作为对自由贸易理论的反驳，美国学派提出了与英国古典政治经济学截然相反的“贸易保护理论”。李嘉图主义主张各国须根据自身的生产优势建立起自由贸易关系；美国学派却尖锐地指出，工业发达国家垄断了外贸收益，剥削了工业落后国家的劳动力，更为严重的是，自由贸易会导致原材料进口国的土地肥力耗竭，从而造成对这些国家不可逆转的严重损害。
早期保护主义的反自由贸易论主要建立在诉诸民族利益和大量揭露英国的“险恶用心”上。他们指出，正是在自由贸易的条件下，国家间“能量密集型的资本的生产率差距”才日益扩大，导致了发达国家与欠发达国家之间贫富差距扩大。例如，李斯特指出：英国试图把它的自由贸易和人口理论强加于他国，这更多是出于殖民主义的战略；英国早期工业化是精心策划的、高度保护主义政策的结果，其中关税保护起到了最重要的作用，如果没有英国的重商主义，荷兰和法国将会自然而然地成为欧洲的工业中心。因而，以李斯特为代表的第一代保护主义者严厉警示美国不要重蹈葡萄牙和法国分别在1706年和1786年与英国签订自由贸易协定的覆辙。
第三代保护主义者西蒙·帕滕的《贸易保护的经济基础》一书（1890）将贸易保护理论推向理论高峰。该书被译成多国文字，并得到主流经济学界的重视和广泛评论。帕滕在书中将美国现存自然和生产力条件下的贸易所得与发展本国劳动力和土地所能创造出的潜能产出作了比较，在自由贸易的等式中加入了“贸易的抛弃效应”，这一因素是指：“如果仅满足于暂时节省成本的贸易所带来的好处，在未来也就丧失了投入资金来恢复土壤条件和重新教育劳动者的机会，这个国家就永远不可能进入高技能产业的生产了”[44]。帕滕指出，必须让一国的劳动者有足够多样化的职业范围，以发挥他们多样化的天赋；如果一国的劳动者被迫集中于少数几种职业进行生产，那么该国向更高的工业化阶段发展肯定会遇到障碍。帕滕认为，世界范围内的劳动和生产的专业化意味着一国劳动或农业生产丧失多样性，而且，该国的土壤肥力就会由于单一作物的耕作而耗竭，劳动者也会被限制在狭窄的职业范围内。如果在既定范围内，每个国家仅生产那些可以通过最低价格出售的商品，那么随着国际分工的国家间相对生产成本的差距增大，全世界的生产专业化将使得国际贸易更加倾向于卡特尔。
鉴于此，美国学派坚决反对自由贸易理论的“国际分工”。他们指出，为了保护国家安全和经济独立，为了推进“能量”密集型的资本生产和高水平工资发展，为了让美国的劳动者具有多样化的职业范围和个人发展空间，必须彻底抛弃自由贸易理论关于购买更廉价进口品的“缺乏远见的谬论”，“任何国家决不能干预他们从事的工业，不能允许国家一半人无所事事，忍饥挨饿，为的是另一半人可以购买到最廉价的商品”。因而，从19世纪20年代李斯特提出“关税同盟”一直到第一次世界大战的将近一个世纪的历史中，美国学派从未停止过反自由贸易和保护性关税的强烈呼声。
如美国学派所愿，19世纪的美国建立起铜墙铁壁般的保护性关税，防范外国商业政策的干预，保障国内的工业发展和商业自由。根据韩裔英籍学者张夏准的研究，尽然在那个时代，以英国为首的发达国家在全球范围内大力推行自由贸易政策，甚至不惜兵戎相见，但美国却一直厉行贸易保护主义，将关税稳定地保持在高水平上：1816年为35%、1820年为35%～45%、1828年为50%、1875年为40%～50%、1914年为44%，直至牢牢坐稳世界经济的第一把交椅。[45]
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