运行机制是指企业生存和发展的内在机能及其运行方式。这种组织结构是以降低成本、提升效益为目标满足机体的日常运营。保尔·芒图(Paul Mantoux，1983)在考察18世纪产业革命时提出：“所谓大工业，首先必须将其理解为一种生产组织，一种生产制度。”[10]那么，在进行了企业化改造的农业生产经营部门里，现代农业组织结构也属于一种新的生产组织和新的生产制度。传统农业到现代农业的更迭过程，也是现代农业组织不断取代传统农业组织的过程。诺思、托马斯(North、Thomas，1999)则把有效率的经济组织看作是经济增长的关键，他们指出：“一个有效率的经济组织在西欧的发展正是西方兴起的原因所在。”[11]
7.3.1 传统农业到现代农业组织结构的宏观运行机制变迁
在传统农业中，绝大部分经济活动是在以家庭和农户为基本单位的组织内进行的，只有少量的经济活动是由中间组织提供的。国家宏观组织或区域性组织负责极少量的引导。从产供销的角度看，以家庭为代表的微观生产主体占据了基础性地位。在传统农业下，农业是一种低效率平衡的自闭系统。农产品商品化率低，只有极少量的农产品会进入交换和流通、销售环节，一般都是以自给自足为基本特征。由此，从宏观来看，传统农业中的农业组织结构呈现出正金字塔形结构(具体见图7-1)。
图7-1 一般意义下金字塔形传统农业运行机制
新中国成立以来，我国实行了优先发展重工业的基本策略。在高度集中的计划经济体制下，我国传统农业的运行机制呈现出鲜明的特点。从产供销角度看，由于依然处于传统农业阶段，农产品自给自足的自然经济仍起主导地位，因此，与上述阶段相比，在产供销格局上没有发生根本变化，计划经济时代下的供销社成为中间商，连接着农户与国家。从宏观上来看，计划经济体制下国家层面的计划和指令部分比重加大，而微观层面的家庭生产经营方式则保持平稳状态。因此，这一时期的农业组织结构呈现出微观组织与宏观组织“两头强而中间弱”的“工”字形组织结构(具体见图7-2)。[12]
图7-2 新中国成立后我国工字形传统农业运行机制
农业现代化进程，实质上是现代农业分工体系的发展和完善。在改造传统农业过程中，引入了资本、技术等新的生产要素。农业的生产方式和经营模式也随之变迁。现代农业，以规模化、产业化、组织化和市场化为主要特征。从产供销视角看，如果单靠传统农业模式下家庭经营为基本单位，则很难有效实现“小生产与大市场”的对接。在新型农业经营体系下，家庭农场已经成为当前主要探索的形式。以家庭经营为主的生产经营单位生产出的农产品已经不再是自给自足，而是在市场化进程中不断进入流通和消费环节，提高农产品商品化率。其中，以合作社或大户为代表的中介大大提高了农民的组织化程度。工商资本则主要为农业生产提供产前、产后服务环节，或者是产中的技术指导等重要环节。在农产品产出后，由中介组织与工商企业对接，工商企业在农产品基地上建立仓储、配送、冷藏等基础设施进行配送和供应，进入市场流通环节的销售也主要由工商企业来完成。
现代农业组织结构中，中间服务型社会化组织的壮大是显而易见的。从组织结构变迁角度看，微观生产单位与宏观组织均不断弱化，而中间服务型组织则不断加强。整个分工体系建立在农业产业链上。农业现代化过程，即是从金字塔形结构变革为“工”字形结构，进而演进为菱形结构的转化过程(具体见图7-3)。[13]宣杏云、王春法(1998)通过对美国的农场研究后指出：“在美国的农场式农业经营中，产前、产中、产后的诸多服务环节都由专业服务组织来承担。据不完全统计，美国为农业生产提供产中服务的企业，早在1968年就有3.26万家，有职工42万余人，年收入达20.9亿美元。到1989年，美国农业及其关联产业的就业人数为2320万，其中直接从事农业生产的劳动力仅有320万人，其余2000多万人则在农业服务业和农业其他关联行业就业。”[14]
图7-3 现代农业分工体系下菱形运行机制
7.3.2 微观组织层面下资本主导型雇工农业运行机制分析
根据西方发达国家的经验，工商资本向农业领域回流必然要整合农业部门的经营模式，进行公司化、产业化运营。在改造传统农业上，工商资本投资农业，并非是取代农民、兼并土地，而是服务和引导农民，带动农民增收致富，促进新农村建设。根据现代农业组织结构中，中间服务型社会化组织体系比较发达的特征，在“产前—产中—产后”的农业产业链运作过程中，工商资本在全产业链服务环节所占比重较高，而家庭经营的农户以及地域性、国家宏观组织等则占据了较小比重，因而呈现出一种菱形的组织结构图。
工商企业带有典型的集团代理特征，进而构成了在村的以资本为主导的雇工农业运营模式。陈靖(2013)通过对安徽省北部黄村的调研，研究得出了资本下乡后四级管理层级的运行体制。文章指出：“这个运行体制呈现出一个正金字塔形形状。自上而下依次为流转大户、日常管理者、村庄代理人以及村庄雇工，是一种典型的公司制资本农场的运行体制。”[15]本书以陈靖所设计的组织运行体制为基本架构，设计出微观组织层面下资本主导型雇工农业的运行机制(具体见图7-4)。
流转大户即工商企业，是土地的承包者和经营者，也是主要的受益者。他们主要负责宏观决策以及资金支持。日常管理者是运行体制中的第二层级，是流转大户所聘请的专业管理和技术人员，负责日常的事务管理和技术指导。第三层次为业务代理人，这一层次起到承上启下的中间人作用，是信息流层级间流通的重要保证，是整个运行机制的关键一环。业务代理人的主要工作包括信息反馈、监督看护、季节性用工需求等。村庄雇工是整个运行机制的最底层，是一线的产业工人，多为本村或邻村的劳动力组成。他们一般是由留守在乡村的妇女、中老年人等组成。除了能够获得作为产业工人的工资收入外，土地流转费用也构成了他们收入的一部分。为了降低成本，应尽量使管理层级扁平化，缩减不必要的成本开支。选择有技术和经验的产业工人，明确分工和职责，加强内部监管，减少不必要的费用开支和资源浪费。
图7-4 资本主导型雇工农业运行体制
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