（一）对阳不入阴病机的发挥
阳不入阴的病机理论，自《内经》以来，向为历代医家所重，但在后世的临床辨治过程中，多数医家又常宗脏腑魂魄理论，以阳不入阴来解释难以入睡之证，对于睡后易醒之类的临床表现，常责之于心胆虚怯，或肾虚不藏。而清代医家汪文绮充分发挥了《内经》的阳不入阴理论，强调治疗内虚失眠证，其病机之关键则在于卫气不入于阴，并运用阳气入阴则寐的理论解释了人将睡之时，呵欠先之者，是阳引而升，阴引而降，阴阳升降，而后则可渐入睡乡，是对阳气入阴理论的新诠释。并以阳不入阴理论统摄了前人关于心肾不交与心虚胆怯的病机，因肝肾阴虚所致之失眠，医家大多从心肾不交来阐释其病机，而汪氏仍从营卫不交，阳不入阴解。他认为肝肾阴虚，使阳浮于上，营卫不交而失眠。同时他还指出初睡易醒之证，医家多以之为心虚胆怯，他则认为由于营弱卫强，阴阳初交之时，契合浅而脱离快，升降相离而致，有别于众家之言。除肝肾阴虚可致阳不交阴以外，他还提出了人体阳虚，虚阳浮越所致的阴阳不交，进一步丰富了阳不交阴的病机理论。
清代医家冯兆张还充分发挥了“心肾神交”的认识，他认为“不得卧自为病”主要在于“心肾神交”，《内经》卫阳不入于阴的病机理论，尚未能够深入说明心肾神交，神寐入阴之至理，提出了人之神，寤则栖心，寐则归肾的观点。虽然他没有明确论及这是对《内经》阳不入阴病机的解读，但他所谓的人之神（属阳）寐则入于肾（属阴），实际上即为阳气（神）入阴（肾），可以看作是对《内经》阳不入阴理论的新发挥。
清代医家王普耀一方面承袭了《内经》的阳不入阴之说，及为心神所主的认识，另一方面，他又进一步阐述了其更为深刻的病机，提出目为精明之窍，为心之使。指出早在《内经》中就已论及五脏六腑之精气，皆上注于目。因此，厥气客于五脏六腑，卫气独行于阳，不得入于阴，阴虚阳亢，或神不归舍，皆可使目不交睫而失眠。
历代医家论失眠多以阴虚阳盛立论，认为阳主动，阴主静，阳盛则不眠，阴盛则嗜卧。而明代医家戴思恭提出，年老及病后阳虚，卫阳则不能入阴而浮越于外，扰乱神明，故而失眠。清代医家汪文绮也认为人体阳虚，虚阳浮越，而使阳不能下交于阴，可导致失眠。尽管阳虚失眠的证型在临床上并不常见，后世医家承袭其说者也较少，但他们的主张丰富了失眠病证的病机理论，并完善和发展了《内经》阳不入阴的病机理论。
（二）对脏腑神志病机的发挥
1．以心神不安为失眠证总病机 明代有医家认为，寐由神所主，神安则寐，神不安则失眠，因此认为失眠证的发生，总由心神不安所致。如张介宾在《景岳全书》中曰：“失眠证虽病有不一，然惟知邪正二字，则尽之矣。盖寐本乎阴，神其主也，神安则寐，神不安则失眠”［28］，又说：“盖心藏神，为阳气之宅也，卫主气，司阳气之化也。凡卫气入阴则静，静则寐，正以阳有所归，是故神安而寐也。”［28］在他看来，失眠全由心神所主，卫气入阴而寐的机制也在于阳有所归，心神得安。
2．五脏皆致不眠的认识 针对前代多有偏主的认识，至明代已有医家明确提出五脏皆致不眠。如明代医家解桢详细论述了失眠证的病机，关乎五脏、小肠腑及及表证之变证，条分缕析，立意鲜明。他认为，病由上者，在于肺胃，心在肺之下，肺火煽其肺叶，则心神不安其位；心火生胃土，胃有痰火以实其中，则心生不去而火停。他从心与肺的解剖位置出发，来解释肺病及心的病理机制，可谓标新立异。尽管其病机理论兼及五脏，认为五脏皆致不眠，但其病理机制则主要在心。
3．对心肾不交的阐发 自仲景创黄连阿胶汤治虚劳虚烦不得眠之证以来，历代医家对于心肾不交的解释多宗肾阴虚，肾水不能上济于心，而使心火独亢。而清代医家对于心肾不交的理解和认识，较之前代医家有了很大的变化。一方面，更为重视和强调心肾不交在失眠证等多种疾病发生中的作用，另一方面，对心肾不交的理论作了更为全面的发挥。如陈士铎认为心原属火，过于热则火炎于上，而不能下交于肾；肾原属水，过于寒则水沉于下，而不能上交于心。他和前代医家肾阴虚的主张不同，认为肾水过盛而寒，水沉于下而不能上济心火，使心火独亢于上，这种对于心肾不交的理解，充实和拓展了心肾不交的理论范畴。
4．以肝肾为病机中心的认识 清代有医家进一步发挥了“人卧则血归于肝”的认识，提出人卧则血归于肝，气归于肾，肝肾有病，气血不归，是失眠产生的根本原因。对于前贤论述极广的胃不和则卧不安、胆热、心肾不交等所致失眠的病理机制，也认为是因这些脏腑的功能失常，影响到肝、肾，使血不归肝，气不归肾，导致了失眠的发生。
5．肝阳与心火相煽为病 清以前大凡论及肝病所致之失眠，多以肝虚、肝不藏魂为主，自清代叶天士的“肝阳化风”说出现以来，医家对于肝阳之病颇为重视。自清开始，有医家着重发挥了肝阳过亢的病机，如王普耀论述了惊恐所致失眠的病机，指出平素操劳过度、情性急躁，加以惊恐、激动，肝阳与心火相为煽惑，五志阳升，心无主张，水火不济，阳不交阴，彻夜失眠。又称肝藏魂，谋虑出焉；心藏神，为神明之府。二者神失守舍，舍空痰聚，致肝阳化风，心火鸱张，而致失眠。民国时期费绳甫也论述了肝阳上亢可致失眠，在治疗上主张养阴清肝。关于“肝阳化风，心火鸱张”所致失眠，在临床上来看，中风患者常兼失眠，现代医学之高血压、脑动脉硬化等亦常致失眠症的发生，为此，肝阳与心火相煽为病病机与治法的提出，具有重要的临床意义。
6．对胆病病机的认识 古人论胆病失眠，或谓其与精神情志有关，或谓其与心有经脉相通，心虚受邪，伏气在胆，而清代有医家对胆病病机作了进一步的阐释。如陈士铎认为胆气虚怯或胆虚邪侵所致之失眠，系因胆属少阳，其经在半表半里之间，为心肾交接之会，胆病则致心肾交接无由，心肾不交而致失眠。张乃修则认为，阴阳水火之升降交济，全赖中枢之运。胃为中枢，但又需肝木左升，胆木右降之配合，以胃与肝胆为阴阳水火交济之枢，发挥了胆病病机学说。
7．对魂魄关系的认识 关于魂魄与失眠证发病的关系，《灵枢·淫邪发梦》已有论及，宋代许叔微更为明确地主张从其所属之脏肝与肺论治。自许叔微以来，后世医家也多有论述，但对于魂魄在失眠证发病中的具体意义，均未见有具体记载。清代医家冯兆张提出了肺气虚，肺魄不能制肝魂，致神魂飞扬而发失眠。他认为肺魄所致失眠，是通过肝魂而发生作用的，进一步明确了肝魂与肺魄在失眠发病中的意义。
（三）对痰、瘀等病因病机的认识
明代以来由于受到朱丹溪学术思想的影响，医家对于痰病为患日益重视，如明代医家戴元礼非常重视痰邪为病，对于胆病失眠提出了痰在胆经，因胆涎沃心，致心气不足，神不归舍而失眠；吴球则认为失眠病因病机的重点在于气、血、痰；徐春甫提出失眠证的病因病机以思虑痰火为主等。
对于瘀证的认识，清代医家吴澄首先探讨了因虚致瘀的问题，他提出虚损之证多由积痰、留血之病，对于此类失眠病证最早应用了补气活血的治疗方法。特别是对于肾虚失眠者，他认为是由于气虚不能生血、不能流畅所致，开气虚血瘀理论之先河。并认为寤时气血得通，寐则气行无力，气血不通，因此而致不能眠。在治疗上应用了以补气之参、芪与活血之牛膝、桃仁、川芎等配伍的补气活血治法。其后王清任进一步阐明了血瘀致病的广泛性，并创用血府逐瘀汤治疗顽固性失眠，对后世医家的影响极大，为临床上顽固性失眠的治疗开辟了新的辨治思路与方法。
（四）对体质因素的认识与发挥
自《灵枢·大惑论》首论不卧与多卧的体质因素以来，至清以前，后世医家鲜有新见，尤其对于易感体质，更少有医家提及。清代有医家揭示了多思之人、体丰之人和素禀阳衰等体质因素与失眠证发病的密切关系。如《医方辨难大成》提出了多思之人，多思善虑，易发失眠。
郑寿全曾提出心肾不交多由肾阳虚衰而致，而其中因内伤而致者，多系素秉阳衰，认为阳虚体质的人可致心肾不交而发失眠，实际上，他所论之阳虚仅为心肾不交病机中的一个方面，并不具有严格的易感体质意义。
林佩琴指出妇人肥盛，多郁，常致不得眠。张乃修也提出体丰之人易发失眠，他把体丰作为失眠证的易感体质，他认为体丰之人，易生湿痰，从而阻塞水火交济之路，而致失眠。依临床所见，体质肥胖之人，阳气多虚，易生痰湿，但一般认为，肥胖多痰之人并非为失眠的易发体质，或林、张所载仅为特例而已。
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