由于清末废科举时对科举的评价以偏概全，科举制在一般中国人的心目中已形成了坏印象，现在要还历史本来面目，需要澄清许多误解。一个世纪之后，我们应该认识到，科举并非传统社会的万恶之源。科举被废，主要不是因为其制度太坏，而是因为后来科举考试内容不适应时代的需要，特别是八股文拖累了整个科举制度。但是，经过1901年的洗心革面，科举制的考试内容和文体几乎是脱胎换骨了，以往人们认为很坏的八股文已不存在，要说科举制很坏的主要理由也已消失。只是由于科举的向心力太大，阻碍了新式学堂的兴办。在清末内忧外患的时代背景下，在西学东渐和外来势力强力介入的情况下，科举制的废止实际上是清末时代背景下的必然结果。
在主张为科举制平反的论著中，我虽然引用过从梁启超到现代学者不少否定废科举的言论，但自己却从未直接否定过废科举这一历史事件，且向来认为科举制在近代的衰废，是因为社会环境已发生了根本的变化，科举制已无法适应新的时代，因此，科举制的终结是当时特定社会历史条件下的必然。现在，我更进一步认识到，废止科举是19世纪末20世纪初东西方文明冲突的必然结果和典型事例。具体地说，当时这种文明冲突包含基督教文明与儒教文明的冲突[13]，以及工业文明与农业文明的冲突。
在近代以前，东西方本是两个各自独立运行的文明体系。如果没有外来因素的介入，中国可能在相当长的时期中都很难走出古代的历史空间，可能很久都不会发明蒸汽机或自动产生共和政体。到19世纪，无论是技术还是学术方面，中国与西方已有相当大的差距，存在着相当大的文明落差。科举被废，不仅是时代变迁的缘故，实际上也是文明的不同与落差所导致的结果。
处在清末“数前年未有之大变局”的时代，中国许多传统的制度在欧风美雨的冲击之下都逃脱不了被彻底否定的命运。例如，书院的命运便与科举十分类似。书院在其存在的一千多年历史上，大部分时间都是进行教育活动的场所，虽然也有其局限，但总体而言，书院的积极意义还是主要的。但是，到了清末，多数书院都变成应举的预备机构，也被人们视为与学习西学为主的学堂相对立的旧学的堡垒。在当时特定的时代背景中，似乎学堂代表进步，书院代表落后，尽管有些新式书院实际上是在教育新学。在戊戌变法期间，康有为不仅奏过《请废八股试帖楷法改试策论折》，而且也上过《请饬各省改书院淫祠为学堂折》。当时许多有识之士也对书院的弊端大加抨击，例如熊希龄等人所呈《湘绅公恳抚督院整顿通省书院禀稿》[14]，便详细列举过清末湖南众多书院的各种积弊。到1901年9月，朝廷发布上谕，令所有书院一律改为学堂，宣告了书院这一中国传统的教育组织形式退出了历史舞台。
书院被彻底否定之后相当一段时间，在多数中国人的心目中也是一个负面的名词。1949年以后直到“文革”期间，书院在大陆基本上也是被否定的旧事物。只是在20世纪80年代以后，人们才逐渐认识到书院其实是我们的国粹之一，它在清末被西式学校所取代，并不意味着总体上应该被否定。理解了这一点，我们也就较易理解为什么科举制被废止，并不意味着科举制就该彻底否定。在1300年中国科举史上，有大约1240年的时间，科举制是适应当时的时代和社会的。只有当西学东渐、国门被迫打开之后，科举制才日益与时代脱节。将科举说成是落后腐朽的封建制度，可以说是20世纪中国文化的最大冤案之一。
科举制被废止的时代，不仅是西方文明与东方文明发生剧烈冲突的时代，实际上也是传统的农业文明逐渐被现代工业文明所取代的时代。在社会进化的过程中，许多传统的事物都逃脱不了被淘汰的命运，例如，马车被动力机车所取代、线装书被西式印刷书所取代、犁被拖拉机所取代等等，因为在时代飞速发展的情况下，传统社会原有的许多事物已变得落后了，被淘汰是必然的结果。但是，今天我们在看待马车、线装书、犁等东西的时候，应该历史地看其价值与作用。
在传统社会，教育和考试以人文知识为主要内容，西方的中世纪大学和东亚的书院、科举皆然。只有到文艺复兴，特别是工业革命之后，教育的内容才逐渐转移到自然科学方面来，注重自然科学的内容，即所谓的实科，是工业文明时代教育的重要特征。在19世纪末20世纪初，伴随着坚船利炮强劲东来的西学代表的是先进的工业文明，已十分强调科技的重要性。而当时的中国还处于农业文明的时代，科举考试内容基本上还停留在古代的古典人文知识，自然逃脱不了被停废的命运。正如美国历史学家威尔·杜兰便指出：“当这个制度以及由这个制度而带起的整个文化，被那无情的进化和历史破坏推翻时，这实在是一件最大的不幸。”[15]
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