抗日战争爆发后，沿海各省相继沦陷，国家处于海上封锁状态，大西北和大西南成了抗日的后方。为了打破日军的经济封锁，在西南修了滇缅公路和中印秘密公路，接受英美等盟国对我国的援助。在西北，由于1937年8月中国与苏联签订了互不侵犯条约，苏方决定在经济和军事上给予中国抗战巨大的援助。在此情况下，河西地区的战略地位显得空前重要，特别是公路建设更为突出，由于当时，苏联援华物资已从阿拉木图向乌鲁木齐起运，国民政府随即电令甘肃省主席贺耀祖以最快的速度整修甘新公路，为战略物资的运输提供最大的方便。
甘新公路是从甘肃兰州至新疆的唯一交通要道，它是丝绸古道的中段。在中国古代悠久的历史长河中，这一交通要道曾为中西经济文化的交流发挥了积极的作用。贺耀祖受命后，以省政府的名义组织了一个甘新公路工程总队具体负责施工，同时保荐控制河西地区的马步青为甘新公路督办，以便得到马的协助与支持。甘新公路建成通车后，打破了张掖交通闭塞的状况，再加上张掖抗战后方的地位，经济开始复苏。苏联援华物资的运输车源源不断经过张掖，西北汽车运输公司的货车和客车，私人的商车，也到达张掖。张掖设立了汽车站，有了汽车修理厂。张掖的农产、畜产品、副产品大量外运，刺激了张掖的农业经济。抗日战争期间，张掖的社会秩序，与军阀混战时期相比较，出现了相对的稳定。
1937年禁种鸦片，农民解除了种烟之累，增加了农业的投入。在抗日战争时期，张掖的农业得到了稳定缓慢的发展，速度高过人口的发展。到抗战胜利的1945年，仅张掖县总播种面积就发展到646，647亩，各类作物的播种面积和产量为：小麦191020亩，277057石，大麦18438亩，25435石，青稞65789亩，91700石，豌豆4018亩，4965石，扁豆130亩，167石，谷子147700亩，213993石，糜子114536亩，163744石，蚕豆18265亩，29954石，燕麦111亩，398石，荞麦9281亩，9305石（以上谷物全计579190亩，860041石）洋芋30786亩181485担，胡麻23256亩，13163石，棉花10625亩，1567担，大麻129亩，142担。其他2261亩。
随着交通运输的发展，农副产品和药材产量连年增长。1943年，全县年产发菜7万斤，蘑菇1.8万斤，白瓜子5万斤，辣椒8万斤，大黄10万斤，甘草8.1万斤。羌活7万斤，杏仁9000斤，车前1000斤，柴胡1500斤，苁蓉1400斤，锁阳300斤，红花500斤，荆芥1.2万斤，枸杞500斤，麝香32斤，鹿茸40斤。
在抗日战争后期，张掖县的自耕农占62.37%，半自耕农占25.54%，佃农占12.09%。租佃形式为谷租和分租。
抗日战争期间，有识之士已在张掖推广农业技术。1942年，张掖已有农业推广所、农业试验场、张掖中心苗圃、农校等农业科技机构，在张掖进行农业生产试验和农技推广，改良品种，种植棉花和甜菜，防治病虫害，成为张掖科技兴农先驱。
抗日战争的胜利，给张掖人民带来了喜悦和希望。张掖的农业生产出现了突飞猛进的势头。经统计，1946年，张掖县的总播种面积达到了67万亩，比1945年增长9.65%，是张掖县民国时期播种面积年增长率最高的一年，谷物播种面积达到60.4万亩，谷物总产量达到897237石。
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