《加工贸易和保税业务管理改革指导方案》
2004年初，海关总署制定的《加工贸易和保税业务管理改革指导方案》以建立健全风险管理机制为中心环节，计划用7年时间，到2010年建立起既促进加工贸易转型升级又适应我国加工贸易多元化发展要求，严密监管和高效运作有机统一，更加开放﹑更具活力的完整的加工贸易海关监管制度。
《加工贸易和保税监管改革指导方案》明确提出，海关对加工贸易的管理要围绕一个中心，即促进加工贸易的转型升级﹑促进外向型经济的发展；实现两个转化，即从合同单元管理向企业单元管理的转化和从纸质手册管理向电子账册管理的转化；达到“三个化”，即规范化﹑区域化﹑网络化；实行“四管”机制，即企业自管﹑海关监管﹑政府协管﹑社会共管。为确保中国关境内开展的任何形式的加工贸易及保税业务，海关都为其留有广阔的生存发展空间，都有相应的海关制度和做法将其纳入监管视野；确保守法企业在合法经营时享受到最大的便利。
加工贸易海关监管与企业管理密切联系，《加工贸易和保税监管改革指导方案》明确提出了：“将管理的着眼点从‘由物及人’转到‘由人及物’，关注的重点从货物转到企业与货物并重，建立健全‘四管’机制，重点放在企业自管。”
为适应现代国际物流发展的新特点，《加工贸易和保税监管改革指导方案》提出了“建立以保税区区港联动为龙头，以保税物流中心（A型﹑B型）为枢纽，以优化后星罗棋布的出口监管仓库和公共型﹑自用型保税仓库为网点”的三个层次﹑六种监管模式的多元化保税仓储物流监管体系的整体思路和改革方案，从而形成全国范围内的保税物流网络，以满足不同地区﹑不同层次的国际物流发展需要”。
海关保税监管体系
《加工贸易和保税监管改革指导方案》对加工贸易企业做出了原则性规定，要求加工贸易企业须经海关注册登记，按规定设置并向海关报送有关账簿﹑报表和其他单证，为加工贸易监管模式改革提供了法律支持。
2007年，海关总署修订下发的《保税监管改革指导方案》，方案中要求逐步建立保税货物流转管理新机制。要建立涵盖保税加工和保税物流两大监管体系的保税货物流转管理机制，沟通保税货物的“进﹑出﹑转﹑存”各个监管环节，实现对保税货物的全方位﹑全过程管理到位。一是按照既要最大限度便利货物保税状态下的流转，又要确保实际监管到位的管理目标，重新梳理﹑修订相应的规章制度，制定《保税货物流转管理办法》，全面整合保税货物在特殊区域之间﹑特殊区域与保税场所之间﹑特殊区域和保税场所内外之间以及企业之间的进出口﹑深加工结转﹑外发加工等管理方式，从制度上统一规范保税货物的流转管理；二是运用信息化技术，建立用于明确和规范收发货人法律关系及责任的“保税货物大账册”，同时建立用于监控承运人行为的“运输工具点对点交互网络”，形成一个在所有区域﹑场所﹑企业以及口岸现场之间均能实现便捷运行和有效监管的保税货物大流通监管系统，并逐步取代现行的“转关运输系统”；三是对于从保税港区﹑保税物流园区等海关特殊监管区域﹑保税监管场所起运的进出口货物，参照“属地报关﹑口岸验放”以及“区域通关一体化改革”的方式办理相关通关手续，建立保税物流监管网点与口岸通关监管网点之间的联动配合机制，顺畅口岸与区域﹑场所之间的流转。
《海关保税加工和保税物流监管改革分步实施方案》
海关力求以科学发展观为指引，在建设现代海关制度第二步发展战略的总体框架下，2006年底制订了《海关保税加工和保税物流监管改革分步实施方案》，通过保税加工和保税物流监管两条腿齐步走的改革和创新，有计划﹑分步骤地推进保税加工和保税物流监管改革，加快建立新型保税监管体系。
作为全面启动海关保税监管改革工作的“路线图”和“时间表”，《海关保税加工和保税物流监管改革分步实施方案》规定：确保利用两三年左右的时间，进一步明确与保税监管相关的各部门的职责分工，完成60余项改革项目和10多个创新课题的一揽子计划，完善保税监管的相关政策制度，建立完整的工作程序和标准，采用高新技术手段，实施风险式的海关监管，加大工作考核力度，协调各地区各部门共同推进，形成海关保税监管的整体功能。这个计划涵盖了保税加工监管和保税物流监管两大业务门类绝大多数流程和环节，其中保税加工监管方面以监管作业流程作为众多项目的领头项目，保税物流方面则以分层次﹑多模式的整合联动为领头项目，以带动保税监管模式的全面改革和创新。
针对历史上海关实际保税监管不到位的状况，如：加工贸易监管流程落后，海关2/3的人力投放在加工贸易的备案和核销单证作业，实际下现场﹑核查只有1/3，海关没有足够的力量投放到实际监管当中。海关着手进行了保税加工作业的流程再造，包括以下几个方面的内容：
1）简化室内单证作业方式。首先下放权利，减少审计，对大多数出口加工区以外企业，将目前实际上以审批为主特征的行政许可逐步转变为真正意义的合同备案。
2）对现行的职能手册进行电子化的改造，逐步探索和实行合同备案与深加工结转乃至外发加工申请的无纸化，同时及时推广电子账册和电子手册联网监管，对出口加工区内的企业则逐步实行直接在进去环节的以报代备，出去环节的以查代核。
3）在简化室内单证作业的基础上，将节省下来的大量资源投放到实际监管和核查上去，加强对企业和货物的实际核查。通过内勤和外勤的优势互补和监督制约，实现信息流和实物流的比对核证。
按照海关总署的部署，全国各地海关陆续对保税加工监管开展流程再造工作，实施内外勤分离。例如：作为全国海关的首批试点海关，拱北海关实行“流程再造”，改变以往的作业模式，重新设计作业程序，将有限的人力资源从繁重的室内审批工作中解放出来，充实到室外核查一线，同时，引入风险管理的理念，抓住监管重点，实现有效监管和高效运作的有机结合。拱北海关流程再造后，作业单证由57种整合为32种，办理深加工结转业务由半天到一天缩短为5～10分钟，企业备案时间平均缩短2.5天，单证办结效率得到较大的提高。
《海关保税加工和保税物流监管改革分步实施方案》同时提出了三个层次﹑六种模式现代海关保税物流监管体系。在拓展出口加工区﹑物流﹑研发﹑检测维修等功能的基础上，对各种海关特殊监管区域和保税物流监管场所实行功能整合﹑政策叠加﹑监管模式整合以及资源整合；统一各类特殊监管区的税收政策，包括境外入区保税﹑区外入区退税﹑区内出区征税；区内免征增值税和消费税等。
海关总署令第111号《中华人民共和国海关关于加工贸易边角料、剩余料件、残次品、副产品和受灾保税货物的管理办法》
加工贸易货物除包括加工贸易项下的进口料件﹑加工成品还包括加工过程中产生的边角料﹑残次品﹑副产品以及受灾保税货物等，也就是说，除原始形态的进口料件外，在整个生产销售过程中任何含有进口料件的货物都属于加工贸易监管货物的范畴。
2001年9月13日海关总署发布海关总署令第87号《关于加工贸易边角料﹑节余料件﹑残次品﹑副产品和受灾保税货物的管理办法》。该规定于2004年5月25日经修订以海关总署令第111号《中华人民共和国海关关于加工贸易边角料﹑剩余料件﹑残次品﹑副产品和受灾保税货物的管理办法》形式发布。
第111号令对加工贸易保税进口料件在加工过程中产生的边角料﹑剩余料件﹑残次品﹑副产品和受灾保税货物的内销审批﹑放弃和海关监管，给出了具体管理办法。
海关总署令第113号
《中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法》
2004年发布的海关总署令第113号《中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法》对加工贸易业务进行了系统﹑全面的规定，涉及加工贸易备案﹑变更（包括展期）﹑货物进出口和加工﹑料件退换﹑外发加工﹑余料结转﹑深加工结转﹑核销等基本业务环节。
海关总署令第113号《中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法》是中国加工贸易管理的一份重要的分水岭式文件，它解决了加工贸易货物该如何管的问题。
由于客观的历史原因，在此之前，我国一直未出台关于加工贸易系统管理的行政法规，当时的加工贸易海关监管法规体系主要由《海关法》和一系列管理办法以及海关总署制定的规范性文件三部分构成。从整个法规体系构成来看，加工贸易海关监管立法工作已明显滞后于业务的发展。《办法》在总结二十余年来海关加工贸易监管实践经验基础上，整合了当时加工贸易海关监管的有关规定，形成了加工贸易海关监管的最基本的管理办法。《办法》适应加工贸易不断发展变化的形势，明确了加工贸易海关监管的核心是加工贸易货物，引入了以企业为单元的管理理念，对后续加工贸易管理提供了政策指导。
1）《办法》对加工贸易业务进行了系统﹑全面的规定，涉及加工贸易备案﹑变更（包括展期）﹑货物进出口和加工﹑料件退换﹑外发加工﹑余料结转﹑深加工结转﹑核销等基本业务环节，成为当时关于加工贸易海关监管最为系统﹑最为完善的海关规章。在强调原则性的同时，较好地解决了可操作性的问题，总结了海关监管的实践经验，本着既利于海关监管，又便于企业操作的精神，整合﹑规范了加工贸易海关的监管规定和措施。
2）《办法》突破了传统的思维，明确了海关监管的是加工贸易货物，而不是加工贸易合同。加工贸易手册，包括纸制登记手册和计算机电子账册都只是海关监管的载体。允许货物在加工贸易企业﹑保税仓库（出口监管仓库）﹑海关特殊监管区域之间流动，同时对深加工结转﹑余料结转等形式进出口也做出了规定。
3）2000年修改的《海关法》第33条规定，加工贸易货物包括保税货物和先征后退货物。《办法》首次明确提出了“加工贸易”和“加工贸易货物”的概念，同时分别对保税和先征后退两种进口税收管理制度进行了规定。按《海关法》规定，企业经海关许可后可以对海关监管货物进行抵押﹑质押﹑留置等处置。考虑到加工贸易货物与其他海关监管货物不同，一旦发生抵押﹑质押﹑留置等情形，企业将失去对该批货物进行自主处置的能力，加工贸易合同将无法得到履行，海关监管受到影响，国家税收存在流失风险。因此，《办法》规定，“加工贸易货物不得抵押﹑质押﹑留置”。
4）从1995年开始，海关根据国务院规定，对加工贸易实行银行保证金台账管理制度，有效地保障了国家税收（关税）。结合《海关法》对海关要求企业提交担保的范围﹑方式已有原则性规定，因此，《办法》规定海关对加工贸易实行担保制度，规定了担保适用的有关情形，规定了担保的解除条件。
5）《办法》提出核查是加工贸易海关监管的手段，明确了海关“核查”的法律地位，保留了海关对企业进行勘验﹑核查的权力，规定海关根据监管需要，可以对企业进行核查，企业应当予以配合。
6）《办法》对企业内部管理做出了原则性规定，要求加工贸易企业须经海关注册登记，按规定设置并向海关报送有关账簿﹑报表和其他单证，为加工贸易监管模式改革提供了法律支持。
7）《办法》根据国家有关政策规定，列举了加工贸易货物的进﹑出口途径，规定企业申报加工贸易货物进出口时应填制相应的加工贸易货物进出口专用报关单，规定企业报核时须向海关提交加工贸易货物进出口专用报关单。
注：2008年1月，海关总署对第113号令进行了修改，发布了海关总署令第168号《海关总署关于修改〈中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法〉的决定》。2010年10月，再次决定对第113号令进行修改，发布海关总署令第195号《海关总署关于修改〈中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法〉的决定（二）》。
海关总署令第150号
《中华人民共和国海关加工贸易企业联网监管办法》
世界海关组织倡导的海关与商界的合作伙伴关系﹑信息化管理﹑客户导向等三大战略，其精髓是要求海关按照“守法便利”的原则和精神，尽可能地将先进的海关监管措施应用于所有企业，在增强监管有效性的同时给予企业最大的通关便利，提高贸易效率。联网监管是一种手段先进的监管模式，在这一监管模式下，企业可以获得更多的通关便利，海关可以实施对企业的有效监管。因此，将这一监管模式进行推广，使其成为海关对加工贸易企业的常态监管方式，是海关落实“守法便利”原则，把握“把关”﹑“服务”最佳结合点的具体体现。
结合联网监管模式的推广，为促进加工贸易联网监管有序地向常态化方向转变，海关总署于2006年6月16日发布海关总署令第150号《中华人民共和国海关加工贸易企业联网监管办法》，自2006年8月1日起施行，原海关总署令第100号《中华人民共和国海关加工贸易企业实施计算机联网监管办法》同时废止。
第150号令是海关总署规章级的一个规范性文件，突破了第100号令的局限。第100号令是针对海关与加工贸易企业联网监管专门制定的规范性文件，它的出台是海关在保税加工监管改革实践成果在法规层面的固化。自2003年5月1日实施以来，在体现“守法便利”的执法理念，提高通关效率﹑严密海关监管方面发挥了显著效能。但是，随着联网监管的不断深入开展，第100号令逐渐显露出局限性，主要表现在：实施联网监管的加工贸易企业准入门槛太高；联网核查的内容较为笼统，操作性不强；对大多数中小型企业的海关监管手段普遍落后等等。为解决上述问题，必须对该令进行修订。
第150号令，主要从以下几个方面进行了修订：
1）重新定义“加工贸易联网监管”。将第100号令规定的“海关通过计算机网络从…加工贸易企业提取监管所必需的财务﹑物流﹑生产经营等数据”修改为“企业通过海关认定的具有安全和认证条件的数据交换平台或海关认定的其他方式，向海关申请办理加工贸易业务，报送能满足海关监管要求的实际物流﹑生产经营等数据”。这是一个实质性的变化，由海关主动提取数据改为要求企业主动向海关报送，在源头上明确了企业的申报责任。同时，为更加符合保税监管部门对加工贸易企业正面监管的要求，将联网核查报送数据的范围调整到企业的实际物流﹑生产经营等数据，也是比较务实的﹑客观的。而所谓联网监管的作业方式是“海关通过对这些数据进行核对﹑核算，并结合实物进行核查，实现对保税加工企业进行有效监管的一种方法”的表述，则进一步明确了海关对联网企业实际监管的定位。
2）力图使联网监管成为常态监管模式。联网监管作为保税加工监管的有效手段，同时又以其手续简便和效率提高的“双赢”优势，受到企业和海关的普遍欢迎。将联网监管扩大到中国关境内具备加工贸易经营资格，在海关注册，以出口为主的，符合联网监管条件的生产型企业。在企业类别上也放宽到具备联网条件的B类﹑C类企业。使以大型企业为主要对象﹑以企业便利通关为主要目的的“效率型”联网监管，转变为面向广大中小型企业﹑以提高海关监管质量为主要目的的“效益型”联网监管，并使之逐步成为一种海关常态监管。
为适应常态监管的需要，《办法》明确将确认企业是否符合联网监管资格的责任落实到主管海关。只要符合规定的条件，主管海关就可以核准企业实施联网监管。
3）对联网企业实行分层次管理。根据企业诚信守法程度和信息化管理水平，海关对联网企业实行分层次管理，分别对以企业为单元管理的“电子账册＋联网核查”企业和以合同为单元管理的“电子手册＋联网核查”企业实施不同便利程度的监管手段，引导企业增强守法自律意识，完善自身管理，实现梯度升级。一般来说，海关对能够及时﹑完整地报送联网核查数据的企业实行以企业为单元管理的联网监管模式。
4）通过规范备案，事先规划海关对保税货物监管的“度”。为解决通关申报与保税后续管理的不同需要，海关在备案环节事先与企业共同界定对保税料件与成品确定“归并”与“拆分”的对应关系，设定“游戏规则”并得到企业认可，企业也可以根据海关的具体监管要求，调整内部操作，在“透明执法”的环境中开展加工贸易。
5）统一规范了企业联网的接入方式。《办法》明确了企业联网的接入方式：“联网企业通过数据交换平台或者其他计算机网络方式向海关报送数据前，应当进行加工贸易联网监管身份认证”。海关总署推广的联网标准模式，在网络安全﹑身份认证﹑数据报送﹑数据存储等方面均具有统一的规范。
6）明确了对联网企业的实际监管方式。《办法》明确规定，“海关可以采取数据核对和下厂核查等方式对联网企业进行核查。下厂核查包括专项核查和盘点核查”。
专项核查主要是指海关根据监管需要，对联网企业就某一项或者多项内容实施的核查行为，如对企业报送的单耗﹑损耗的数据进行下厂核对等；盘点核查是指海关在联网企业盘点时，对一定期间的部分保税货物进行实物核对﹑数据核查的一种监管方式。海关抽查企业保税货物的实有库存，包括料件﹑成品﹑半成品﹑在线和在途库存等。
7）进一步明确了联网报送的数据项目。《办法》规定，联网企业应如实向海关提供满足海关监管需要的备案﹑进口﹑深加工结转﹑外发加工﹑保税转内销﹑出口﹑单耗等相关动态数据。这是根据加工贸易的特点和海关的监管需要，对涉及加工贸易监管的进出转存等每个重要环节的数据都列入海关联网核查的基本项目，这也是开展盘点核查时海关对企业报送加工贸易完整数据的基本要求，体现了海关对保税加工货物“过程”管理链上各主要节点的关注程度。
8）对外发加工实行集约化的备案管理。实行以企业为单元管理的联网企业开展外发加工实行主管海关备案制。加工贸易企业开展外发加工前应当将外发加工承接企业﹑货物名称和周转数量向主管海关备案。实行集约化的备案管理，最大限度地简化了企业为办理同一个业务逐笔进行备案审批的手续性操作。企业定期报备外发保税货物收发存数据，便于海关动态了解和掌握保税货物的流向﹑核对外发保税货物的情况，从而可以充分享受如实申报带来的便利。
9）严格了内销补税的时限。《办法》规定了集中办理内销补税的时限：“经主管海关批准，联网企业可以按照月度集中办理内销补税手续；联网企业内销加工贸易货物后，应当在当月集中办理内销补税手续”。“联网企业加工贸易货物内销后，应当按照规定向海关缴纳缓税利息”。对有内销行为的企业而言，必须建立有效的内控机制，对内销货物的集中补税时限予以高度重视，否则极易造成技术性违规。
10）明确了核销结合盘点核查的要求。《办法》规定，“联网企业实施盘点前，应当告知海关。海关可以结合企业盘点实施核查核销”。核销引入盘点核查，主要体现在海关结合企业自身的盘点结果进行实物抽查和数据核对，将下厂核销融于盘点核查之中。既遵循了企业自身盘点的规律，又满足了海关对保税货物实际监管的要求。
海关开展盘点核查可以采取企业自盘﹑海关抽盘或监盘的方式，又可以借助社会中介力量开展盘点核查，海关借鉴具有资质条件的会计﹑审计事务部门的工作结果，协助海关开展实际监管。
11）规定了企业提供担保的情形。按照权利与义务相统一的原则，《办法》规定了对管理相对人不规范管理﹑不规范申报等行为的处理条款，体现了联网监管的严肃性。
海关可以要求提供保证金或者银行保函作为担保的情形有：企业管理类别下调的；未如实向海关报送数据的；海关核查﹑核销时拒不提供相关账册﹑单证﹑数据的；未按照规定时间向海关办理报核手续的；未按照海关要求设立账册﹑账册管理混乱或者账目不清的。
12）明确了实际库存与底账差异的处理办法。
（1）实际库存量多于电子底账核算结果的，海关应当按照实际库存量调整电子底账的当期余额；
（2）实际库存量少于电子底账核算结果且联网企业可以提供正当理由的，对短缺的部分，海关应当责令联网企业申请内销处理；
（3）实际库存量少于电子底账核算结果且联网企业不能提供正当理由的，对短缺的部分，海关除责令联网企业申请内销处理外，还可以按照《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》对联网企业予以处罚。
海关总署第155号令
《中华人民共和国海关加工贸易单耗管理办法》
海关总署第155号令《中华人民共和国海关加工贸易单耗管理办法》于2006年12月21日经署务会议审议通过，自2007年3月1日起施行。2002年3月11日海关总署令第96号发布的《中华人民共和国海关加工贸易单耗管理办法》同时废止
与第96号令相比，第155号令主要从以下几个方面进行了修改完善：
● 规范了单耗管理的有关定义和术语；
● 强调了“如实申报，据实核销”的单耗管理原则；
● 明确了单耗标准以公告形式对外公布；
● 明确了单耗标准的执行要求；
● 规范了企业单耗申报程序﹑要求，规定了企业的权利和义务；
● 完善了海关单耗审核﹑质疑程序和方法，审核的权利和义务；
● 增加了单耗复核的技术救济途径；
● 取消了要求企业建立单耗资料库的规定，减轻了企业负担；
● 取消了超出国家单耗标准程序性审批的规定。
● 相关细节内容，详见后续章节。
海关总署令第168号《海关总署关于修改〈中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法〉的决定》
第113号令自2004年4月1日正式实施以来，对于统一规范保税加工业务管理﹑促进加工贸易健康有序发展起到了非常重要的作用。
但是随着加工贸易的迅猛发展，第113号令在某些方面已经不能适应新形势的要求，因此，在充分考量现行外发加工监管现状和问题的情况下，结合保税加工监管作业流程再造改革的进度，本着“有效监管﹑高效运作”的原则，海关总署对第113号令进行了修改并于2008年1月14日发布海关总署令第168号《海关总署关于修改〈中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法〉的决定》。
1）《决定》出台的意义
（1）从宏观运行层面看，《决定》的出台有利于充分发挥外发加工在国家相关产业的梯度转移以及西部大开发﹑中部崛起等战略实施中的优势和重要作用，进一步加快外贸增长方式的转变，促进加工贸易转型升级。
（2）从微观操作层面看，《决定》的出台既有利于海关监管，有利于企业运营，也符合简化行政许可审批事项的行政管理改革理念。
2）《决定》出台对加工贸易企业的影响是什么？
《决定》对外发加工业务管理作出了更明确的规定，更加贴近海关监管和企业经营实际，有利于统一和规范海关执法标准;在简化外发加工行政许可的同时，也更加方便企业操作，集中体现在三个方面：
（1）对外发加工进行了重新定义，更明确﹑更规范；
（2）取消了主要工序不得外发加工的限制性规定，更合理﹑更具操作性；
（3）外发加工货物经海关批准可以不运回本企业，更简便﹑更切实。
总体而言，对加工贸易企业更为有利。
3）《决定》为何要对外发加工业务管理进行重新明确？
主要是由于原有的外发加工管理模式既不利于海关监管和执法，也比较容易使企业运营处于被动。由于外发加工属行政许可审批项目，在原有的管理模式下，企业若要开展外发加工，必须先向海关提出申请，由海关审批。而海关审批同意与否的主要标准之一就是外发加工的环节是否为主要工序。
实践证明，由于加工贸易行业面广﹑产品复杂，难以界定什么是加工的“主要工序”，从而容易导致海关执法不明确，轻则影响执法效率，重则造成自由裁量权过大影响公正执法，这样，难免造成企业的困扰。实际上，由于企业加工能力和特点的差异以及市场细分的趋势，在不同企业间进行工序上的转移，既是加工产业发展的客观要求，也符合延长产业链﹑提高保税加工增值水平的国家产业政策原则。基于以上原因，《决定》重新明确了外发加工管理的相关规定，特别是取消了“主要工序不得外发”的限制性规定。
4）《决定》修改了原《办法》的哪些内容？
《决定》与原《办法》的最大区别在于进一步明确和规范了保税加工货物外发加工管理制度，包括：重新定义外发加工﹑实行对经营企业的单边管理﹑取消主要工序不得外发的限制性条件﹑明确外发加工保税货物经海关批准可以不运回等。涉及对原《办法》五条七款内容的修改，具体如下：
（1）修改了原《办法》中关于外发加工的定义。
原《办法》第三条第十一项规定“外发加工，是指加工贸易企业因受自身生产工序限制，经海关批准并办理有关手续，委托承揽企业对加工贸易货物的某道工序进行加工，在规定期限内将加工后的产品运回本企业并最终复出口的行为。”新《办法》修改为：“外发加工，是指经营企业因受自身生产特点和条件限制，经海关批准并办理有关手续，委托承揽企业对加工贸易货物进行加工，在规定期限内将加工后的产品运回本企业并最终复出口的行为。”
对外发加工定义的修改主要是考虑到除了生产工序限制外，现实中更多是因企业生产能力不能满足国际市场旺季需求，或者因订单数量多和单票订单无法拆分而需要外发加工，对此海关如果不予批准外发加工，企业为维持市场和追逐利润，往往采取擅自外发加工方式。为此，新《办法》除生产工序限制外，对于企业出现紧急履约等情况的，经海关批准企业也可外发加工。
（2）调整了外发加工的适用条件和管理方式。
由于加工贸易行业繁多，产品加工工序复杂多样，尤其在现代联合生产的情况下，对于生产链条比较长的行业，工序的主次只是相对而言的，同时，在对“主要工序”标准的认定上，企业与海关存在较大差异，海关又没有明确可执行的标准，导致现场海关难以统一规范执行。基于上述情况，《决定》取消了原《办法》第二十五条对“主要工序”的限制，以适应企业正常经营发展的需要，同时，在第二十三条增加了“按照外发加工的相关管理规定办理”的表述，确保海关仍能有效监管。
（3）明确了外发加工货物经海关批准可以不运回的原则。
原《办法》第二十四条规定，经营企业应当将外发加工的成品﹑边角料﹑剩余料件﹑残次品﹑副产品等加工贸易货物运回本企业。从执法实际来看，海关监管存在很大难度，对企业来说也有诸多不便。例如：对于外发加工环节产生的大量毫无价值的边角料或有毒有害的边角料及副产品，如果企业仍需将这些货物运回，不但增加企业生产成本和社会环境成本，也增加了海关监管的难度。再如，西部企业将最后一道工序外发至东部地区进行加工时，在加工地办理出口手续可以方便企业，也可以减少海关监管环节。因此，为尊重企业生产实际，《决定》将原先“应当运回”的表述修改为：“外发加工的成品﹑剩余料件以及生产过程中产生的边角料﹑残次品﹑副产品等加工贸易货物，经经营企业所在地主管海关批准，可以不运回本企业。”
（4）为与相关法规﹑规章相衔接，完善了核查﹑行政处罚等相关条款。
删除了“核查”的定义。原《办法》第三条对“核查”作了定义。由于2008年海关总署一类立法项目《中华人民共和国海关保税核查办法》对海关“保税核查”进行重新定义，为了避免规章中相同概念的冲突，第168号令修改删除了原《办法》中关于“核查”含义的解释。
为与《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》相衔接，修改了原《办法》第四十二条的表述。由于《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》自2004年11月1日起施行，《中华人民共和国海关行政处罚实施细则》同时废止，因此将原《办法》第四十二条修改为：“违反本办法，构成走私行为﹑违反海关监管规定行为或者其他违反海关法行为的，由海关依照海关法和《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》的有关规定予以处理；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
下表对照了《规定》与原《办法》之间的差别。
新旧总署令对照（第113号令与第168号令）
5）为确保《决定》的落实做了哪些配套工作？
为配合《决定》的实施，海关总署同步制发了执行通知和对外公告，明确外发加工业务管理的流程﹑收发货管理﹑税收保全以及经营企业的责任义务等内容，同时通过建立信息化管理系统加强对外发加工的监管。
为此，海关总署加工贸易司着手在H2000深加工结转子系统中增加对外发加工业务实施监管的功能模块和作业程序，以保证对外发加工业务的有效监管。海关总署完成了H2000外发加工管理子系统的开发和测试工作， H2000外发加工管理子系统的使用，在简化手续的基础上，重点突出对外发加工货物从申请到收发货的全过程管理，并提供对外发加工货物延伸核查的手段。同时，加工贸易司也积极起草了相关具体的管理规定，以规范对外发加工的管理。因此，将原《办法》第二十三条第一款“经营企业经海关批准可以开展外发加工业务。外发加工应当在加工贸易手册有效期内进行”修改为“经营企业经海关批准可以开展外发加工业务，并按照外发加工的相关管理规定办理。”
海关总署令第195号《海关总署关于修改〈中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法〉的决定（二）》
为了适应加工贸易形势的变化，规范加工贸易有关业务，海关总署于2010年10月再次决定对《中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法》（海关总署令第113号进行修改，以海关总署令第195号《海关总署关于修改〈中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法〉的决定（二）》（参见附件11）形式发布，并自2010年12月5日起施行。其修改的主要内容包括：
1）进一步明确了对加工贸易货物抵押的管理规定。有下列情形之一的，加工贸易货物不予办理抵押手续：
（1）抵押影响加工贸易货物生产正常开展的；
（2）抵押加工贸易货物或其使用的保税料件涉及进出口许可证件管理的；
（3）抵押加工贸易货物属来料加工货物的；
（4）以合同为单元管理的，抵押期限超过手册有效期限的；
（5）以企业为单元管理的，抵押期限超过一年的；
（6）经营企业或加工企业涉嫌走私﹑违规，已被海关立案调查﹑侦查，案件未审结的；
（7）经营企业或加工企业因为管理混乱被海关要求整改，在整改期内的；
（8）海关认为不予批准的其他情形。
2）明确了对加工贸易货物与非加工贸易货物分开管理的要求。
（1）“分开管理”是指加工贸易货物应与非加工贸易货物分开存放，分别记账。对部分行业或大型企业采用物流设施一体化管理方式的，须经主管海关在审核企业内部ERP系统﹑确认其能够通过联网监管系统实现加工贸易货物与非加工贸易货物数据信息流分开后，认定其符合“分开管理”的监管条件。企业应当确保保税货物流与数据信息流的一致性。
（2）“海关备案的场所”是指加工贸易企业在办理海关注册登记以及加工贸易业务时向海关备案的经营场所。
（3）加工贸易企业改变或增加存放场所，应经主管海关批准。主管海关应要求加工贸易企业提交注明存放地址﹑期限等有关内容的书面申请和存放场所的所有权证明复印件，如属租赁场所还需提交租赁合同。除外发加工等业务需要外，加工贸易货物不得跨直属海关辖区进行存放。
3）进一点强化了对加工贸易货物外发加工的管理要求。
有下列情形之一的，申请开展外发加工业务的经营企业应当向海关提供相当于外发加工货物应缴税款金额的保证金或者银行保函：
（1）外发加工业务跨关区的；
（2）全部工序外发加工的；
（3）外发加工后的货物不运回直接出口的；
（4）申请外发加工的货物未涉案，但经营企业或者承揽企业涉嫌走私﹑违规，已被海关立案调查﹑侦查且未审结的。
申请外发加工的货物之前已向海关提供不低于应缴税款金额的保证金或者银行保函的，经营企业无需再按照本条前款规定向海关提供保证金或者银行保函。
综上所述，第195号令改变了海关对加工贸易货物不得办理抵押﹑质押﹑留置的业务管理，明确了企业在向海关办理加工贸易货物抵押手续时需要提交的有关材料。同时，也规定了加工贸易货物不得办理抵押的各种情形；增加了加工贸易企业应当将加工贸易货物与非加工贸易货物进行分开管理的规定；加强和细化了海关对加工贸易外发加工业务的管理，增加了海关对企业开展加工贸易外发加工业务需要征收保证金或银行保函等管理的监管条件；增加了经营企业加工贸易保税料件之间的串换管理。
需要提醒加工贸易企业的是：1）加工贸易企业海关分类级别越高就能够享受到越优惠的保税监管措施，如申请内销集中补税﹑申请海关电子账册联网监管﹑减免加工贸易保证金等；2）企业一定要严格杜绝因技术性违规引发走私行为的发生。一旦出现走私行为，企业就有降为C类企业的风险。有些企业人员认为，走私行为离自身企业比较远，其实诸如：擅自内销保税货物行为﹑伪报&瞒报行为等在现行法律上就有可能定性为走私行为。
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