在知识产权垄断的反垄断法适用方面，各国都存在着如何合理界定合法垄断与不合法垄断问题。从各国的反垄断立法看，知识产权垄断的反垄断法适用往往欠缺具体的规则。面对知识经济条件下知识产权垄断所带来的严重危害，各国都试图在适用传统的反垄断法制度方面有所创新和突破。
传统的反垄断法产生并发展于工业经济时代。在一百多年的发展历程中，其针对工业经济时代经济发展的需要及市场垄断的特点构建起了反垄断法经典的三大支柱制度，即市场优势地位滥用法律控制制度、联合限制竞争行为法律控制制度和经济力量过度集中法律控制制度。而伴随西方国家调节经济程度的不断加深以及转型国家确立和保障竞争机制的需要，行政垄断法律控制制度受到关注并得以确立。但整个反垄断法制度体系中并无针对知识产权垄断的具体规则。这是因为，在工业经济时代，人类的技术水平和创新能力有限，运用知识产权激励创新，促进知识快速、大量生产，对社会经济的发展具有更加重要的意义。知识产权作为一种合法垄断，长期被视为反垄断法适用的除外领域，即使知识产权对市场竞争造成一定的限制或危害，也往往受到反垄断法的豁免或宽容。因此，专门控制知识产权垄断的制度规则无从建立。
知识经济条件下知识产权的扩张、强化及其在经济生活中重要作用的日益凸显，使得知识产权已经不再单纯作为鼓励创新的机制来运行，而是在更大程度上成为经营者从事市场竞争的工具或手段，甚至是竞争的核心武器。知识产权垄断作为反映这一经济现象的垄断形式因对市场竞争产生严重危害而受到人们的广泛关注，迫切需要反垄断法予以规制。然而，现有反垄断法欠缺直接针对知识产权垄断的具体规则的状况无法适应这一新的要求，导致法律适用中困难重重，其主要表现在：
（1）因欠缺明确的判断标准所引发的难题。由于知识产权与反垄断法之间关系的复杂性特点，使得“各种与知识产权有关的法律规则的精确经济效果既难以从理论上予以估价，也难以从经验上给予判定”。在现有反垄断法并未就知识产权人凭借知识产权限制竞争的可容忍度或者合法与违法的判断标准作出规定的情况下，知识产权的“保护范围”往往被作为认定知识产权垄断的判断标准。例如，就专利权滥用或垄断的认定标准而言，在理论上有“专利保护范围学说”，该学说认为，知识产权受到知识产权法以及所涉及的特定知识产权的权利要求书的限制，任何超越这类限制扩大独占权范围的企图都是不正当的，专利权人享有专利法保护范围内的任何权利，如果权利人对竞争的限制没有超过专利法的保护范围，可认为是合法的，如果专利权人谋求扩大或者超过这一范围，则有可能是违法的；在实践中有“专利保护范围”标准的具体运用，即反垄断执法机构依据“专利保护范围”标准，通过对专利权保护内容所涉及范围的审查与认定，就专利权人对竞争的合法限制与非法限制作出判断。
（2）因欠缺具体的评估方法所引发的难题。由于垄断的认定极具难度和复杂性，因而垄断的评估方法在垄断的认定中扮演重要角色。在知识产权领域的垄断认定中，不仅要涉及知识产权商品或知识产权服务所形成的垄断，而且知识产权本身作为无形财产也能许可、转让，进行交易，也有可能在市场上形成严重危害竞争的垄断。知识产权的无形性、专有性，以及价值评估中机会成本的不确定性，使得知识产权具有不同于一般有形商品的特殊的价格机制，从而使知识产权交易中的垄断认定变得更加复杂，更有难度。而现有反垄断法的垄断评估方法中既没有针对不同于一般商品或服务的知识产权商品或服务的规则，也没有针对知识产权本身交易的规则，从而导致对知识产权垄断的认定极为困难。
（3）因欠缺针对性的制裁措施所引发的难题。现有反垄断法针对工业经济条件下垄断的特点规定了内容丰富、形式多样的制裁措施，如分解大企业、发布禁止令、宣布合同无效、责令损害赔偿，处以罚款，判处监禁等。这些措施虽然对制裁知识产权垄断同样具有价值，但仅有这些尚不能完全适应解决知识产权垄断的需要，因为这些措施未能体现知识产权领域中出现的新型垄断的特点，欠缺针对性，影响对知识产权垄断的治理效果。一些对知识产权垄断行之有效的制裁方法，如责令知识产权垄断者向竞争者提供知识产权许可、责令权利人公开因拒绝交易而导致市场封锁的软件源代码、责令权利人开放服务于兼容的应用程序接口等，都未能在反垄断法的制裁体系中予以体现，导致实践中执法者适用这些措施时受到“于法无据”的困扰。
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