总体而言，环境保护规划也面临着一些问题，这突出表现为规划体制不尽完善、规划实施力度不足、社会经济发展态势对规划实施的影响较大三个方面。我国环境保护规划属于需求型规划，对治理的阶段性认识不足，目标偏高，规划以指导性、政策性为主，约束性不强，法律效应不足，没有建立良好的分解机制，规划实施评估远未实现制度化和规范化，没有因保障条件变化、经济社会前提条件变化而对规划进行反馈调整的先例，实施主体和责任不明确，监督考核机制需要进一步健全，这些直接影响环境保护规划的可操作性和权威性。目前经济社会发展已经历史性地把环境保护推到了经济社会发展的前沿。现阶段各级政府和人民群众对环境保护工作空前重视，但是环保规划跨行业、综合性较强，牵涉多部门、跨地区，统一实施和编制规划的难度均较大。编制“大”规划、“中”规划、“小”规划一直是环境保护规划编制过程中的难点。环境保护规划的跨行业、跨部门以及环保部门调控手段之间的极端不对称性，以及规划编制与实施的脱节等问题是造成规划难以实施的重要原因。应该说，环境保护规划的历史就是环境保护的历史，环境保护规划编制实施面临的一些难题也是环境保护一些机制性、体制性问题的一个侧面体现。目前历史阶段对环境保护规划的需求、挑战都比较大，也是规划体制等矛盾突出的时期，必须切实做好前期研究，开拓创新，重点突破，促进历史性转变。[8]
2014年最新修订的《中华人民共和国环境保护法》第13条规定：“县级以上人民政府应当将环境保护工作纳入国民经济和社会发展规划。国务院环境保护主管部门会同有关部门，根据国民经济和社会发展规划编制国家环境保护规划，报国务院批准并公布实施。县级以上地方人民政府环境保护主管部门，根据国家环境保护规划的要求，编制本行政区域的环境保护规划，报同级人民政府批准并公布实施。环境保护规划的内容应当包括生态保护和污染防治的目标、任务、保障措施等，并与主体功能区规划、土地利用总体规划和城乡规划等相衔接。”这款规定从法律意义上启动了中国环境规划工作。时至今日，中国已经形成了一个较为完善的环境规划体系，但整体来看，中国的环境规划体系尚存在以下几方面的问题。[9]
（一）环境规划制度不完善
首先，环境规划法律基础不扎实。之前的《中华人民共和国环境保护法》规定了国家制定的环境保护规划必须纳入国民经济和社会发展计划，并且要求县级以上人民政府环境保护行政主管部门应当拟定环境保护规划，但没有明确定位地方环境保护规划的位置，从而造成地方环境保护规划在很大程度上仅仅成为一个规划“文本”，难以付诸实施，虽然一些专项规划如城市规划中也要求做环境保护专项规划，但多是作为城市规划的附属品，受关注的程度和可执行性远远不够。同时，这一法律漏洞为环境规划的任意更改和随便变动提供了空间。其次，环境规划相关法规条款“法律”性不强。中国与环境规划相关的法律条款中虽然规定了责任，但缺乏对不执行法规主体法律责任的界定，这虽然与中国普遍环境意识不强，开展强制的环境督促的社会基础不够等现实情况有关，这也无疑成为中国环境法规一直难以得到很好实施的重要原因。再次，各类环境规划一致性较差，互相矛盾和冲突现象时有发生。环境管理部门分割化和机构职能交叉使得环境保护行政主管部门所制定的环境保护规划与其他职能部门所指定的专项规划中的环境保护规划相矛盾，从而造成环境规划在执行过程中互相扯皮，相关规划内容难以付诸实施。最后，重“硬”轻“软”的思想造成现实中环境规划没有专门的财政支持。长期以来重硬轻软的思想导致中国的环境保护投入以“硬件”建设为主，如建设污水处理厂、河道整治、大气污染控制工程、环境监测设备购置等，而忽视系统环境规划的编制，从而造成环境规划的编制成为应付性工作，进而严重影响环境规划的科学性。
（二）环境规划编制技术与标准缺失
首先，迄今为止，中国环境规划尚缺乏统一的编制技术指南，没有对各类环境规划编制的依据和内容等做出明确界定，从而导致各种环境规划内容差别较大。其次，由于缺乏环境规划技术，使得现有的环境规划的科学性受到严重质疑，这在很大程度上造成了中国各类环境规划缺乏针对性、科学性和可操作性。再次，由于各类环境规划范畴界定不清晰，并且缺乏统一的标准和技术指南，从而造成各类环境规划项目冲突，执行难度较大。
（三）环境规划编制队伍参差不齐
时至今日，中国环境规划编制单位尚没有统一的资质要求，继而呈现出“谁都可以做环境规划”的混乱局面，难以保证环境规划的编制质量，这种格局严重削弱了环境规划的权威性、科学性和规范性。
（四）环境规划权威性不够，执行力度较差
目前的环境规划除了环境保护行政主管部门制定的专项规划外，城市规划、城镇体系规划、交通规划、区域发展规划等专项规划中均有环境保护的相关章节，但多是形式主义，并且多是单独设置，缺乏与环境保护行政主管部门制定的环境保护专项规划的一致性与协调性，导致环境规划的权威性大大降低，削弱了其执行力度。另外，即使是环境保护行政主管部门的环境保护专项规划，也由于环保部门在政府职能部门中较低的地位而影响到其权威性和可执行性。
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