纪律是军队的生命，是战胜敌人、保存自己的重要保证，否则，装备再好，也是乌合之众。这个道理，王阳明当然知晓，尤其是他得到了明武宗钦准的“便于行事”，文官五品以下、武官三品以下的可以“径自拿问发落”的权限后，开始整肃军纪。王阳明没有一般书生那种左顾右盼、患得患失、犹豫不决的性格，在他发布的如《参失事官员疏》《申明赏罚以励人心疏》《案行漳南道守巡官戴罪督兵剿贼》《奖励福建守巡漳南道广东守巡岭东道领兵官》《钦奉敕谕切责失机官员通行各属》《奖瑞州府通判胡尧元擒斩叛党》《奖励湖广统兵参将史春牌》等公文中，有功当奖，千金不惜，有罪当罚，毫不手软。
如参将史春率领的部队纪律严明，行阵整肃，“到兹克捷”，于是王阳明命千户高睿齐开花红礼物，并传达他签发的嘉奖令，即“本院奖励之意”。福建知府通判钟湘、徐玑在率军攻打象湖、可塘、箭灌、大伞等处的战斗中，前后斩得贼首詹师富、罗宗旺等共计一千五百余颗，并俘获牛马器械甚多，扫荡巢穴，谋勇卓著，功劳可嘉。王阳明除了将功劳禀报皇帝之外，还动用商税银两，买办彩缎银花羊酒，委官分投各处。在送礼时，要“备用鼓乐”，敲锣打鼓，热热闹闹地造成声势。还要送上匾额，使四方百姓皆知，受奖者脸上亦有光，其余大小有功人员，都有高低不等的奖励。如福建通判胡晓元擒斩叛党，特买奖花红洋酒予以奖励，其他有功人员亦奖励有差，“量加犒赏”，“被伤兵夫，给予荡乐”，即请假休养。阵亡者厚恤其家，“待成功之日，再造册申报升赏”。
有奖就有罚，王阳明奖励有关部属不惜银两，也不漏掉有功之人，同时惩罚有过的官员也是手段狠戾。如在攻打浰头的战斗中，县丞舒富、经历王祚、知县黄天爵、千户郑锋、副千户朱诚、赣南知县卢凤、捕盗主簿周政、镇抚刘镗、千户洪恩、安县知县刘阳、南泉知县百长钟德升、兵备副使杨障、守备指挥周知、王泰等官员，“不能相机度”“临阵溃奔”“不知应援”“坐视叛贼往来”或“缓不及事”等，以致“失误军机”。理应处以军法立斩，但正值用人之际，除将钟德升斩首之外，其余有罪官员都戴罪立功，“以赎前罪”，这是只杀一人则三军震撼的手段。再如在攻打龙川的战斗中，广东通判陈策、指挥黄春、千户陈洪、郑芳等“略不应援，挫损军威”，因在用人之际，“姑且记罪”，给予处分，以惩前尤。
对于奖罚制度，王阳明有自己的鲜明特色，那就是“奖不逾时，罚不后事。过时而赏，与无赏同；后事而罚，与不罚同”（《全集》，310页）。违反此原则，虽韩、白亦不能成功。(www.guayunfan.com)
类似上述这些奖惩公谕，在王阳明的文告中还有很多，此不一一解释。然而在所有王阳明制定的军纪中，最令人胆寒的莫过于他在《征剿横水、桶冈分委统哨牌》中规定的战场纪律中的那十八个“斩”字：
失误军机者斩！临阵退缩者斩！违犯号令者斩！经过宿歇去处，敢有搅扰居民，及取人一草一木者斩！札营起队，取火作食，因而误事者斩！凡安营讫，非给有各队信牌，及非营门而辄出入者皆斩……军中呼号奔走惊众者斩！虽遇贼乘暗攻营，将士辄呼动者斩！军中卒遇火起，除奉军令救火人外，敢有喧呼，及擅离本队者斩！军中守夜巡夜之人每夜各有号色，号色不应者，即便收缚。军中不许私议军机，及妄言福祸休咎，惑乱众心，违者皆斩！凡入贼境探哨，可往而畏难不往，托故推调，及回报不完者斩！军行遇敌人往冲，及有埋伏在傍者，不许辄动，即便整队向贼牢把，相机杀剿，违者斩！军行遇贼乞降，恐有奸谋，即要驻军严备，一面飞禀中军，令其远退，自缚来投，不许辄与相近；遇有自称官吏，及地方里老来迎接者，不许辄与相近，即便驻军严备，一面飞禀中军，审实发落，违者皆斩！贼使入营，及来降之人，将士敢与私语，及问贼中事宜，凡泄漏军情者斩！凡临阵对敌，一队失，全伍皆斩！邻队不救，邻队皆斩！贼败追奔，不得太远，一听号令，闻鼓方进，闻金即止，违者斩！贼巢财物，并听杀贼已毕，差官勘验给赏，敢有临阵擅取者斩！乘胜逐贼，不许争取首级，路有遗下金银宝物，不许低头拾取，违者皆斩。（《全集》，551页）
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