在文献研究的第一阶段，我们集中了通过文献检索收集到的资料。现在，我们进入第二阶段，在这一阶段我们要对资料进行组织，形成证据，进而在此基础上做出一些简单论断。首先，查看资料矩阵图（1—3栏）中的参考书目确定怎样组织资料。记住，证据是有目的性的资料。资料要怎样联系起来讲述内容呢？检查矩阵图中关于关键词、核心观点和作者的资料，把可以作为证据的资料条目整理成图表（见图4.3）。
参照核心观点图和作者图谱，建立资料条目图表。依据时间阶段给条目分组是不错的方式，可以按照年代顺序来组织资料。按照不同主题来分组也是很好的方式。根据主题把证据联系组织起来，从而达到比对或模仿的目的。还有，也可以按作者对资料进行分组——看看就某一课题他们的研究呈现出何种趋势和特点。
图4.3 文献研究矩阵图：第一阶段
资料转变成证据的方式多种多样。选择何种方式组织资料取决于你的研究问题的性质。在此再次强调，没有必要限制自己只使用一种证据组织形式。尝试不同的资料分组方式更有利于找到呈现证据主体内容的最好方式。也许综合使用不同的资料分组方式是资料整合最合适的方式。
证据组织形式确定后，要把它们保存起来。建立一种编码方案对证据进行分类，编码方案可以利用关键词或者字母符号作为编码来组织证据。用一张纸列出每一个编码条目，并且简短地写出证据的分组类型。把证据分类的编码写入资料矩阵图中的第五栏。编码簿是下一步研究必不可少的参考资料。
回顾图2.8，查看编码是如何进行的。关键词“智能理论史”被分解为五大部分。按照时间顺序来组织资料，其中每一部分都有下属分支。我们以第一大部分“智能作为抽象概念（1910年前）”为例演示编码过程。编码“Pre-1910”代表第一大部分“智能作为抽象概念（1910年前）”。编码“EGT”代表“早期希腊思想”（Early Greek Thought）。编码“IPI”代表“伊斯兰波斯影响”（Islamic Persian Influences）。使用首字母缩写的方式呈现整个编码图表的内容。编码簿中要记录主要部分和次级分类的标题及其相对应的缩写编码，以便以后查阅。整个资料组织和编码过程就按照这样的程序进行。
完成这一步，我们已经将资料转变成证据形式，下一步要做的就是推理。证据必须依靠可接受的推理才能形成简单论断。这一阶段能否成功关键在于研究者鉴别推理形式的能力的高低。
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