根据宪法和法律的规定，我国各国家机关须共同遵守的总的组织原则是民主集中制。此外，执行机关还包括首长负责制原则，以及各国家机关都应遵守的精简与效率原则。这些原则运行在不同国家机关之间，以及处理不同性质的工作时侧重点有所不同。
民主集中制原则。宪法第三条第一款明确规定，中华人民共和国的国家机构实行民主集中制的原则。
在中国人民代表大会制度中，民主集中制原则首先集中体现在国家机构的设置上。国家权力机关一律通过直接选举和间接选举的方式民主产生，国家行政、军事、审判、检察等各执行机关均由国家权力机关选举产生，对它负责、受它监督，从而形成了人民意志上升为国家意志，再通过分工负责的执行方式，最后统一对国家权力机关负责的国家机关民主运行机制。
民主集中制是各级国家权力机关的根本组织原则。通过会议的形式，按照法定的程序，集体行使职权，集体决定问题，是各级人大和常委会工作的基本特征。人大和常委会在作出决定和决议前，须充分发扬民主。每位代表和委员都可以畅所欲言、各抒己见，包括不同的意见、反对的意见，都可以发表，代表和委员自由地发表自己的观点和意见受法律保护。人大和常委会的各项决定，一律实行表决制，无论是委员长、人大常委会主任还是普通代表、委员，都平等的一人一票，实行少数服从多数。
民主集中制也是国家执行机关的重要组织原则。国务院组织法第四条明确规定，总理召集和主持国务院全体会议和国务院常务会议。国务院工作中的重大问题，必须经国务院常务会议或者国务院全体会议讨论决定。人民法院组织法第十一条明确规定，各级人民法院设立审判委员会，实行民主集中制。人民检察院组织法第三条也明确规定各级人民检察院设立检察委员会。检察委员会实行民主集中制，在检察长的主持下，讨论决定重大案件和其他重大问题。如果检察长在重大问题上不同意多数人的决定，可以报请本级人民代表大会常务委员会决定。
民主集中制作为国家机关的一项重要组织原则，体现了社会主义国家人民当家作主的根本要求，保证了国家机关构成的合理性及运行的高效性，使得国家机关可以在权力运行中能够有效协调各方，在决策中能够兼顾民主与效率，从而有助于从根本上保证国家的政治稳定和经济社会发展，充分体现社会主义民主政治制度的优势和特点。
首长负责制原则。这一原则主要适用于国家执行机关。宪法明确规定，国务院实行总理负责制，各部、各委员会实行部长、主任负责制。总理负责制表现为：国务院其他组成人员的人选，由总理提名，由全国人大决定；在全国人大闭会期间由全国人大常委会决定（国务院副总理、国务委员除外），国家主席任命；国务院各部、各委员会的设立、撤销或者合并，经总理提出，由全国人大决定；在全国人大闭会期间，由全国人大常委会决定；总理领导国务院的工作。副总理、国务委员受总理委托，负责某些方面的工作或者专项任务，并且可以代表国务院进行外事活动；总理召集和主持国务院全体会议和国务院常务会议；国务院发布的决定、命令和行政法规，向全国人大或全国人大常委会提出的议案，任免名单，由总理签署。各部、各委员会实行部长、主任负责制主要表现为各部部长、各委员会主任负责本部门的工作；召集和主持部务会议或者委员会会议、委务会议，签署上报国务院的重要请示、报告和下达的命令、指示；副部长、副主任协助部长、主任工作。
首长负责制原则在人民法院工作中主要体现在，院长有权依法指定审判长、向本级人民代表大会提请任命审判员、有权监督纠正本院的错案，以及决定审判员的回避等。《最高人民法院关于完善人民法院司法责任制的若干意见》明确规定，“院长除依照法律规定履行相关审判职责外，还应当从宏观上指导法院各项审判工作，组织研究相关重大问题和制定相关管理制度，综合负责审判管理工作，主持审判委员会讨论审判工作中的重大事项，依法主持法官考评委员会对法官进行评鉴，以及履行其他必要的审判管理和监督职责”。
首长负责制原则在人民检察院工作中主要体现在，检察长有权依法提名任免下级人民检察院检察长、副检察长和检察委员会委员，任免助理检察员、书记员。《最高人民检察院关于完善人民检察院司法责任制的若干意见》明确规定，检察长统一领导人民检察院的工作。
精简与效率原则。这是所有国家机关工作上都必须遵循的原则。根据宪法规定，国家机关要通过实行工作责任制、对工作人员进行培训和考核等，不断提高工作质量和工作效率，反对官僚主义，经常保持同人民的密切联系，倾听人民的意见和建议，接受人民的监督，努力为人民服务等措施，确保增强办事效率和提高工作能力。这一原则和要求，也是为国家机关的人民属性所决定。在我国，国家机关行使职权的基本要求是用权为民、为民服务，因而在工作中必须克服层次过多、职能交叉、机构臃肿、权责脱节、政出多门及官僚主义等弊端，切实提高工作效率。
全国人民代表大会会议闭幕
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