贝克认知疗法一般需要15～20次面对面的诊疗。每次诊疗中医生和病人都要回顾上次诊疗的经过和反应结果，并就下一次的诊疗计划达成一致。多用于治疗抑郁症、焦虑症、人格障碍等心理障碍。具体步骤如下。
一、初步交谈
首先医生通过与病人交谈，全面了解病人的一般情况和情绪、行为障碍的具体表现。其目的为：一是为病人作出心理诊断，确定治疗目标；二是向病人介绍治疗方法，取得病人的信任和合作；三是初步拟定治疗计划，由易到难，循序渐进地做好治疗计划。
二、识别和检验负性自动思维
这一阶段的治疗目标，是帮助病人分析自己有哪些负性自动思维，并进一步将这些负性自动思维放在谈话中或行为实验中加以检验，以便病人认识到这些负性自动思维是没有证据的，或实际情况正好相反。例如，某女大学生，因一次科目考试没有及格后出现抑郁症状，表现为情绪低落，自感在同学面前抬不起头来，沉默寡言，对前途悲观失望等。针对这个病例，医生可通过与病人的交谈来识别她在“考试不及格”后出现哪些负性自动思维。如果病人讲有下列念头浮现：“真丢人”“这一下全完了”“我真无能”“老师和同学都瞧不起我”……医生则要抓住这些重要的负性自动思维，让病人自己回忆和分析这些思想片段是在怎样的情况下产生的，这些念头或感受与现实完全一样吗？通过帮助病人自己观察这些念头或感受与现实情况的差别，使病人获得一种“划界能力”，即将自己的负性自动思维与现实区别开来的能力。嘱咐病人每天都进行“划界能力”训练，不断找出自己的负性自动思维与现实的区别，并将这些内容记录下来。具体记录内容包括自动思维的内容、出现自动思维时所面临的处境、情绪反应及自己对负性自动思维的确信度，若有支持或反对自动思维的证据也一一列出。如果对某些（个）负性自动思维仍无“划界能力”则可放到负性自动思维的检验中完成。
仅识别负性自动思维还不能使病人放弃它的目的，因此，医生还要同病人一起，将这些负性自动思维当作是一种假设，在理论和实践中来检验它成立与否。在理论上医生可通过苏格拉底式的盘问，使病人最终领悟到，原来那些负性自动思维是不能成立的。就上述女大学生而言，医生与病人交谈内容如下
病人：这次考试不及格，真的全完了。
医生：单个科目考试不及格意味着什么？
病人：说明我是不合格的学生。
医生：假使你是不合格的学生，又会怎么样？
病人：老师和同学就看不起。
医生：假设因此事老师和同学看不起你，那怎么办？
病人：那就要更努力地学习。
通过上述盘问，病人最后得出的结论“更努力地学习”实际上否定了她先前的负性自动性思维：“这下全完了。”除了从理论上纠正病人的负性自动思维之外，还可用实践的方法，如安排上述女同学与其他不及格的同学或老师一起讨论考试不及格的原因或补救措施等，均有助于病人放弃这一负性自动思维。
三、检验功能失调性假设
贝克认为自动思维源自潜在的假设。仅解决负性自动思维是不够的，还要深挖其深层次的功能失调性假设。进一步改变病人的功能失调性假设，才能进一步达到消除情绪和行为障碍的目的。继续以上述女大学生为例，医生和病人一起继续分析为什么她会出现这些负性自动思维？是不是原来就存在某些（个）功能失调性假设，如：要做一个十全十美的好学生，做人要做一个被人尊敬和称赞的人，考试不及格就是不合格学生等，这些对考试成绩片面或错误的认知，是产生负性自动思维的基础，是有缺陷的认知结构。医生和病人一起来充分讨论这些功能失调性假设，讨论的问题如下：①假设在什么方面是不合理的？主要看假设真实性如何。例如，“要做十全十美的好学生”是不现实的，因为几乎没有人会是“十全十美的”。②假设在什么方面是没有用的？要帮助病人看清假设的益处与害处。例如，假设“考试不及格就是不合格学生”，对促进自己学好功课有利，但也应看到，以考试成绩（尤其是某单科成绩）来全面评价一个同学是片面的。③假设是从何而来？医生帮助病人分析这些失调性假设是什么时候，怎样逐渐形成的？这些假设的不合理性在哪里？用什么样的观念来替代这更合适。
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