1940年1月4日，吴孟超与他联络的夏振纯、王受希、黄普光等六位有回国参加抗日愿望的同学，分别获得了当地华侨组织给他们开具的身份证明书。吴孟超的证明书是“列诗字第84号”，由北婆罗洲萨拉瓦国第二省诗巫坡中华商会主席周麟于开具的，证明书上写道：
兹有本坡华侨学生吴孟超现年十六岁实为十七岁零四个月——笔者注。原籍福建省闽清县毕业诗巫华侨公立光华初级中学校品行端正身家清白兹拟回国升学特予证明须至证明者此证右给学生吴孟超
有了这份证明书就等于有了合法的身份证明。在侨务委员会的安排下，1940年新年刚过，吴孟超和几位志同道合的同学便要启程回国了……
当年吴家住在乡下，要到城里才能坐上轮船。吴孔钦和徐红妹把家里安顿好，抱着小女儿吴珠仙到诗巫城里去送孟超，当晚就住在诗巫一家福建同乡开设的小旅馆里。和吴孟超一起回国的六位同学年龄都比他大，最年长的一位已有20多岁了。这些热血青年即将踏上归国的旅途，一个个都兴奋异常。在临走前的那个晚上，吴孟超并没有和父母亲住在一起，而是与这几位同学一起兴奋地谈了一个通宵……
2012年初，笔者采访吴孟超，聊及这段62年前的往事时，吴孟超的心情突然变得沉重起来，语速显然慢了：“是我约了几个同学一起回国的……我原来住郊区的农村里，先要坐船到市区里去。我父母都来送我，我却约了几个同学聊天，没有跟父母一起。那天晚上兴奋地谈了一个晚上，是跟同学谈了一个晚上，没有跟父母住在一起……我真的很懊悔，真的……很懊悔……我当天晚上应该跟父母住在一起呀……现在想想那天晚上父母亲肯定一晚上也没有睡好觉呀，我感觉很遗憾……不料竟成了永别，跟我母亲永别了……我没有好好陪她一晚上，就跟同学在一起聊天，我真是的……”九旬老人的眼里噙着自责的泪花，吴孟超说不下去了。吴孟超访谈，2012年2月10日，上海。资料存于采集工程数据库。(www.guayunfan.com)1940年1月8日，17岁的吴孟超同相约的六位同学登上了回国的轮船。
那天清晨，父母亲带着小妹从他们住的小旅店到码头送孟超，他们都拉着他的手不肯松开。从阿妈红肿的眼睛可以推断，她昨天夜里整整哭了一夜，她舍不得小孟超离家呀!阿爸再三叮嘱孟超路上自己要当心，到了那边常写信来，要好好读书……
随着撕人心肺的声声汽笛响起，轮船缓缓离岸，素来性格坚强的吴孟超，泪水禁不住像断了线的珠子，视线一片模糊。吴孟超离开了曾生活过13年的诗巫，离开了生他养他的父母，离开了朝夕相处的弟弟妹妹，但他唯独没有想到的是，他这一去竟然成了与母亲的永别！
在海上整整航行了三天,轮船靠上了新加坡。这座美丽花园城市在1940年时的抗日气氛比马来西亚还要浓厚,毕竟这里是陈嘉庚先生开展华侨抗敌募捐活动的主要场所之一，“南侨总会”就设在这里，再说从内地来的著名作家郁达夫主编的《星洲日报》副刊几乎天天都刊载有宣传抗日的文章。当时的中华民国政府在新加坡设有侨务机构，负责接待赴内地求学的华侨青年，吴孟超他们必须通过这里办理回国的有关手续，然后从新加坡乘船直达西贡。因为日本侵略者占领广东以后，东南沿海已被封锁，只有通过越南(当时称安南)才能进入中国的云南省，这是当时唯一没有被日本军队控制的通道。
1月12日，吴孟超和同学们得到了中华民国外交部颁发的护照。吴孟超至今完好地保存着当年贴有穿西装打领带照片的这本护照：
兹有吴孟超取道安南香港缅甸前往中国及英属马来西亚愿请友邦地方文武官员妥为照料遇事襄助中华民国二十九年元月十二日这本护照上还反映出17岁时的吴孟超身高仅1米59，还不到1米62。
过了两天，他们才登上开往西贡的轮船。经过十几天的艰难航行，轮船终于靠上了越南的西贡。由于当年越南、老挝和柬埔寨等都是法国的势力范围，沦为法国的“保护国”。吴孟超和同学们在西贡码头下船以后，手持中华民国外交部颁发的护照，到海关办理入境签证。西贡海关的门前等着签证的人已经排起了长蛇阵。几个黑黑瘦瘦的越南警察拿着警棍在维持秩序，签证官是一位肥肥胖胖的法国人，颐指气使，俨然一副主人的模样……吴孟超和同学们在烈日的炙烤下也排队等候签证。好不容易轮到他们了，吴孟超见前面那个白种人用钢笔在入境登记表上签了个名就顺利过关，于是也提起笔来，正要往登记表上签名，那位法国签证官却摆了摆手，嘴里不知咕噜了一句什么话。吴孟超不由一愣，旁边一位越南警察便气势凌人地用粤语表示，中国人只能摁手印。
吴孟超听了，脸霎时涨红了，他不大相信越南警察说的话，就转过身去，指着那位刚签了字的白人，用英语质问那位法国官员：“请问先生，我不能同他一样签字吗?”
那位法国官员同样用英语回答，态度却十分的蛮横：“这里规定黄种人一律得摁手印!”
吴孟超和同伴们顿时感到了莫大的侮辱!在他们的意识里，只有长工受到地主老财的逼迫才在租约或卖身契上摁手印……吴孟超强压心中的怒火，据理力争：“我们都是学生，我们会用中文或英文签字……”
那个法国人傲慢地说：“难道认几个字就能改变你们的肤色吗?”
令人愤慨的种族歧视!
法兰西人不是一贯标榜“自由、平等、博爱”？怎么竟如此歧视中国人，歧视黄种人？这不同那些统治马来西亚的英国殖民主义者一个嘴脸？吴孟超实在忍不住了，自尊心和屈辱感在他的心中交汇与碰撞，便直面那个签证官大声吼道：
“我是中国人，我有权利签上自己的名字!”
同伴们也一拥而上，齐声斥责法国佬的无理行径。法国签证官气急败坏，立即命令警察干预，七八个越南警察遵照主子的吩咐扑上来，不由分说把吴孟超与同伴们从等候签证的队伍中拖了出来……张鹏：《吴孟超画传》。上海：上海人民出版社，2007年，第2627页。
受到无端的侮辱，又被逐出了队伍，吴孟超和同伴们怒火中烧，请求设在西贡的中国侨务机构求予以协助。侨务机构的办事员听了他们的投诉，对他们的处境深表同情，但爱莫能助，也无能为力。吴孟超和同学们无可奈何，只得又背着各自的行李，重新到西贡海关前排队。他们第一次深深领悟了“国不强遭人欺”的滋味。
这段西贡受辱的经历深深地刻在吴孟超倔强的心灵上，难怪50多年后，吴孟超依然记忆犹新：“在西贡登岸时，验关的法国殖民主义者要我在入关护照上摁手印，我因见欧美旅客都是签字而过，便质问：‘为什么不让我签名?我会英文，会中文，会写自己的名字!’他吼道：‘黄种人签什么字?你们是东亚病夫!’我们真是气极啦，但最终还是屈辱地摁了手印。可我的心里却深深埋下了为民族争气的种子。”吴孟超：《中国科学院院士自述》。上海：上海教育出版社，1996年，第373页。
这里必须插入另一段故事，以说明当年的西贡受辱给吴孟超的印象是刻骨铭心的。王宏甲、刘标玖：《吴孟超传》。北京：华文出版社，2012年，第28页。
2010年11月，美国芝加哥大学邀请吴孟超到美国参加一次国际外科会议，吴孟超赶去美国驻沪领事馆办理签证。此前吴孟超曾去过芝加哥大学，还受聘担任该校的名誉教授。应该说，给吴孟超签证是毫无疑义的。最后，美国领事馆工作人员礼貌地请他在谈话记录上摁指印。这下可把吴孟超的敏感神经激活了：“我会签字，为什么让我摁指印？”
“吴先生，这是规定。”对方微笑着说道，态度显然很友好。
吴孟超站起来，很坚定地表示：“我不摁指印！”
对方一下子懵了，解释道:“这是美国的新规定，为了反恐的需要，必须留下外来人员的指纹。”
“一切人吗？”
“不包括欧洲白种人。”
吴孟超显然被激怒了：“是你们邀请我去参加你们的会议的！”
对方仍解释：“这是规定。要是不摁指印，就不能去。”
“我不去了！”
美方会议组织者听说了这件事，非常着急，专门跟吴孟超沟通：“这个事你不用管了，我们到联络处去，帮你联系！”
吴孟超直接拒绝了他们：“我还有别的事。我不去了。”
“绝不能受辱”，就是吴孟超这位最有国人之骨气的大家之心声。
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