我国排污收费制度最早在1979年《中华人民共和国环境保护法（试行）》第18条规定：“超过国家规定的标准排放污染物，要按照排放污染物的数量和浓度，根据规定收取排污费，”从而在法律上初步确立了我国的排污收费制度。1982年2月，国务院在总结27个省、自治区、直辖市开展排污收费试点经验的基础上，发布了《征收排污费暂行办法》，对征收排污费的目的、范围、标准加收和减收条件、费用管理和使用办法等作出规定，开始对工业企业超标排放的废水、废气和废渣征收排污费。这标志着我国排污收费制度的正式建立。这一时期，国家仅仅对超过国家规定的标准排放污染物根据规定收取排污费，对于达标排放污染物，不收费。
表6-1 全国主要污染物排放量、排污费收入及其增长率
1983年《海洋环境保护法》第41条、1990年《放射环境管理办法》第4条以及1995年《固体废物污染防治法》第34条和第48条均明文规定对相应的污染物实行排污收费。1984年及1996年《水污染防治法》规定了排污收费与超标排污收费两种类型，即向陆地水体排污收费和超标排污收费。需要说明的是，对向陆地水体超标排放污染物者，征收超标排污费，而不再重复计征污水排污费。1996年《环境噪声污染防治法》第16条规定，对产生环境噪声污染的单位，应当按照国家规定缴纳超标准排污费。[52]在这一时期，排污收费与超标排污收费并存于排污收费制度中。
1999年修订的《海洋环境保护法》第73条及2000年修订的《大气污染防治法》第48条开始明确提出超标排污处罚，对超过标准排放污染物者，责令限期改正或治理，并予以罚款。从而，在第二阶段的基础上，排污收费立法上出现了排污收费、超标排污收费与超标排污处罚并存的局面。[53]
2003年国务院颁布《排污费征收使用管理条例》，国家发展和改革委员会、国家环保总局等部委颁发《排污费征收标准管理办法》，对排污收费制度进行了改革，我国主要污染物排放量从2000～2007年呈上升或持平趋势（表6-1），废气中的二氧化硫排放量累计增长了24%，废水排放量累计增长了34%，废水中化学需氧量排放量和废气中烟尘的排放量在这8年中有增有减，趋势在大体持平中略有下降。与此同时，2007年的排污费收入是2000年的3倍。排污费的大幅增长一方面是由于加强征管，另一方面也说明了污染的加剧。根据世界卫生组织2006年公布的报告，在全球空气污染最严重的10个城市排名中，有包括北京在内的7个中国城市之一。其中，山西省的太原市名列第一，是世界上空气污染最严重的城市。在实行环境统计的300个中国城市当中，70%处于或超过大气环境质量三级标准，目前中国已经有七成城市不适宜居住。同时，2005年瑞士达沃斯世界经济论坛期间正式对外发布的评估世界各国（地区）环境质量的“环境可持续指数”显示，在全球144个国家和地区中，中国位列第133位。[54]
续表
资料来源：国家环境保护总局《全国环境统计公报》（2000～2007年）。
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