由于海洋生态系统的复杂性，海洋生态系统的海洋综合管理涉及面广，因此，综合是实现基于海洋生态系统海洋管理的要义：激励是基础，协调是纽带，监督是保障，公众参与是补充。[6]根据以上基于海洋生态系统的海洋综合管理的博弈分析和机制体系，要实现良好的基于海洋生态系统的海洋综合管理效果，其运行机制应该包括以下几部分。
1）激励机制
在管理规划的指导下，制定明确的管理责任目标，通过利益分配手段对参与者的关系进行调整，主要包括物质与精神等方面的激励措施，从而最大限度地提升参与者实施基于海洋生态系统的海洋综合管理的主动性和积极性，增强为实现海洋管理改革创新既定目标而努力的动力。具体手段包括：流域上下游生态补偿机制，鼓励上游地区积极参与到海洋管理的行动之中；财政机制，鼓励企业、个人参与区域海洋环境保护；实行资源有偿使用制度，将海岸带资源、环境核算纳入新的国民经济核算体系，并与税收、财政、金融和产业政策相协调。
2）协调机制
基于海洋生态系统的海洋综合管理涉及中央政府与地方政府、不同行政区域的地方政府、不同的政府涉海管理部门以及企业、个人、非政府组织等多种利益相关者，必然面临着非常复杂的利益需求，也存在着诸多利益冲突，因此，必须通过良好的协调机制来协调各方的利益，引导各方的行为。没有协调管理就不可能有海洋资源的可持续开发利用，可以说，协调机制在区域海洋管理中起着核心和纽带作用。
3）监督机制
除了协调机制外，在面对不同利益相关者的不同利益和目标需求时，还必须有强有力的监督机制加以规范和约束。
行政监督：即政府监督，指政府部门依法对贯彻执行海洋和海岸带开发管理的政策和法规情况进行监督，是监督的主要形式。在基于海洋生态系统的海洋综合管理中，政府可以根据不同的目的、不同的对象和不同的条件，运用多种行政方式直接对管理对象施加影响，是管理活动中最基本的方法。
法制监督：即立法监督，基于海洋生态系统的海洋综合管理作为一种政府主导的行为，要接受全国人民代表大会监督。由政府制定法律规范，并由政府组织强制实施，调整海岸带开发管理的行为。
社会监督：通过社会力量进行监督，分为群众监督和舆论监督，如通过人大代表、政协委员、其他社会人士和新闻报道等具体形式进行监督，提出批评、意见和建议。
4）公众参与机制
随着社会的不断发展，人们对社会事务管理的认识也在不断深化，尤其是对社会事务管理主体的认识也得到了进一步加深，公众作为主体参与社会事务管理的重要性已成为普遍的共识，因此公众参与社会事务管理的程度正在不断提高。海洋管理是社会事务管理的重要内容，因此基于海洋生态系统的海洋综合管理运行机制必须包括一个有效的公众参与机制。公众参与将有利于增强从事海洋开发利用活动的各个主体对区域海洋整体价值认识的全面性，提高对海洋生态价值的认同，也为各个主体间提供了一个有益的协商和协调机制，有利于提升政府部门海洋管理创新的推进与开展，提高海洋管理的整体效率，促进海洋事业的可持续发展。
【注释】
[1]姚国庆.博弈论[M].北京：高等教育出版社，2007：107-108.
[2]Freideman.Evolutionary games in economics[J].Econometric，1991：59.
[3]钟锦.基于演化博弈的淮河流域水环境管理研究[D].合肥：合肥工业大学博士论文，2008.
[4]王晓静.海洋生态系统管理：概念、政策与面临的问题[J].海洋开发与管理，2014（7）.
[5]王琪，王刚，等.变革中的海洋管理[M].北京：社会科学文献出版社，2013：102-103.
[6]王琪，王刚，等.变革中的海洋管理[M].北京：社会科学文献出版社，2013：103-105.
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