财税政策是支持和推动万众创新的主要工具。通过政策引导、资金支持、税收优惠、政府采购等多种手段，可以降低创新的成本和风险，提高创新的收益，调动万众创新的积极性，充分释放整个社会的创新活力。
(一)支持创新的财政政策
支持创新的财政政策主要包括：
1.加大政府科技投入特别是对重点领域的投入。目前我国的财政科技拨款占当年财政支出的比重偏低，应当在财政科技投入增幅明显高于财政经常性收入增幅基础上加大政府对科技和技术创新的投入。
2.优化财政科技投入结构，处理好稳定支持经费和竞争性经费的关系，完善对科研机构和大学研究规范的资金支持机制，结合科研机构改革和科研机构绩效，适当加大稳定支持力度，设立基本科研业务费和行业科技专项经费，大幅增加科研条件建设经费支持，并推进财政科技投入从单纯对单位或项目的支持到更加注重对“平台”、“体系”和“网络”支持的转变。
3.科技投入应从政府配置资源为主转向建立多元化的创新投入体系，创新政策从部门科技政策为主转向综合性政策，科技管理从直接配置资源和审批项目的微观管理为主转向以打造有利于创新的政策、平台和制度环境为主。
4.政府科技投入要突出重点，体现宏观性、战略性、公益性、政策性，重点用于支持市场机制不能有效配置资源的基础研究、前沿技术研究、社会公益研究、共性关键技术研究开发等科技活动。要加大对企业研发活动的资助，高度重视一些财政投入可以“四两拨千斤”的支持领域，如以贴息方式支持企业技术改造，以信用担保等方式促进政策性融资更多更好地发挥作用。
5.创新财政科技投入管理体制与机制，加强政府相关部门之间科技预算资金的统筹协调，从源头上协调政府科技资源配置，集成和整合不同部门、不同渠道的财政资金，改变科技经费多头配置、多头管理的格局，消除条块分割，建立多部门间统筹协调机制，减少科技资源的分散重复配置，实现共建共享共用，提高科技资源的利用效率。
6.合理配置创新链上各环节的政府资金和资源投入，同时要着力健全政府科技投入资金管理和监督评价，加强科研项目经费支出的管理，建立科研项目经费的绩效评价制度。不断优化投入机制、创新资金投入方式，支持产学研一体化，提高投入效率。
(二)支持创新的税收政策
支持创新的税收政策方面，应注意以下几个方面：
1.税收优惠政策应加强对研发环节的激励。长期以来有关税收优惠政策的重点都集中在高新技术产业的生产、销售两个环节，而对创新的过程激励不够。用这个方法如果在取得收入以前进行了大量的科技投资则享受不到优惠鼓励。虽然也对促进高新技术产业规模的扩大起到了一定的作用，但在这样的政策激励作用下，企业就把重点放在引进技术和生产高新技术产品上，而对建立科技创新体系和研究开发新产品投入不足，同时也造成生产线的重复引进和最终产品生产能力强大，而中间产品、配套产品及一些重要原材料开发能力不足等问题。今后的税收优惠政策应把重点落在产品研究开发、技术转化环节上，以促进科技创新机制的形成和完善。
2.逐步实现向以间接优惠为主的模式转变。一般来说，间接优惠具有较好的政策引导性，有利于形成“政策引导市场、市场引导企业”的有效优惠机制，也有利于体现公平竞争的原则。目前发达国家支持、鼓励企业科技创新的税收政策大多都主要采用间接优惠方式，我国运用的间接优惠方式较少，只占34.19%，这对支持、鼓励更多的企业开展科技创新有一定的负面影响。我国今后应该借鉴国际经验再多一些采用间接优惠方式，如技术开发基金等，并适当加大诸如加速折旧、投资抵免等的税收优惠力度，逐步实现由以直接优惠为主向以间接优惠为主的模式转变，鼓励企业资金更多用于科技投入和设备更新，加快自主创新产业化进程。
3.推进以“普惠制”逐步取代“特惠制”。“普惠制”是相对于现行科技税收优惠政策所体现出的“特惠制”而言的，说的是，支持、鼓励企业创新的科技税收优惠政策不应定位在企业的所在区域上，也不应定位在企业的所属行业上，而应定位在企业所从事的项目上，经税务机关认定审核，只要企业所从事的项目符合创新要求，不论其是否在高新技术产业开发区，是否是高新技术企业，也不论其所属哪一个行业都可享受统一的科技税收优惠待遇。这就要打破区域界限、扩大受惠行业的范围并兼顾对中小企业自主创新的扶持，制定出独立的一套促进中小企业科技自主创新的税收政策。
4.填补政策空白激发各种创新人才的创新热情。首先可考虑对创新工作者给予更多的税收鼓励，比如适度扩大科技奖励免征个人所得税范围，对科技发明方面的特许权使用费的获得者可视同稿酬所得减征部分个人所得税等。其次针对自主创新企业的实际情况，对房补扣除不分行政、企事业单位房改与否，一律统一标准并放宽扣除金额，允许在计征个人所得税时扣除，以公平个人所得税负担。
5.各级税务部门要增强服务意识，最大程度地减少企业获得创新税收优惠的成本，将激励创新的税收优惠落到实处。
(三)支持创新的政府采购政策
国际经验表明，政府采购政策在激励创新方面可以发挥着积极的重要作用。
1.应将创新产品和技术采购作为政府采购的重要目标导向之一，将其法律化、显性化和具体化，进一步完善政府采购的实施细则，强化政府采购的执行力和配套措施，让政府采购的战略意图真正惠及自主创新企业。
2.突破传统政府采购节约资金的单一功能约束，建立专项的创新产品和技术以及政府采购制度和配套措施，处理好政府采购资金向特定行业倾斜、扶持与纯市场条件下公开招投标的竞价模式相冲突的问题。
3.完善创新产品、政府首购和订购企业研发产品服务的政策，在首购、订购、首台(套)重大技术装备试验和示范项目、推广应用等方面不断探索政府采购的支持新方式，建立分散首购和订购失败的风险补偿机制。
最后，要完善自主创新产品认定程序和相关管理办法，动态调整、更新自主创新产品目录。
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