巴基斯坦政府与亲塔利班部落武装媾和造成阿富汗的安全局势快速恶化，增加美国驻阿富汗军队面临的军事压力。而基地组织的新一代领导正在联邦直辖部落区快速成长，这更是美国的长远威胁。
巴基斯坦政府与亲塔利班部落武装媾和以后，美国表面上看来并不担忧。2006年9月23日，小布什总统同穆沙拉夫总统会面后召开记者会，当谈到反恐时，两位总统很有默契地重申对彼此的信任，以及对合作反恐、打击塔利班分子和追捕奥萨马·本·拉登很有信心。实际上，美国对巴基斯坦政府与亲塔利班部落武装媾和颇有怨言，认为这实质上是把联邦直辖部落区的控制权让给塔利班，媾和并不会使亲塔利班部落武装分子放下武器，或停止进入阿富汗制造动乱。事实也的确如此，自巴基斯坦政府与亲塔利班部落武装媾和以来，据北约驻阿富汗联军估计，塔利班和基地组织发动的袭击大幅增加，从巴基斯坦进入阿富汗对北约驻军发动攻击的事件足足增加3倍。与此同时，已进行近5年的阿富汗战争也面临安全形势急转直下的转折点。2006年到2007年年初，已经有超过40件的自杀爆炸案。这显示塔利班正在逐渐重建它在阿富汗南部的势力。如果塔利班重掌阿富汗政权，不仅宣告美国的政治失败，塔利班支援的基地组织还会对美国的国家安全造成直接威胁。美国在伊拉克已经泥足深陷，分身乏术，现在又增加一个安全局势堪忧的阿富汗，其头疼程度可想而知。
更为糟糕的是，巴基斯坦联邦直辖部落区已经成为塔利班和基地组织的“国中之国”。巴基斯坦前任外交部长纳吉姆丁·谢赫最近坦率地承认：“毫无疑问，瓦济里斯坦协议已经增强塔利班的影响。”[16]而基地组织则将南瓦济里斯坦部落区和北瓦济里斯坦部落区变成其全球活动中心，在南瓦济里斯坦部落区和北瓦济里斯坦部落区建立训练营、武器库、收容所和对外联络系统。“911”事件以后，发动攻击的基地组织恐怖分子大多被捕或被击毙，而新一代的基地领导人已经逐渐在巴基斯坦联邦直辖部落区浮现。《纽约时报》引述不具名的美国情报与反恐官员的话指出：这令美国情报机构既惊讶又沮丧。[17]
因此，几个月来，美国对于巴基斯坦反恐表现欠佳的不满声浪是一浪高过一浪：从国会、智库，到主流媒体，都向小布什政府提出质疑，认为巴基斯坦没有发挥反恐盟友的作用，放任塔利班重新崛起。美国国会希望提高对穆沙拉夫总统的施压力度。众议院已经通过法案，规定：除非美国总统满意巴基斯坦的反恐表现，否则将停止对巴基斯坦的经济和军事援助。尽管小布什总统非常不愿公开指责穆沙拉夫这个“坚定的反恐盟友”，但在经过数月的隐忍后，终于顶不住各界的压力，让副总统迪克·切尼出马，直接向穆沙拉夫总统施压。2007年2月25日，白宫发言人斯诺表示，巴基斯坦政府应加强追捕巴基斯坦境内的恐怖分子以对抗基地组织。斯诺同时在简报中强调，副总统迪克·切尼会把类似的讯息传达给穆沙拉夫总统。根据《纽约时报》的报导，美国已经确认穆沙拉夫总统并未履行2006年9月访美时向小布什总统做出的承诺。穆沙拉夫总统当时坚称，与亲塔利班部落武装媾和不会妨碍对基地组织和塔利班分子的追捕，以及对其训练基地的摧毁。美国情报官员确信，基地组织正在巴基斯坦重建其组织架构和训练基地。巴基斯坦政府军虽攻击过一些基地组织的训练基地，但整体表现却软弱无力。[18]小布什总统决定派人警告穆沙拉夫，如果巴基斯坦政府军不积极追捕恐怖分子，国会可能会停止对巴基斯坦的援助。斯诺并未否认这篇报导，表示“副总统会秘密地传达这些讯息”[19]。2月26日，迪克·切尼副总统访问巴基斯坦，向穆沙拉夫总统传递加强反恐努力的讯息，希望穆沙拉夫总统做出更多努力，阻止基地组织在巴基斯坦联邦直辖部落区重整旗鼓以及塔利班企图发动的春季攻势。
在美国的巨大压力下，巴基斯坦一方面极力为自己辩解，另一方面做出一些姿态回应美国的压力。巴基斯坦政府对于反恐不力的指责，一贯做出如下回应：巴基斯坦已经竭尽全力。巴基斯坦政府3年来向巴阿边境的联邦直辖部落区调派约8万大军，在反恐战争中牺牲800多名士兵，损失不可谓不惨重。巴基斯坦政府认为是由于阿富汗政府军和北约联军防守不力，才导致塔利班分子跨境作乱的例子屡见不鲜。巴基斯坦外交部长卡苏里指出：“我们（在巴基斯坦）设有1000个检哨站，他们（阿富汗政府军和北约联军）才不过设立区区100个。”美国著名智库布鲁金斯学会研究员布朗认为：巴基斯坦此后会提高打击基地组织的力度，但绝不会摆出大阵仗，派出飞机、坦克直捣联邦直辖部落区，而是以低调的秘密情报战取而代之。布朗表示：“在美国持续的压力下，我们将会看到零星的扫荡基地组织的行动，选择性地捕捉基地组织的中层领导分子，以安抚美国。”[20]
此言不虚，迪克·切尼副总统刚离开巴基斯坦，巴基斯坦政府军就在奎达市抓获塔利班10人领导委员会中的第三号人物前国防部长阿胡德。一位不愿透露姓名的巴基斯坦安全官员称：阿胡德是在2月26日晚些时候被抓获的，时间就在迪克·切尼副总统到访巴基斯坦后几个小时。这是自阿富汗塔利班政权倒台以来，巴基斯坦首次逮捕塔利班的高级成员。巴基斯坦官员称：逮捕阿胡德是根据情报事先策划而采取的行动，并非是给迪克·切尼副总统到访的“献礼”。[21]尽管巴基斯坦不愿意将逮捕行动与迪克·切尼副总统到访巴基斯坦联系起来，但是迪克·切尼副总统抵达巴基斯坦后立刻就进行逮捕，很难不让人感觉穆沙拉夫总统掌握时机的水准很高超。穆沙拉夫总统还关闭了几个阿富汗难民营，使美国不满的舆论暂时平息下来。
虽然美国对穆沙拉夫总统的反恐表现颇有怨言，但是也理解穆沙拉夫总统的艰难处境，不会过度施压，以避免危及穆沙拉夫摇摇欲坠的政权。毕竟，除穆沙拉夫之外，小布什政府并没有“后备人选”，能保证在穆沙拉夫总统下台以后继续维持同美国的反恐合作。美国深知：巴基斯坦与极端主义的距离只有一颗子弹，而穆沙拉夫总统是在美国和巴基斯坦反美极端宗教主义势力之间的唯一隔离。如果一颗子弹打死穆沙拉夫，极端宗教势力便会夺取政权，巴基斯坦就会变成美国安全最危险的敌人。
必须承认，巴基斯坦政府与亲塔利班部落武装媾和造成美巴关系一定程度上的困难，但美巴关系还有一些发展空间。美国作为当今世界唯一的超级大国，是许多国家渴望与之建立良好关系的对象。而巴基斯坦是一个地理位置优越、掌握核武器、拥有近2亿人口的伊斯兰世俗国家。无论是从反恐战争的角度，还是从防止核扩散的角度，乃至地缘政治的角度，美巴关系都还有一定的发展潜力。美国与巴基斯坦出于各自的战略考虑，都会推动双边关系继续向前发展。
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