【摘要】：具体计算扣除的比例由各省、自治区、直辖市人民政府规定。同时，对从事房地产开发的纳税人，还可按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和加计20%的费用进行扣除。但是，目前对房产开发企业在土地增值税汇算时是否应当从支付的土地出让金中，扣除政府退还的土地出让金补助款，国家尚无明确规定，在实际执行中大多基层税务机关都认同政府返还土地款直接冲减土地成本的处理方法。
按照《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，计算土地增值税允许扣除的开发土地和新建房及配套设施的费用（简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用，其中财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额，其他房地产开发费用，按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除；凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。具体计算扣除的比例由各省、自治区、直辖市人民政府规定。同时，对从事房地产开发的纳税人，还可按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和加计20%的费用进行扣除。
也就是说：土地出让金不但是土地增值税直接扣除项目，而且还是计算加计扣除费用和除利息支出以外计算扣除其他财务费用、销售费用、管理费用的基础，还是按20%计算加计扣除费用的基础。
但是，目前对房产开发企业在土地增值税汇算时是否应当从支付的土地出让金中，扣除政府退还的土地出让金补助款，国家尚无明确规定，在实际执行中大多基层税务机关都认同政府返还土地款直接冲减土地成本的处理方法。因此，为避免税务风险在实际执行时，应向主管税务机关咨询如何处理。
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