我们在前文引述胡适1922年对北大的批评：尚处于“稗贩学术”的时代。蔡元培1919年7月重返北大时对学生也有过一个类似的提醒：“以提倡国货而论，贩卖固其要务，然必有制造货品之工厂，与培植原料之农场，以开其源。若驱工厂农场之人材，而悉从事于贩卖，其破产也，可立而待。诸君自思，在培植制造时代乎？抑在贩卖时代乎？”[13]蔡元培的这个说法不仅是对学生说的，也可用于整个北大。进一步言之，不仅北大的师生需要反思，作为北大校长的蔡元培也是可以自省的。
这是因为，蔡元培尽管在治校期间多次强调治学为大学的第一要务，然而，他也同时强调大学应该承担指导社会、开启民智的责任。“国家之休戚，学校之休戚随之。学校之休戚，学生之休戚随之。”[14]“在腐败政府之下，服务社会者又不可多者，自命为知识阶级的大学，不得不事事引为己任。”[15]这正如“往昔昏浊之世，必有一部分之清流，与敝俗奋斗，如东汉之党人，南宋之道学，明季之东林。风雨如晦，鸡鸣不已”。[16]蔡元培的办学理念虽然在很多方面深受德国影响，但由于蔡元培骨子里所秉持的中国传统士大夫“以天下为己任”的情怀，所以，他治下的北大在根本的发展方向上与德国现代大学的发展方向并不相同。如果说德国的大学真是蔡元培所谓“纯粹研究学问”的机构的话，那么，蔡元培尽管在言论和文章中以此为北大的发展方向，其所列举的西方“纯学术”的代表都是或著作等身，或立论深厚，或发明众多的哲学家和科学家，[17]但我们从他最初为北大挑选文科学长的考虑就可以发现，他从办学一开始其实并没有用“纯粹研究学问”来引导北大。
陈独秀旧学算不得邃密，新知谈不上深沉，没有家学渊源，没有留洋背景，甚至没有学术专著，只是主编一份思想启蒙杂志。杂志意味着什么呢？如果按照王国维贬抑有过的说法，“庚辛以还，各种杂志接踵而起。其执笔者，非喜事之学生，则亡命之逋臣也。此等杂志，本不知学问为何物，而但有政治上之目的。虽时有学术上之议论，不但剽窃灭裂而已”。[18]蔡元培为什么要把这样一个办杂志的人物放在北大文科学长的位置上，由他来引导整个北大的学术发展呢？陈独秀所主编的《新青年》对大学到底意味着什么？蔡元培在与林纾论辩时说：“若大学教员于学校以外自由发表意见，与学校无涉，本可置之不论。今姑进一步而考察之，则惟《新青年》杂志中，偶有对于孔子学说之批评……”[19]尽管《新青年》杂志编辑部随陈独秀的进入而搬进了北大，编辑也由陈独秀一人变为新文化派共同担任，但是，蔡元培在论辩时仍然把《新青年》作为“学校以外自由发表意见”的刊物。既然如此，蔡元培为什么会主要因为一个在大学以外（也在“纯学术”以外？）自由发表意见的刊物而选中陈独秀来引导北大的学术发展呢？
一个可能的解释是蔡元培认为在中国当时的情况下，学术建设与思想启蒙并不相悖。更进一步地说，借用蔡元培本人的比喻，在猛兽（恶政）横行的时代里，必需引入洪水（新思潮）来吞噬猛兽。至于洪水本身的弊害，则可以慢慢加以疏导。[20]所以，我们可以理解，当胡适的《中国哲学史大纲》上卷出版后，蔡元培是何等欣喜若狂——若不是在新文化思潮的荡涤下，三千年来一半断烂、一半庞杂的哲学界如何可能理出一个头绪来，如何可能开出一种研究本国哲学史的门径？！[21]
师风所及，学生的启蒙期刊《国民杂志》《新潮》也紧随《新青年》《每周评论》而涌现。对此，蔡元培在赞许中多少也夹着些许无奈和担忧：“学生唯一之义务在求学，胡以牺牲其求学之时间与心力，而从事于普通国民之义务，以营此杂志？曰：迫于爱国之新，不得已也。我国……大多数国民，方漠然于吾国之安危，若与己无关。而一部分有力者，乃日以琢丧国家之务。其能知国家主义而竭诚以保护之者，乃少数耳。求能助此少数爱国家、唤醒无意识之大多数国民，而抵制琢丧国家之行为，非学生而谁？呜呼！学生之牺牲其时间与心力，以营此救国之杂志，诚不得已也。”[22]《新潮》“原以介绍西洋近代有益之学说，批评之事，仅属末节。《新潮》既以介绍新说为旨，自不必专徇末节之流波……《新潮》持论或有易致骇怪之处，元培自必勉以敬慎将事。”[23]
可以看出，蔡元培并非意识不到思想启蒙与学术建设、贩卖与培植这两者在性质上的差别，但他更愿意看到由思想启蒙激发起国人对学术的兴趣，通过沉潜学术以达到改造社会的目的。而开始同样是本着文化救国的理念，陈独秀寄望启蒙的则是所谓“借思想文化以解决问题的途径”。[24]1915年《新青年》创刊时，陈独秀称“批评时政，非其旨也”；到1918年，他则表示：“政治问题，往往关于国家民族根本的存亡，怎应该装聋推哑呢”；而到1923年，在离开北大后，他质问道：“教育界能不问政治吗？”“中国政治坏到现在这样地步，不是军阀官僚自己要包办政治的罪恶，乃是士农工商都放弃责任而且忍心害理的主张不问政治，甘心让军阀官僚包办的罪恶。”[25]这个变化过程，在陈独秀的思想世界中并没有那么突兀，但对蔡元培来说却是未能充分意识到的，也是他不太愿意看到的。
尤其对于需要更多时间来读书的学生来说，这其中的冲突会更大。蔡元培本以为只要限制在文化领域，这两者还大体可以相容。所谓限制在文化领域，是指大学的启蒙责任主要是通过期刊、报纸等出版物来发挥。他所提出的“救国不忘读书，读书不忘救国”，[26]是希望救国与读书这两者能够通过书刊来连接。蔡元培在治校前期相信，只要是限于言（论）而非行（动），只要把社会关怀非政治化，就可以做到讲学与议政、救国与读书两不误。但“五四运动”后汹涌的学潮打破了蔡元培的这一幻想。
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