对于影响企业效率的因素，文献中较多提及的主要是所有制、企业规模、行业竞争程度（市场结构）以及引进外资和对外开放几个方面。
所有制对企业效率的影响主要体现在，国有企业由于产权结构残缺、产权模糊和预算软约束导致效率低下（肖耿，1997；林毅夫，2004）。产权结构残缺和产权模糊容易导致国有企业激励、监督与约束机制的失效，进而使国有企业效率长期得不到改善（肖耿，1997）。企业所有制性质容易导致国有企业软预算约束（Kornai，1980），国有企业一般承担了更多的社会功能和政策性负担（Boycko、Shleifer and Vishny，1996；林毅夫、刘培林，2001），并因此导致的预算软约束也是国有企业效率低下的重要原因（林毅夫、李志赟，2004）。研究表明，国退民进的改制对企业利润有正的影响，而对企业劳动生产率影响较弱（宋立刚、姚洋，2005），产权改革推动了企业效率的提高（刘小玄、李利英，2005）。不同所有制企业的效率水平也是存在显著差异的，私营企业效率最高，外资企业和集体企业紧随其后，相对而言国有企业效率最低（姚洋，1998；刘小玄，2000）。进一步的研究发现，私有化、企业预算约束的硬化以及社会负担减少对企业提升效率有显著的促进作用（Gao，2010）。本书引入国有经济比例（SOE）来捕捉企业所有制结构特点对企业效率的影响。
企业规模、行业竞争程度与企业面临的市场结构是影响企业效率的重要因素。企业规模对技术效率的影响主要是由于规模经济的作用，在一定的条件下扩大生产规模可以降低单位产品生产成本，发挥规模经济效应。如果规模扩大后企业管理技术和能力跟不上，反而可能会降低效率、提高单位产品成本；因此与企业自身管理、技术水平相对应的合理规模才是企业效率提升的保障。企业所面临的市场结构，也即行业竞争程度是影响企业效率的重要因素，行业内部的有序竞争是效率提升、经济增长的动力。一般来说，行业垄断不利于效率提升，尤其是垄断性大企业面临的外部竞争压力过小，容易导致企业内部组织层次过多、管理能力下降，制约效率的提升（Leibenstein，1996）。适度竞争使企业形成一定的竞争压力从而有利于企业技术创新、技术效率提高。参照已有文献（刘小玄，2003；陈勇、李小平，2007；何晓萍，2012），本书使用企业规模（SCAL）来刻画上述两方面因素对企业非效率的影响，企业规模一方面可以刻画企业自身是否存在规模经济效应，另一方面可以衡量企业所处的市场结构。上述分析表明企业规模对效率的影响方向可能是不确定的。
引入外资与对外开放对企业效率的影响主要通过外商投资企业的技术溢出与本土企业的“干中学”来实现本土企业效率提升。FDI理论认为，FDI对东道国企业影响的机制是多渠道的，有外溢效应、技术扩散效应以及人力资本提高和制度变迁等效应。外资进入通过技术扩散、人力资本流动途径等在行业内部和不同所有制企业之间产生溢出效应进而提升本地企业效率（姚洋、章奇，2001）；而且还存在行业内部与行业上下游的关联效应、技术示范模仿效应、人力资源培训效应等（张建华、欧阳轶雯，2003）。外资凭借技术、资金和管理优势可能在竞争中形成对本地企业的挤出效应，也就说存在一定的负面效应（何洁，2000）。对外开放的另一个角度是进出口，进出口企业会在产品进出口过程模仿、引进和学习国外先进的技术和管理经验，从而形成“开放中学”效应，提升技术水平和整体效率。本书引入FDI变量来刻画外资引入与对外开放带来的对企业效率的影响。
在引入上述三种因素对企业效率影响之后，同时考虑非效率可能具有时变趋势，引入时间趋势变量（T）[2]，构建包含资本、劳动、能源三要素的成本函数。结合对称性和齐次性条件（5.5），采用两种要素相对价格代替单一要素价格，式（5.4）最终改写成如下形式：
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