自1814年《根特条约》签订后，在长达半个世纪、两代保护主义者的漫长发展中，美国学派屡次成为总统竞选时的施政蓝图，影响了国家经济政策的制定。[35]不过，它真正在理论界赢得学术声誉，并全面成为美国的治国方略，还是南北战争以后的事了。
南北战争后，美国学派迎来了它的繁荣发展。这很大程度是由于长达半个世纪的杰斐逊主义与汉密尔顿主义的拉锯战终于尘埃落定。共和党的纲领几乎完全以第二代保护主义者E．帕申·史密斯的《政治经济学手册》为原型，这使得美国学派的各项经济主张，如保护性关税、工业化战略、内部改善和废除黑奴制度等，在美国内战和战后重建时期发挥了重要作用。
在学术界，从19世纪70年代起，一批年轻的美国经济学家陆续从德国学成归来，带来了德国历史学派的理论和研究方法并走上美国大学的讲坛。他们批判古典经济学和新古典经济学，强调历史、社会和制度等因素对经济规律的影响；在方法论上，他们反对当时流行于英国和奥地利等国的抽象演绎法，反对19世纪70年代以后越来越盛行的数量分析法，坚持历史归纳法和历史比较法，强调每一个民族或每一种经济制度都是在特定历史条件下逐步演化而来。这些人包括理查德·西奥多·伊利、亨利·卡特·亚当斯、埃德温·R．A．塞利格曼和西蒙·纳尔逊·帕滕等。当然，还有托尔斯坦·本德·凡勃伦、约翰·罗杰斯·康芒斯和威斯利·克莱尔·米契尔。这支崭新的、异军突起的经济学说被称为“美国制度经济学”，它的加入使得原本游离在大学校园之外的美国学派如虎添翼。[36]
在美国学派的猛烈攻击下，大学校园里原本就捉襟见肘的辩护者学派的地位岌岌可危。1885年9月9日，美国经济协会（American Economic Association）在美国纽约州萨拉托加市成立。由于参与建会者大多数是从德国留学后返美担任教职的青年经济学家，他们成功地将自己坚信唯有依靠国家干预才能够保证国民经济正确方向的理念写进《会章》：“我们认为国家的积极支持对于人类的进步是不可或缺的条件”；“我们相信作为一门科学，政治经济学尚处于其发展过程的早期阶段。我们固然赞赏过去一些经济学家的成就，但对于工业生活的实际条件应更多地进行历史与统计方面的研究，而不仅作纯理论的探索，以使经济学取得良好的进展”。[37]尽管《会章》招致了哥伦比亚大学、哈佛大学、耶鲁大学等自由贸易理论要塞的强烈反对[38]，美国学派还是势不可挡地迎来了学术圈内的声誉顶峰。
不过在意识形态上，美国人骨子里崇尚的仍然是自由主义的经济学，而将保护主义或国家主义视为耻辱。1888年——在距离美国学派庄严宣布自己的政治经济学宗旨后的第4年，美国经济协会就悄然更改了它的会章[39]，尽管在那个时代的美国，国家主义的制度经济学正如火如荼，美国学派的保护主义经济政策正在各个方面成功主导着美国经济。
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