民国以后，清华校长一直由北洋政府外交部任命。随着北洋政府的不断改组，清华校长也总是在更换。从1911年到1928年，先后有周自其、唐国安、周诒春、金邦正、曹云祥、温应星等十任校长，每任平均不到两年。
1928年6月初，国民革命军占领平津，奉系军阀退出山海关，北洋政府覆灭。平津一带的国立院校统归南京国民政府管辖。清华校长温应星向南京国民政府外交部提出辞职，外交部随即派余日宣代理校长。
6月11日，南京国民政府大学院和外交部会同致电原清华学校教务长梅贻琦，委派他“暂代校务”，听候接管。这时，在清华归辖问题上，出现了大学院与外交部之间的争夺。经过两个月的讨价还价，最后大学院与外交部达成了共同管辖清华的协议，恢复了清华学堂时期由外交、教育两部共管的局面。
1928年8月，在蔡元培等人的大力举荐下，南京国民政府在取得美国公使同意后，任命罗家伦为清华大学校长。罗家伦(1897—1969)字志希。1914年考入上海复旦公学，结识了黄兴、戴季陶等国民党要人。1917年进北京大学文科，成为蔡元培的得意门生。五四运动期间，罗家伦为学生领袖之一，与傅斯年等人创办影响颇大的《新潮》杂志，提倡思想启蒙。1920年，罗家伦赴美、英、德、法等国留学。回国后，罗家伦追随蒋介石，深受蒋氏器重，曾任总司令部高级顾问、战地政务委员会教务处处长等职务，蒋介石的许多文告出自他的手笔。
1928年9月18日，罗家伦正式宣誓“受命党国”，就任第一任清华大学校长。翌年5月，罗家伦说服蒋介石、谭延闿、陈果夫等人，将清华划归教育部管辖，彻底解决了学校归属问题。罗家伦任校长后不久，强力推行军训、“党化”等举措，引起了师生的反感和抵制，有些学生宁愿冒着被开除的危险，拒绝出席早晚点名。学生对“党义”课“以废话论，置之不理”，听课者寥寥。罗家伦的专断作风遭致众人非议。时值中原大战爆发，阎锡山在北平另组“国民政府”，蒋介石在北方失势。
1930年5月20日，清华学生代表大会提出“请罗家伦自动辞职”议案，批评罗家伦钳制言论、束缚同学、滥用私人等。5月22日，罗家伦辞职离校。离校时罗家伦发表声明，表示:“学风虽致凌替，士气不可不存。”
当时实际控制华北地区的阎锡山遂任命乔万选为清华大学校长。乔万选，山西人，早年毕业于清华，曾赴美留学，先后就读于威斯康辛大学、哥伦比亚大学，获法学博士学位。回国后曾任东吴大学法学院教授、中央大学法学院副教授、山西党政学院主任等职。阎锡山的此项任命得到了上海、北平清华同学会及校内部分师生的支持。但是多数清华师生仍不满意这个任命，他们坚决反对军阀势力把持清华校政。
是年6月25日，乔万选带着武装卫队，开来三辆汽车，还带来秘书长、庶务主任等一批人马，企图武力接收清华。清华学生打着“拒绝乔万选”的旗帜，由学生会护校纠察队率领，把乔万选的人马拒于校门之外。单请乔万选到小礼堂同方部，同他说理坚拒之，并要求他当场签字，保证“永不任清华校长”。乔万选被迫签字画押之后，离开清华。
当晚，校务会议通电阎锡山，反对他以非常手段处理清华校政问题。教授会也发表宣言，表示:“所愿学校行政亦能超出政潮，独立进行，俾在此兵戈扰攘之中，青年尚有一安心求学之处。倘有不谅此衷，别有所图者，同人等职责所在，义难坐视。”由于清华师生的坚决反对，阎锡山被迫收回成命，电饬乔万选返晋。
中原大战结束后，国民政府重新恢复了对华北的统治。蒋介石亲自兼任教育部长，在陈果夫的推荐下，委派国民党中央政治学校副教务主任吴南轩就任清华大学校长。吴南轩接受任命后表示:“将恪遵蒋主席饬整学风的意旨”，加强清华的“精神建设”与“心理建设”。清华师生虽然觉得吴南轩并非理想人物，但因清华久无校长，从学校前途计，不愿多所举动，因此采取了“且视后效”的态度，没有做任何迎拒的表示。
梅贻琦
吴南轩到校不到两个月，学校又爆发了“驱吴”运动。教授会通过决议，谴责吴南轩自到校以来“唯务大权独揽，不图发展学术，加以蔑视教授人格，视教授为雇员”。教授会致电蒋介石，要求撤换吴南轩，“另简贤能”。吴南轩被赶走后，国民政府教育部派翁文灏代理校务。翁文灏因忙于南京地质调查所事务，无心校务，多次提出辞呈。教育部又委派理学院院长叶企孙代理校务。
1931年9月，清华没有校长已达十个月，经行政院国务会议通过，国民政府教育部长李书华电请梅贻琦从速回国，主持清华大学工作。不久清华大学教授会正式选聘梅贻琦为国立清华大学校长。李书华后来回忆说:“我在教育部所做的事，令我满意的并不多，我为清华选择了这位校长却是我最满意的一件事。”
梅贻琦出任清华校长后，留美学生监督一职由赵元任接替。这一消息传开后，许多美国朋友都不以为然，也舍不得他离开。美国人认为做校长就是做官了，他们说:“梅先生不是做官的人，最好继续留在这里。”由于子女们的学校尚未放假，因此梅夫人须稍晚回国，梅贻琦只身回国赴任。
从此，到1949年，清华校长一直由梅贻琦担任，他也成为清华历史上任期最长的校长。从1911年清华学堂开办时起，大约换了十余任校长，有的只做了几个月，有的还没上任就被抵制了。有人问梅贻琦:“怎么你做了这么些年?”他诙谐地说:“大家倒这个，倒那个，就没有人愿意倒梅(霉)。”
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