1．基层学术力量与行政力量的定位
学院（系）的行政组织框架是党委领导下的校长负责制的一个组成部分，学院（系）内的行政人员一般包括：院长（系主任）、书记、副院长（副系主任）、副书记、办公室主任、科研外事秘书、研究生教学科研秘书、本科生教学秘书、培训管理人员等，负责学院（系）的教学、科研、师资、学生等方面的行政管理工作。
学院（系）的学术力量包括两个方面：一是院（系）级学术委员会，由教师推选的具有较高学术水平的教师担任委员会成员，负责学院（系）内的学位授予、评判，研讨学科发展和专业建设等；二是由学术造诣深厚的教授和学术团队所发挥的学术影响力，他们虽然没有行政职务，但却在学院（系）学科发展、学院（系）教学科研中发挥着重要的作用。
2．基层学术力量与行政力量的运行
在清华大学，院系拥有较大的学术力量，学校通过学术权力和学术资源的下放，实现院系自己主导学术工作的运行，院系行政力量和学术力量相互协调，各有侧重，下面以两例说明。
（1）教师职称晋升
教师职称晋升是学校人事管理的重要一环，教师职称晋升程序也正是学术力量与行政力量的相互协调和配合的过程。每年秋季，由学校发布职称评定工作办法，并分配各院系晋升指标，院系一级进入正式评定过程。
首先，由符合条件的教师自行提出申请，提交相应申报材料。
其次，资格初筛。除了学校规定的必备条件外，各院系可以自行制定补充条件或细则，各单位的规定有所不同。比如，电机系规定了青年教师晋升职称必须承担一定量的公共服务，包括担任班主任、学生生产实习指导等。院系行政部门进行资格初筛的步骤是，各个科室针对学校和系的规定，注意检查申请人的资格。当发现某申请人不符合相关条件时，提交院系行政负责人，一般当年度不受理该申请。
第三，材料公示。由院系行政将审查后符合基本资格的申请人材料在院系内公示，院系内教师均可从学术角度审查、提出异议。无异议者进入评定阶段。
第四，教授会投票。一般院系规定，必须由全院（系）在职教授的三分之二以上出席会议才能召开教授会。此环节主要由各位教授对所有申请人从学术角度进行评定。会议根据学校分配的名额，以无记名投票的方式，对申请人进行投票排序。
第五，院（系）务会讨论教授会投票结果，对教授会投票排序在前的申请人，院（系）务会从行政角度再次投票，最终确定申请人排序，提交学校审查。
如此的环节设置，由院系基层学术力量与行政力量交替地、相互配合地行使其职能和权力，既从学术角度确保了学术成果突出的教师脱颖而出，又从院系行政角度兼顾了院系对这些教师工作的认可程度。
（2）研究生招生
在清华大学，由于师资力量雄厚而招生名额稀缺，研究生招生工作一直受到全校教师的高度关注。学校除了本科生招生办公室负责全国高考后的本科招生外，还专门设立了研究生招生办公室负责博士生、硕士生的招生工作。清华大学招收研究生数量与导师数量之比（即“生师比”）处于全国高校中最低的位置。清华大学工科院系的招生比例大体是，每位博导平均每年招博士生0．5人左右，每位副高职称的研究生导师平均每年招硕士生0．6～0．8人。由于老师们普遍有较多的科研课题，使得研究生名额成为一种“稀缺资源”。研究生招生工作中，既要从学术角度考虑生源质量，同时还要从行政角度考虑研究生名额在导师间的合理分配，这里学术力量与行政力量的协调非常重要。
清华大学研究生招生中行政力量主要体现在如下两个方面：①综合考虑导师学术水平、学科发展需要、往年招生情况等，决定每个招生年度中每个二级学科的招生名额；②对于强军计划、少数民族等特殊生源，在选择导师上给予协调；等等。学术力量主要体现在以下四个方面：①在二级学科内，哪位老师可以招收学生、哪位老师不招生，需要系教授会协商确定；②根据获得国家重大研究计划项目、获得国家重大科技奖励、建设国家重点实验室的需要，院系可向学校提出申请机动名额，分配给那些急需博士研究生的具有突出学术水平的杰出教授；③由院系内相关老师进行笔试命题，并组织面试复试；④导师本人对报考学生学术的考察。其中，博士面试小组一般由二级学科内3～5位博导组成，面试时间较长，提出的问题比较专业化，可以更加深入、细致地考察学生的学术能力。硕士面试小组由跨二级学科的7位副高以上职称的教师组成，重在从本科生中选拔具有全面素质的优秀学生。
在院系研究生招生过程中，依靠行政力量首先决策招生名额分配，然后由学术力量在报考生源中具体选择优秀学生，相互配合与协调完成“僧多粥少”的招生难题。
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