时提取，在这种情况下，扣缴义务人将利息、股息、红利所得分配到个人名下时，即应认为所得的支付，应按税收法规规定及时代扣代缴个人应缴纳的个人所得税。
（6）个人投资者受让股权后取得的股息、红利，由于股息、红利所得实现的时间以宣告分配为标志，因此，个人投资者从被投资企业取得的股息、红利，无论是投资前实现的，还是投资后实现的，都应当按照股息、红利所得计征个人所得税。投资成本仍然是按照取得股权实际支付的对价确定（不得扣除留存收益）。
如果股权受让价格中包括目标公司留存收益，只能递延到个人将受让的股权再次转让时才能在税前扣除。纳税人解决这个问题的唯一方法是在受让股权时，事先安排“先分配，再收购”。无论转让方、受让方是居民企业、非居民企业，还是我国居民个人、外籍个人，这种税务安排对双方都是有利的。
（7）被投资企业留存收益不分配，不可以对个人投资者征收个人所得税。股息分配是股东会的权限。个人所得税法规定：向个人支付所得的单位和个人是扣缴义务人，未支付所得，不应扣缴个人所得税。
为避免“公款私用”，税务机关加强了对个人投资者将本人及家庭成员的消费性支出以费用报销方式加大企业成本，或者投资者本人或家庭成员向公司借款不归还等方式逃避税款行为的监管。财税〔2003〕158号文件和财税〔2008〕83号文件规定：如果个人股东或家庭成员向公司借款到纳税年度末（指超过一年）不归还，又不用于本企业经营的，视同分配，按“利息、股息、红利所得”征税。
（8）上市公司发放股票股利，个人所得税款按面值计算。公式如下：
应纳税额=送股数×股票面值1元×50%×20%
=流通股自然人股东股数×10%
在未派发现金股利的情况下，自然人股东的个人所得税是无法代扣的，应当在送股的同时，派发少量的现金股利。
（9）个人转让股权过程中取得的违约金收入规定，股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，按照“财产转让所得”缴税。
（10）公司清算，如何计算个人所得税？应当按照财产转让所得计征个人所得税。公司清算主要有三个步骤：资产处置、按顺序偿债、剩余财产分配。
个人投资者取得的清算分配=（目标公司股本+目标公司留存收益）×股权比例
其中：
目标公司留存收益=经营期累计留存收益+（清算损益-清算所得税）
应纳税额=（个人投资者取得的清算分配-投资成本）×20%
其中：
投资成本=初始投资成本+追加投资成本（含目标公司用留存收益、除资本溢价外的资本公积转增个人股本的金额）
个人溢价减资，则必须按照财产转让所得征收个人所得税。
（1）以支付现金取得的长期股权投资，应当按照实际支付的购买价款作为初始投资成本。初始投资成本包括与取得长期股权投资直接相关的费用、税金及其他必要支出。但所支付价款中包含的被投资单位已宣告但尚未发放的现金股利或利润应作为应收项目核算，不构成取得长期股权投资的成本。
（2）以发行权益性证券方式取得的长期股权投资，其成本为所发行权益性证券的公允价值，但不包括应自被投资单位收取的已宣告但尚未发放的现金股利或利润。为发行权益性证券支付给有关证券承销机构等的手续费、佣金等与权益性证券发行直接相关的费用，不构成取得长期股权投资的成本。该部分费用应自权益性证券的溢价发行收入中扣除，权益性证券的溢价收入如不足冲减的，应冲减盈余公积和未分配利润。
（3）投资者投入的长期股权投资，应当按照投资合同或协议约定的价值入账，投资者投入的长期股权投资的初始计量与计税基础是一致的。
（4）以债务重组方式取得的长期股权投资。a以非现金资产抵偿债务方式取得的长期股权投资。债务重组准则和企业所得税法均规定，以非现金资产抵偿债务的，债权人应当对受让的非现金资产按其公允价值入账。b以债转股方式取得的长期股权投资。债务重组准则和企业所得税法均规定，将债务转为资本的，债权人应当将因放弃债权而享有的股份的公允价值确认为对债务人的投资，即以债务重组方式取得的长期股权投资的初始计量与计税基础一致。
（5）以非货币资产交换方式取得的长期股权投资的会计成本，在公允价值模式下，应以换出资产的公允价值为基础确定。如果换人投资的公允价值更加可靠，则以换人投资的公允价值为基础确定。在成本模式下，换人投资的成本按照换出资产的账面价值加上应支付的相关税费确定，不确认损益。
税务处理：以非现金资产换取其他资产，应当视同销售计算资产转让所得，换入投资的成本应当以换出资产的公允价值为基础确定。因此，在公允价值模式下，长期股权投资的初始计量与计税基础一致。采用成本模式计量的投资，其计税基础与会计成本不同。换出资产需视同销售调整应纳税所得，未来处置该项投资计算股权转让所得（或损失）时，按计税基础扣除。
（6）财政部印发的《企业会计准则解释第3号》中采用成本法核算的长期股权投资，除取得投资时实际支付的价款或对价中包含的已宣告但尚未发放的现金股利或利润外，投资企业应当按照享有被投资单位宣告发放的现金股利或利润确认投资收益，不再划分是否属于投资前和投资后被投资单位实现的净利润。
税务处理：《企业所得税法实施条例》第十七条、第八十三条规定，当被投资方作出利润分配决定之日，投资方应当确认股息、红利所得。居民企业直接投资于其他居民企业取得的股息、红利所得免征企业所得税。但连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益，不得享受免税优惠。
（7）长期股权投资在按照规定进行核算确定其账面价值的基础上，如果存在减值迹象的，应当按照相关准则的规定计提减值准备。其中，对子公司的投资，应当按照资产减值准则的规定确定其可收回金额及应予计提的减值准备；企业持有的对被投资单位不具有共同控制或重大影响、在活跃市场中没有报价、公允价值不能可靠计量的长期股权投资，应当按照金融工具确认和计量准则的规定确定其可收回金额及应予计提的减值准备。计提减值准备时，应借记“资产减值损失”科目，贷记“长期股权投资减值准备”科目。长期股权投资减值一经计提不得转回，处置长期股权投资时，相应结转减值准备。税务处理：通常情况下，税法只允许长期股权投资在转让或清算时，确认实际发生的损失。在长期股权投资被处置前，不得确认任何损失。依据企业所得税法实施条例的规定，企业计提的长期股权投资减值准备不得在税前扣除。“资产减值损失”科目的金额，应当调增应纳税所得额。
（8）处置长期股权投资，其账面价值与实际取得价款的差额，应当计入当期损益。企业因收回、转让或清算处置股权投资而发生的权益性投资转让损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和股权投资转让所得，超过部分可向以后纳税年度结转扣除。企业股权投资转让损失连续向后结转5年仍不能从股权投资收益和股权投资转让所得中扣除的，准予在该股权投资转让年度后第6年一次性扣除。
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