任何研究课题都不可能穷尽一切问题，更不能解决所有问题，因此，目标选择是重要且必不可少的。
对于科学哲学的历史研究而言，其中最重要的任务之一，就是对科学哲学的流派和分支做出梳理和分析。就现代科学哲学发展而言，英美的逻辑实证主义、批判理性主义以及历史主义是其主要的发展流派，后期的科学哲学则出现多个发展脉络和走向。也有试图把欧陆科学哲学与英美科学哲学结合起来的努力，以及借鉴SSK的工作，对科学哲学做出历史的、社会学的修正的努力，人们把这些发展归入后实证主义的流派和后现代科学哲学流派（科学实在论、新实验主义、新经验主义、科学实践哲学，以及其他建构主义的科学哲学，如女性主义科学哲学）。在研究中，要特别关注历史演化背后的内在动力问题。尽管上述历史发展演化似乎比较清晰，但是这种外在清晰表象的内在动力是什么却并不了然。为什么科学哲学会经历逻辑实证主义（卡尔纳普等）、理性批判主义（波普尔、拉卡托斯等）、历史主义（库恩）到后现代的科学哲学这样的历程？科学到底是一种概念知识体系，还是实践活动过程？科学哲学在发展中与科学家的历史关系如何？分支性科学哲学发展：数学科学哲学、物理科学哲学、生命科学哲学、系统科学哲学、社会科学哲学、认知科学哲学中有哪些重大问题和重大变化？
在科学哲学史研究中拟着重探讨下述问题：
1.历史与转向：现代科学哲学发展的历程。在现代科学哲学的演化历程基础上，揭示其为什么从逻辑到语言学转向、再到历史和语义学转向，再到实践的历程。
2.内部与外部：讨论现代科学哲学内部贡献与不足及其受到的外部影响。研究现代科学哲学每个流派和分支在自己的研究问题框架内所做出的贡献与不足，同时，讨论外部发展对于科学哲学本身的影响，如更大范围的其他相近学科（科学史和科学社会学）的发展变化对于科学哲学发展的影响。
3.分离与结合：讨论当代英美科学哲学与欧陆科学哲学的分离与结合的历史与问题。
4.问题与历史：讨论科学哲学提出的问题是否具有历史线索与逻辑。
5.表征与干预：科学哲学中科学观的研究有两种路径：一种是以表象为主的科学观路径，即理论优位，现代科学哲学的传统研究如说明及其模型都属于此类问题；另一种是以实践为主的科学观路径，即实践优位。这两种路径是何关系？
6.整体与分支：研究一般科学哲学与各个分支科学哲学的发展问题，重点关注物质科学哲学、生命科学哲学和认知科学哲学发展中研究主题、争论和方法变迁的历史。
科学哲学研究史的重点和难点在于：
1.对科学哲学基本发展脉络的把握。科学哲学史的研究极大地扩展了传统科学哲学的范围，因而内容庞杂，横贯英美分析和欧陆人文两大传统，各家各派出发点、范式和主旨差异极大，有些甚至极端对立、互不认可。因此，如果不对科学哲学的基本发展脉络予以创造性的梳理和厘定，科学哲学史很可能沦为某种零散、孤立的观点汇编，相互之间的关系得不到澄清，学科的进展得不到体现，未来的发展方向也难以预计，那就很难体现研究的价值。必须要在对科学哲学史总体把握的基础上去推进人物、学派和问题研究，使之成为一块“整钢”。
2.前科学哲学的审视和研究。目前，该领域的研究相对单薄、零散，未见完整、系统的研究成果。从那些先哲，诸如亚里士多德、笛卡尔、培根、康德等人的总体思想中撷取科学哲学思想，本身亦与对科学哲学的总体理解相关。
3.另类科学哲学的划定和研究。应该说，属于另类科学哲学的各种思潮大多数并不直接属于科学哲学。但是，近三十年来，另类科学哲学思想对传统的科学哲学影响甚巨，甚至在很大程度上改变了科学哲学的基本立场、基本问题和叙述方式。除了对科学的解构和批判性反思之外，这些另类科学哲学思潮相互之间的关系也很复杂，观点差异很大甚至相互冲突。如何划定另类科学哲学的范围，寻找相互之间的联系，客观评价其意义，恰当指出其缺陷和不足，均为颇有难度且工作量甚大的任务。
从世界范围来看，全面、深入的科学哲学史研究具有很大的开拓性，对中国科学哲学的进一步推进则更具首创意义。前科学哲学概念的提出、科学哲学史的分期、后现代科学哲学阶段与另类科学哲学概念的提出、科学哲学史上基本问题的厘清，均为对科学哲学史总体理解上的全局性进展。而那些既有的科学哲学史研究不太注意甚至忽略的问题，比如，后现代科学哲学中的另类流派问题，中国科学哲学史涵盖的跨界问题，科学哲学史上横向分析的基本问题，等等，这些问题的研究将大大丰富科学哲学史的内容。
毋庸讳言，当下科学哲学史研究面临着重大的机遇与挑战，如果做得好，可能有相当大的收获，做不好，则会疑虑丛生，使格局更加杂乱。期望科学哲学史研究能够更上一层楼，解决一些科学哲学发展中不期而生、令人困惑、引起争议的问题。
为操作方便起见，本研究首先探讨和处理科学哲学的一般历史发展，着重梳理各阶段典型代表人物和学派的科学哲学思想，并把这些主题和内容作为当下的目标，故将本书定名为《一般科学哲学史》。 至于分支科学哲学的历史发展，以及中国科学哲学史的相关问题，容后以《分殊科学哲学史》再作规划。
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