我国现行《环境保护法》是1989年12月26日第七届全国人大常委会第十一次会议通过的。该法作为我国环境法律的基本大法距今已有26年，伴随着社会生活日新月异的发展，很多新出现的情况和急需解决的问题都难以在此法中找到依据，造成包括排污收费在内的大量急需调整的社会关系无法可依的情况。很明显我国《环境保护法》已经不能反映时代的需求，滞后于我国的实际情况了。这一点也体现在排污收费制度上。如《环境保护法》关于超标排污行为的规定是这样的：“未经环境保护行政主管部门同意，擅自拆除或者闲置防治污染的设施，污染物排污放超过规定的排放标准的，由环境保护行政主管部门责令安装使用，并予以处罚。”排污单位如果没有擅自拆除或者闲置防止污染的设施，其超标排污行为并非违法行为，仅需要按照《环境保护法》第28条的规定缴纳超标排污费即可。而在单行法如《海洋环境保护法》、《大气污染防治法》中已经明确将污染物的超标排放确认为违法行为，走在了上位法前面。此外，关于排污费收取的问题，《排污费征收管理条例》、《海洋环境保护法》、《大气污染防治法》、《固体废物污染防治法》及《放射环境管理办法》中都规定：只要排污即收费。而《环境保护法》却仍然停留在超标排污才收费的阶段，这些规定都明显滞后于单行法。[61]这种参差不齐的立法现状不可避免地会导致法条竞合的发生。比如《排污费征收管理条例》中关于“责令停产停业整顿”的规定与其他法律不一致。《环境保护法》、《水污染防治法》、《大气污染防治法》、《环境噪声污染防治法》、《固体废物污染防治法》中都只是规定，对经限期治理逾期未完成治理任务的单位，可以责令停业、关闭，并没有涵盖对不按照规定缴纳排污费的给予停产停业整顿的处罚种类。而《排污费征收管理条例》第21条则规定，对排污者未按照规定缴纳排污费的，责令限期缴纳，并可责令停产停业整顿。[62]
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