我国的基金业与西方发达国家相比才刚刚起步，在制度建设、规模、运行机制、法律法规等方面还存在许多不足，其中治理结构问题是最突出的问题，它关系到整个基金业的良性发展。本部分只是对我国基金业有效治理结构的初步探索，许多问题有待进一步研究。
一、尝试建立公司型证券投资基金
迄今为止我国所设立的证券投资基金均为契约型基金。从治理结构的角度看，由于公司型基金具有董事会，对基金管理公司、基金经理、基金托管人的约束较大，因此相对来说，公司型基金比契约型基金的治理结构要优越。美国的共同基金绝大部分都是公司型基金，并发展成为在世界上具有举足轻重地位的基金就是很好的例证。因此，我国应当尽快尝试建立公司型基金，以推动证券投资基金治理结构的优化。
二、进一步完善基金管理公司的独立董事制度
独立董事与监事都是基金管理公司的监督者，但前者是负责事中参与和监督，后者是负责事后监督，所以，从监督效率来说，独立董事更为优越。从基金管理公司股东的长期利益角度来看，它们与基金持有人的利益是基本一致的，都是为了追求资产规模最大化（虽然基金持有人是追求基金单位资产净值最大化，而基金管理公司是追求总资产规模最大化，但基金单位资产净值最大化是基金总资产规模最大化的前提）。从这个意义上说，基金管理公司既是发起人、又是持有人、还是管理人的多重身份，构成其与基金持有人利益的必然冲突。所以，基金管理公司治理中重点要解决的是控制性股东和非控制性股东的利益冲突以及股东利益与经理层利益的冲突问题，这就要求提高董事会的独立性，防止董事会被控制性股东所控制。我国当前的独立董事制度应完善两个方面的内容：
1．进一步增加独立董事的人数比例，争取达到三分之二的水平。
2．明确独立董事的提名机制，要求独立董事由现有的独立董事提名，尽可能保证独立董事的独立性。
三、适当放宽基金管理公司的设立条件，建立退出机制
要让市场对基金管理公司构成足够压力，从而形成自我约束力，就必须让基金管理市场进行充分竞争。因此，有必要进一步放宽基金管理市场的准入条件，同时建立退出机制，培育出充分竞争的基金管理市场。
四、以开放式基金为主发展基金业
开放式基金的持续赎回机制对基金管理公司构成很大的压力，有效地约束了基金管理公司的行为，而封闭式基金在这方面对基金管理公司的约束力就较差，因此，在今后基金业的发展中，要坚持发展开放式基金为主的方针。
五、解决经理层与股东的利益冲突
要求基金管理公司的经理层和基金经理持有一定数量的基金管理公司股份或基金单位，解决经理层与股东之间的利益冲突问题。
基金管理公司治理的难点是其管理层和基金经理的激励与约束问题，为了使这个问题能得到较好的解决，就要使基金经理与基金持有人和基金管理公司股东的利益具有很大的一致性，所以凡是基金管理公司的经理层和基金经理都必须认购部分股份，成为基金管理公司的小股东，由此自觉防止大股东对小股东的侵害。
六、要加强基金托管人的独立性和约束性
基金托管人收取的是托管费，如果它由基金管理公司选择，则其在监督基金时不可避免地偏向基金管理人。因此，要使基金托管人发挥监管职责，就要在机制上进行调整，即将托管人的选择权力转移给中立的组织或基金的全体独立董事。同时，应对托管人不履行职责的行为进行约束，建立“损害连带追索”机制，即当上述机构对基金管理公司的明显违规行为没有进行及时纠正，由此造成的损害，这些机构在经济上和人事上都应承担连带责任。
七、加强法制建设，强化自律与监管
基金治理除了要加强基金组织结构中的各个相关利益体的约束外，很重要的一点是加强法制建设，强化自律与监管。法制建设是立法问题，是规范基金治理结构的根本依据。应当积极借鉴国外立法的经验。监管则是执法的问题，执法不严是我国的通病。不论是立法还是执法都可以从外部对基金治理问题形成压力，以规范各主体的行为，所以要做到立法完善，执法严肃。同时，自律协会可以通过培训、管理及同业之间的交流，为基金治理结构的完善提供有效的途径。
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