2007年，塔利班在巴基斯坦的影响力迅速扩大。2007年12月，巴基斯坦13个不同的武装组织联合组建巴基斯坦塔利班（Tehrik－e－Taliban Pakistan，简称为TTP），并选举来自南瓦济里斯坦的拜图拉·马哈苏德为领导人。巴基斯坦塔利班占地大约4万平方千米，人口超过500万。巴基斯坦塔利班不但有来自联邦直辖部落区的代表，还有几个来自西北边省定居区的代表。巴基斯坦一些研究联邦直辖部落区的资深专家认为：“巴基斯坦塔利班”的成分远比“阿富汗塔利班”复杂。“阿富汗塔利班”以清一色的宗教学校学生为主，再加上一些伊斯兰教士和贫苦农民，成分相对单一，其政治信念也比较容易得到民众的支持，而且还曾经入主过喀布尔，统治大半个阿富汗。而“巴基斯坦塔利班”的成分则要远远比“阿富汗塔利班”复杂，除去部分宗教学校学生外，还夹杂各种地痞、流氓、恶棍、无赖、走私犯、贩毒犯和一些小军阀，也有人把他们称为黑社会组织。[45]据估计，巴基斯坦塔利班共有3万到3．5万个成员。在巴基斯坦塔利班的目标中，包括一场针对巴基斯坦政府军的防御性圣战，执行伊斯兰教法，以及一个联合起来抗击驻阿富汗北约军队的计划。[46]巴基斯坦塔利班由年轻的毛拉领导。他们深谙部落法则和媒体宣传，利用各种手段宣传巴基斯坦塔利班的思想和意识形态，从而使巴基斯坦塔利班影响不断扩大。
2007年7月，发生在巴基斯坦首都伊斯兰堡的红色清真寺事件显示，塔利班化浪潮正在从巴基斯坦西北部的乡村地带向巴基斯坦腹地的中心城市蔓延。从2007年1月开始，红色清真寺便开始发布各种宗教命令，设立宗教法庭，要求巴基斯坦政府全面实施伊斯兰教法，并关闭妓院和音像店，否则将发动自杀性炸弹袭击。红色清真寺与巴基斯坦政府对峙半年后，巴基斯坦政府军于2007年7月4日起包围红色清真寺。在谈判未果的情况下，巴基斯坦政府军于7月10日对红色清真寺发起进攻，最终逮捕毛拉阿卜杜勒·阿齐兹，打死毛拉阿卜杜勒·拉希德·加齐。[47]2008年，巴基斯坦塔利班的影响在巴基斯坦大部分领土上蔓延。巴基斯坦不断加剧的塔利班化浪潮已经发展到可能威胁巴基斯坦领土完整的程度。
巴基斯坦塔利班的组织结构模仿阿富汗塔利班，采取舒拉制，但结构更加松散。舒拉下设多个委员会：军事、宗教、财政、政治、文化与信息、内政、教育、征兵等。[48]巴基斯坦塔利班的领袖称号为埃米尔。埃米尔下还设置几个副手。巴基斯坦塔利班历任领导人和各地主要干部名录如下：
（1）纳克·穆罕默德·瓦齐尔（Nek Muhammad Wazir）：纳克·穆罕默德·瓦齐尔来自南瓦济里斯坦部落区的瓦齐尔部落，创立了巴基斯坦塔利班的前身“国际圣战秘密军”（Jaishul al－Qiba al－Jihadi al－Siri al－Alami）。纳克·穆罕默德·瓦齐尔于20世纪90年代参加阿富汗塔利班，协助阿富汗塔利班对抗北方联盟。他与奥萨马·本·拉登和扎瓦赫里关系密切。2001年年底，纳克·穆罕默德·瓦齐尔逃回故乡南瓦济里斯坦部落区，并成立国际圣战秘密军。国际圣战秘密军这个圣战组织不但在南瓦济里斯坦开设训练塔利班和基地组织的训练营，还制作大量反西方的光盘和文艺作品作为进行意识形态灌输的用途。2004年4月，纳克·穆罕默德·瓦齐尔作为南瓦济里斯坦反政府部落武装的领袖，指挥抗击巴基斯坦政府军清剿的“瓦济里斯坦战争”，最终迫使巴基斯坦政府军媾和。纳克·穆罕默德·瓦齐尔庇护大量塔利班、基地组织、车臣武装等极端主义分子，对美国全球安全利益构成严重威胁。2004年6月，美国对巴基斯坦境内发动第一次无人机空袭，并将纳克·穆罕默德·瓦齐尔炸死在南瓦济里斯坦部落区。[49]
（2）拜图拉·马哈苏德（Baitullah Mehsud）：拜图拉·马哈苏德来自班努。他开始崭露头角是在纳克·穆罕默德·瓦齐尔被美军无人机炸死以后。拜图拉·马哈苏德在纳克·穆罕默德·瓦齐尔的葬礼上被任命为奥马尔毛拉在南瓦济里斯坦部落区马哈苏德部落的总督。此后，经过残酷的权力斗争，拜图拉·马哈苏德接掌国际圣战秘密军。2005年，拜图拉·马哈苏德与巴基斯坦政府军达成停火协议，但是几个月后就撕毁协议重新开始袭击巴基斯坦政府军。2006年，拜图拉·马哈苏德的影响不断增长，反恐专家开始称他为“南瓦济里斯坦的无冕之王”。2007年1月，拜图拉·马哈苏德威胁要对美国和英国发动圣战。2007年12月，他宣布成立巴基斯坦塔利班，对巴基斯坦境内发动大量恐怖袭击。据巴基斯坦官员估计，2007年到2009年大约90%发生在巴基斯坦的恐怖袭击都源自拜图拉·马哈苏德的控制区。拜图拉·马哈苏德还自认是贝·布托遇刺案的幕后黑手。2009年8月，拜图拉·马哈苏德在南瓦济里斯坦死于美国无人机空袭。[50]
（3）哈基姆拉·马哈苏德（Hakimullah Mehsud）：哈基姆拉·马哈苏德来自南瓦济里斯坦部落区的马哈苏德部落。部落区追随拜图拉·马哈苏德加入圣战者行列的，最初是拜图拉·马哈苏德的贴身保镖和助手。他的战斗技巧极高，据说仅次于纳克·穆罕默德·瓦齐尔。2004年，哈基姆拉·马哈苏德成为发言人。2008年，他被任命为奥拉克扎伊、开伯尔和白沙瓦的巴基斯坦塔利班领导人。2009年，哈基姆拉·马哈苏德接替被美军无人机炸死的拜图拉·马哈苏德成为巴基斯坦塔利班现任领导人。他是一位能干的军事指挥官，与基地组织、阿富汗塔利班以及像虔诚军、羌城军和先知军的这些巴基斯坦圣战组织关系密切。哈基姆拉·马哈苏德在巴基斯坦境内发动了大量恐怖袭击。2009年11月，巴基斯坦政府悬赏五千万卢比（约合60万美元）缉拿或击毙他。2013年11月1日，哈基姆拉·马哈苏德被美军无人机炸死在北瓦济里斯坦。[51]
（4）加里·侯赛因·马哈苏德（Qari Hussain Mehsud）：加里·侯赛因·马哈苏德是哈基姆拉·马哈苏德的副手。加里·侯赛因·马哈苏德是炸弹制作能手和自杀式袭击者训练专家。他在南瓦济里斯坦拥有多个培训儿童成为自杀式袭击者的训练营地。他还被认为是哈基姆拉·马哈苏德有朝一日遭遇不测后继任巴基斯坦塔利班领袖的有力候选人。但极具讽刺意味的是，在哈基姆拉·马哈苏德2013年被美军无人机炸死前，加里·侯赛因·马哈苏德已于2010年10月7日在北瓦济里斯坦被美军无人机炸死。[52]
（5）哈菲兹·古尔·巴哈杜尔：哈菲兹·古尔·巴哈杜尔是北瓦济里斯坦塔利班的资深领导者，也是巴基斯坦最著名的塔利班指挥官之一。哈菲兹·古尔·巴哈杜尔并未与巴基斯坦塔利班结盟，但是与之保持紧密的联系。他是北瓦济里斯坦舒拉的主席。他的部队曾于2006年和2007年击败过巴基斯坦政府军。尽管如此，哈菲兹·古尔·巴哈杜尔还是被认为是一位“亲政府塔利班”的领导人。基地组织和与之结盟的巴基斯坦以及中亚圣战组织躲藏在哈菲兹·古尔·巴哈杜尔掌控的部落区，并在当地开设训练营。
（6）斯拉吉·哈卡尼：斯拉吉·哈卡尼是阿富汗塔利班最有力的分支哈卡尼网络的军事指挥官，也是基地组织舒拉的成员。他还领导着阿富汗塔利班四大舒拉之一的奎达地区军事舒拉。斯拉吉·哈卡尼实际上是全巴基斯坦最高的阿富汗塔利班指挥官。
（7）萨迪克·努尔：萨迪克·努尔是北瓦济里斯坦米尔·阿里地区的塔利班最高指挥官，但不是巴基斯坦塔利班的成员，其与基地组织关系密切。
（8）瓦利乌尔·拉赫曼·马哈苏德：瓦利乌尔·拉赫曼·马哈苏德是巴基斯坦塔利班在南瓦济里斯坦部落区马哈苏德部落的领导人，被认为是哈基姆拉·马哈苏德可能的后继者。
（9）纳齐尔毛拉：纳齐尔毛拉是南瓦济里斯坦部落区瓦齐尔部落的塔利班指挥官，不是巴基斯坦塔利班的成员，其与哈菲兹·古尔·巴哈杜尔关系密切。巴基斯坦军方和情报部门都视纳齐尔毛拉及其追随者为“好塔利班”，因为他们并不公开寻求推翻巴基斯坦政府。然而，纳齐尔毛拉公开支持奥马尔毛拉和奥萨马·本·拉登，并在阿富汗发动圣战。
（10）奥马尔·卡利德：奥马尔·卡利德是巴基斯坦塔利班在莫哈曼德的领导人，被认为是联邦直辖部落区最有效率和最有威力的巴基斯坦塔利班领导人之一。
（11）法基尔·穆罕默德：法基尔·穆罕默德是巴基斯坦塔利班在巴焦尔部落区的领导人，也是哈基姆拉·马哈苏德的副手。他与扎瓦赫里关系密切。
（12）加里·齐亚·拉赫曼：加里·齐亚·拉赫曼是塔利班和基地组织在巴基斯坦的巴焦尔部落区和阿富汗的努里斯坦省、库纳尔省的领导人。他与法基尔·穆罕默德和奥萨马·本·拉登紧密结盟。他的手下来自车臣、乌兹别克斯坦、土库曼斯坦、阿富汗和某些阿拉伯国家。他指挥着基地组织的准军事武装影子军的一个旅。
（13）茂尔维·努尔·贾马尔：茂尔维·努尔·贾马尔是巴基斯坦塔利班在库拉姆部落区的领导人。他是一个冷酷嗜血的指挥官，积极地针对库拉姆部落区的什叶派穆斯林发动攻击。
（14）阿克洪扎达·阿斯拉姆·法鲁基：阿克洪扎达·阿斯拉姆·法鲁基是巴基斯坦塔利班在奥拉克扎伊部落区的领导人。哈基姆拉·马哈苏德升任巴基斯坦塔利班领导人后，他接任这一职务。阿克洪扎达·阿斯拉姆·法鲁基是奥拉克扎伊巴基斯坦塔利班的赞助人，也是奥马尔毛拉的密友。
（15）穆夫提·伊利亚斯：穆夫提·伊利亚斯是哈基姆拉·马哈苏德的代表，统领达拉·阿达姆·海勒的塔利班武装。建立了一支武装，专事刺杀什叶派领导人。
（16）塔里克·阿弗里迪：塔里克·阿弗里迪是巴基斯坦塔利班在开伯尔、白沙瓦、科哈特和汉古的领导人，还是塔里克·阿弗里迪小组的领导人。这个塔利班的分支是奥拉克扎伊最强大的恐怖组织，总部设在达拉·阿达姆·海勒。这个组织持续对奥拉克扎伊、科哈特和汉古的巴基斯坦政府军进行袭击。
（17）法兹鲁拉毛拉（Mullah Fazlullah）：法兹鲁拉毛拉是巴基斯坦塔利班在斯瓦特的领导人。他的岳父苏菲·穆罕默德是“执行先知穆罕默德法典运动”的领导人。法兹鲁拉毛拉于2007年夺取斯瓦特，并多次击退巴基斯坦政府军的进攻。2013年11月7日，在哈基姆拉·马哈苏德被美军无人机炸死后，法兹鲁拉毛拉继任巴基斯坦塔利班的埃米尔。[53]
（18）摩曼·汗：摩曼·汗是巴基斯坦塔利班在曼色拉的领导人。摩曼·汗曾是反什叶派的极端组织羌城军的指挥官。[54]
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