从法律的公平性讲，对任何排放污染物的行为都应实施许可证管理，但是这样的立法在现实中并不具有可操作性的，对于排污者在生产经营过程中排放的废水、废气、噪声、振动、固体废物等，究竟应规范哪些污染物的排放，属于立法面临的首要问题。第一，排污许可证的立法不应当规范生活污染。一方面，有关生活中产生并排放的污染物量小、面积大、比较分散，管理起来成本巨大。另外，一些生活污染被城建、工商、卫生行政管理部门的相关法律法规纳入管理，也没有实施许可证的必要。另一方面，从国外已有的立法看，尚无对生活污染规范的先例。德国《联邦污染控制法》规定，非商业设施的建立和运营一般不需要许可。法国《环境法典》也将许可证制度限定于“非家庭用途”和“工厂、车间、仓库、工地，总之一切由私人和法人经营和掌管……的设施。”第二，应将排污许可证适用范围限定在废水和废气的排放。这是实行污染物排放许可证制度的国家的通行的做法。如前所述，美国1972年颁布《水污染控制法》（1977年将此法修订为《清洁水法》）第四章提出了全国水污染物削减计划，规定对水污染物排放实行许可证制度；美国1990年修订的《清洁空气法》第五章确立了大气污染物排放许可证制度。我国台湾地区《水污染防治法》及其实施细则规定，企业向地表水排放废水，或者向污水下水道系统排放废水，工业园区内企业向工业区下水道系统排放废水的应向地方环保部门申请，经审查登记，发给排放许可证或简易排放许可文件后，始得排放废水。此外，一般情况下，废水不得注入于地下水体或排放于土壤，除非经地方主管机关审查核准发给许可证并报经环保署核备者。《空气污染防制法》及其实施细则对空气污染物的排放规定了三类许可证。
此外，有学者认为，依照国际通行做法，对废水、废气分别立法规定，我们认为实无必要。虽然废水、废气在管理过程中有所不同，但是对于这两类污染物的规范已经较为成熟，国内许多地方实施时也是将二者一并管理，并没有出现困难，因此，只要将许可证文本的形式及登记要求等灵活规定，统一立法是可行的。但是对于生产经营中产生的噪声、固废和振动，尽管不少国家相关立法对于上述三类污染物都有规定，但缺少相应的法律依据，而且即使从我国一些地方试点的实施看，效果并不理想，建议不纳入许可证的立法中。对于噪声和振动而言，无组织性、短暂性、间歇性和随机性是其特点，无法进行排污口的规范、定量监测和污染控制；对于固体废物，现行的《固体废物污染环境防治法》已明确禁止固体废物的排放，而且对固体废物的产生、贮存、运输、转移、处置等都有严格的规定和要求，从法律规范的一致性要求看，不宜纳入许可证立法。
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