中央全面深化改革领导小组是35年来地位最高，也没有自己部门利益的机构。改革伊始中国就成立了专司改革的领导机构，国务院在1980年5月决定成立“国务院体制改革办公室”，时任国务院秘书长杜星垣兼任主任职务。1982年5月，五届全国人大决定设立“国家经济体制改革委员会”，为国务院组成部门，是事实上的改革决策中枢。
国家体改委的总体职责是根据党中央、国务院关于发展社会主义商品经济的方针、政策、任务，组织有关部门和地区拟订全国经济体制改革的中长期总体规划和年度综合实施方案。它拥有五大职能：理论研究、规划设计、组织协调、指导实践、组织试点。1982年提出适当扩大市场调节取向、缩小计划调节范围；1984年提出有计划的商品经济，计划经济为主，市场调节为辅；1987年提出国家调节市场，市场引导企业。1998年的国务院机构改革中，“国家体改委”撤销，改设为“国务院经济体制改革办公室”（简称“体改办”）；同时，成立了一个虚设的“国家体改委”作为国务院的议事机构，退出了政府组成序列。2003年3月，“体改办”撤销，其职能并入新成立的国家发展和改革委员会。
根据第十一届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》（国发（2008）11号），国家发展和改革委员会的主要职能有15大类并管理国家粮食局和国家能源局，其中的职能规定存在明显的利益冲突，比如第四类和第五类职权之间的关系：
“（四）承担指导推进和综合协调经济体制改革的责任，研究经济体制改革和对外开放的重大问题，组织拟订综合性经济体制改革方案，协调有关专项经济体制改革方案，会同有关部门搞好重要专项经济体制改革之间的衔接，指导经济体制改革试点和改革试验区工作。
（五）承担规划重大建设项目和生产力布局的责任，拟订全社会固定资产投资总规模和投资结构的调控目标、政策及措施，衔接平衡需要安排中央政府投资和涉及重大建设项目的专项规划。安排中央财政性建设资金，按国务院规定权限审批、核准、审核重大建设项目、重大外资项目、境外资源开发类重大投资项目和大额用汇开展重大建设项目稽查。指导工程咨询业发展。”
第四类职能是改革方面的，而第五类则是关于项目审批、核准、审核重大项目的。也就是说，改革职能要求这个部门必须是没有自己部门利益只有国家利益的，但是审批功能意味着其必然有部门利益，进而有寻租的可能，比如发改委原副主任刘铁男腐败一案，就是滥用审批权而大搞腐败的典型案例。这样一个利益相互冲突的职能部门，显然无力担当改革大任。
【《明·黄宗羲》】不以俄顷淫乐，易无穷之悲，虽愚者亦明之矣！
【译文】不拿片刻的荒淫行乐去换取没完没了的悲痛，即使是愚蠢的人也明白这个道理呀！
从改革机构的变迁可以看出以下几点：第一，因为20世纪80年代的中国改革主要集中于经济领域，因此，改革机构是国务院的组成部门。第二，虽然是国务院的一个组成部门，但因为80年代改革刚启动，上下都很渴望改革，因此国家经济体制改革委员会事实上是一个超级国家部委，在整个80年代，除1987年4月—1988年4月由李铁映担任国家经济体制改革委员会主任外，均由当时的两任总理兼任主任。也正因为其超级地位，不但规划、推动着整个80年代经济改革，甚至其主要成员还负责起草中共十三大政治体制改革规划。第三，如何理解90年代的一系列大动作改革？1992年成为中国改革的分水岭，此后10年中国的经济改革没有犹疑和摇摆，社会主义市场经济成为唯一的方向。除了个人影响，“问题倒逼”起了很大作用。也就是说，在很大程度上，加入世界贸易组织成为当时中国改革的最大动力来源。要加入WTO，就要成为一个市场经济国家。为了尽早地加入WTO，当时的党中央国务院下了空前的决心搞改革，终于于2001年加入WTO。实践已经证明，为加入WTO而推动的大动作改革让中国经济上了一个新台阶。
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