组织机构是高等职业院校存在和运行的制度体现与保障，是高等职业院校形成法人组织的必要条件，是学校实现有效治理的基础。高等职业院校的权力结构由行政权力、学术权力、其他利益群体权力组成。行政权力的主体是学院各管理层次中的领导和辅助人员，学术权力的主体是各学科领域、各专业中的专家、教授，其他利益群体权力的主体则是一般教职工和学生。同时，高等职业院校的组织机构通常是由权力机构、学术机构等构成，每一机构执掌学校不同的权力，从而在合作与制衡中实现学校的运行。目前，由地方政府出资设立的高等职业院校的组织机构主要有以下几个基本组织机构：
一、党群系统组织机构
《中华人民共和国宪法》在序言部分明确规定了中国共产党的领导地位。《中华人民共和国高等教育法》第三十九条规定：“国家举办的高等学校实行中国共产党高等学校基层委员会领导下的校长负责制。”因此，公立高等职业院校均设有一整套党群组织机构，来行使基层党组织的权力（见图7－1）。
图7－1 高等职业学校党群系统
按照1996年4月16日中共中央组织宣传部颁布并实施的《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》之规定，高等职业院校的校党委统一领导学校工作，支持校长按照《中华人民共和国教育法》的规定积极主动、独立负责地开展工作，保证教学、科研、行政管理等各项任务的完成。其主要职责是：1．学习、宣传和执行党的路线、方针、政策，坚持社会主义办学方向，依靠全校师生员工推进学校的改革和发展，培养有理想、有道德、有文化、有纪律的社会主义事业的建设者和接班人；2．按照从严治党的方针，加强学校党组织的思想、组织、作风建设，发挥党的支部的政治核心作用、党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用；3．讨论决定学校改革和发展以及教学、科研、行政管理等工作中的重大问题；4．领导学校的思想政治工作和德育工作；5．按照干部管理权限，负责干部的选拔、教育、培养、考核和监督；6．领导学校的工会、共青团、学生会等群众组织和教职工代表大会；7．做好统一战线工作。
二、行政、教学系统组织机构
高等职业院校的行政职能部门是学校日常工作得以正常运转的管理服务部门，按照其具体分工及工作服务对象可以分为教务管理机构、人事管理机构、科研管理机构、财务管理机构等。教学系统是高等职业院校直接承担人才培养任务的教学机构，由教研室组成。高等职业院校的校长全面负责本学校的教学、科学研究和其他行政管理工作，副校长协助校长主持日常教学等工作（见图7－2）。
图7－2 高等职业学校行政、教学系统
按照《高等教育法》第四十一条之规定：高等职业院校的校长全面负责本学校的教学、科学研究和其他行政管理工作，行使下列职权：
1．拟订发展规划，制定具体规章制度和年度工作计划并组织实施；
2．组织教学活动、科学研究和思想品德教育；
3．拟订内部组织机构的设置方案，推荐副校长人选，任免内部组织机构的负责人；
4．聘任与解聘教师以及内部其他工作人员，对学生进行学籍管理并实施奖励或者处分；
5．拟订和执行年度经费预算方案，保护和管理校产，维护学校的合法权益；
6．章程规定的其他职权。
高等学校和校长办公会议或者校务会议，处理前款规定的有关事项。
三、教学工作委员会
《高等教育法》第四十二条规定：“高等学校设立学术委员会，审议学科、专业的设置，教学、科学研究计划方案，评定教学、科学研究成果等有关学术事项。”目前国内高等职业院校的学术机构，大都是根据教育部2000年1月17日颁布并实施的教高〔2000〕2号文——教育部《关于加强高职高专教育人才培养工作的意见》设立的教学工作委员会。按照该意见的规定：“教学工作委员会由直接从事教学工作、有丰富教学经验的教师和熟悉教学工作、有经验的教学管理人员组成，在院（校）长领导下，研究和决定学校教学管理工作中的一些重大问题。”实践中，高等职业院校的教学工作委员会，与普通高校的学术委员会和教学工作委员会的权力相似。
四、其他组织机构
高等职业院校还有其他的组织机构，如教职工代表大会和学生会。
（一）教职工代表大会
教职工代表大会是高等职业院校的非常设机构，是以教师为主体的教职工代表组成的，是依法保障教职工参与民主管理和监督，维护教职工合法权益的组织机构。教职工代表大会是学校民主管理的一种主要途径和基本的形式，是教职工行使民主管理权利的机构，是学校管理体制中不可缺少的组成部分。实践中教职工代表大会三年一届，代表由教职工民主选举产生，一年召开一次年会。闭会期间，由工会行使教代会工作机构职责，督促学校落实、执行教代会决议的实施情况。此外，按照《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》之规定，学校党委领导教职工代表大会，支持教职工代表大会正确行使职权，在参与学校的民主管理和民主监督、维护教职工的合法权益等方面发挥作用。
（二）学生会
学生会是学生自我管理的群众性自治组织，是全校学生利益的忠实代表，是学校联系广大同学的桥梁和纽带，以服务同学、促进全体学生全面发展为工作宗旨。学生会是在校团委指导帮助下开展工作的全校学生的群众性组织，代表的是全体学生的利益。
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