休闲农业与乡村旅游是一种新型农业经营形态，在增加农民收入、转变经济增长方式的同时，可以在一定程度上改善农村的生态环境。但是，它还是对农村生态资源的一种消费，必然会对农村生态产生一些负面影响。在休闲农业与乡村旅游的发展过程中，许多地区只注重经济效益，忽视了对环境和生态的保护。随着商业投资的引入、旅游活动规模的扩大，农村反而失去了原本的青山绿水和环境本来的特色，生态环境与自然生态平衡也遭到了严重的破坏。
（一）垃圾处理方面存在的问题
1．对垃圾分类重视度不高，源头分类不彻底
目前北京市积极倡导垃圾分类回收，但由于受公民素质和个人参与程度的影响，乡村旅游区农户在垃圾产生的源头上未能做到比较彻底的分类；同时，在垃圾收集、运输、处理等各个环节中，受实际条件的限制，以及对垃圾分类的重视程度不够，很难做到完全分类，甚至出现了将已分类的垃圾再次混合的现象，不仅使之前垃圾分类的努力付诸东流，而且在客观上增加了垃圾分类回收的工作量和工作难度。
2．垃圾清理配套制度不健全
调查显示农村清洁人员劳动强度大，平均年龄偏高，且待遇偏低。在工作人员的配备上，由于没有对保洁人员的身体、年龄等进行严格的要求，常年在岗的人员即使年事已高，但仍然在岗，这对垃圾处理工作的正常开展也带来了一定的影响，所以急需出台一些明确的人员配置管理制度，保证工作的规范化、有序化、实效化。
3．部分游客及经营者环保意识薄弱，垃圾随意丢弃现象严重
发展乡村旅游会增加乡村的生活垃圾，影响乡村的生态环境。一定区域内的环境承载力是有限的。由于度假时间的统一性，乡村旅游者在节假日期间陡增，产生的垃圾总量增加，加大对环境的压力，旅游者不负责任的旅游行为，给农村带来了大量的不可降解的固体废弃物。而且由于乡村旅游消费门槛低，乡村旅游还没有真正作为一种旅游产品进入旅游者心中，乡村旅游缺乏风景名胜区的管理机制和管理队伍，游客主观意识和旅游区客观约束的放松容易造成旅游垃圾对生态环境的污染。如旅游者随手扔弃的各类塑料瓶、塑料袋、包装袋、快餐饭盒等白色污染严重。从经营者的角度看，由于缺乏相关法规的制约，很多旅游区饭店的剩饭剩菜、瓜果皮核、菜根菜叶等有机垃圾，生活垃圾的随处堆放、倾倒，以及一些考虑不周全的垃圾填埋措施也造成了对生态环境的污染。
4．垃圾处理量大成本过高，资金投入少
乡村旅游点大量的垃圾处理需要大量的资金，垃圾场的占地费，垃圾运输费和填埋处理费，成本都很高。但由于农户自身无法拿出大量的资金来处理垃圾，而上级部门也没有专项的资金予以支持，因此农村产生的垃圾无法得到及时有效地处理，以至于对当地的空气、土壤、水、农作物等都产生了严重的危害。
（二）污水处理方面存在的问题
1．污水处理设备不健全
随着休闲农业与乡村旅游重点发展地区旅游人数的增多，生活用水量增加，排出污水污染浓度也在增加，而多数乡村生活污水处理设施严重滞后，没有完整的污水处理设施和排水系统，生活污水未经过明渠暗沟或仅经过简单处理就直接排入河道、池塘或湖泊，造成农村内河或湖泊以及下游的水体严重污染；河岸附近生活垃圾也到处堆放，部分游客参与水上游玩时随意往水里乱扔废弃物；有些乡村没有内河，污水乱泼，污水汇入地表径流或渗入地下，污染地下水，进而对农田土壤、农作物造成污染。
2．资金短缺，来源不足
运行经费紧缺已成为当下困扰我国农村治污工作的关键问题。农村污水处理设施的建设、运行、维护等都需要一定的经费来管护，这对于多数农村来说是无力承担，靠政府下拨资金远远不够，农村的居民也不愿意出资承担这笔费用。没有专项的污水处理补助，单靠国家和地方的政策性专项补贴不能解决污水处理这一根本问题。资金不足问题已经严重影响了农村污水处理设施的正常运行与管护。
3．配套管理体系不完善
农村多数污水处理站缺乏配套管理制度，操作人员没有进行专业化培训，技术水平和管理水平有限。部分污水处理站甚至无人看管，责任不到人，污水处理没有达到预期的效果。污水处理站的预处理系统每隔几天需要清理一次，由于没有人清理调节池等，很容易造成堵塞。在处理站出现问题后也不能及时报修，以至于出现更严重的问题致使处理站不能正常运行。
（三）大气污染方面存在的问题
乡村旅游大量私家车辆的进入以及供游客乘坐的交通工具的进入，使乡村原有的清新、自然、带泥土气息的空气品质日益下降。特别是在周末、黄金周等高峰期，旅游者一般借助私人交通工具旅游，汽车排放的大量尾气、扬起的尘埃使空气质量超标，一些乡村的绿化树种净化功能也未达标，旅游区内餐馆、饭店等生活锅炉排放的废气等影响了乡村的空气质量。
（四）能源方面存在的问题
乡村旅游带来大量人流、物流、客流、车流的进入，使得旅游村的水、电、燃料等资源消耗量增大，有限的自然资源无法满足人们日益增长的物质文化需求，许多资源未被有效利用，浪费现象大量存在，不利于建设节约型社会。在开发生物质能时，尽管目前大力提倡沼气技术和秸秆气化技术，但是在农村每年仍有大量的秸秆被烧掉或遗弃在田间，这样便造成大量的资源浪费和破坏环境。在生物燃料的发展中，由于技术落后造成过高的生产成本，减低了生物燃料的市场优势，这就严重地影响到生物燃料技术的推广和应用，减少了农户种植能源作物和使用能源作物的积极性和主动性。
（五）自然景观方面存在的问题
乡村旅游业建设中，旅游基础设施的建设必不可少。如修建马路、车站，建设宾馆餐厅，接通水电煤气，开辟上山通道等，这些基础设施建设会改变乡村地区原生态的地形地貌，破坏地表植被，造成水土流失，对农村生态造成不可逆转的负面影响。而且，目前乡村旅游建设过程中缺乏科学、合理的建设规划，不结合当地自然风景，追求大投入、高品位，生搬硬套别人所谓成功经验，造成新建项目与原有山水村落难以形成美感的和谐与共鸣，破坏了当地和谐的原生态自然景观，也导致农村生态系统和生态自我调节功能的严重退化。
（六）生态文明意识问题
党的十八大报告中把生态文明建设放在突出地位。但目前全社会范围内的生态文明意识普遍比较淡薄。就乡村旅游而言，部分旅游管理部门以及参与旅游的社区居民、旅游从业人员及旅游者对旅游活动中生态文明的建设没有引起足够的重视。主要体现在以下几点。
1．很多地方旅游经营、管理部门观念跟不上，只重视经济效益，对资源过度利用，没有认识到对旅游资源进行保护的重要性。
2．当地村民的生态文明意识、环保意识十分淡薄，只重视短期的利益，对生态旅游资源保护的意识不强，越来越多的人无序加入旅游经营的行列。
3．乡村旅游者素质参差不齐，部分游客随地吐痰、攀折花木、乱扔杂物、不尊重乡村传统文化等现象很普遍，而导游等旅游从业人员也缺乏基本的生态保护知识，不能够对游客行为加以正确引导。
4．生态文明方面宣传力度不够。社会公众生态教育开展的面较窄，多数人缺乏生态常识，大部分中小学不开设生态环境教育课，很多教师在涉及生态环境教育的学科中也未进行生态渗透教育。
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