1960年至1965年间遭到批判的学术观点仍然不少。承接1957年下半年的政治形势，批判修正主义成为主流。1960年4月22日，《红旗》杂志、《人民日报》发表社论，号召“批判现代修正主义”；1963年10月，中国科学院哲学社会科学学部委员会在北京召开第四次扩大会议，周扬在《哲学社会科学工作者的战斗任务》的报告中，号召“批判现代修正主义”。
在文艺界，巴人的“人性论”、小说《刘志丹》都遭到批判。文艺界认为巴人用所谓的人类的共性否定了人的阶级性，所谓“通情达理”是资产阶级的人性论，根本不可能达到无产阶级的理；如果阶级斗争就是人性的斗争，“人性的复归”，那么还用得上政治上、经济上、思想上的社会主义革命吗？对于小说《刘志丹》，毛泽东说它是利用小说搞反党活动，是一大发明。1963年9月，毛泽东在中共中央北京工作会议上批评戏剧界“光唱帝王将相，才子佳人和他们的丫头保镖之类”。[6]12月12日，毛泽东发表《对柯庆施同志报告的批示》，批评文艺界“许多部门至今还是‘死人统治着’”，“许多共产党人热心提倡封建主义和资本主义的艺术，却不热心提倡社会主义的艺术，岂非咄咄怪事”。[7]此后，文联及所属各协会开始整风。
这一时期，学术界遭到批判的观点有周谷城的“时代精神汇合论”、杨献珍的“合二而一”论和“综合经济基础论”。1962年，周谷城在《新建设》12月号上发表《艺术创作的历史地位》，提出每个时代各个不同阶级的思想意识汇合成为时代精神，时代精神是统一的整体，由不同阶级、不同个人表现出来。这被当时学界概括为“时代精神汇合论”，认为它把时代精神抽象成为超阶级的各种意识的汇合，脱离了阶级分析的历史唯物论，是历史唯心论。1964年以后，讨论转变为政治批判，“时代精神汇合论”被认为是主观唯心主义、形而上学、阶级调和论。
1964年5月29日，中共中央高级党校哲学教研室艾恒武、林青山在《光明日报》发表《“一分为二”与“合二而一”》，文章吸收明代哲学家方以智的观点，认为唯物辩证法的世界观应该把世界上的一切事物都看成是“合二而一”的，“一分为二”是研究事物的方法。康生看到这篇文章的清样后，认为这是宣扬“阶级调和论”，是反对毛泽东思想的，指令《光明日报》以学术讨论的形式发表此文，引蛇出洞。1964年7月17日，《人民日报》发表《就“合二而一”同杨献珍同志商榷》的文章，认为杨献珍的观点是“合二而一”，是阶级调和，而不是斗争，解决矛盾。8月14日，关锋、吴传启、林聿时三人以“撒仁兴”的笔名在《光明日报》发表《“合二而一”是阶级调和论的哲学基础》，说杨献珍的“合二而一”是与“一分为二”相对立的，“是排斥矛盾和斗争的哲学，是彻头彻尾的形而上学，是腐朽的资产阶级的世界观，是阶级调和论的哲学基础”；“这种观点是国内国际尖锐复杂的阶级斗争的反映”。《红旗》发表《哲学战线上的新论战》，为这场论战定下了调子：杨献珍提出“合二而一”论，“是同党大唱对台戏”，是“有意识适应现代修正主义的需要，帮助修正主义者宣传阶级和平和阶级合作，宣传矛盾调和论”；“一分为二”和“合二而一”的斗争是唯物辩证法和反唯物辩证法的斗争，无产阶级世界观对资产阶级世界观的斗争。11月1日，《人民日报》把杨献珍在1955年写的未发表的文章以“杨献珍的‘综合经济基础论’”为题摘录发表，供批判用。这场斗争实际上是政治领域反对修正主义的斗争在学术领域的对应和延伸，而学术领域的斗争往往反过来又为政治运动渲染了气氛，作了思想上的铺垫；学术服务于政治，是政治的一环。
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