巴基斯坦政府在美国的压力下，宣布与阿富汗塔利班政权断交，并积极配合美国主导的反恐战争。但是巴基斯坦政府此举却在某种程度上引发了巴基斯坦国内民意的反弹，进而造成穆沙拉夫总统在同情塔利班和反美的主流民意与美国之间受到双重挤压，处境十分艰难。故而自2005年以来，巴基斯坦政府降低打击塔利班的力度，美巴关系亦因此陷入进退维谷的尴尬境地。
2006年3月4日，美国总统小布什在上任6年后终于踏上巴基斯坦的土地，对反恐盟友巴基斯坦进行正式访问。到达巴基斯坦当天，小布什总统与穆沙拉夫总统进行会谈。随后，小布什总统与穆沙拉夫总统举行联合记者招待会。小布什总统的讲话当场就让穆沙拉夫总统极为难堪：“我今天的任务之一就是确定这位总统（穆沙拉夫）是否像过去承诺的那样将恐怖分子绳之以法。（我现在确定）他是这样做的。他很理解，我们的策略所需要的是要能够打败敌人。”在经过几秒钟沉默以后，小布什总统转头询问穆沙拉夫总统：“你想就此事说点什么吗？”极为尴尬的穆沙拉夫总统立刻再次重申反恐的决心，并指出，如果巴基斯坦与美国的反恐合作出现疏失，那也只是在落实时出现的失误。[67]小布什总统这段备受外界批评的言辞其实是要确认穆沙拉夫总统是否真的支持美国反恐。小布什总统这种做法显然是将穆沙拉夫总统视作等待老师检查学习成绩的小学生，不仅可以体现小布什总统无所顾忌的牛仔作风，亦可凸显小布什总统对穆沙拉夫总统领导的巴基斯坦反恐绩效的不满。
2006年9月2日，巴基斯坦政府与北瓦济里斯坦部落区内亲塔利班的普什图部落武装签署和平协议，同意撤出进驻北瓦济里斯坦部落区的上万名巴基斯坦政府军，以换取亲塔利班的普什图部落武装放下武器，停止攻击巴基斯坦政府军士兵和进入阿富汗从事针对阿富汗政府军和北约联军的袭击。[68]这次和平协议的签署其实只是巴基斯坦政府一系列媾和行动中的一个步骤。2005年，巴基斯坦政府在南瓦济里斯坦部落区与亲塔利班的普什图部落武装签署和平协议，2006年在北瓦济里斯坦部落区签署和平协议，2007年3月26日在巴焦尔部落区签署和平协议。[69]巴基斯坦政府三次与亲塔利班的普什图部落武装媾和以后签署的和平协议内容大致相仿。巴基斯坦政府与亲塔利班的普什图部落武装媾和的主要动机是在配合美国反对恐怖主义和顺应巴基斯坦国内民意之间寻求一种最有利于巴基斯坦国家利益的微妙平衡。从巴基斯坦的国内民意来看，反对恐怖主义并未得到巴基斯坦民众的显著支持，而宗教激进主义和反美意识却深入人心。巴基斯坦政府因此陷入进退维谷的两难境地。巴基斯坦政府一方面希望继续同美国维持反恐盟友的紧密关系，进而获取美国的外交支持和经济军事援助，但另一方面又不能不顾忌巴基斯坦本国强大的民意压力，因此寻求一种微妙的平衡也是两难处境下的无奈之举。
2006年9月中旬，穆沙拉夫总统到访纽约参加联合国大会。联合国大会结束以后，穆沙拉夫总统来到华盛顿，开始对美国进行正式访问，而2006年9月2日巴基斯坦政府与北瓦济里斯坦部落区内亲塔利班的普什图部落武装达成的和平协议受到美国的仔细检视。9月22日，穆沙拉夫总统与小布什总统举行会谈以后，穆沙拉夫总统与小布什总统在白宫举行联合记者招待会。在此次联合记者招待会上，穆沙拉夫总统郑重申明：巴基斯坦政府与亲塔利班的普什图部落武装的停火协议“不是与塔利班的交易，事实上，它是打击塔利班的协议”。穆沙拉夫总统指出：和平协议划出三条底线，即在巴基斯坦西北边省普什图部落地区，一不容许有基地组织活动，二不容许有塔利班活动，三不容许那里被塔利班化。接着，穆沙拉夫强调：自己就和平协议问题已经向小布什总统做出解释，而小布什总统也对其解释表示满意。小布什总统在回答记者问题时也很给穆沙拉夫总统面子：“当总统先生（穆沙拉夫）看着我的眼睛说，与普什图部落武装的和平协议旨在让普什图民众拒斥塔利班，不允许塔利班和基地的存在，我是相信他的。”[70]尽管小布什总统重申对穆沙拉夫总统的信任，但是小布什总统失言的插曲无疑还是泄漏了其对巴基斯坦反恐成效的质疑，以及派美军进入巴基斯坦展开反恐战争的想法。在穆沙拉夫总统与小布什总统会晤前的9月20日，小布什总统在接受美国有线电视新闻网（CNN）访谈时表示：如果确定奥萨马·本·拉登在巴基斯坦，他会毫不犹豫地下令美军进入巴基斯坦境内，将奥萨马·本·拉登绳之以法。小布什总统这个语气强烈的表态让正在纽约出席联合国大会的穆沙拉夫总统极为不悦。穆沙拉夫总统表示：巴基斯坦会自己从事追捕恐怖分子的行动。[71]
尽管在台面上，美国还是对巴基斯坦和颜悦色，但台面下却对巴基斯坦政府与亲塔利班的普什图部落武装媾和颇有怨言，认为这其实是把联邦直辖部落区控制权拱手让给塔利班。媾和并不会使亲塔利班的普什图部落武装分子放下武器，或停止进入阿富汗从事针对阿富汗政府军与北约联军的袭击。美国认为：南瓦济里斯坦部落区、北瓦济里斯坦部落区和巴焦尔部落区这三个半自治的普什图部落区是塔利班分子进入阿富汗从事恐怖活动的大本营，而且奥萨马·本·拉登、艾曼·扎瓦希里以及基地组织许多成员很有可能就躲藏在这三个普什图部落区内部。巴基斯坦政府军放弃在联邦直辖部落区的反恐努力，不但将使阿富汗的安全形势恶化，还会让一度躲躲藏藏的基地组织分子可以毫无顾忌地公开活动，进而导致美国的全球反恐战略遭到基地组织等恐怖主义组织的严峻挑战。
此后，阿富汗每况愈下的安全局势似乎证实对美国对巴基斯坦反恐不力的指责。自巴基斯坦政府与亲塔利班的普什图部落区武装的和平协议签订以来，塔利班和基地组织发动的袭击大幅增加，阿富汗战争面临安全形势急转直下的转折点。塔利班和基地组织在阿富汗颇有“起死回生”的征兆。这迫使美军在阿富汗的北约联军最高指挥官詹姆斯·琼斯在2006年9月7日的一场记者会上，罕见地公开要求北约增加派驻阿富汗的士兵。[72]更为糟糕的是，巴基斯坦联邦直辖部落区已经成为塔利班和基地组织的“国中之国”。美国情报官员确信：基地组织正在巴基斯坦重建其组织架构和训练基地。基地组织将南瓦济里斯坦部落区和北瓦济里斯坦部落区建成其全球活动中心，设有训练营、武器库、收容所与对外联络系统。“911”事件以后，发动攻击的基地组织恐怖分子大多被捕或被击毙，但新一代的基地领导人已经逐渐在巴基斯坦联邦直辖部落区浮现。[73]
因此，巴基斯坦政府与亲塔利班的普什图部落区武装的和平协议签订以来，美国对于巴基斯坦反恐表现欠佳的不满是一浪高过一浪：从美国国会、智库，到主流媒体，都向小布什政府提出质疑，认为巴基斯坦没有善尽盟友的职责，放任塔利班重新崛起。美国国会希望提高对穆沙拉夫总统的施压力度。美国众议院已经通过法案，规定：除非美国总统满意巴基斯坦的反恐表现，否则将停止对巴基斯坦的经济和军事援助。[74]在台面上力挺穆沙拉夫总统的小布什总统终于顶不住外界的压力，派出重量级人士警告穆沙拉夫总统：如果巴基斯坦政府军不积极追捕恐怖分子，美国国会可能会停止对巴基斯坦的援助。承担这个使命的是美国国防部长罗伯特·盖茨和副总统迪克·切尼。一名美国高层官员指出：“他（穆沙拉夫总统）在过去几个月做出一些保证。我们目前向他传达的讯息是：唯一重要的是结果。”[75]
2007年2月12日，美国国防部长罗伯特·盖茨被小布什总统授予特命全权，为推进反恐战争而来到巴基斯坦首都伊斯兰堡。在穆沙拉夫总统的家中，罗伯特·盖茨国防部长向穆沙拉夫总统传递了三个重要讯息：第一是美国不会抛弃巴基斯坦，美国将继续与巴基斯坦展开合作；第二是愿意为解决巴基斯坦和阿富汗的矛盾起到建设性调解作用；第三是要求巴基斯坦阻止越界进入阿富汗的塔利班分子。同时，罗伯特·盖茨国防部长还向穆沙拉夫总统保证：“美国已经忽视巴基斯坦达20年之久，今后不会再犯这样的错误。”巴基斯坦分析人士认为：罗伯特·盖茨国防部长所说的不会抛弃和忽视巴基斯坦有双重含义：第一重含义是表示美国将继续对巴基斯坦提供军事和经济援助；第二重含义是暗示美国对所有因为巴基斯坦反恐不力而引发的恐怖袭击和越界渗透心知肚明，美国不会忽视巴基斯坦对塔利班分子越过巴阿边界进行越界渗透的消极作用。这无疑暗含敲打巴基斯坦的意味。总之，监督巴基斯坦继续进行反恐斗争，要求巴基斯坦继续与美国展开反恐合作，彻底打败塔利班是罗伯特·盖茨国防部长这次访问巴基斯坦的主要目标。[76]
罗伯特·盖茨国防部长刚离开巴基斯坦不久，2007年2月26日美国副总统迪克·切尼也前往巴基斯坦进行访问。在巴基斯坦首都伊斯兰堡，迪克·切尼副总统敦促穆沙拉夫总统加强追捕联邦直辖部落区的恐怖分子。在迪克·切尼副总统与穆沙拉夫总统的会谈结束后，巴基斯坦政府在官方声明中表示：迪克·切尼副总统对“联邦直辖部落区内部基地组织的重整旗鼓表示忧心，并要求采取一致行动反制这项威胁”。这份官方声明指出：迪克·切尼副总统对“所获情报显示，塔利班即将对阿富汗联军发动春季攻势传达美国的严重关切”。[77]据媒体报道，专程从美国飞来的中央情报局副局长斯蒂芬·卡佩斯带着确凿的证据参与这次迪克·切尼副总统与穆沙拉夫总统的会谈。美国官员没有对这些证据进行更多的描述，但是据情报界的一些人透露，中情局在近期获得的监视照片中，可能已经发现奥萨马·本·拉登或艾曼·扎瓦希里在巴基斯坦活动的行踪。第二天，即2月27日发生的事情似乎对这个传闻提供了佐证。2月27日，美国国家情报局局长麦克奈尔对奥萨马·本·拉登的行踪做出最为肯定的一次说明：奥萨马·本·拉登藏匿在巴基斯坦并且正在积极重建基地组织。[78]
巴基斯坦感受到美国的强大压力，一方面极力为自己辩解，另一方面做出一些姿态来配合美国主导的反恐斗争。巴基斯坦政府对于反恐不力的指责，一贯做出如下回应：巴基斯坦已经在努力打击塔利班。巴基斯坦政府三年来向巴阿边境的联邦直辖部落区调派约80000大军，在反恐斗争中牺牲700多名士兵，损失不可谓不惨重。美国著名智库布鲁金斯学会研究员布朗指出：“在美国持续的压力下，我们将会看到零星的扫荡基地组织的行动，选择性地捕捉基地组织的中层领导分子，以安抚美国。”[79]这个判断似乎与事实相符。迪克·切尼副总统刚离开巴基斯坦，巴基斯坦就在俾路支斯坦省首府奎达市逮捕阿富汗塔利班政权的国防部长阿胡德。一位不愿透露姓名的巴基斯坦安全官员称，阿胡德是在2月26日晚些时候被抓获的，时间就在迪克·切尼副总统到访巴基斯坦以后几个小时。这是自阿富汗塔利班政权倒台以来，巴基斯坦首次逮捕塔利班的高级成员。巴基斯坦官员称，逮捕阿胡德是根据情报事先策划而采取的行动，并非是给迪克·切尼副总统到访的“献礼”。[80]但是，两个时间点如此接近，很难让人不觉得这是一次时机拿捏精准的反恐表态。穆沙拉夫还关闭了几个阿富汗难民营，使美国不满的声浪暂时平息下来。
虽然美国对穆沙拉夫总统的反恐表现颇多怨言，但是也理解穆沙拉夫总统的艰难处境，对穆沙拉夫总统的施压总是点到为止，以避免危及穆沙拉夫总统的政权稳定。因为除穆沙拉夫之外，小布什政府并没有后备人选，能够保证在穆沙拉夫总统下台以后还会继续大力配合美国反对恐怖主义。而穆沙拉夫从2007年年初就遭遇一连串的严峻挑战。先是在2007年3月，穆沙拉夫总统以滥用权力为由，暂停巴基斯坦最高法院首席大法官乔杜里的职权。此举引来巴基斯坦律师的大规模示威游行，最终演变为警察与示威民众之间的暴力冲突。随后数月中，数百名奉行宗教激进主义的武装分子控制了位于巴基斯坦首都伊斯兰堡的红色清真寺，导致巴基斯坦政府军在2007年7月中旬攻入红色清真寺，用武力终结巴基斯坦政府和奉行宗教激进主义的武装分子之间几十天的紧张对峙。这两个事件分别从司法独立的世俗层面和宗教层面严重损害了穆沙拉夫政府的合法性，拖累其已经每况愈下的支持率。而乔杜里大法官的最终复职和极端分子接二连三的报复行动又将穆沙拉夫总统带入十分困难的境地。有鉴于此，美国大力推动穆沙拉夫总统与流亡海外的巴基斯坦世俗派领袖贝·布托达成权力分享计划，让穆沙拉夫可以顺利连任总统，不致成为无法配合美国反恐的“跛脚鸭”。
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