总体来讲，自贸区原产地规则与普惠制原产地规则同属优惠性原产地规则，在原产地规则结构、用语、操作程序、行政合作内容等方面基本相似。自贸区原产地规则与普惠制原产地规则均将货物分为完全原产品和非完全原产品；对非完全原产品采用增值、加工标准或其组合，对采用加工标准的产品通常列有专门的加工清单（或产品特定原产地标准清单）；对申请享受优惠待遇的货物一般要求从出口国直接运往进口国；一般要求提供由授权机构签发的原产地证书；签证机构要在对方国家进行备案，并规定了签证核查程序等。
普惠制是发达国家给予发展中国家出口制成品和半制成品（包括某些初级产品）一种普遍的、非歧视的、非互惠的关税优惠制度。该制度是关贸总协定原则的例外中对发展中国家的一项最重要的差别待遇制度[8]。自贸区是当前区域经济合作的最主要形式，它与以WTO为代表的多边贸易体制相辅相成，互为补充。自由贸易区的建立必须遵守WTO的一般原则和规则，但在市场准入方面，自贸区成员方相互给予的待遇可以比双方在最惠国待遇基础上给予其他WTO成员的条件更加优惠，在市场开放程序上自贸区比WTO更进一步。概括起来，自贸区原产地规则与普惠制原产地规则有以下方面的不同。
（一）产生时间不同
普惠制产生的根本原因是，在关贸总协定成立后，由于经济条件和经济发展的不平衡，发展中国家无能力与发达国家对等实施关税减让，也无力同样严守总协定的最惠国待遇和互惠原则。1970年10月第25届联合国大会决定由18个国家为普惠制的给惠国。1971年7月1日，欧洲经济共同体第一个公布并执行普惠制方案及相应的原产地规则，此后普惠制原产地规则才在世界范围内慢慢地实施起来。关于自贸区，关贸总协定1947年成立之初，即在协定的第24条（适用的领土范围、边境贸易、关税联盟和自由贸易区）对自由贸易区的定义及组成方式作出明确的规定。早在20世纪五六十年代，欧洲、南美洲以及非洲就成立了各种各样的自由贸易区、关税同盟和经济共同体，其中西欧的两个经济合作组织（欧共体和欧洲自由贸易联盟）因制定了合理有效的原产地规则而在区域经济合作中取得了较大成效，其他大部分发展中国家组成的经济合作组织因缺少对原产地规则的认识和利用而如昙花一现，先后退出了历史舞台。
（二）主体及其地位不同
自贸区是一种平等、互利、互惠的经贸安排，它能更好地促进两国经贸合作。自贸区原产地规则谈判的主体可以基于平等的地位进行磋商并实施各自在自由贸易协定中的承诺。而普惠制的当事主体为给惠国和受惠国。给惠国是向发展中国家的产品给予优惠关税待遇的发达国家，受惠国是向发达国家出口产品并享受优惠关税待遇的发展中国家。因此，给惠国往往要结合本国的国情单方面制定普惠制原产地规则和实施方案，再以政府法令的形式定期或不定期地公布。而受惠国一般无法平等地与给惠国就原产地规则的制定问题进行谈判。
（三）适用范围不同
自贸区的传统含义是指缔约方之间相互取消货物贸易关税和非关税贸易壁垒。但是最近几年，自贸区出现了新的变化，其内容不仅包括货物贸易自由化，而且涉及服务贸易、投资、政府采购、知识产权保护、标准化等更多领域的相互承诺。因此，自贸区的原产地规则适用领域也涉及货物贸易、服务贸易和投资等多个领域。而普惠制仅涉及货物贸易部分，主要包括给惠产品范围、关税削减幅度、保护措施、受惠国家和地区及有效期等基本要素，普惠制的原产地规则适用范围也仅限于货物贸易。
（四）目的不同
自贸区作为区域经济整合的一种方式，目的在于通过免除区域内成员国关税及非关税限制，消除成员国间经贸差别待遇，扩大区域内成员国相互贸易和投资。因此，自贸区原产地规则的制定需要符合缔约方的产业水平和发展需要，促进双边贸易和投资的合作，侧重实现缔约方的经济利益。而建立普惠制的目的是增加发展中国家出口收益，促进发展中国家工业化及加速发展中国家的经济增长。就整体而言，实施普惠制原产地规则主要是为了缓和发展中国家和发达国家之间的矛盾，协调国际贸易格局。因此普惠制原产地规则的制定侧重于政治目的的实现。
（五）稳定性不同
普惠制虽然是发达国家向发展中国家履行的一项义务，但它并非法律上的义务，而仅是道义上的义务，不具有法律的强制性。正因如此，发达国家在实施普惠制时在原产地规则方面会作出许多限制和随意变更，有时还增设敏感产品等例外条款。发达国家还通过单方面实施毕业制度[9]等手段，把原产于受惠国的有竞争力的产品尽快“毕业”出去，取消其在普惠制中的受惠资格。而自贸区原产地规则是缔约方之间本着互惠互利的原则，通过平等谈判达成的结果，按照协定既定的降税时间表的进度要求实施相互的关税优惠，具有充分的透明度、可预见性和稳定性，有利于缔约各方的外贸企业充满信心地进行业务活动。
（六）前景不同
普惠制自20世纪70年代初实施以来，已经过了三十多年的发展，为发展中国家扩大出口、增加外汇收入、加快经济发展起到了积极的促进作用。随着受惠国或其某项出口产品在国际市场上的竞争力越来越强、市场份额越来越大，发达国家开始采取国家毕业或产品毕业制度，取消该受惠国或其该项产品享受普惠制关税优惠的资格。1989年美国即对新加坡、韩国、中国台湾和香港采取了毕业制度。其他给惠国也纷纷仿效。欧盟是我国签发普惠制证书最多的地区，它也多次修改普惠制方案致使受惠国及其产品“毕业”。欧盟颁布的《2006—2008年普惠制方案（980/2005号条例）》规定，自2006年1月1日起对我国绝大多数出口工业产品予以“毕业”裁定，只剩前5类和第21类给予普惠制，主要为农产品和工艺品。而我国对欧盟的出口产品主要为机电产品和纺织品，因此我国基本上不再可能从欧盟新普惠制方案中获得关税优惠。普惠制适用范围的缩减必将导致普惠制原产地规则适用的弱化。
80%以上的自贸区是近十年来建立的，自贸区的建立呈快速上升趋势。在多哈回合谈判前景暗淡的情况下，各国通过自贸区寻求与有关国家的联合，加强利益捆绑，共同减缓全球化的无序冲击，争取在更大市场范围内配置资源，提高经济效率。建立自贸区已经成为世界上大多数国家的共识，因此对自贸区原产地规则的应用和研究也将成为贸易商和管理者聚焦的新亮点。
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