【摘要】：1．凝胶过滤柱层析法 利用凝胶的分子筛作用，将大分子DNA与小分子dNTP、磷酸根离子及寡核苷酸等分离。2．乙醇沉淀法 DNA可被乙醇沉淀，而未掺入的dNTP则保留于上清中，如此反复乙醇沉淀，可将二者分离。3．纯化试剂盒 现在也有商品化的纯化试剂盒供应。用此法纯化标记探针所需时间短，得率较高。但是，对于长度短于100bp的寡核苷酸探针，由于其不能与玻璃纤维结合，故不宜用此法纯化。
探针标记好后，要经过纯化过程，去除无机盐、dNTP、酶等，常用纯化方法如下。
1．凝胶过滤柱层析法 利用凝胶的分子筛作用，将大分子DNA与小分子dNTP、磷酸根离子及寡核苷酸（＜80bp）等分离。大分子DNA流出，而小分子则滞留于凝胶层析柱中，常用Sephadex G－50。
2．乙醇沉淀法 DNA可被乙醇沉淀，而未掺入的dNTP则保留于上清中，如此反复乙醇沉淀，可将二者分离。若用2mol／L乙酸铵和乙醇沉淀效果更好，连续沉淀2次，可去除99%的dNTP。蛋白质在此条件下不会被沉淀。需要注意的是沉淀必须彻底干燥，否则会明显增加杂交的背景着色。
3．纯化试剂盒 现在也有商品化的纯化试剂盒供应。其原理是在塑料管内用玻璃纤维做成一个固体滤过柱，当反应液通过此柱时，核酸成分与其结合，用清洗缓冲液将其他成分洗去后，再用洗脱缓冲液洗脱所要的探针核酸。用此法纯化标记探针所需时间短，得率较高。但是，对于长度短于100bp的寡核苷酸探针，由于其不能与玻璃纤维结合，故不宜用此法纯化。
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