1937年战争爆发之后，整个中央研究院都只是在维持，而动植物研究所更是日渐式微。在此维持之中，因所长王家楫本人是动物学家，故在所中动物学比植物学维持得要好一点，如种子植物学始终未聘得一位专任研究员主持其事，虽然研究员邓叔群也与植物学有关，但属于微生物学和森林学，且其后还被借调出去；研究员饶钦止研究者为藻类，也无种子植物学内容。新进人员仅1943年初调入黎尚豪。黎尚豪系中山大学助教，来所任助理员，亦研究藻类；故研究种子植物仅助理员单人骅一人而已。造成如此局面之根本原因，还在于经济原因，在上一章中，已对动植物所经济状况有所记述。但是动植物所之植物学部分不得发展，最终导致动物学与植物学之分离。在朱家骅执掌中央研究院之1944年，另为组建植物研究所。台北“中研院”出版《追求卓越——“中央研究院”八十年》一书将其分离归咎于“动植物研究所的内部龃龉，研究植物的学者始终认为遭受主持所务的动物学者欺压”，[1]则言过其实，从上一章引用单人骅之回忆文字，其对所长王家楫还是充满尊敬。
1941年朱家骅就任院长后，立刻将中研院预算呈送国民政府，同时签请国防最高委员会委员长蒋介石增加预算基数。蒋介石特准破例增加，因此，1941年度实支即较1940年增加37%，此时面临通货膨胀之压力，但经费总算有所增加。有了经费之后，朱家骅遂推动修正中央研究院组织法，扩大中研院研究学科领域，增设植物研究所，添设数学研究所、体质人类研究所、医学研究所等三处筹备处。
动植物研究所因植物研究人员不及全所三分之一，对植物研究不甚注意，朱家骅早有将植物学部分单独列出另组研究所之构想。此时动植物研究所地处西南四川，研究丰富之西南植物本有地利之便，朱家骅认为为推动西南植物研究，亦有成立植物研究所之必要，只是一直苦无适当人选主持。黄丽安著《中央研究院与朱家骅》言，1942年10月心理所所长汪敬熙致函朱家骅，为植物学家罗宗洛谋事。罗宗洛为日本东北帝国大学植物生理学博士，朱家骅1930年在中山大学时曾聘其任教，此时正好延揽至动植物所任职。但是黄宗甄著《罗宗洛》一书则言，此系农林部蚕桑研究所所长蔡堡推荐之结果，“中央研究院既然决定将动植物研究所分离独立，自然考虑到所长人选问题。当时朱家骅向他的早年北京大学同期同学蔡堡征求意见，并请其推荐所长人选。蔡堡欣然推荐两位人选，第一位是北大植物系主任张景钺，第二位是罗宗洛。朱家骅接到蔡的复函，先向在昆明的张景钺征求意见，张表示不愿意脱离有悠久历史的北大，复函婉谢。朱按其顺序向第二的罗宗洛发出公函，拟端聘其担任所长职。”[2]此两说不知确切，但两者并不矛盾。黄丽安或在台北“中研院”近代史所查到汪敬熙之函件，而黄宗甄其时在浙江大学，且跟随罗宗洛多年，或有闻于罗宗洛本人，故并列于此。不过从档案资料所见，在中央研究院评议会决定另成立植物所之前，关于所长人选，朱家骅曾与罗宗洛直接联系，征询其意见，因有罗宗洛之复函，其云：
骝先先生钧鉴：
顷接读一月廿九日尊函，敬悉一切。猥以谫陋，辱承重寄，感愧无似。弟自离粤中大后，荏苒十余年，馆地屡更，为人事所困，未能有所建树，每念马齿陡增，事学无进境，中心耿耿，寝馈难安。今承不弃，赐于工作机会，敢不竭其驽钝，以效驰驱。钧命敬谨接受。至于人才如何延揽，工作如何进行，当详加考虑，俟正式应聘后缕陈，祗候裁夺。先此奉复，敬请
钧安
弟 罗宗洛拜 二月八日[3]
图25 罗宗洛
此复函写于1944年2月8日。是年4月初，中央研究院评议会年会正式通过动植物所分设动物所与植物所之决议，并投票通过聘请罗宗洛为植物所所长。罗宗洛（1898—1978），浙江省黄岩县人。早年就读于家乡私塾，1911年升入中学，先在杭州安定中学，次年转入上海南洋中学，1919年往日本留学， 1922年考入北海道帝国大学农学部植物科，1925年3月本科毕业后，继续在该校大学院攻读博士学位，主要研究植物生理之根系对铵和硝酸的吸收，迟至1936年6月才获得学位，此时其已回国多年。罗宗洛回国在1930年，先后执教鞭于中山大学、中央大学和浙江大学。其时，中国植物生理学尚属起步阶段，而罗宗洛在该领域已崭露头角，但回国之后，在诸大学任教，其研究均未有所深入，甚不得意。中研院邀其独当一面，支撑一研究所，其研究或可得到发展，更何况领导一研究所，可以展现其行政才能，故其言“中央研究院院长朱家骅以评议会主席名义，来信征求我的同意。我认为这是一个机会，遂接受其聘请，于1944年4月到重庆就任中央研究院植物研究所所长一职”。[4]
在中研院酝酿改组动植物所时，所长王家楫向院长朱家骅呈函，对其所主持之动植物研究所之现状，及所内植物学部分不甚发达予以说明，其赞成将动植物分开，并提出分所初步方案。此后拆分基本上按此方案进行。
敝所现有职员除研究员三人、助理员一人，助理五人，其中习植物者，只有四人，不足三分之一（四人中，邓叔群兄尚借调于外，战事结束后方可返所）。此种状况当在南京成立之初既然。二是所中设备以人才为支配，自不得不侧重于动物方面。将来动物、植物分所时，图书属于专门者为多，动物图书归动物，植物图书归植物，自易划分。仪器之分配，则似应以所中原有研究人员之多寡为原则，否则必致发生障碍。比如将显微镜对分，动物所至少有半数人员将无从进行研究，此系实在情形。[5]
此函写于1944年元月，王家楫所言显然是在保护即将成立之动物所利益，未雨绸缪，先提出方案，他人便不好作过多计较。1944年3月中研院评议会正式确定新组建植物研究所，会后王家楫即致函时在贵州湄潭浙江大学之罗宗洛，告知评议会之议决。王家楫接罗宗洛复函后，又致函朱家骅，报告接洽结果。其云：
楫回渝即致函宗洛，将院务会议与评议会通过分所情形及动植物所过去历史，战后现况及此时设备，两所将如何分配等等，分别为之评述，并邀其速来北碚，以便早些实行已经决定之议案。昨晚得宗洛兄回信，颇不嫌原有设备之简陋，已决定接受先生之委托来长植物所，此间同人皆引以为喜。不过宗洛兄信中述及尚未接到本院正式通知，因此何时来北碚未能预定云云。楫意现在旅费及物价在继续上涨增高，宗洛以早来为妥，伏恳先生嘱总处速将聘书快邮寄去。先生如能另附一函则更好。楫亦当再函宗洛兄，促其早来也。[6]
图26 罗宗洛致朱家骅函
此王家楫致函罗宗洛，不知是受评议会或院长朱家骅之委托，还是主动所为。因为朱家骅在接到王家楫此函之前，已于4月6日致函罗宗洛，嘱其早来重庆履职。王家楫之所以致函罗宗洛，主要还是告知动植物所设备简陋，罗宗洛新来只好接受，此为王家楫精明之处。
罗宗洛接到朱家骅4月6日之函，于11日复一短函，云交通困难，不能立即赴约，估计于月底才能抵重庆。月底之时，罗宗洛来重庆，与朱家骅会晤，遂往北碚，开始筹备，植物所于5月1日正式成立。罗宗洛之所长聘书于4月25日颁发。《植物研究所年报》第一号记载云：
民国三十三年三月，本院第二届评议会举行第二次年会于重庆，由院长提议，将固有之动植物研究所分为动物研究所及植物研究所。三月十日，经第四次会议议决通过。四月，本所所长罗宗洛到任，当即开始筹备，五月一日正式成立。[7]
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