1864年，Mash在《人与自然》一书中提出，“英国合理利用森林资源，可使土壤侵蚀和水土流失减少”。这被认为是生态系统管理的萌芽。1969年以后，生态学进入新的发展阶段，自然资源开始注重多用途和持续产量问题。1970年，Likens提出森林管理方法可能影响生态系统的功能。1972年，A[12]r[13]hamsen提出人类活动导致生态系统的退化，开始注意到传统的资源管理方法并没有起到预期的效果。20世纪80年代后，关于生态系统和管理方面的论文大量出现，生态学开始注重长期定位、大尺度和网络研究，生态系统管理与保护生态学、生态系统健康、生态整体性与恢复生态学相互促进和发展。1988年，Agee和Johnson出版了生态系统管理的第一本专著，之后又有数本关于生态系统管理的专著问世（Slocomb，1993；Gordon，1994；Vogt，1997）。这些专著中都阐明了资源开发与环境保护的关系问题，以此来获得社会、经济、生态效益的统一。自此，生态系统管理的基本框架形成。a
生态系统管理是在对生态系统组成、结构和功能过程加以充分理解的基础上，制定适应性的管理（adaptive management）策略，以恢复或维持生态系统的整体性和可持续性。顾名思义，生态系统管理是属于学科交叉的研究领域。它包括生态系统和管理两个重要概念的集合。在决策方面，生态系统管理必须要有明确的目标，它是由决策者最后确定的，但同时又具有可适应性，即可以根据实际情况进行修改b；在管理实施方面，生态系统管理是通过制定政策、签订协议和开展具体的实践活动而实施的。
生态系统管理的基础是要求人类对于生态系统中各成分间的相互作用和各种生态过程有最好的理解。这就是说，只有充分地了解生态系统的结构和功能，包括种种生态过程，并根据这些规律性和社会情况来制定政策法规以及措施办法，才能把生态系统管理好。[14]
目前，不同机构与学者对生态系统管理的概念的表述有所不同。
例如，美国林业局认为，生态系统管理是一种基于生态系统知识的管理和评价方法，这种方法将生态系统结构、功能和过程，社会和经济目标的可持续性融合在一起（Unger，1994）。
美国内务部和土地管理局认为，生态系统管理要求考虑总体环境过程，利用生态学、社会学和管理学原理来管理生态系统的生产、恢复或维持生态系统整体性和长期性的功能效益和价值；它将人类、社会需求、经济需求整合到生态系统中（USDOIBLM，1993）。
美国环保局1995年定义，生态系统管理是指恢复和维持生态系统的健康、可持续性和生物多样性，同时支撑可持续的经济和社会（La[15]key，1998）。[16]
美国森林学会（Society of American Foresters，SAF）认为，生态系统管理关注生态系统的状态，目的在于保持土地生产力、基因保护、生物多样性、景观格局和生态过程的组合（SAF Task Force，1992）。c
美国生态学会（Ecological Society of America，ESA）认为，生态系统管理有明确的管理目标，并执行一定的政策和规划，基于实践和研究并根据实际情况作调整，基于对生态系统作用和过程的最佳理解，管理过程必须维持生态系统组成、结构和功能的可持续性。[17]
在研究人员中，Agee & Johnson（1988）认为，生态系统管理涉及调控生态系统内部结构和功能、输入和输出，并获得社会渴望的条件。Overb[18]y（1992）认为，应利用生态学、经济学、社会学和管理学原理仔细地和专业地管理生态系统的生产、恢复，或长期维持生态系统的整体性和理想的条件、利用、产品、价值和服务。Goldstein（1992）认为，生态系统管理强调生态系统的自然流（如能流、物流等）、结构和循环，在这一过程中要摒弃传统的保护单一元素（如某一种群或某一类生态系统）的方法。Wood（1994）认为，应综合利用生态学、经济学和社会学原理管理生物学和物理学系统，以保证生态系统的可持续性、自然界多样性和景观的生产力。Grumbine（1994）认为，保护当地（顶极）生态系统长期的整体性，这种管理以顶极生态系统为主，要维持生态系统结构、功能的长期稳定性。Christensen（1996）认为，集中在根本功能复杂性和多重相互作用的管理，强调诸如集水区等大尺度的管理单位，熟悉生态系统过程动态的重要性或认识生态过程的尺度和土地管理价值取向间的不相称性。Boyce & Haney（1997）认为，应对生态系统合理经营管理以确保其持续性，生态持续性是指维持生态系统的长期发展趋势或过程，并避免损害或衰退。Dale 等（1999）认为，生态系统管理是考虑了组成生态系统的所有生物体及生态过程，并基于对生态系统的最佳理解的土地利用决策和土地管理实践过程，包括维持生态系统结构、功能的可持续性，认识生态系统的时空动态，生态系统功能依赖于生态系统的结构和多样性，土地利用决策必须考虑整个生态系统。a Maltby（1999）认为，生态系统管理是一种物理、化学和生物过程的控制，它们将生物体及其非生命环境和人类活动的调节连接在一起，以创造一个理想的生态系统状态。[19]
上述定义在许多方面有重复，大多数表述强调在生态系统与社会经济系统间的可持续性的平衡，部分定义强调生态系统的功能特征。这些定义就像6个盲人摸象得出的结论一样。我们认为所有这些定义并没有实质性的矛盾，生态系统管理要求我们越过生态系统中什么是有价值的和什么是没价值的问题，主要集中在自然系统与社会经济系统重叠区的问题。这些问题包括：生态系统管理要求融合生态学的知识和社会科学的技术，并把人类、社会价值整合进去。生态系统管理的对象包括自然和人类干扰的系统，生态系统服务功能可用生物多样性和生产力潜力来衡量；生态系统管理要求科学家与管理者定义生态系统退化的阈值；生态系统管理要求人类利用对生态系统的影响方面的系统的科学研究结果为指导；利用生态系统某一方面的功能会损害其他的功能，因而生态系统管理要求我们理解和接受生态系统功能的部分损失，并利用科学知识作出最小损害生态系统整体性的管理选择；生态系统管理的时空尺度应与管理目标相适应，生态系统管理要求发现生态系统退化的根源，在其退化前采取措施。①
生态系统管理（Ecosystem Management，EM）亦称基于生态系统的管理（Ecosystem-based Management，EBM）。联合国《生物多样性公约（CBD）》 1995年首次提出把生态系统途径作为一个总体原则，2000年又将其提升到一个新高度—实现可持续发展的首要手段，定义为：对陆地、水域和生物资源进行综合管理，以公平的方式推动环境保护和资源可持续利用的一种战略。正式提出了生态系统途径的12条基本原则及相关的基本原理。2004年在CBD缔约国第7次大会上通过了《生态系统途径决定》。[20]这些原则成为得到海洋界广泛关注和普遍认可的管理理念。前者着重于理念，后者已进展到实现途径的设计。国内学者多数已认同可以通称通用。
McLeod等人发表的有关呼吁各国政府实施基于生态系统的海洋管理的声明中，主要提出了9条原则，国内学者丘君、赵景柱（2008）将其总结为以下四个方面的核心问题[21]：第一，以生态系统特征定义的管理范围。基于生态系统的海洋管理的空间范围不是随意划定的，而必须遵循以下原则：打破传统的行政边界划定管理范围，保证每一个管理单元所包含的都是相对完整的生态系统；管理范围本身具有多层次、多尺度性。基于生态系统海洋管理的国家战略包含了国家、区域和地方等不同空间尺度上的策略。第二，基于生态系统的管理是目标驱动的管理，制定一个明确、合理的管理目标至关重要。管理目标必须具备长远性，符合可持续发展的原则；目标必须具备全面性，能考虑到所有相关方的利益所在，包括支撑经济发展、维持生态系统健康、满足社会需求等。第三，适应性管理。在海洋管理中必须通过经常性的监测评价检验管理措施的有效性，及时发现并纠正偏离目标的情况；在管理实施过程中为可能产生的不确定性做好充分预案。第四，鼓励广泛的合作和参与。海洋管理涉及渔业、矿产、交通运输、环境保护、旅游等行业和部门，要求涉海部门通力合作；需要运用最可靠的科学知识（社会、经济和生态）作为决策基础，要求跨学科、跨部门的科学家积极参与、集思广益；海洋管理涉及不同团体的利益，如政府、渔民、旅游者、商人等，鼓励所有相关利益者共同参与，以保证管理结果能最大限度地符合相关者的利益。
从20世纪90年代末开始，基于生态系统的管理理念迅速地被世界各海洋大国应用于海洋管理领域。相关国际组织、各海洋大国和海洋学术界都一致认为，协调海洋资源开发与保护、解决海洋生态危机必须改进现有海洋管理模式，应用基于生态系统的方法管理海洋。2002年，美国海洋政策委员会和民间独立的Pew海洋委员会在审查各种国家海洋管理政策方案的基础上，提出了以生态系统为基础，改善区域海洋管理的政策理念，这标志着海岸带综合管理进入了区域海洋管理阶段，其主要特点是以生态系统为基础的、综合的区划管理。[22] 2002年，世界高峰会议呼吁开展以生态系统为基础的海岸带综合管理；2003年，IUCN第五届世界公园大会呼吁在海洋保护区建设中采取以生态系统为基础的管理途径；2004年，美国在其国家海洋政策中推进“从白水到蓝水”的海陆综合管理计划；2006年，第四届世界水论坛，更把淡水与海水的联系作为会议主题。所有这些重大政策导向均强调了资源与环境之间的有机联系、区域生态系统综合管理[23]；2006年3月，在联合国秘书长所作的2005年度海洋和海洋法的年度报告中，用了大量篇幅描述基于生态系统的管理方式，并呼吁各国尽快创造条件实施基于生态系统的海洋管理。[24]
K.Sherman和E.D.Anderson（2002）提出建立一种模块化方法检测、管理海洋生态系统。他们指出，近年来对世界自然资源管理正在从改变最大化短期收益率到重现可持续性的经济利益的转变。一个重要的里程碑是1992年6月联合国环境与发展会议（环发会议）提出的政策规划：① 防止和控制海洋环境的退化，以保持并改进其生命支持和生产能力；② 增加海洋生物资源的潜力，以满足人类营养需要，以及社会、经济和发展目标；③ 加强海洋生态系统管理，促进沿海地区可持续发展。科学与改善自然资源的全球管理之间的联系需要加强。一个可以作为实现UNCED目标的生态框架就是大型海洋生态系统的概念。[25]
Val Daya、Rosemary Paxinos、Jon Emmetta、Alison Wrighta和Meg Goeckera（2008）以南澳大利亚为例，研究了基于生态系统的海洋管理政策的制定。他们指出，南澳大利亚海洋规划框架是一个新型的以大规模生态系统为基础划分并开发利用海洋的管理政策。其从已知的生态标准派生，并利用地理信息系统（GIS），建立了四个生态示范区评价。一系列目标和战略将代表每个生态区所需的评价结果。一个绩效评估系统（PAS）也将随之评价海洋计划的成功与否。海洋计划将有利于长期保护整个生态系统的海洋环境，同时使范围广泛的海洋活动发生在一个可持续的框架内。[26]
以海洋渔业管理为例，由于长期以来对海洋渔业资源的过度开发和利用，从20世纪七八十年代开始，海洋渔业资源开始出现较为明显的衰退现象，鱼种退化的程度日益加剧，加之近岸海域的污染和生态的破坏等问题也不断严重和加剧，受此影响，各国普遍认识到需要对海洋渔业资源开发进行有效的管制，加强对海洋渔业资源的修复与养护，创新传统的海洋渔业管理方法。1994年，美国鱼类和野生动物管理局开始将生态系统方法应用于鱼类和野生动物的保护。2001年《雷克雅未克宣言》（Reykj[27]vik Declaration）将渔业的生态系统途径（Ecosystem Approach to Fisheries，EAF）作为渔业管理的框架。EAF是一种传统渔业管理的延伸，它认识到与利益相关方合作的重要性，致力于协调各种社会目标。EAF考虑到了人类对生态系统认识的局限性，主张在一个有生态意义的边界内进行渔业综合管理。从长远来看，基于生态系统的渔业管理可以提高海洋生态系统的生产力，使得生态系统能够以一种可持续的方式向人类提供高质量和高产量的食物。a另外，海洋自然保护区管理和大海洋生态系管理也逐渐接受了生态系统管理的理念和生态系统途径，在海洋生物多样性和海洋生物资源保护方面获得了巨大的成效。
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