同样，在获得大数据带来的好处时，我们的隐私也不可避免的受到威胁。在使用大数据时如何保护用户的隐私，关系到大数据的发展前途。
从本质上说，大数据的隐私保护实质上是防止数据的泄露。在大数据技术中，数据的泄露主要发生在存储、搜索和计算三个方面，并且与传统的数据泄露不同，它是由规模大、增长速度快以及不可预知等因素所产生的新型数据安全问题。
比如，在医学领域中的基因研究方面，全球有超过百万人在不知情的情况下被提取了DNA数据，这些数据可以帮助研究人员解决心脏病、糖尿病的问题，却不可避免地会涉及到个人隐私。例如通过DNA序列分析，可以推理出某个人是否是癌症患者。
再比如，在社会科学领域中，通过分析社交平台所产生的大数据，可以捕获社会人群的情感、话题、认知趋势以及发掘有共同兴趣的社区等．然而这些分析可能泄露个人的敏感信息。例如通过分析和测量，可以得知某个人的宗教信仰、政治观点、社交习性、隐秘偏好等信息。
在实际生活中，大数据中的数据隐私被泄露的事件屡屡发生。
某手机的操作系统可以无线跟踪并收集用户的地理位置，而位置数据通常蕴含着用户不愿被外人所知的敏感信息。并且这种跟踪与收集是在操作系统的后台运行，用户根本无法察觉。而这些数据一旦被泄露，就可以通过对位置的分析，推理出用户的健康状况、生活情况、工作收入、家庭住址、行动轨迹等私密信息。
还有，某公司通过Cookie跟踪用户的搜索记录，进而披露用户的网上行为模式、政治倾向以及消费习惯等，为此被管理机构处以2250万美元的罚款。
而2013年发生的“棱镜门”事，则提醒人们如果数据的隐私没有得到充分保护，将会带来非常严重的后果。
除了技术因素以外，黑客、恶意用户、病毒与木马的制造者，以及不尽责的服务商，都会有意或无意地造成数据隐私的泄露。
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