新制度设置了“库存现金”、“银行存款”、“零余额账户用款额度”、“财政应返还额度”、“应收票据”、“存货”科目，其核算内容与原账中上述相应科目的核算内容基本相同。转账时，应将原账中上述科目的余额直接转入新账中相应科目。新账中相应科目设有明细科目的，应将原账中上述科目的余额加以分析，分别转入新账中相应科目的相关明细科目。
新制度未设置“应收及暂付款”科目，但设置了“应收账款”、“预付账款”、“其他应收款”科目，该三个科目的核算内容与原账中上述科目的核算内容基本相同。转账时，应对原账中“应收及暂付款”科目的余额进行分析：将其中属于新制度规定应收账款的余额转入新账中“应收账款”科目；将其中属于新制度规定预付账款的余额转入新账中“预付账款”科目；将剩余余额转入新账中“其他应收款”科目。
新制度未设置“借出款”科目。如果原账中“借出款”科目有余额，应在转账时将其余额转入新账中“其他应收款”科目。
新制度将高等学校的对外投资划分为短期投资和长期投资，相应设置了“短期投资”、“长期投资”两个科目，两个科目的核算内容与原账中“对校办产业投资”、“其他对外投资”两个科目的核算内容基本相同。转账时，应将原账中“对校办产业投资”科目的余额转入新账中“长期投资”科目，并对原账中“其他对外投资”科目的余额进行分析：将其中依法取得的、持有时间不超过1年（含1年）的对外投资余额转入新账中“短期投资”科目；将剩余余额转入新账中“长期投资”科目。
新制度设置了“固定资产”科目，核算固定资产的原价。由于固定资产价值标准提高，原账中作为固定资产核算的实物资产，将有一部分要按照新制度转为低值易耗品。转账时，应当根据重新确定的固定资产目录，对原账中“固定资产”科目的余额进行分析。
1.对于达不到新制度中固定资产确认标准且未领用出库的，应当将相应余额转入新账中“存货”科目，并将原账中相应的“固定基金”科目余额转入新账中“事业基金——一般基金”科目；对于达不到新制度中固定资产确认标准且已领用出库的，应当按相应余额在原账中，借记“固定基金”科目，贷记“固定资产”科目，同时做好相关实物资产的登记管理工作。
2.对于符合新制度中固定资产确认标准的，应当将相应余额转入新账中“固定资产”科目。
新制度设置了“累计折旧”科目，核算高等学校对固定资产计提的累计折旧。高等学校应当全面核查转入新账的固定资产的的原价、截至2013年12月31日的已使用年限、尚可使用年限等，对固定资产按照新制度规定补提折旧，按照应补提的累计折旧金额，借记“非流动资产基金——固定资产”科目，贷记“累计折旧”科目。自2014年1月1日起，高等学校应当按照新制度的规定按月计提固定资产折旧。
新制度设置了“无形资产”科目，核算无形资产的原价。原账中“无形资产”科目余额反映的是尚未摊销的无形资产的价值。转账时，应将原账中“无形资产”科目的余额转入新账中的“无形资产”科目，同时按照与原账中“无形资产”科目余额相等的金额，从原账中“事业基金——一般基金”科目转入新账中“非流动资产基金——无形资产”科目。
高等学校应当自2014年1月1日起设置和启用“累计摊销”科目，以“无形资产”科目2014年1月1日的期初余额为原价，按新制度规定进行摊销。
新制度设置了“短期借款”、“长期借款”两个科目，核算高等学校向银行等金融机构借入的款项。原制度“借入款项”科目核算范围包括了高等学校从财政部门、上级主管部门、金融机构借入的款项。转账时，应对原账中“借入款项”科目的余额进行分析：将其中属于从金融机构借入的偿还期限在1年内（含1年）的各种借款的余额转入新账中“短期借款”科目；将其中属于从金融机构借入的偿还期限超过1年（不含1年）的各种借款的余额转入新账中“长期借款”科目；将剩余余额分别转入新账中“其他应付款”、“长期应付款”科目。
新制度设置了“应缴税费”、“应缴财政专户款”、“应付票据”、“代管款项”科目，其核算内容与原账中上述相应科目的核算内容基本相同。转账时，应将原账中上述科目的余额直接转入新账中相应科目。新账中相应科目设有明细科目的，应将原账中上述科目的余额加以分析，分别转入新账中相应科目的相关明细科目。
新制度未设置“应付工资（离退休费）”、“应付地方（部门）津贴补贴”、“应付其他个人收入”科目，但设置了“应付职工薪酬”科目，其核算内容涵盖了原账中上述三个科目的核算内容，并包括应付的社会保险费和住房公积金等。高等学校应在新账中“应付职工薪酬”科目下按照国家有关规定设置明细科目。转账时，应将原账中“应付工资（离退休费）”、“应付地方（部门）津贴补贴”、“应付其他个人收入”科目的余额分别转入新账中“应付职工薪酬”科目的相关明细科目，并对原账中“应付及暂存款”科目的余额进行分析，将其中属于高等学校应付的社会保险费和住房公积金的余额转入新账中“应付职工薪酬”科目的相关明细科目。
新制度未设置“应付及暂存款”科目，但设置了“应付账款”、“预收账款”、“其他应付款”、“长期应付款”科目，该四个科目的核算内容与原账中上述科目的核算内容基本相同，但不包括高等学校为职工应付的社会保险费和住房公积金（该部分内容由新制度下“应付职工薪酬”科目核算）。转账时，应当对原账中“应付及暂存款”科目的余额进行分析：将其中属于新制度规定应付账款的余额转入新账中“应付账款”科目；将其中属于新制度规定预收账款的余额转入新账中“预收账款”科目；将其中属于新制度规定长期应付款的余额转入新账中“长期应付款”科目；将其中属于应付的社会保险费和住房公积金的余额转入新账中“应付职工薪酬”科目；将剩余余额转入新账中“其他应付款”科目。
新制度设置了“事业基金”科目，但不再在该科目下设置“投资基金”明细科目，其核算范围也较原账中上述科目发生变化，不再包括投资基金、财政补助结转和结余以及收回附属单位归还的人员工资。转账时，应将原账中“事业基金”科目所属“投资基金”明细科目的余额转入新账中“非流动资产基金——长期投资”科目，并对原账中“事业基金”科目所属“一般基金”明细科目的余额（扣除转入新账中“非流动资产基金——无形资产”科目数额后的余额）进行分析：将其中属于新制度下财政补助基本支出结转的余额转入新账中“财政补助结转”科目；将其中属于新制度下财政补助项目支出结余的余额转入新账中“财政补助结余”科目；将剩余余额转入新账中“事业基金——一般基金”科目。
新制度未设置“固定基金”科目，但设置了“非流动资产基金”科目，核算高等学校长期投资、固定资产、在建工程、无形资产等非流动资产占用的金额。转账时，应将原账中“固定基金”科目的余额（扣除转为新账中存货的固定资产对应的固定基金数额后的余额）转入新账中“非流动资产基金——固定资产”科目。
新制度设置了“专用基金”科目，其核算范围较原账中上述科目发生变化，如不再包括修购基金。转账时，应在新账中“专用基金”科目下按照新制度规定设置明细科目，并按以下要求转账。
1.修购基金。将原账中“专用基金——修购基金”科目余额转入新账中“事业基金”科目。
2.职工福利基金。将原账中“专用基金——职工福利基金”科目余额转入新账中“专用基金——职工福利基金”科目。
3.学生奖贷基金和勤工助学基金。将原账中“专用基金——学生奖贷基金”科目余额、“专用基金——勤工助学基金”科目余额分别转入新账中“专用基金——学生奖助基金”科目。
4.其他专用基金。对于原账中其他专用基金，按照《高等学校财务制度》等有关规定保留的，将其余额转入新账中“专用基金”科目的相关明细科目；没有保留依据的，将其余额转入新账中“事业基金”科目。
新制度设置了“经营结余”科目，其核算范围与原账中“经营结余”科目的核算范围基本相同。转账时，如果原账中“经营结余”科目有借方余额，应直接转入新账中“经营结余”科目。
新制度设置了“事业结余”科目，其核算范围较原账中“事业结余”科目发生变化，不再包括财政补助基本支出结转和财政补助项目支出结余；新制度未设置“结余分配”科目，但设置了“非财政补助结余分配”科目，核算事业单位本年度非财政补助结余分配的情况和结果。因原账中“事业结余”、“结余分配”科目无余额，不需进行转账处理，自2014年1月1日起直接启用“事业结余”、“非财政补助结余分配”科目的新账即可。
新制度设置了“财政补助收入”科目，核算高等学校从同级财政部门取得的各类财政拨款。对于高等学校从非同级财政部门取得经费拨款，新制度规定通过“科研事业收入”和“其他收入”科目核算。原账中上述三个科目核算高等学校从各级财政获得的经费拨款，其中“其他经费拨款”科目还核算高等学校从各级财政以外的有关部门获得的经费拨款。此外，新制度下“财政补助收入”科目期末结账后无余额，原账中上述三个科目年末结账后有贷方余额，反映尚未核销的专项经费结转。新制度设置了“财政补助结转”、“非财政补助结转”科目，分别核算同级财政补助项目支出结转、同级财政补助收支以外的其他专项资金结转。转账时，应对原账中“教育经费拨款”、“科研经费拨款”、“其他经费拨款”科目的余额进行分析：将其中属于同级财政补助项目支出结转的余额分项目转入新账中“财政补助结转”科目的相关明细科目；将剩余余额分项目转入新账中“非财政补助结转”科目的相关明细科目。
原账中上述科目余额反映尚未核销的专项资金结转。新制度设置了“非财政补助结转”科目，核算同级财政补助收支以外的其他专项资金结转。转账时，应将原账中上述科目的余额分项目转入新账中“非财政补助结转”科目的相关明细科目。
原账中上述科目年末无余额，不需进行转账处理。自2014年1月1日起，应当按照新制度设置收入支出类科目并进行账务处理。
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