马丁·斯科塞斯版的《无间行者》汲取了港版的情节精华，犹如《花木兰》取材自中国古代文学故事、《湖边小屋》改编自韩国影片《触不到的恋人》、《午夜凶铃》改编自日本同名电影等一样，都特别明显地展现出“美国文化是一种兼容性很强的文化，是一种开放文化，又是一种宽容文化”[2]的特质。《无间行者》保持了《无间道》整体的叙事框架，延续双重卧底的叙事张力，继续了警察和黑帮的猫鼠游戏，保留了两个卧底内心遭受煎熬的情节展现;除此之外，剧作方面不可避免要做很多美国化和好莱坞式的改动，并把《无间道》续集的一些因素也整合进来了。在这些改编中，最关键和最成功的是叙事重心和人物关系的调整，正是这些改动成就了《无间行者》在美国畅行无阻。《无间道》在香港连续拍成三部影片，但是从剧情的推敲和艺术构思的完满性来讲，无疑第一集是最出彩的，《无间行者》因为市场化的思考，只拍一集，以《无间道》为基础，把续集整合进来，索性就让两个卧底全部告别人世，根本不给续集留下一丁点儿生机。
《无间行者》对《无间道》的改动，首现体现在叙事视点和类型片种的转换。《无间道》虽然是个全知的视点，但基本上还是以陈永仁(刘德华饰)和刘健明(梁朝伟饰)之间的智斗为中心，其中又以陈永仁的心理轨迹为主轴，让观众自始至终都沉浸在警察卧底这一扣人心弦的紧张氛围中，并体会他想恢复正常身份的急切而又不可得的无奈心情。这样的视点比较符合常规的叙事原则。但《无间行者》在保持了比利(Billy，莱昂纳多·迪卡普里奥饰)和科林(Colin，马特·达蒙饰)的智斗之外，把更多的叙事笔墨着力在科斯特洛(Costello，杰克·尼科尔森饰)身上，影片开篇，我们便听到了他喋喋不休、布道似的台词，活脱脱呈现出一个黑帮首领的性格及其生存哲学。影片的叙事从他的视点开始，以至比利的出场被大大推后。奥斯卡把最佳剧本改编奖授予威廉·莫纳汉(WilliamMonahan)，这个叙事重心的改动，无疑立下了汗马功劳。当然，这一改动也让杰克·尼科尔森炉火纯青的表演技能有了极大的施展空间，也许这样处理是为了借这位大牌明星的票房号召力而进行市场的推广。片中最鲜活饱满的人物也是他，一个凶狠、狡黠而又玩世不恭的黑帮匪首跃然银幕。这样把大笔墨放在了科斯特洛身上，也延续了马丁·斯科塞斯导演影片的一贯风格。他一直关注一个非常规、多少带有某种性格缺陷甚至变态的灰色人物，以至黑帮人物，用镜头语言挖掘他们的成长轨迹。这种改编，就把一部警匪类型片在很大程度上偏向了黑帮片，虽然这两类影片本身便有渊源。甚至《无间行者》处理比利所以去卧底的原因，也是因其家族与黑帮具有扯不开的渊源关系，而不像陈永仁那样是出于天资禀赋。
《无间行者》在人物身份和关系的设置方面，也作了若干与好莱坞叙事惯例相符(也即与受众的观赏、认同相符)的调整，比如科斯特洛和科林的关系，科林和迪哥纳姆(Dignam)的关系，比利和两个上司之间的关系。在《无间道》中，韩琛(曾志伟饰)和刘健明之间还存在着一种父子般的温情，而科斯特洛和科林之间似乎只存在着互相利用的功利性了，科斯特洛甚至赤裸裸地用科林的女友来威胁他。不过，这种改动仍然立足于对人物性格的再发掘上，同时，《无间行者》还做了一些涉及与叙事线索中人物关系发展必然性的调整，比如对心理医生这一角色的细微改动等。在《无间道》中心理医生李心儿(陈慧琳饰)这一角色的功能还是比较单纯的，除了在为陈永仁提供心理治疗之外，还含蓄地为他提供了向往一场人生好梦的美好诱因，并成了他心仪的对象和可以信赖的人。但在《无间行者》中，心理医生玛多琳(Madolyn)则成了联系两个卧底之间的关键人物，更成了三角关系中关键的一角，这是最好莱坞式的改编了。女人和性，二者不可或缺(影片中对科斯特洛这方面有就较多的笔触涉及)。但是，说《无间行者》在移植上的成功或许并不仅仅在此，而是因为玛多琳和科林作为恋人关系的存在，也免去了《无间道》中刘健明女友Mary(郑秀文饰)存在的必要性。或许因为刘德华和郑秀文此前一起合作的影片票房不错，《无间道》中才作出了这样刻意的安排和设置。因为，李心儿的存在虽然为刘健明提供了一个良好履历的因素(即将有美好的家庭)，然而又因为作家的另一重身份的存在，便使得影片编剧的影子突兀地跳将出来，用小说和影片中人物心理的类似因素时不时或明或暗地来提醒观众，台词和表演细节拙劣地破坏了影片内在自足的氛围。删去这一人物之后，《无间行者》避免了这些缺点的存在，把人物关系设置得更紧密，情节更集中，作用于观众也更有效。
其他关键人物的更改还有马克·沃尔伯格饰演的迪哥纳姆，在影片《无间行者》里，是他最后向科林射出了愤怒的子弹，如果没有这颗子弹，这个人物也许让人感到有点多余。也可以说，他在影片中成为了黄警司(黄秋生饰)的一个分身，也成了最终让影片叙事圆满休止的因子。他在《无间行者》叙事中的存在有成功的一面，也有失败的一面。这个人物把《无间道》中吴廷烨扮演的张警官一些叙事功能给承载了过来，一直跟科林(刘健明)气不顺，尤其是上司奎恩(黄志诚)被杀之后，更是发出了强烈的不满。《无间行者》这样设置也让人物关系更集中，不像《无间道》在最后才让张警官在观众面前向刘健明发出怒吼，虽然前面出现，因没有重场戏，观众印象不深，冲击力也就欠缺了。但这一角色失败的一面则体现在，剧作最后安排他因为愤怒而想辞职，最后休假，使得关键时候没人证明比利的身份，以至最后比利亲自去找科林，却付出了生命的代价。虽然这样处理故事也很顺，但因为偶然性的存在，已远没有《无间道》那样的冲击力了，因为世上已经没有人能为陈永仁证明其身份的清白了，这种绝望和愤懑可想而知。《无间行者》却还有迪哥纳姆的存在，残酷性无疑被消解了许多。
《无间行者》除了以上人物关系的调整外，还有许多美国化的改编，这些改动大多是美国视点及其社会因素起的作用。比如警校校长的缺失，两名卧底本不相识，《无间行者》在这类细节的处理上都和《无间道》有所不同。在弹丸之地的香港，谁都可能认识谁，而如美国之大，倘若也发生类似的事情，那也就太过巧合了。片中最为美国化的改编，或许是科斯特洛手中最重要的交易品的改变，由白粉变成了盗来的高科技微处理器，买方居然是有官方背景的中国人。《无间道》中买白粉是因为它可以被海水稀释，双方第一个回合打了个平手，故事可以继续发展。《无间行者》则纳入了美国社会的因素，把中国海峡两岸扯了进来，把美国人对默默崛起的中国的不安心态作为影片叙事的动力。中国虽然向全世界宣布“和平发展”，但作为13亿多人口的大国，以及多年来经济发展的高增长率，被世界许多媒体描述为未来唯一可以与美国竞争和抗衡的国家，在美国国会有许多议员把中国视为威胁。基于此，《无间行者》直接把美国官方禁止对华交易的高科技产品作为叙事因素，把中国人调侃了一番。
《无间行者》还从观众的角度出发，对叙事元素做了一些关键的更动，比如《无间道》中摩斯密码的修改，在《无间行者》中只成了科林的盲发短信，或许一般人无从知晓摩斯密码为何物，如何工作，这样一改就让观众接受起来比较畅通无阻了。《无间行者》为了让普通观众看得明白，对于那个关键的信封，在影片中也曾强调了许多次。而在《无间道》中只有前后两次出现。虽然一些叙事因素给修改了，但是很多关键的叙事因素无法回避，比如这个信封、录音光盘以及那部电话。只是马丁·斯科塞斯对电话这个证物毫无保护性措施(《无间道》中则是用塑料袋子装着的)，这或许是智者千虑之一失。
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