莱布尼茨（1646—1716）是17世纪欧洲理性主义哲学的代表人物，是一位公认的“百科全书式”的思想家。他的研究涉猎范围非常广泛，包括数学、物理学、自然哲学、法理学、政治学等各个方面，几乎无所不及，而且他的真实思想大多散见于与朋友的大量通信中，并没有用一种系统的方式来阐述自己的观点，甚至有时他公开发表的论著中所叙述的理论，与他在书信中与熟人讨论的理论是矛盾的。因此，这里不可能阐述莱布尼茨全部的哲学框架，主要就其思想中与科学哲学相关的内容进行阐释。
（一）单子论
莱布尼茨科学哲学的本体论基础是“单子论”，他对单子的定义是：“单子——希腊词，意为一个或单纯。复杂的实体或物体是杂多；单纯的实体、生命实体、 灵魂实体、精神实体都是单纯的。单纯的实体应该必然地到处都有，因为没有单纯的实体也就没有复杂的实体。”[36]
莱布尼茨还针对单子的多方面性质做出了规定：首先，单子是最小的精神实体。因为莱布尼茨反对物质原子不能自分的特点，认为无论一个物体有多小，都是具有广延性的，因此它总是可以分割的。然而，作为世界最基础实体的那种东西又必须是某种不能再分的、最单纯的东西，这样的话，物质实体不可能成为构成宇宙的最基本单位或者说世界的本原，相反，“只有精神才是最单纯的实体，它不具有广延性也无所谓可分性。其次，作为世界实体的东西必须是能动的，而物质的本性恰恰是受动性，所以不可能是宇宙的实体。只有精神才是能动的”[37]。因此，作为世界本源的单子应该不具有任何数量的或几何学的特征，即无大小、无广延、无形状，是一种精神实体。
其次，单子既不会自然产生，也不会消失。莱布尼茨认为单子由上帝创造，并且只能由上帝创造，因此它们“既不能被制造，也不能被消灭。它们不能以自然的方式消灭和结束，因而它们像宇宙一样永恒，作为宇宙，它们会变化，但不会被毁灭”[38]。“单子是只能突然产生、突然消失的，这就是说，它们只能通过创造而产生，通过毁灭而消失，而复合物则是通过部分而产生或消失的。”[39]这就意味着全部单子在数量上是守恒的，单子只能在状态上发生变化而数量上并不会增减。从更深层次的意义上讲，由于单子是构成世界的最小成分，既然单子是永恒的，那么从总体上讲，世界万物也是不生不灭、永恒存在的。
再次，单子是相互独立的存在，相互之间不存在影响。由于单子是没有部分的，因此莱布尼茨说单子“没有可供事物出入的窗子”，“不论实体或偶性，都不能从外面进入一个单子”，自然“也没有办法解释一个单子怎样能由某个别的创造物在它的内部造成变化或改变”。[40]在此意义上来说，单子就是绝对封闭的、相互独立的、彻底与外界相孤立的实体，而且相互间也不存在任何真正的作用和影响。
最后，单子在质的方面是有区别的。既然单子是物质世界的最小单位，那么它在量的方面不存在规定性，即不同的单子之间没有量的差别，但却必然在性质方面具有一定的差别。这是因为“单子一定要有某种性质，否则它们就根本不是存在的东西了。单纯的实体之间如果没有性质上的差别，那就没有办法察知事物中的任何变化，因为复合物中的东西只能来自单纯的组成部分，而单子没有性质就会彼此区别不开来，因为它们之间本来没有量的差别”[41]。那么，既然性质要有所不同，那么单子有什么样的内部属性呢？莱布尼茨认为单子有三方面的内部属性，一是单子有知觉，二是单子有欲望，三是单子具有被动的力。“单子正是通过变化及相应的细节来表现出与其他单子相区别的，这种变化和变化的细节则来自单子的知觉，或者说是‘经验’。单子的知觉就是单子对复合物或外在物的表象，故而每一个单子都像是有着自己独特视点的镜子。由于知觉清晰程度的不同，形成了不同等级的单子。”[42]单子的欲望是单子变化的原因，它就是在欲望的推动下，表现出从一种知觉向另一种知觉的变化与过渡。关于被动的力，莱布尼茨认为事物就是能动的力和被动的力这两种原始力的结合，能动的力表现为形式，而被动的阻力表现为物质。由于莱布尼茨认为单子是物质的最小成分，因此单子就必然具有这种被动的力，事实上他也是通过这种认识理解质量和惯性的，他指出“对于原始物质或质量的概念，我认为它就在于这种被动的抵抗力。被动的力具有不可入性和惯性这两个属性，而能动的力就是事物运动、变化的本原，是事物的形式……单子就是这两种力的结合”[43]。
正是通过对单子的性质给出上述认识之后，莱布尼茨确立了他的本体论原则。该原则包括三个方面，分别是连续性原则、前定和谐原则和普遍联系原则。
“连续性原则”是指莱布尼茨认为宇宙是一个从低级到高级的连续发展过程，这是因为单子的知觉是连续地由低级向高级发展的，因此由不同等级的单子构成的事物便形成了一个不同等级的连续发展的物质系列。莱布尼茨认为在理论上这个系列是有无限多等级的，但是我们可以按照知觉的清晰度把它们简单地归结为四大类：第一类也就是由只有“微知觉”的最低级单子构成的无生命的东西；第二类是由较高级的具有比较清晰的知觉，且具有记忆的单子构成的一般动物；第三类是由再高一级的单子构成，这类单子不仅有清晰的知觉和记忆，而且有理性以及自我意识，能进行推理、判断等思维活动，是具有心灵和理性的，人类便是由这类单子构成的；第四类则是最高级的单子，其只有清楚明晰的知觉，是纯理性纯精神的全智全能存在，包含了一切必然真理，这种存在就是上帝。因此在莱布尼茨看来，宇宙就是这样一个连续序列，他一方面肯定单子的不可分性，另一方面坚持单子变化的连续性，这体现了他力图统一间断性和连续性这对矛盾概念所做的努力。而且也正是由于他对连续性原则的理解，莱布尼茨才能够在他的微积分研究中从有限出发得到无穷小的概念，从而接近了极限的思想。
“前定和谐原则”被莱布尼茨看作是宇宙的“最高原理”，它的提出是为了解决理论上相互独立的单子如何能一致行动的问题。莱布尼茨认为，“虽然每个单子都是孤立的，并且各自知觉的宇宙不同，但是众多单子的知觉总体并不是乱七八糟、毫天秩序的堆积。每个单子的发展总是和其他单子的发展协调一致形成一个由低级到高级、由简单到复杂的井然有序的宇宙。这是因为上帝在创世之初已把每个单子的全部发展过程预先安排好了，上帝是整个世界以及其中一切事物存在的‘充足理由’”[44]。不过莱布尼茨的前定和谐原则虽然承认上帝创造世界，但是却不否定单子的自由活动能力，因为他认为上帝对于罪恶行为的惩罚和善良行为的奖励，必然要凭借自然的秩序，通过事物形体方面的机械途径来给予。这意味着上帝只是在宇宙形成之前对它的秩序进行规范，而不干预世界的具体进程。
“普遍联系原则”是前定和谐原则的一个直接推论。因为“既然全体是充实的，因而全部物质是连接的，既然在充实中所有的运动都按距离的比例对远处物体发生影响……因此一切物体都感受到宇宙中所发生的一切，因而观看全体的人能够在每一个物体中看到各处所发生的事，以至过去或未来所发生的事，在现在中观察到在时间上和空间上甚为遥远的事”[45]。“尽管单子是不可分的，但它具有复杂的意向，即含有无数的表象，其中每一个表象都寻求着自己的特殊，同时这些表象由于和一切其他事物有本质联系而处在单子中。”[46]因此，“每个创造出来的单子都表象全宇宙”[47]。
总体来看，连续性原则调和了物质与精神的对立，前定和谐解决了“不可分”的间断性与世界是“连续性”之间的矛盾，而普遍联系则缓和了有限与无限、部分和整体之间的矛盾，因此可以说莱布尼茨的哲学本体论是具有保守性和妥协性以及诸多辩证成分的。
（二）逻辑方法论
除了在本体论方面的贡献之外，莱布尼茨对科学哲学更重要的贡献莫过于他提出了逻辑主义方法论。莱布尼茨认同笛卡尔关于把观念的清晰性作为其真实性的基本标准的观点，他首先认为应该将是否严格应用逻辑规则作为把握思维真理性的标准，他认为真正的知识并不是源于经验，而是由于宇宙是一个逻辑体系，因此只有用理性才能理解它。莱布尼茨指出推理是建立在两个大原则之上的，即矛盾原则和充足理由原则。矛盾原则是指我们应判定包含矛盾者为假，与假的相对立或相矛盾者就为真；充足理由原则指出如果我们认为任何一件事是真实的，或任何一个陈述是真的，就必须有一个为什么这样而不那样的充足理由。莱布尼茨认为以矛盾原则为基础所构建的真理是推理真理，而以充足理由原则为基础构建的是事实真理。推理真理即必然真理，即“当一个真理为必然时，我们可以用分析法找出它的理由来，把它归纳为更单纯的观念和真理，一直到原始的真理”[48]。原始的理性真理就是那样一些真理，它们只是语词上的同义反复或者是对某件事情所下的定义，因此原始真理不能够证明也不需要证明。
数学、逻辑学、形而上学、伦理学、神学、法学等学科中的真理都是必然真理，它们都只依赖于由理性自身所确立的真理性，而无需考虑具体的外界存在。但是偶然性真理却不同，它们的提出必须有充分的理由。“充足理由也必须存在于偶然的真理或事实的真理之中，亦即存在于散布在包含各种创造物的宇宙的各个事物之间的联系中。”[49]意思是如果我们可以确定感觉所反映的事物A的存在是以事物B的存在为依据的，而事物B的存在又是以事物C的存在为依据，……那么只要不断如此寻找下去，我们就会发现充足理由事实上存在于整个系列的联系之中。而且也只有这样，我们才能保证事实真理具有必然性。莱布尼茨指出偶然真理无法用理性判断真假的原因在于它的反命题是有可能成立的。为此他专门提出“不可共存”这个术语，以说明偶然真理的排中性，即涉及偶然真理的正反命题虽然都是有可能的，但它们却是不可同时成立的，两者中同时只有一个并且必然有一个为真，另一个为假，而分别从正反命题的每一个出发都可以推出一系列与其可以相共存的若干命题，但两个命题系列是不可共存的。这两个系列则分别构成了这正反两命题的“理由”，我们可以通过判断理由的充分性来辨别它们是否为真理。最终，我们可以发现，虽然那个不是真理的命题自身是不包含矛盾的，也即它是可能的，但是由于它与世界的充足理由不可共存，因此我们可以确定它不是真理。
这种对充足理由律的理解，与现代科学哲学中的实证主义是非常相似的，也就是说，一个命题是否有意义是在于其证实方法的。因此，我们也可以看出，即使在充足理由原则中，莱布尼茨仍是按照矛盾原则来辨清真理的，这意味着在他看来偶然真理也是间接的逻辑推理，其必然性同时也是逻辑的必然性。莱布尼茨的逻辑方法论对后来的逻辑哲学特别是数学哲学中的逻辑主义有很大影响，可以说他是通过逻辑学为数学寻求根据的第一人。
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